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ゲノムアレイによる蛋白結合領域の網羅的検出法の開発に基づく癌の転写制御異常解析

研究課題

研究課題/領域番号 17013031
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京医科歯科大学

研究代表者

横井 左奈  東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助手 (30372452)

研究期間 (年度) 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
4,400千円 (直接経費: 4,400千円)
2005年度: 4,400千円 (直接経費: 4,400千円)
キーワード癌 / クロマチン免疫沈降 / ゲノムアレイ / E2F1
研究概要

申請者は、独自に開発してきたBACクローンを搭載したゲノムアレイを用いて肺癌細胞株のゲノムコピー数解析を行ってきた。
このBACアレイ上に、既に確立されているクロマチン免疫沈降法を展開することにより、ヒトゲノムDNAの98%を占める非コード領域に存在する機能的DNAエレメントの俯瞰的検システム(ChIP on BAC array法)の確立を行った。
この方法は、まず、転写因子などDNA結合蛋白質に対する抗体を用いてクロマチン免疫沈降を行う。得られたDNA断片をアダプターPCR法にて増幅し、免疫沈降したサンプルをCy3で、またコントロールとして免疫沈降する前のゲノム断片をCy5にて蛍光標識し、ゲノムアレイにハイブリダイズするものである。
今回、800種類の癌関連遺伝子を含むBACを搭載したゲノムアレイを用いて、ヒトグリオーマ細胞株T98Gに対し、転写因子E2F1を解析したところ、E2F1の既知の標的遺伝子であるCCNA2、NMYCを含むスポットが3回の繰り返し実験を経ても陽性になることを確認した(Yokoi S.Molecular Medicine 2005)。また、この他にも複数の陽性スポットが検出され、この中に含まれる遺伝子に対し、RT-PCR法、ChIP-PCR、ルシフェラーゼ・アッセイ、ゲルシフト・アッセイによる評価を行い、E2F1の新規標的遺伝子を同定し得た。現在これらの遺伝子につき解析を進めている。
以上より、研究目的は達成されたと考える。

報告書

(1件)
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2005

すべて 雑誌論文 (3件)

  • [雑誌論文] Frequent Silencing of DBC1 is by Genetic or Epigenetic Mechanisms in Non-Small Cell Lung Cancers.2005

    • 著者名/発表者名
      Izumi H, Inoue J, Yokoi S, et al.
    • 雑誌名

      Hum Mol Genet 14

      ページ: 997-1007

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Overexpressed Skp2 within 5p amplification detected by array-based comparative genomic hybridization is associated with poor prognosis of glioblastomas.2005

    • 著者名/発表者名
      Saigusa K, Hashimoto N, Tsuda H, Yokoi S, et al.
    • 雑誌名

      Cancer Sci. 96

      ページ: 676-683

    • NAID

      10017091131

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] ゲノムアレイを用いた蛋白結合領域の網羅的解析2005

    • 著者名/発表者名
      横井左奈, 稲澤譲治
    • 雑誌名

      Molecular Medicine 42

      ページ: 1219-1225

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2018-03-28  

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