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イン・シリコ生命ネットワーク構築のための遺伝子ネットワーク推定とシミュレーション

研究課題

研究課題/領域番号 17017008
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

宮野 悟  東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104)

研究分担者 松野 浩嗣  山口大学, 大学院・理工学研究科, 教授 (10181744)
井元 清哉  東京大学, 医科学研究所, 准教授 (10345027)
長崎 正朗  東京大学, 医科学研究所, 助教 (90396862)
坂内 英夫  九州大学, 大学院・システム情報科学研究院, 准教授 (20323644)
連携研究者 坂内 英夫  九州大学, 大学院・システム情報科学研究院, 准教授 (20323644)
研究期間 (年度) 2005 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
93,500千円 (直接経費: 93,500千円)
2009年度: 18,300千円 (直接経費: 18,300千円)
2008年度: 19,300千円 (直接経費: 19,300千円)
2007年度: 19,900千円 (直接経費: 19,900千円)
2006年度: 16,000千円 (直接経費: 16,000千円)
2005年度: 20,000千円 (直接経費: 20,000千円)
キーワード遺伝子ネットワーク / システム生物学 / モデリング / シミュレーション / マイクロアレイ / パスウェイモデリング / タンパク質相互作用 / CSML / タンパク質ネットワーク / システムバイオロジー / マイクロアレイ解析 / ベイジアンネットワーク / Petriネット
研究概要

データ解析とシミュレーションによって生命システムを解析・理解するための計算・情報基盤技術を構築した.ベイジアンネットワーク,状態空間モデル,ARモデルなど基づいた革新的な遺伝子ネットワーク推定技術を開発し,大規模遺伝子ノックダウンや薬剤刺激に応答する大規模な静的・動的遺伝子ネットワークを遺伝子発現データから捉えることを可能にした.また,動的パスウェイの知識を記述するためのCell System Markup Language及びシミュレーションに対応したCell System Ontologyを設計し,生命システムを解析・理解するための体系的な方法を開発した.

報告書

(6件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (80件)

すべて 2009 2008 2007 2006 2005 その他

すべて 雑誌論文 (67件) (うち査読あり 22件) 学会発表 (4件) 図書 (2件) 備考 (7件)

  • [雑誌論文] Exploring temporal transcription regulation structure of Aspergillus fumigatus in heat shock by state space model2009

    • 著者名/発表者名
      Do, J.H., Yamaguchi, R., Miyano, S.
    • 雑誌名

      BMC Genomics 10

      ページ: 306-306

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] A state space representation of VAR models with sparse learning for dynamic gene networks2009

    • 著者名/発表者名
      Kojima, K., Yamaguchi, R., Imoto, S., Yamauchi, M., Nagasaki, M., Yoshida, R., Shimamura, T., Ueno, K., Higuchi, T., Gotoh, N., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 22

      ページ: 56-68

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書 2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] BFL: a node and edge betweenness based fast layout algorithm for large scale networks2009

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto, T.B., Nagasaki, M., Kojima, K., Miyano, S.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 10

      ページ: 19-19

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Simulation-based model checking approach to cell fate specification during Caenorhabditis elegans vulval development by hybrid functional Petri net with extension2009

    • 著者名/発表者名
      Li, C., Nagasaki, M., Ueno, K., Miyano, S.
    • 雑誌名

      BMC Systems Biology 3

      ページ: 42-42

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書 2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] A novel meta-analysis approach of cancer transcriptomes reveals prevailing transcriptional networks in cancer cells2009

    • 著者名/発表者名
      Niida, A., Imoto, S., Nagasaki, M., Yamaguchi, R., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 22

      ページ: 121-131

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書 2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Recursive regularization for inferring gene networks from time-course gene expression profiles2009

    • 著者名/発表者名
      Shimamura, T., Imoto, S., Yamaguchi, R., Fujita, A., Nagasaki, M., Miyano, S.
    • 雑誌名

      BMC Systems Biology 3

      ページ: 41-41

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書 2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Statistical approaches to genome-wide biological networks2009

    • 著者名/発表者名
      Do, J.H., Miyano, S., Choi, D.K.
    • 雑誌名

      Biochip J. 3(3)

      ページ: 190-202

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Exploring temporal transcription regulation structure of Aspergillus fumigatus in heat shock by state space model2009

    • 著者名/発表者名
      Do, J.H., Yamaguchi, R., Miyano, S
    • 雑誌名

      BMC Genomics 10

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] BFL : a node and edge betweenness based fast layout algorithm for large scale networks2009

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto, T.B., Nagasaki, M., Kojima, K., Miyano, S.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 10

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Simulation of mammalian circadian clock for the analysis of interlocked feedback loops in robust oscillation2009

    • 著者名/発表者名
      Matsuno, H., Mito, N., Inouye, S.T.
    • 雑誌名

      Proc.ITC-CSCC2009

      ページ: 264-267

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational predictions for functional proteins working after cleaved in apoptotic pathway2009

    • 著者名/発表者名
      Miyakawa, C., Sugii, M., Matsuno, H., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Proc.Second International Workshop on Intelligent In formatics in Biology and Medicine

      ページ: 807-812

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Better decomposition heuristics for the maximum-weight connected graph problem using betweenness centrality2009

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, T., Miyano, S., Nagasaki, M., Bannai, H.
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Artificial Intelligence 5808

      ページ: 465-472

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Statistical inference of transcriptional module-based gene networks from time course gene expression profiles by using state space models2008

    • 著者名/発表者名
      Hirose, O., Yoshida, R., Imoto, S., Yamaguchi, R., Higuchi, T., Charnock-Jones, D.S., Print, C., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 24(7)

      ページ: 932-942

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Rule-based reasoning for system dynamics in cell systems2008

    • 著者名/発表者名
      Jeong, E., Nagasaki, M., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 20

      ページ: 25-36

    • NAID

      130003997509

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Estimation of nonlinear gene regulatory networks via L1 regularized NVAR from time series gene expression data2008

    • 著者名/発表者名
      Kojima, K., Fujita, A., Shimamura, T., Imoto, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 20

      ページ: 37-51

    • NAID

      130003997510

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Fast grid layout algorithm for biological networks with sweep calculation2008

    • 著者名/発表者名
      Kojima, K., Nagasaki, M., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 24(12)

      ページ: 1433-1441

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Simulation analysis for the effect of light-dark cycle on the entrainment in circadian rhythm2008

    • 著者名/発表者名
      Mito, N., Ikegami, Y., Matsuno, H., Miyano, S., Inouye, S.T.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 21

      ページ: 212-223

    • NAID

      130003997533

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Systematic reconstruction of TRANSPATH data into Cell System Markup Language2008

    • 著者名/発表者名
      Nagasaki, M., Saito, A., Chen, L., Jeong, E., Miyano, S.
    • 雑誌名

      BMC Systems Biology 2

      ページ: 53-53

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] ExonMiner: Web service for analysis of GeneChip exon array data2008

    • 著者名/発表者名
      Numata, K., Yoshida, R., Nagasaki, M., Saito, S., Imoto, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 9

      ページ: 494-494

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Statistical inference of transcriptional module-based gene networks from time course gene expression profiles by using state space models2008

    • 著者名/発表者名
      Hirose, O., Yoshida, R., Imoto, S. Yamaguchi, R. Higuchi, T., Charnock Jones, D. S. Print, C. Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 24(7)

      ページ: 932-942

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analyzing time course gene expression data with biological and technical replicates to estimate gene networks by state space models2008

    • 著者名/発表者名
      Hirose, O., Yoshida, R., Yamaguchi, R. Imoto, S. Higuchi, T., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Proc. 2nd Asia International Conference on Modelling & Simulation 2

      ページ: 940-946

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Estimation of nonlinear gene regulatory networks via Ll regularized NVAR from time series gene expression data2008

    • 著者名/発表者名
      Kojima, K., Fujita, A., Shi mamura, T., Imoto, S. Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 20

      ページ: 357-360

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Partial, order-based Bayesian network learning algorithm for estimating gene networks2008

    • 著者名/発表者名
      Numata, K. Imoto, S. , Miyano, S.
    • 雑誌名

      Proc. IEEE Bioinformatics and Biomedicine 2008

      ページ: 357-360

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rule-based reasoning for system dynamics in cell systems2008

    • 著者名/発表者名
      Jeong, E. Nagasaki, M., MiYano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 20

      ページ: 25-36

    • NAID

      130003997509

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fast grid layout algorithm for biological networks with sweep calculation2008

    • 著者名/発表者名
      Kojima, K. , Nagasaki, M., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 24(12)

      ページ: 1433-1441

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Systematic reconstruction of TRANSPATH data into Cell System Markup Language2008

    • 著者名/発表者名
      Nagasaki, M., Saito, A., Chen, L. , Jeong, E. , Miyano, S.
    • 雑誌名

      BMS Systems Biology 2

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Simulation analysis for the effect of light-dark cycle on the entrainment in circadian rhythm2008

    • 著者名/発表者名
      Mito, N. Ikegami, Y. Matsuno, H., Miyano, S. Inouye S.T.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 21

      ページ: 212-223

    • NAID

      130003997533

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Prediction of fragile points for robustness checking of cell systems2008

    • 著者名/発表者名
      Kitakaze, H. Kanda, M. Nakatsuka, H., Ikeda, N. Matsunn. Mivsnn. S.
    • 雑誌名

      lEICE TRANSACTIONS on Information and Systems D J91-D(9)

      ページ: 2404-2417

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Clustering with time course gene expression profiles and the mixture of state space models2007

    • 著者名/発表者名
      Hirose, O., Yoshida, R., Yamaguchi, R., Imoto, S., Higuchi, T., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 18

      ページ: 258-266

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Conversion from BioPAX to CSO for system dynamics and visualization of biological pathway2007

    • 著者名/発表者名
      Jeong, E., Nagasaki, M., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 18

      ページ: 225-236

    • NAID

      130003812146

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書 2007 実績報告書
  • [雑誌論文] Cell System Ontology: Representation for modeling, visualizing, and simulating biological pathways2007

    • 著者名/発表者名
      Jeong, E., Nagasaki, M., Saito, A., Miyano, S.
    • 雑誌名

      In Silico Biology 7

      ページ: 55-55

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] An efficient grid layout algorithm for biological networks utilizing various biological attributes2007

    • 著者名/発表者名
      Kojima, K., Nagasaki, M., Jeong, E., Kato, M., Miyano, S.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 8

      ページ: 76-76

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Modeling and simulation of signal transductions in an apoptosis pathway by using timed Petri nets2007

    • 著者名/発表者名
      Li, C., Ge, Q. -W., Nakata, M., Matsuno, H., Miyano, S.
    • 雑誌名

      J. Biosciences 32

      ページ: 113-125

    • NAID

      120002828979

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Finding module-based gene networks with state-space models? Mining high-dimensional and short time-course gene expression data.2007

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, R., Yoshida, T., Imoto, S., Higuchi, T., Miyano, S.
    • 雑誌名

      IEEE Signal Processing Magazine. 24(1)

      ページ: 37-46

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Clustering with time course gene expression profiles and the mixture of state space models2007

    • 著者名/発表者名
      Hirose. O., Yoshida, R., Yamaguchi, R., Imoto, S., Higuchi, T., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 18

      ページ: 258-266

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A structure learning algorithm for inference of gene networks from microarray gene express ion data using Bayesian networks2007

    • 著者名/発表者名
      Numata, K., Imoto, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Proc. IEEE 7th International Symposium on Bioinformatics & Bioengineering 7

      ページ: 1280-1284

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cell System Ontology: Representation for modeling, visualizing, and simulating biological pathways2007

    • 著者名/発表者名
      Jeong, E., Nagasai, M., Saito, A., Miyano, S.
    • 雑誌名

      In Silico Biology 7

      ページ: 55-55

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An efficient grid layout algorithm for biological networks utilizing various biological attributes2007

    • 著者名/発表者名
      Kojima, K., Nagasaki, M., Jeong, E., Kato, M., Miyano. S.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 8

      ページ: 76-76

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] AYUMS: an algorithm for completely automatic quantitation based on LC-MS/MS proteome data and its application to the analysis of signal transduction2007

    • 著者名/発表者名
      Saito, A., Nagasaki, M., Oyama, M., Kozuka-Hata, H., Semba, K., Sugano, S., Yamamoto, T., Miyano, S.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 8

      ページ: 15-15

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational discovery of aberrant splice variations with genome-wide exon expression profiles2007

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, R., Numata, K., Imoto, S., Nagasaki, M., Doi, A., Ueno, K., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Proc. IEEE 7th International Symposium on Bioinformatics & Bioengineering 7

      ページ: 715-722

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Performance improvement in protein N-myristoyl classification by BONSAI with insignificant indexing symbol2007

    • 著者名/発表者名
      Sugii, M., Okada, R., Matsuno, H., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 18

      ページ: 277-286

    • NAID

      130003812151

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Finding module-based gene networks with state-space models? Mining high-dimensional and short time-course gene expression data2007

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, R., Yoshida, T., Imoto, S., Higuchi, T., Miyano, S.
    • 雑誌名

      IEEE Signal Processing Magazine 24・1

      ページ: 37-46

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Modeling and simulation of signal transductions in an apoptosis pathway by using timed Petri nets2007

    • 著者名/発表者名
      Li, C., Ge, Q.-W., Nakata, M., Matsuno, H., Miyano, S.
    • 雑誌名

      J.Biosciences 32

      ページ: 113-125

    • NAID

      120002828979

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Simulation based validation of the p53 transcriptional activity with hybrid functional Petri net2006

    • 著者名/発表者名
      Doi, A., Nagasaki, M., Matsuno, H., Miyano, S.
    • 雑誌名

      In Silico Biology 6

      ページ: 1-1

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Structural modeling and analysis of signaling pathways based on petri nets2006

    • 著者名/発表者名
      Li, C., Suzuki, S., Ge, Q. -W., Nakata, M., Matsuno, H., Miyano, S.
    • 雑誌名

      J. Bioinf. Comput. Biol. 4(5)

      ページ: 1119-1140

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] A new regulatory interactions suggested by simulations for circadian genetic control mechanism in mammals2006

    • 著者名/発表者名
      Matsuno, H., Inouye, S. -T., Okitsu, Y., Fujii, Y., Miyano, S.
    • 雑誌名

      J. Bioinformatics and Computational Biology 4(1)

      ページ: 139-154

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Genomic data assimilation for estimating hybrid functional Petri net from time-course gene expression data2006

    • 著者名/発表者名
      Nagasaki, M., Yamaguchi, R., Yoshida, R., Imoto, S., Doi, A., Tamada, Y., Matsuno, H., Miyano, S., Higuchi, T.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 17(1)

      ページ: 46-61

    • NAID

      130003812105

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Cell fate simulation model of gustatory neurons with microRNAs double-negative feedback loops by hybrid functional Petri net with extension2006

    • 著者名/発表者名
      Saito, A., Nagasaki, M., Doi, A., Ueno, K., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 17(1)

      ページ: 100-111

    • NAID

      130003812110

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Modeling and estimation of dynamic EGFR pathway by data assimilation approach using time series proteomic data2006

    • 著者名/発表者名
      Tasaki, S., Nagasaki, M., Oyama, M., Hata, H., Ueno, K., Yoshida, R., Higuchi, T., Sugano, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 17(2)

      ページ: 226-228

    • NAID

      130003997452

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] ArrayCluster: an analytic tool for clustering, data visualization and module finder on gene expression profiles2006

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, R., Higuchi, T., Imoto, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 22(12)

      ページ: 1538-1539

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Genomic data assimilation for estimating hybrid functional Petri net from time-course gene expression data2006

    • 著者名/発表者名
      Nagasaki, M., Yamaguchi, R., Yoshida, R., Imoto, S., Doi, A., Tamada, Y., Matsuno, H., Miyano, S., Higuchi, T.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 17・1

      ページ: 46-61

    • NAID

      130003812105

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Modeling and estimation of dynamic EGFR pathway by data assimilation approach using time series proteomic data2006

    • 著者名/発表者名
      Tasaki, S., Nagasaki, M., Oyama, M., Hata, H., Ueno, K., Yoshida, R., Higuchi, T., Sugano, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 17・2

      ページ: 226-228

    • NAID

      130003997452

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] ArrayCluster : an analytic tool for clustering, data visualization and module finder on gene expression profiles2006

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, R., Higuchi, T., Imoto, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 22・12

      ページ: 1538-1539

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A new regulatory interactions suggested by simulations for circadian genetic control mechanism in mammals2006

    • 著者名/発表者名
      Matsuno, H., Inouye, S.-T., Okitsu, Y., Fujii, Y., Miyano, S.
    • 雑誌名

      J.Bioinformatics and Computational Biology 4・1

      ページ: 139-154

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A combined pathway to simulate CDK-dependent phosphorylation and ARF-dependent stabilization for p53 transcriptional activity2006

    • 著者名/発表者名
      Doi, A., Nagasaki, M., Ueno, K., Matsuno, H., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 17・1

      ページ: 112-123

    • NAID

      120003184319

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Cell fate simulation model of gustatory neurons with microRNAs double-negative feedback loops by hybrid functional Petri net with extension2006

    • 著者名/発表者名
      Saito, A., Nagasaki, M., Doi, A., Ueno, K., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 17・1

      ページ: 100-111

    • NAID

      130003812110

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Structural modeling and analysis of signaling pathways based on petri nets2006

    • 著者名/発表者名
      Li, C., Suzuki, S., Ge, Q.-W., Nakata, M., Matsuno, H., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 17・2

      ページ: 1119-1140

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Simulation based validation of the p53 transcriptional activity with hybrid unctional Petri net2006

    • 著者名/発表者名
      Doi, A., Nagasaki, M., Matsuno, H., Miyano, S.
    • 雑誌名

      In Silico Biology 6(In press)(印刷中)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Automatic drawing of biological networks using cross cost and subcomponent data2005

    • 著者名/発表者名
      Kato, M., Nagasaki, M., Doi, A., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 16(2)

      ページ: 22-31

    • NAID

      130003997409

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Estimating gene regulatory networks and protein-protein interactions of Saccharomyces cerevisiae from multiple genome-wide data2005

    • 著者名/発表者名
      Nariai, N., Tamada, Y., Imoto, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Superiority of network motifs over optimal networks and an application to the revelation of gene network evolution2005

    • 著者名/発表者名
      Ott, S., Hansen, A., Kim, S. -Y., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21(2)

      ページ: 227-238

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Utilizing evolutionary information and gene expression data for estimating gene networks with Bayesian network models2005

    • 著者名/発表者名
      Tamada, Y., Bannai, H., Imoto, S., Katayama, T., Kanehisa, M., Miyano, S.
    • 雑誌名

      J. Bioinformatics and Computational Biology 3(6)

      ページ: 1295-1313

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Superiority of network motifs over optimal networks and an application to the revelation of gene network evolution2005

    • 著者名/発表者名
      Ott, S., Hansen, A., Kim, S.-Y., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21・2

      ページ: 227-238

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Estimating gene regulatory networks and protein-protein interactions of Saccharomyces cerevisiae from multiple genom-wide data2005

    • 著者名/発表者名
      Nariai, N., Tamada, Y., Imoto, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21・Suppl2

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Utilizing evolutionary information and gene expression data for estimating gene networks with Bayesian network models2005

    • 著者名/発表者名
      Tamada, Y., Bannai, H., Imoto, S., Katayama, T., Kanehisa, M., Miyano, S.
    • 雑誌名

      J.Bioinformatics and Computational Biology 3・6

      ページ: 1295-1313

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Estimating gene networks from expression data and binding location data via Boolean networks2005

    • 著者名/発表者名
      Hirose, O., Nariai, N., Tamada, Y., Bannai, H., Imoto, S., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science. 3482

      ページ: 349-356

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Automatic drawings of biological networks using cross cost and subcomponent data.2005

    • 著者名/発表者名
      Kato, M., Nagasaki, M., Doi, A., Miyano, S.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 16・2

      ページ: 22-31

    • NAID

      130003997409

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [学会発表] Gene Networks Viewed through Two Models2009

    • 著者名/発表者名
      Satoru Miyano
    • 学会等名
      The First International Conference on Bioinformatics and Computational Biology
    • 発表場所
      New Orleans, USA
    • 年月日
      2009-04-10
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Computational Platform for Systems Biology2008

    • 著者名/発表者名
      Miyano, S.
    • 学会等名
      BIOINFO 2008
    • 発表場所
      Chungbuk National Univ ersity, Korea
    • 年月日
      2008-11-13
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Cell System Markup Language and Cell Illustrator for Systems Biology Computational Platform2008

    • 著者名/発表者名
      Miyano, S.
    • 学会等名
      Formal Methods in Systems Biology Workshop
    • 発表場所
      Microsoft Research Cam bridge, UK
    • 年月日
      2008-06-04
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Cell Illustrator 3.5 and Cell System Ontology 3.02007

    • 著者名/発表者名
      Nagasaki, M.
    • 学会等名
      The 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      日本科学未来館
    • 年月日
      2007-12-17
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] Foundations of Systems Biology2009

    • 著者名/発表者名
      Nagasaki, M., Saito, A., Doi, A., Matsuno, H., Miyano, S.
    • 総ページ数
      156
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] Foundations of Systems Biology : Using Cell Illustrator and Pathway Databases2009

    • 著者名/発表者名
      Nagasaki, M., Saito, A., Doi, A., Matsuno, H., Miyano, S.
    • 総ページ数
      156
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考] Cell System Markup Language (CSML)

    • URL

      http://www.csml.org/

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] Petri Net Pathways

    • URL

      http://genome.ib.sci.yamaguchi-u.ac.jp/~pnp/

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] Pathway Database for Cell Illustrator

    • URL

      http://genome.ib.sci.yamaguchi-u.ac.jp/~gon/index.html

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] Cell System Markup Language

    • URL

      http://www.csml.org/

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考] Petri Net Pathways

    • URL

      http://genome.ib.sci.yamaguchi-u.ae.jp/~pnp/

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.csml.org/

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.csml.org/

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2018-03-28  

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