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メタボローム解析のための計測技術開発とそれを用いた代謝経路推定

研究課題

研究課題/領域番号 17017035
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

冨田 勝  慶應義塾大学, 環境情報学部, 教授 (60227626)

研究分担者 西岡 孝明  京都大学, 大学院農学研究科, 教授 (80026559)
曽我 朋義  慶應義塾大学, 環境情報学部, 助教授 (60338217)
金井 昭夫  慶應義塾大学, 環境情報学部, 助教授 (60260329)
研究期間 (年度) 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
5,000千円 (直接経費: 5,000千円)
2005年度: 5,000千円 (直接経費: 5,000千円)
キーワードメタボローム / キャピラリー電気泳動-質量分析計 / 大腸菌 / 精密質量 / MS / MSスペクトル / ニューラルネットワーク / KEGG
研究概要

CE-MSにより,枯草菌中から1,692の代謝物質の検出に成功したが、成分名を同定した物質は10%にすぎなかった。原因は代謝標準物質が入手できないからである。
本年度は、大腸菌から検出された未知物質の同定法を開発した。まず1)CE-TOFMSで得られた精密質量(ミリマス)から組成式候補を決定する方法を開発した。2)次に開発したCE-Q-TOFMSで得られたMS/MSスペクトルから構造式を推定する方法も検討した。すでに500以上の標準物質についてのMS/MSスペクトルを採取しており、MSで各物質が断片化されるメカニズムや法則性の解明に着手した。これによって,MS/MSスペクトルに出現したピークの化学組成式を10ppmの誤差でほぼ一義的に決定することが可能になった.これらの測定に基づいて,約68MS/MSスペクトルについて開裂機構(スキーム)を作成し,化学構造式と開裂機構に関する経験則を導いた.また,ESI/MSデータベース作成の一環として,MS/MSピーク値をExel形式に変換し,ピークの差分で簡易検索するためのツールを作成した.これは,例えば,アンモニアが中性分子として脱離する化学構造式を網羅的に検索することができ,化学構造とスペクトルとの関係を調べるのには極めて有用である,と期待される.さらに3)CE-MSで実測された物質の検出時間データを用い、人工知能技術(ニューラルネットワーク)を用いてCE-MSの検出時間を予想する方法を学習させ、KEGGにある10,500化合物のCE-MSの検出時間を予想した。今後、上記の三種類の方法で得られた組成式、構造式、検出時間情報に基づき、KEGGデータベースにある化合物から未知物質を特定し、それを代謝経路にマzツプし、代謝経路を推定する予定である。

報告書

(1件)
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2005

すべて 雑誌論文 (5件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Large-Scale Prediction of Cationic Metabolites Identity and Migration Time in Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry using Artificial Neural Networks2005

    • 著者名/発表者名
      Sugimoto, Masahiro
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry 77・(1)

      ページ: 78-84

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Metabolome Analysis and Metabolic Simulation2005

    • 著者名/発表者名
      Ishii, Nobuyoshi
    • 雑誌名

      Metabolomics 1

      ページ: 29-37

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] All systems go : launching cell simulation fueled by integrated experimental biology data2005

    • 著者名/発表者名
      Arita, Masanori
    • 雑誌名

      Current Opinion in Biotechnology 16・(3)

      ページ: 344-349

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] KEGG-based pathway visualization tool for complex omics data2005

    • 著者名/発表者名
      Arakawa, Kazuharu
    • 雑誌名

      In Silico Biology 5・(4)

      ページ: 419-423

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Space in systems biology of signaling pathways-towards intracellular molecular crowding in silico2005

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, Kouichi
    • 雑誌名

      FEBS Letter 579・(8)

      ページ: 1783-1788

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] Metabolomics2005

    • 著者名/発表者名
      Tomita, M., Nishioka T., Eds.
    • 総ページ数
      256
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2018-03-28  

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