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大規模ゲノム情報の比較技術と知識発見

研究課題

研究課題/領域番号 17018021
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関京都大学

研究代表者

矢田 哲士  京都大学, 大学院・情報学研究科, 准教授 (10322728)

研究分担者 野口 秀樹 (野口 英樹)  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 研究拠点形成特任研究員 (50333349)
研究期間 (年度) 2005 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
69,600千円 (直接経費: 69,600千円)
2009年度: 13,500千円 (直接経費: 13,500千円)
2008年度: 13,500千円 (直接経費: 13,500千円)
2007年度: 13,800千円 (直接経費: 13,800千円)
2006年度: 13,800千円 (直接経費: 13,800千円)
2005年度: 15,000千円 (直接経費: 15,000千円)
キーワードバイオインフォマティックス / ゲノム情報処理 / ゲノム生物学 / バイオインフォマティクス / 配列解析 / プロモーター / miRNA / バイオィンフォマティクス / アラインメント / プロファイル / 遺伝子発見 / アノテーション
研究概要

DNAやRNAやアミノ酸の配列を比較することで、分子生物学には数多くの発見がもたらされてきた。一方で、これらの配列を決定する技術は、加速度的に進展し、大量の配列データが蓄積されるようになった。その量は、これまでの配列比較技術が適用できる上限を超えている。ここでは、この大量に蓄積された長大な配列データを精度良く比較する技術を確立するとともに、その技術を活用した生物学的な新しい知識の発見を試みた。その成果のひとつとして、マイクロRNAの機能が転写のレベルで制御されていることを見いだした。

報告書

(6件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2010 2009 2008 2007 2006 2005 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (7件) 図書 (4件)

  • [雑誌論文] Positional effects of polymorphisms in probe-target sequences on genoplot images of oligonucleotide microarrays2010

    • 著者名/発表者名
      T.L. Cui, H. Nakaoka, K. Akiyama, H. Kamura, K. Hosomichi, J. Bae, H. Cheong, H. Shin, T. Yada, I. Inoue
    • 雑誌名

      Genet. Mol. Res. 23

      ページ: 524-31

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Probabilistic Graphical Modeling for Large-scale Combinatorial Regulation of Transcription Factors2008

    • 著者名/発表者名
      S.J. Park, N. Ichinose, T. Yada
    • 雑誌名

      In the Proc. of Workshop on Knowledge, Language, and Learning in Bioinformatics (KLLBI-08)

      ページ: 72-86

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Reconstruction of transcription-translation dynamics with a model of gene networks2008

    • 著者名/発表者名
      N. Ichinose, T. Yada, O. Gotoh, K. Aihara
    • 雑誌名

      J. Theor. Biol. 255

      ページ: 378-86

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Probabilistic Graphical Modeling for Large-scale Combinatorial Regulation of Transcription Factors2008

    • 著者名/発表者名
      S. J. Park, N. Ichinose and T. Yada
    • 雑誌名

      Proc. of the workshop on Knowledge, Language, and Learning in Bioinformatics (KLLBI)

      ページ: 72-86

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reconstruction of transcription-translation dynamics with a model of gene networks2008

    • 著者名/発表者名
      N. Ichinose, T. Yada, O. Gotoh and K. Aihara
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology 255(4)

      ページ: 378-386

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 遺伝子発見2008

    • 著者名/発表者名
      矢田 哲士
    • 雑誌名

      実験医学増刊 26

      ページ: 1050-1055

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] ゲノム比較時代の配列比較技術2007

    • 著者名/発表者名
      矢田 哲士, 後藤 修
    • 雑誌名

      細胞工学別冊

      ページ: 21-27

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] A motif-based framework for constructing promoter models2006

    • 著者名/発表者名
      Yada, T
    • 雑誌名

      In proc.of EABS & BSJ 2006

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Chapter 3 : Multiple Sequence Alignment2006

    • 著者名/発表者名
      Gotoh, O., Yamada, S., Yada, T.
    • 雑誌名

      Handbook of Computational Molecular Biology, (Srinivas Aluru (ed.))(Chapman & Hall/CRC)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Inferring Probabilistic Conditional Independency from Large-scale Combinatorial Regulation of Transcription Factors

    • 著者名/発表者名
      S.J. Park, N. Ichinose, T. Yada
    • 雑誌名

      J. Software (in press)

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] A novel method for miRNA target prediction: miRNAs and their targets are frequently coregulated by common transcription factors2009

    • 著者名/発表者名
      Yada, T.
    • 学会等名
      The 4th Global COR International Symposium 2009 joint with the 19th Hot Spring Harbor Symposium
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] A novel method for miRNA target prediction : miRNAs and their targets are frequently coregulated by common transcription factors2009

    • 著者名/発表者名
      Yada, T.
    • 学会等名
      The 4th Global COE International Symposium 2009 joint with the 19th Hot Spring Harbor Symposium
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] A Novel Point of View on MicroRNA Target Prediction2008

    • 著者名/発表者名
      Yada, T., Fujiwara, T., Terai, G., Gotoh, O.
    • 学会等名
      Proc. of the 2008 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      Osaka
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Comprehensive Modeling for the Combinatorial Regulation of Transcription Factors2008

    • 著者名/発表者名
      S.J. Park, N. Ichinose, T. Yada.
    • 学会等名
      Proc. of the 2008 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      Osaka
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] A Novel Point of View on MicroRNA Target Prediction2008

    • 著者名/発表者名
      T. Yada, T. Fujiwara, G. Terai, and O. Gotoh
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Fast Motif Extraction Tool from a Large Number of DNA Sequences2007

    • 著者名/発表者名
      N. Ichinose, T. Yada, O. Gotoh
    • 学会等名
      Proc. of the 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      Tokyo
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] A motif-based framework for constructing promoter models2006

    • 著者名/発表者名
      Yada, T.
    • 学会等名
      The Fifth East Asian Biophysics Symposium & Forty-Fourth Annual Meeting ofthe Biophysical Society of Japan
    • 発表場所
      Okinawa
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] (森下真一、阿久津達也編集, 遺伝子発見, 生命研究への応用と開発が進むバイオデータベースとソフトウェア最前線,実験医学増刊, 26(7))2008

    • 著者名/発表者名
      矢田哲士
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] 財棒工学増刊(藤山秋佐夫監修, ゲノム比較時代の配列比較技術, 比較ゲノム学から読み解く生命システム)2007

    • 著者名/発表者名
      矢田哲士, 後藤修
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] Computer and Information Science Series(Aluru, S. ed., Multiple Sequence Alignment, Handbook of Computational Molecular Biology)2006

    • 著者名/発表者名
      O. Gotoh, S. Yamada, T. Yada
    • 出版者
      Chapman & Hall/CRC
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] 蛋白質核酸酵素増刊(小原・菅野・小笠原・高木・藤山・辻編集, ヒトゲノムのアノテーションデータベース, ゲノムから生命システムへ 50(16))2005

    • 著者名/発表者名
      矢田哲士
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2018-03-28  

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