比較ゲノム解析による進化・多様性のゲノム基盤の解明支援

• 研究課題/領域番号: 17018030
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 国立情報学研究所
• 研究代表者: 藤山 秋佐夫 国立情報学研究所, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (60142311)
• 研究分担者: 堀 寛 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (60116663) ; 岸野 洋久 (岸野 矩行) 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (00141987) ; 遠藤 秀紀 京都大学, 霊長類研究所, 教授 (30249908) ; 石田 貴文 東京大学, 大学院・理学系研究科, 准教授 (20184533) ; 黒木 陽子 理化学研究所, 基幹研究所, 研究員 (10344037) ; 豊田 敦 国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 特任准教授 (10267495) ; 久原 哲 九州大学, 大学院・農学研究科, 教授 (00153320) ; 笠原 雅弘 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 講師 (60376605) ; 鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 713,700千円 (直接経費: 713,700千円); 2009年度: 149,700千円 (直接経費: 149,700千円); 2008年度: 142,000千円 (直接経費: 142,000千円); 2007年度: 141,300千円 (直接経費: 141,300千円); 2006年度: 141,800千円 (直接経費: 141,800千円); 2005年度: 138,900千円 (直接経費: 138,900千円)
• キーワード: ゲノム / 比較ゲノム / ゲノム情報 / 染色体 / マイクロアレイ / ゲノム科学 / 遺伝子 / 遺伝学 / 次世代シークエンシング / ライブラリ / 配列決定 / バイオテクノロジー / ハイスループット解析 / ゲノムライブラリ

研究概要

本班は、特定領域研究「比較ゲノム解析による進化・多様性のゲノム基盤」で行う研究活動のうち、共通性が高く高度な経験を必要とするリソース整備、クローンスクリーニング、情報統計処理等を支援するために設置された支援班である。支援の成果として、ナメクジウオなどの重要種のゲノム解読の成功、新型シーケンサによる環境メタゲノム研究などがあげられる。本支援班の活動は、ゲノム科学の新たな展開を進めるための基盤形成と特定領域研究全体の進展に大きな寄与を果たした。

研究成果

• [雑誌論文] The identification and functional implications of human-specific (2009)
  • 著者名/発表者名: Goto H, Watanabe K, Araragi N, Kageyama R, Tanaka K, Kuroki Y, Toyoda A, Hattori M, Sakaki Y, Fujiyama A, Fukumaki Y, Shibata H.
  • 雑誌名: BMC Evol Biol. 9 ページ: 224-224
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-resolution analysis of the 5'-end transcriptome using a next generation DNA sequencer (2009)
  • 著者名/発表者名: S. Hashimoto, et.al., including Y. Suzuki
  • 雑誌名: PLoS ONE 4
  • 査読あり
• [雑誌論文] The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori (2008)
  • 著者名/発表者名: he International Silkworm Genome Consortium
  • 雑誌名: Insect Biochemistry and Molecular Biology 38 ページ: 1036-1045
  • 査読あり
• [雑誌論文] The genome of the moss Physcomitrella patens reveals evolutionary insights into the conquest of land by plants (2008)
  • 著者名/発表者名: Stefan A. Rensing, Daniel Lang, Andreas D. Zimmer, Astrid Terry, Asaf Salamov, Harris Shapiro, Tomoaki Nishiyama, Pierre-Francois Perroud, Erika Lindquist, Yasuko Kamisugi, Takako Tanahashi,, Keiko Sakakibara, Tomomichi Fujita, Kazuko Oishi, Tadasu Shin-I, Yoko Kuroki, Atsushi Toyoda, Yutaka Suzuki, Shin-ichi Hashimoto, Kazuo Yamaguchi,, Sumio Sugano, Yuji Kohara,, Asao Fujiyama, et al.:
  • 雑誌名: Science 319 ページ: 64-69
  • 査読あり
• [雑誌論文] The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype (2008)
  • 著者名/発表者名: Putnam NH, Butts T, Ferrier DE, Furlong RF, Hellsten U, Kawashima T, Robinson-Rechavi M, Shoguchi E, Terry A, Yu JK, Benito-Gutierrez EL, Dubchak I, Garcia-Fernandez J, Gibson-Brown JJ, Grigoriev IV, Horton AC, de Jong PJ, Jurka J, Kapitonov VV, Kohara Y, Kuroki Y, Lindquist E, Lucas S, Osoegawa K, Pennacchio LA, Salamov AA, Satou Y, Sauka-Spengler T, Schmutz J, Shin-I T, Toyoda A, Bronner-Fraser M, Fujiyama A, Holland LZ, Holland PW, Satoh N, Rokhsar DS
  • 雑誌名: Nature 453 ページ: 1064-1071
  • 査読あり
• [雑誌論文] The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype (2008)
  • 著者名/発表者名: Putnam NH, et.al, including Y. Kuroki and A. Fujiyama
  • 雑誌名: Nature 453 ページ: 1064-1071
  • 査読あり
• [雑誌論文] Large-scale microfabricated channel plates for high-throughput, fully automated DNA sequencing (2008)
  • 著者名/発表者名: Kumagai H, et.al., including A. Toyoda
  • 雑誌名: Electrophoresi 23 ページ: 4723-4732
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome of an endosymbiont coupling N2 fixation to cellulolysis within protist cells in termite gut (2008)
  • 著者名/発表者名: Hongoh Y, et.al., including A. Toyoda
  • 雑誌名: Science 322 ページ: 1108-1109
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome of the uncultured Termite Group 1 bacteria in a single host protist cell (2008)
  • 著者名/発表者名: Hongoh Y, et.al., including A. Toyoda
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A 105 ページ: 5555-5560
  • 査読あり
• [雑誌論文] The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori (2008)
  • 著者名/発表者名: The International Silkworm Genome Consortium including A. Fujiyama and Y. Suzuki
  • 雑誌名: Insect Biochemistry and Molecular Biology 38 ページ: 1036-1045
  • 査読あり
• [雑誌論文] BAC library construction and BAC end sequencing of five Drosophila species : the comparative map with the D. melanogaster genome (2008)
  • 著者名/発表者名: K. Murakami, et.al., including A. Fujiyama, A. Toyoda and Y. Kuroki
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 83 ページ: 245-256
  • NAID: 10024396228
  • 査読あり
• [雑誌論文] Opalin, a transmembrane sialylglycoprotein located in the CNS myelin paranodal loop membrane (2008)
  • 著者名/発表者名: F. yoshikawa, et.al., including Y. Suzuki
  • 雑誌名: J Biol Chem 283 ページ: 20830-20840
  • 査読あり
• [雑誌論文] Massive transcriptional start site analysis of human genes in hypoxia cells (2008)
  • 著者名/発表者名: K. Tsuchihara, et.al., including Y. Suzuki
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res Feb 22
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcriptome analysis and identification of regulators for long-term plasticity in Aplysia kurodai (2008)
  • 著者名/発表者名: YS. Lee, et.al., including Y. Suzuki
  • 雑誌名: Proc Natl Aced Sci USA 105 ページ: 18602-18607
  • 査読あり
• [雑誌論文] Low conservation and species-specific evolution of alternative splicing in humans and mice : comparative genomics analysis using well-annotated full-length cDNAs (2008)
  • 著者名/発表者名: J. Takeda, et.al., including Y. Suzuki
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 36 ページ: 6386-6395
  • 査読あり
• [雑誌論文] Expressed sequence tags from cynomolgus monkey (Macaca fascicularis) liver : A systematic identification of drug-metabolizing enzymes (2008)
  • 著者名/発表者名: Y. Uno, et.al., including Y. Suzuki
  • 雑誌名: FEBS Lett. 582 ページ: 351-358
  • 査読あり
• [雑誌論文] Large-scale analysis of Macaca fascicularis transcripts and inference of genetic divergence between M. fascicularis and M. mulatta (2008)
  • 著者名/発表者名: N. Osada, et.al., including Y. Suzuki
  • 雑誌名: BMC Genomics 9 ページ: 90-90
  • 査読あり
• [雑誌論文] The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution (2007)
  • 著者名/発表者名: Kasahara M, et. al. including Fujiyama, To yoda and Kuroki
  • 雑誌名: Nature 447 ページ: 714-719
  • 査読あり
• [雑誌論文] Duplicate Abd-B class genes in medaka hoxAa and hoxAb clusters exhibit differential expression patterns in pectoral fin buds" (2007)
  • 著者名/発表者名: Takamatsu N, Kurosawa G, Tanaka M, Takahashi M, Inokuma R, Kanamori A, Hori H
  • 雑誌名: Develop. Genes Evol. 217 ページ: 263-273
  • 査読あり
• [雑誌論文] The DNA sequence of medaka chromosome LG22. (2007)
  • 著者名/発表者名: Sasaki T
  • 雑誌名: Genomics 89 ページ: 124-133
• [雑誌論文] Human chromosome 11 DNA sequence and analysis including novel gene identification (2006)
  • 著者名/発表者名: Todd Taylor
  • 雑誌名: Nature 440 ページ: 497-500
• [雑誌論文] Incorporating gene-specific variation when inferring and evaluating optimal evolutionary tree topologies from multilocus sequence data. (2006)
  • 著者名/発表者名: Seo, T.-K.
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci U. S. A. 102 ページ: 4436-4441
• [雑誌論文] Recursive gene selection based on maximum margin criterion : a comparison with SVM-RFE (2006)
  • 著者名/発表者名: 著者 Niijima, S.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 7 ページ: 543-543
• [雑誌論文] The genome size evolution of medaka (Oryzias latipes) and fugu (Takifugu rubripes)
  • 著者名/発表者名: Imai S, Sasaki T, Shimizu A, Asakawa S, Hori H, Shimizu N
  • 雑誌名: Genes Genet. Syst.
  • NAID: 10024394027
• [学会発表] ヒトとチンパンジーの個人ゲノム解読、生物多様性国際会議「霊長類のゲノム多様性研究」 (2010)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 京都大学霊長類研究所主催
  • 発表場所: 犬山国際観光センター、犬山市
• [学会発表] 超高速シーケンシングが拓く個人ゲノム解読の時代 (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本臨床化学会北海道支部総会
  • 発表場所: 札幌市
  • 年月日: 2009-12-19
• [学会発表] 次世代シーケンシングがもたらす比較ゲノム研究の進展 (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫, 豊田敦, 黒木陽子
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会
  • 発表場所: 横浜国際会議場、横浜市
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] 次世代シーケンサによるゲノム解読 (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第54回大会
  • 発表場所: グランドプリンスホテル高輪、東京都
  • 年月日: 2009-09-25
• [学会発表] 超大規模シーケンシングが開く新しい生物学への扉 (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: イルミナGAセミナー
  • 発表場所: 東京フォーラム、東京都
  • 年月日: 2009-07-07
• [学会発表] 超大規模配列決定がもたらす生命研究へのインパクト (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本分子生物物学会春期シンポジウム
  • 発表場所: 宮崎国際会議場、宮崎市
  • 年月日: 2009-05-12
• [学会発表] 超大規模配列決定がもたらす生命研究へのインパクト (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本分子生物物学会春期シンポジウム
  • 発表場所: 宮崎国際会議場(宮崎市)
  • 年月日: 2009-05-12
• [学会発表] 超高速シークエンスシステムを用いたゲノム解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 豊田敦
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2009-03-29
• [学会発表] 次世代シークエンシングシステムとゲノム解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 豊田敦
  • 学会等名: かずさDNA研究所ワークショップ「遺伝的多様性に基づく有用遺伝子座の探索」
  • 発表場所: かずさDNA研究所(木更津)〈千葉〉
  • 年月日: 2009-03-25
• [学会発表] ゲノム解析が明らかにしたシロアリ腸内原生生物細胞内共生細菌の空中窒素固定能 (2009)
  • 著者名/発表者名: 本郷裕一、Vineet K. Sharma、Tulika Prakash、榊佳之、豊田敦、服部正平、大熊盛也
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-05
• [学会発表] 超並列型シーケンサが与えるインパクト (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本分子生物学会年会シンポジウム
  • 発表場所: 神戸国際会議場・神戸市
  • 年月日: 2008-12-11
• [学会発表] Short Readシーケンサーによるゲノム解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 豊田敦
  • 学会等名: 第3回バイオインフォマティクス研究者と医学研究者の交流会
  • 発表場所: 柏(千葉)
  • 年月日: 2008-11-22
• [学会発表] The gene expression networks of Clostridium perfringens strain 13 from gene expression profiles (2008)
  • 著者名/発表者名: Hirakawa H, Ohno M, Furuichi E, Otani K, Shimizu T, Kuhara S.
  • 学会等名: ECCB'08 European Conference on Computational Biology
  • 発表場所: Cagliari, Sardinia, Italy
  • 年月日: 2008-09-25
• [学会発表] Complete genome of the uncultured "Termite Group 1" bacteria in a single host protist cell (2008)
  • 著者名/発表者名: Y. Hongoh, V. K. Sharma, T. Prakash, A. Toyoda, M. Hattori, M. Ohkuma
  • 学会等名: The 12th International Symposium on Microbial Ecology (ISME12)
  • 発表場所: Cairns, Australia
  • 年月日: 2008-08-17
• [学会発表] 次世代シークエンスシステムを用いたゲノム解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 豊田敦
  • 学会等名: 特定領域研究「比較ゲノム」情報系研究会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2008-06-13
• [学会発表] ゲノムが教えてくれる生物のすがた (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本分子生物物学会春期シンポジウム市民講演会
  • 発表場所: 慶應婦ラサホテル札幌・札幌市
  • 年月日: 2008-05-25
• [学会発表] Computer system design for efficient data-driven discovery using next-generation sequencers (2008)
  • 著者名/発表者名: Masahiro Kasahara and Shinichi Morishita
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • 発表場所: 神戸(兵庫)
• [学会発表] Comprehensive analyses of Y chromosomes toward understanding of the male-specific genome functions (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoko Kuroki, Atsushi Toyoda, Shouji Tatsumoto, Yoshiyuki Sakaki and Asao Fujiyama
  • 学会等名: 2008 Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on the Biology of Genomes
  • 発表場所: Cold Spring Harbor, USA
• [学会発表] Effect of hyper-parallel sequencers on comparative genomics (2008)
  • 著者名/発表者名: Asao Fujiyama, Atsushi Toyoda, Yoko Kuroki, Tadasu Shin-I, Yuji Kohara
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • 発表場所: 神戸(兵庫)
• [学会発表] 緑藻クラミドモナスの完全長cDNA配列解析とゲ (2008)
  • 著者名/発表者名: 久保雄昭, 山野隆志, 佐竹知也, 鈴木穣, 菅野純夫, 藤山秋佐夫, 黒木陽子, 小原雄治, 新井理, 伊藤武彦, 福澤秀哉
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • 発表場所: 神戸(兵庫)
• [学会発表] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト : II. 動物の初期進化における遺伝子多様化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 岩部直之, 隈啓一, 加藤和貴, 藤博幸, 廣瀬希, 佐々木剛, 菅裕, 宮田隆, 鈴木穣, 笠原雅弘, 新井理, 大石加寿子, 鹿児島浩, 豊田敦, 黒木陽子, 菅野純夫, 森下真一, 小原雄治, 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • 発表場所: 神戸(兵庫)
• [学会発表] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト : I. ゲノム (2008)
  • 著者名/発表者名: 隈啓一, 岩部直之, 加藤和貴, 藤博幸, 廣瀬希, 菅裕, 宮田隆, 鈴木穣, 笠原雅弘, 新井理, 大石加寿子, 鹿児島浩, 豊田敦, 黒木陽子, 菅野純夫, 森下真一, 小原雄治, 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • 発表場所: 神戸(兵庫)
• [学会発表] オキゴンドウMHC領域のゲノム配列決定と比較ゲノム解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 渡辺舞, 細道一善, 野口英樹, 黒木陽子, 豊田敦, 田中彰, 猪子英俊, 藤山秋佐夫, 椎名隆
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • 発表場所: 神戸(兵庫)
• [学会発表] Comparative analysis of glutamate receptor gene family between human and chimpanzee (2008)
  • 著者名/発表者名: Hiroki Shibata, Hiroki Goto, Kazunori Watanabe, Yoko Kuroki, Atsushi Toyoda, Masahira Hattori, Yoshiyuki Sakaki, Asao Fujiyama, Yasuyuki Fukumaki
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • 発表場所: 神戸(兵庫)
• [学会発表] ヒトとチンパンジーの比較ゲノム研究から見えること (2007)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 27回日本医学会総会
  • 発表場所: 阪国際会議場・大阪市
  • 年月日: 2007-04-06
• [学会発表] (2006)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 学会等名: 日本分子生物学会2006フォーラム
  • 発表場所: 名古屋国際会議場、名古屋市
• [図書] 実験医学(ヒトとチンパンジーの比較からゲノム機能を解明する(特集 ゲノム機能の進化), 27) (2009)
  • 著者名/発表者名: 黒木陽子、藤山秋佐夫
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 医学のための細胞生物学(永田和弘、塩田浩平編, 第21章 ゲノムと遺伝子解析) (2009)
  • 著者名/発表者名: 黒木陽子、藤山秋佐夫(分担執筆)
  • 出版者: 南山堂
• [図書] 研究をささえるモデル生物-実験室いきものガイド(霊長類がわかる) (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫(分担執筆)
  • 出版者: 化学同人
• [図書] 遺伝(DNAシーケンシング、特集「国立遺伝学研究所60年の歩みを映して」, 63) (2009)
  • 著者名/発表者名: 小原雄治、藤山秋佐夫
• [図書] 蛋白質核酸酵素(ゲノム再配列決定をいかに行うか<特集 次世代高速シ^クエンサーの応用と情報解析>, 54) (2009)
  • 著者名/発表者名: 豊田敦、藤山秋佐夫
• [図書] 実験医学(辻省次編, 次世代シークエンサーによるゲノム解読と今後の動向、実験医学増刊「疾患遺伝子の探索と超高速シークエンス-パーソナルゲノム時代の疾患解明と治療戦略, 27) (2009)
  • 著者名/発表者名: 豊田敦、藤山秋佐夫
• [図書] 霊長類がわかる、「研究をささえるモデル生物-実験室いきものガイド」 (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤山秋佐夫
  • 総ページ数: 8
  • 出版者: 化学同人
• [図書] 細胞工学別冊(監修 藤山 秋佐夫, ヒトと霊長類の比較ゲノム:近縁種との比較から見るヒトゲノムの特徴、比較ゲノム学から読み解く生命システム) (2007)
  • 著者名/発表者名: 黒木陽子, 野口英樹, 豊田敦, 藤山秋佐夫
  • 出版者: 秀潤社
• [図書] 実験医学(ヒトへの進化のゲノム基盤、ヒト・霊長類の比較ゲノム解析, 25) (2007)
  • 著者名/発表者名: 渡邉 日出海、藤山 秋佐夫
• [図書] 情報通信ジャーナル(生命の秘密に挑戦するゲノムインフォマティクス～人間とチンパンジーの違いを読み解く, 24) (2006)
  • 著者名/発表者名: 藤山 秋佐夫
• [図書] 実験動物ニュース(霊長類の比較ゲノム学, 55) (2006)
  • 著者名/発表者名: 藤山 秋佐夫
• [図書] 蛋白質核酸酵素(ヒトゲノム配列決定の内容と意義、ヒトとチンパンジーの比較ゲノム, 50) (2005)
  • 著者名/発表者名: 黒木 陽子, 野口 英樹, 豊田 敦, 藤山 秋佐夫
• [図書] 細胞工学(ヒトと霊長類の比較ゲノム:近縁種との比較から見るヒトゲノムの特徴, 24) (2005)
  • 著者名/発表者名: 黒木 陽子, 野口 英樹, 豊田 敦, 藤山 秋佐夫
• [図書] 丸善ライブラリー(バイオ・情報の最前線, 371) (2005)
  • 著者名/発表者名: 藤山 秋佐夫, 根岸 正光, 高野 明彦, 安達 淳
• [図書] 遺伝(ヒトーチンプY染色体の常染色体よりも早い進化male-driven evolutionの可能性, 別冊No20)
  • 著者名/発表者名: 黒木陽子、藤山秋佐夫
  • 出版者: 裳華房
• [備考]
  • URL: http://www.genome-sci.jp/
• [備考]
  • URL: http://www.genome-sci.jp/
• [備考]
  • URL: http://www.genome-sci.jp/