情報解析および成果公開のための支援活動

• 研究課題/領域番号: 17020001
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 高木 利久 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30110836)
• 研究分担者: 森下 真一 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (90292854) ; 久原 哲 (久原 悟) 九州大学, 大学院・農学研究院, 教授 (00153320) ; 松田 秀雄 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50183950) ; 金久 實 京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 481,800千円 (直接経費: 481,800千円); 2009年度: 82,200千円 (直接経費: 82,200千円); 2008年度: 81,600千円 (直接経費: 81,600千円); 2007年度: 105,600千円 (直接経費: 105,600千円); 2006年度: 105,600千円 (直接経費: 105,600千円); 2005年度: 106,800千円 (直接経費: 106,800千円)
• キーワード: 情報解析 / 表現型解析 / データベース / バイオインフォマティクス / ゲノム リシーケンス / 病原微生物解析 / ゲノムアノテーション / 疾患関連遺伝子解析 / ゲノムリシーケンス / 配列解析 / 発現解析 / 植物ゲノム解析

研究概要

本支援班は、情報処理やデータ公開の専門家集団による技術的支援を行う事により、また、データベースの公開や維持の為の人的・資金的支援を行う事により、ゲノム特定4領域の研究の成果を素早く、また、十分に利用価値を高めた形で公開する為に設けられた。毎年前期と後期の2回支援募集を行い、情報解析・成果公開支援委員会で審査を行い、支援を実施した。本支援により開発したデータベースは順次その成果を公開している。

研究成果

• [雑誌論文] A rat monoclonal antibody against the chromatin remodeling factor, CHD5 (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshimura, S.
  • 雑誌名: Hybridoma 29(1) ページ: 63-66
  • 査読あり
• [雑誌論文] Production of a rat monoclonal antibody specific for myf5 (2010)
  • 著者名/発表者名: Harada, A.
  • 雑誌名: Hybridoma 29(1) ページ: 59-62
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generation of a rat monoclonal antibody specific for CHD2 (2010)
  • 著者名/発表者名: Harada, A.
  • 雑誌名: Hybridoma (印刷中(掲載確定))
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generation of a rat monoclonal antibody specific for CHD1 (2010)
  • 著者名/発表者名: Harada, A.
  • 雑誌名: Hybridoma (印刷中(掲載確定))
  • 査読あり
• [雑誌論文] MachiBase: a Drosophila melanogaster 5'-end mRNA transcription database (2009)
  • 著者名/発表者名: Ahsan, B., Saito, T.L., Hashimoto, S.I., Muramatsu, K., Tsuda, M., Sasaki, A., Matsushima, K., Aigaki, T., Morishita, S.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 37
• [雑誌論文] Heterogeneity of Arabidopsis core promoters revealed by high density TSS analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, YY., Yoshitsugu, T., Sakurai, T., Seki, M., Shinozaki, K., Obokata, J.
  • 雑誌名: Plant J. 60 ページ: 350-362
• [雑誌論文] Olfactory neural circuitry for attraction to amino acids revealed by transposon-mediated gene trap approach in zebrafish, Proc. (2009)
  • 著者名/発表者名: Koide, T., Miyasaka, N., Morimoto, K., Asakawa, K., Urasaki, A., Kawakami, K., Yoshihara, Y.
  • 雑誌名: Natl. Acad. Sci. 106 ページ: 9884-9889
• [雑誌論文] Afferent neurons of the zebrafish lateral line are strict selectors of hair-cell orientation (2009)
  • 著者名/発表者名: Faucherre, A., Pujol-Marti, J., Kawakami, K., Lopez-Schier, H.
  • 雑誌名: PLoS ONE 4
• [雑誌論文] SNP HiTLink: a high-throughput linkage analysis system employing dense SNP data (2009)
  • 著者名/発表者名: Fukuda, Y., Nakahara, Y., Date, H., Takahashi, Goto, J., Miyashita, A., Kuwano, R., Adachi, H., Nakamura, E., Tsuji, S.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 10 ページ: 121-121
• [雑誌論文] Gclust: trans-kingdom classification of proteins using automatic individual threshold setting (2009)
  • 著者名/発表者名: Sato, N.
  • 雑誌名: Bioinformatics 25 ページ: 599-605
• [雑誌論文] Efficient frequency-based de novo short read clustering for error trimming in next-generation sequencing (2009)
  • 著者名/発表者名: Qu, W., Hashimoto, S., Morishita, S.
  • 雑誌名: Genome Research 19(7) ページ: 1309-1315
• [雑誌論文] Chromatin-Associated Periodicity in Genetic Variation Downstream of Transcriptional Start Sites (2009)
  • 著者名/発表者名: Sasaki, S., Mello, C., Shimada, A., Nakatani, Y., Hashimoto, S., Ogawa, M., Matsushima, K., Gu, S.G., Kasahara, M., Ahsan, B., Sasaki, A., Saito, T., Suzuki, Y., Sugano, S., Kohara, Y., Takeda, H., Fire, A., Morishita, S.
  • 雑誌名: Science 323(5912) ページ: 401-404
• [雑誌論文] MachiBase: a Drosophila melanogaster 5'-end mRNA transcription database (2009)
  • 著者名/発表者名: Ahsan, B., Saito, T., Hashimoto, S., Muramatsu, K., Tsuda, M., Sasaki, A., Matsushima, K., Aigaki, T., Morishita, S.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 37
• [雑誌論文] High-resolution analysis of the 5'-end transcriptome using a next generation DNA sequencer (2009)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, S., Qu, W., Ahsan, B., Ogoshi, K., Sasaki, A., Nakatani, Y., Lee, Y., Ogawa, M., Ametani, A., Suzuki, Y., Sugano, S., Lee, C.C., Nutter, R.C., Morishita, S., Matsushima, K.
  • 雑誌名: PLoS One 4(1)
• [雑誌論文] Robust and accurate recognition of veins in fruit fly wings (2009)
  • 著者名/発表者名: Hatsuda, H.
  • 雑誌名: Proceedings of the 6th International Symposium on Image and Signal Processing and Analysis ページ: 146-151
  • 査読あり
• [雑誌論文] Efficient frequency-based denovo short read clustering for error trimming in next-generation sequencing (2009)
  • 著者名/発表者名: Qu, W.
  • 雑誌名: Genome Research 19(7) ページ: 1309-1315
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generation of a rat monoclonal antibody specific for Pax7 (2009)
  • 著者名/発表者名: Harada, A.
  • 雑誌名: Hybridoma 28(6) ページ: 451-453
  • 査読あり
• [雑誌論文] Does ossification of the posterior longitudinal ligament affect the neurological outcome following traumatic cervical cord injury? (2009)
  • 著者名/発表者名: Okada, S.
  • 雑誌名: Spine 34(11) ページ: 1148-1152
  • 査読あり
• [雑誌論文] Production of a rat monoclonal antibody against BRG1 (2009)
  • 著者名/発表者名: Ohkawa, Y.
  • 雑誌名: Hybridoma 28(6) ページ: 463-466
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generation of a rat monoclonal antibody specific for brm (2009)
  • 著者名/発表者名: Okada, S.
  • 雑誌名: Hybridoma 28(6) ページ: 455-458
  • 査読あり
• [雑誌論文] Olfactory neural circuitry for attraction to amino acids revealed by transposon-mediated gene trap approach in zebrafish (2009)
  • 著者名/発表者名: Koide, T.
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci. 106 ページ: 9884-9889
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transgenesis in zebrafish with the tol2 transposon system (2009)
  • 著者名/発表者名: Suster, ML.
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology 561 ページ: 41-63
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcriptional regulation of a myeloid-lineage specific gene lysozyme C during zebrafish myelopoiesis (2009)
  • 著者名/発表者名: Kitaguchi, T.
  • 雑誌名: Mechanisms of Development 126 ページ: 314-323
  • 査読あり
• [雑誌論文] Benomyl induction of brain aromatase and toxic effects in the zebrafish embryo (2009)
  • 著者名/発表者名: Kim, D.J.
  • 雑誌名: Journal of Applied Toxicology 29(4) ページ: 289-294
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of genes and genome by the Tol2-mediated gene and enhancer trap methods (2009)
  • 著者名/発表者名: Urasaki, A.
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology 546 ページ: 85-102
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transient and stable transgenesis using Tol2 transposon vectors (2009)
  • 著者名/発表者名: Kikuta, H.
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology 546 ページ: 69-84
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mechanism of development of ionocytes rich in vacuolar-type H(+)-ATPase in the skin of zebrafish larvae (2009)
  • 著者名/発表者名: Esaki, M.
  • 雑誌名: Developmental Biology 329 ページ: 116-129
  • 査読あり
• [雑誌論文] Heterogeneity of Arabidopsis core promoters revealed by high density TSS analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, YY.
  • 雑誌名: Plant J. 60(2) ページ: 350-362
  • 査読あり
• [雑誌論文] Chromatin-associated periodicity in genetic variation downstream of transcriptional start sites (2009)
  • 著者名/発表者名: Sasaki, S.
  • 雑誌名: Science 323(5912) ページ: 401-404
  • 査読あり
• [雑誌論文] MachiBase : A drosophila melanogaster 5'-end mRNA transcription database (2009)
  • 著者名/発表者名: Ahsan, B.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 37 (Data base issue) ページ: 49-53
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-resolution analysis of the 5'-end transcriptome using a next generation DNA sequencer (2009)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, S.
  • 雑誌名: PLoS One 4(1) Epub ページ: 4108-4108
  • 査読あり
• [雑誌論文] Recapitulation of zebrafish sncga expression pattern anc labeling the habenular complex in transgenic zebrafish using green fluorescent protein reporter gene (2009)
  • 著者名/発表者名: Chen, YC.
  • 雑誌名: Developmental Dynamics 238 ページ: 746-754
  • 査読あり
• [雑誌論文] Afferent neurons of the zebrafish lateral line are strict selectors of hair-cell orientation (2009)
  • 著者名/発表者名: Faucherre, A.
  • 雑誌名: PLoS ONE 4
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel conserved evxl enhancer links spinal interneuron morphology and cis-regulation from fish to mammals (2009)
  • 著者名/発表者名: Suster, ML.
  • 雑誌名: Developmental Biology 325 ページ: 422-433
  • 査読あり
• [雑誌論文] Expression of H-RASV12 in a zebrafish model of Costellosyndrome causes cellular senescence in adult proliferating cells (2009)
  • 著者名/発表者名: Santoriello, C.
  • 雑誌名: Disease models & Mechanisms 2 ページ: 56-57
  • 査読あり
• [雑誌論文] SNP HiTLink : a high-throughput linkage analysis system employing dense SNP data (2009)
  • 著者名/発表者名: Fukuda, Y.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics (印刷中)(掲載確定)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association of HTRA1 mutations and familial ischemic cerebral small-vessel disease (2009)
  • 著者名/発表者名: Hara, K.
  • 雑誌名: IN. Engl. J. Med. 360 ページ: 1729-1739
  • 査読あり
• [雑誌論文] ppdb, a plant promoter database (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, YY., Obokata, J.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36
• [雑誌論文] DBTSS: database of transcription start sites, progress report 2008 (2008)
  • 著者名/発表者名: Wakaguri, H., Yamashita, R., Suzuki, Y., Sugano, S., Nakai, K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 36
• [雑誌論文] Variant between CPT1B and CHKB associated with susceptibility to narcolepsy (2008)
  • 著者名/発表者名: Miyagawa, T., Kawashima, M., Nishida, N., Ohashi, J., Kimura, R., Fujimoto, A., Shimada, M., Morishita, S., Shigeta, T., Lin, L., Hong, S-C., Faraco, J., Shin, Y-K., Jeong, J-H, Okazaki, Y., Tsuji, S., Honda, M., Honda, Y., Mignot, E., Tokunaga, K.
  • 雑誌名: Nature Genetics 40(11) ページ: 1324-1328
• [雑誌論文] UTGB/medaka: genomic resource database for medaka biology (2008)
  • 著者名/発表者名: Ahsan, B., Kobayashi, D., Yamada, T., Kasahara, M., Sasaki, S., Saito, TL., Nagayasu, Y., Doi, K., Nakatani, Y., Qu, W., Jindo, T., Shimada, A., Naruse, K., Toyoda, A., Kuroki, Y., Fujiyama, A., Sasaki, T., Shimizu, A., Asakawa, S., Shimizu, N., Hashimoto, S., Yang, J, Lee, Y., Matsushima, K., Sugano, S., Sakaizumi, M., Narita, T., Ohishi, K., Haga, S., Ohta, F., Nomoto, H., Nogata, K., Morishita, T., Endo, T., Shin-I, T., Takeda, H., Kohara, Y., Morishita S.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36
• [雑誌論文] The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori (2008)
  • 著者名/発表者名: Kasahara, M.
  • 雑誌名: Insect Biochemistry and Molecular Biology 38(12) ページ: 1036-1045
  • 査読あり
• [雑誌論文] Variant between CPT1B and CHKB associated with susceptibility to narcolepsy (2008)
  • 著者名/発表者名: Miyagawa, T.
  • 雑誌名: Nature Genetics 40(11) ページ: 1324-1328
  • 査読あり
• [雑誌論文] EffiCient transposition of the To12 transposable element from a single-copy donor in zebrafish (2008)
  • 著者名/発表者名: Urasaki, A.
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105 ページ: 19827-19832
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transposition of the vertebrate To12 transposable element in Drosophila melanogaster (2008)
  • 著者名/発表者名: Urasaki, A
  • 雑誌名: Gene 425 ページ: 64-68
  • 査読あり
• [雑誌論文] G2R Cre reporter transgenic zebrafish (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa, S.
  • 雑誌名: Developmental Dynamics 237 ページ: 2460-2465
  • 査読あり
• [雑誌論文] Targeted gene expression by the Ga14-UAS system in zebrafish (2008)
  • 著者名/発表者名: Asakawa, K.
  • 雑誌名: Development, Growth & Differentiation 50 ページ: 391-399
  • 査読あり
• [雑誌論文] UTGB/medaka: genomic resource database for medaka biology (2008)
  • 著者名/発表者名: Ahsan, B. (Morishita, S.)
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 36 (Data base issue) ページ: 747-752
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of finegoldia magna, an anaerobic opportunistic pathogen (2008)
  • 著者名/発表者名: Goto, T. (Kuhara, S.)
  • 雑誌名: DNA Research 15 ページ: 39-47
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide analysis of chlamydophila pneumonia gene expression at the late stage of infection (2008)
  • 著者名/発表者名: Miura, K. (Kuhara, S.)
  • 雑誌名: DNA Research 15 ページ: 83-91
  • 査読あり
• [雑誌論文] Global regulation by horizontally transferred regulators establishes the pathogenicity of escherichia coli (2008)
  • 著者名/発表者名: Abe, H. (Kuhara, S.)
  • 雑誌名: DNA Research 15(1) ページ: 25-38
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative genomic analysis using microarray demonstrates a strong correlation between the presence of the 80-kilobase pathogenicity island and pathogenicity in Kanagawa phenomenon-positive Vibrio parahaemolyticus strains (2008)
  • 著者名/発表者名: Izutsu, K. (Kuhara, S.)
  • 雑誌名: Infection and Immunity 76(3) ページ: 1016-1023
  • 査読あり
• [雑誌論文] A combination method of the tanimoto coefficient and proximity measure of random forest for compound activity prediction (2008)
  • 著者名/発表者名: Kawamura, G. (Matsuda, H.)
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics 49(SIG5) ページ: 46-57
  • NAID: 110006684909
  • 査読あり
• [雑誌論文] A distributed-processing system for accelerating biological research using data-staging (2008)
  • 著者名/発表者名: Kido, Y. (Matsuda, H.)
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics 49(SIG5) ページ: 58-64
  • NAID: 110006684910
  • 査読あり
• [雑誌論文] The repertoire of desaturases and elongases reveals fatty acidvariations in 56 eukaryotic genomes (2008)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, K. (Kanehisa, M.)
  • 雑誌名: Journal of Lipid Research 49 ページ: 183-191
  • 査読あり
• [雑誌論文] KEGG for linking genomes to life and the environment (2008)
  • 著者名/発表者名: Kanehisa, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 36 ページ: 480-484
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic analysis of craniofacial traits in the medaka (2007)
  • 著者名/発表者名: Kimura, T., Shimada, A., Sakai, N., Mitani, H., Naruse, K., Takeda, H., Inoko, H., Tamiya, G., Shinya, M.
  • 雑誌名: Genetics 177 ページ: 2379-2388
• [雑誌論文] Comparative metagenomics revealed commonly enriched gene sets in human gut microbiomes (2007)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, K., Itoh, T., Kuwahara, T., Oshima, K., Toh, H., Toyoda, A., Takami, H., Morita, H., Sharma, VK, Srivastava, TP, Taylor, TD, Noguchi, H., Mori, H., Ogura, Y., Ehrlich, DS, Itoh, K., Takagi, T., Sakaki, Y., Hayashi, T., Hattori, M.
  • 雑誌名: DNA Res 14(4) ページ: 169-181
• [雑誌論文] Reconstruction of the Vertebrate Ancestral Genome Reveals Dynamic Genome Reorganization in Early Vertebrates (2007)
  • 著者名/発表者名: Nakatani, Y., Takeda, H., Kohara, Y., Morishita, S.
  • 雑誌名: Genome Research 17(9) ページ: 1254-1265
• [雑誌論文] Reconstruction of highly heterogeneous gene-content evolution across the three domains of life (2007)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki, W. (Takagi, T.)
  • 雑誌名: Bioinformatics 23(13) ページ: 230-239
  • 査読あり
• [雑誌論文] OReFiL: an online resource finder for life sciences (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, Y. (Takagi, T.)
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 8 ページ: 287-287
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative metagenomics revealed commonly enriched genesets in human gut microbiomes (2007)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, K. (Takagi, T.)
  • 雑誌名: DNA Research 14(4) ページ: 169-181
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intrinsic promoter activities of primary DNA sequences in the human genome (2007)
  • 著者名/発表者名: Sakakibara, Y. (Takagi, T.)
  • 雑誌名: DNA Research 14(2) ページ: 71-77
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biomedical knowledge navigation by literature clustering (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, Y. (Takagi, T.)
  • 雑誌名: Journal of Biomedical Informatics 40(2) ページ: 114-130
  • 査読あり
• [雑誌論文] Knowledge discovery based on an implicit and explicit conceptual network (2007)
  • 著者名/発表者名: Koike, A. (Takagi, T.)
  • 雑誌名: Journal of the American Society for Information Science and Technology 58(1) ページ: 51-65
  • 査読あり
• [雑誌論文] The medaka draft genome and insights into vertebrate genomeevolution (2007)
  • 著者名/発表者名: Kasahara, M. (Morishita, S.)
  • 雑誌名: Nature 447 ページ: 714-719
  • 査読あり
• [雑誌論文] Reconstruction of the vertebrate ancestral genome reveals dynamic genome reorganization in early vertebrates (2007)
  • 著者名/発表者名: Nakatani, Y. (Morishita, S.)
  • 雑誌名: Genome Research 17(9) ページ: 1254-1265
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive analysis of distinctive polyketide and nonribosomal peptide structural motifs encoded in microbial genomes (2007)
  • 著者名/発表者名: Minowa, Y. (Kanehisa, M.)
  • 雑誌名: Journal of Molecular Biology 368 ページ: 1500-1517
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systematic analysis of enzyme-catalyzed reaction patterns and prediction of microbial biodegradation pathways (2007)
  • 著者名/発表者名: Oh, M. (Kanehisa, M.)
  • 雑誌名: Journal of Chemical Information and Modeling 47 ページ: 1702-1712
  • 査読あり
• [雑誌論文] KAAS: an automatic genome annotation and pathway reconstruction server (2007)
  • 著者名/発表者名: Moriya, Y. (Kanehisa, M.)
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 35 ページ: 182-185
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining prokaryotic genomes for unknown amino acids: a stop-codon-based approach (2007)
  • 著者名/発表者名: Fujita, M. (Kanehisa, M.)
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 8 ページ: 225-225
  • NAID: 120004770237
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary history and functional implications of protein domains and their combinations in eukaryotes (2007)
  • 著者名/発表者名: Itoh, M. (Kanehisa, M.)
  • 雑誌名: Genome Biology 8 ページ: 121-121
  • NAID: 120004770238
  • 査読あり
• [雑誌論文] The commonality of protein interaction networks determined in neurodegenerative disorders (NDDs) (2007)
  • 著者名/発表者名: Limviphuvadh, V. (Kanehisa, M.)
  • 雑誌名: Bioinformatics 23 ページ: 2129-2138
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of endocrine disruptor biodegradation by integration of structure-activity relationship with pathway analysis. Environ (2007)
  • 著者名/発表者名: Kadowaki, T. (Kanehisa, M.)
  • 雑誌名: Science and Technology 41 ページ: 7997-8003
  • 査読あり
• [雑誌論文] Knowledge discovery based on an implicit and explicit conceptual network (2007)
  • 著者名/発表者名: Koike, A., (Takagi, T.)
  • 雑誌名: J. Am. Soc. Info. Sci. Tech. 58(1) ページ: 51-65
• [雑誌論文] Retrieving functionally similar bioinformatics workflows using TF-IDF filtering (2007)
  • 著者名/発表者名: Seo, J., (Matsuda, H.)
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics 48 (SIG5) ページ: 20-29
  • NAID: 110006242959
• [雑誌論文] MetaGene : prokaryotic gene finding from environmental genome shotgun sequences (2006)
  • 著者名/発表者名: Noguchi, H., (Takagi, T.)
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34(19) ページ: 5623-5630
• [雑誌論文] A large-scale full-length cDNA analysis to explore the budding yeast transcriptome (2006)
  • 著者名/発表者名: Miura, F., (Morishita, S.)
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. 103(47) ページ: 17846-17851
• [雑誌論文] Amoeba Join : overcoming structural fluctuations of XML data (2006)
  • 著者名/発表者名: Saito, T., (Morishita, S.)
  • 雑誌名: Ninth International Workshop on the Web and Databases (WebDB 2006) ページ: 45-50
• [雑誌論文] PrimerStation : a highly specific multiplex genomic PCR primer design server for the human genome (2006)
  • 著者名/発表者名: Yamada, T., (Morishita, S.)
  • 雑誌名: Nucl. Acids Res. 34
• [雑誌論文] Gene subset selection in kernel-induced feature space (2006)
  • 著者名/発表者名: Niijima, S., (Kuhara, S.)
  • 雑誌名: Pattern Recognition Letters 27 ページ: 1884-1892
• [雑誌論文] Recursive gene selection based on maximum margin criterion : a comparis on with SVM-RFE (2006)
  • 著者名/発表者名: Niijima, S., (Kuhara, S.)
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 7(543)
• [雑誌論文] EGassembler : online bioinformatics service for large-scale processing, clustering and assembling ESTs and genomic DNA fragments (2006)
  • 著者名/発表者名: Masoudi-Nejad A., (Kanehisa, M.)
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34
• [雑誌論文] Event Ontology : A Pathway-Centric Ontology for Biological Processes (2006)
  • 著者名/発表者名: Kushida, T.
  • 雑誌名: Pacific Symposium on Biocomputing 11 ページ: 152-163
• [雑誌論文] Comparative Analysis of Chimpanzee and Human Y Chromosomes Unveils Complex Evolutionary Pathway (2006)
  • 著者名/発表者名: Kuroki, Y.
  • 雑誌名: Nature Genetics 38 ページ: 158-167
• [雑誌論文] Evaluation of Image Processing Programs for Accurate Measurement of Budding and Fission Yeast Morphology (2006)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, G.
  • 雑誌名: Curr Genet. 6 ページ: 1-11
• [雑誌論文] ALICE : An Algorithm to Extract Abbreviations from MEDLINE. (2005)
  • 著者名/発表者名: Ao, H.
  • 雑誌名: Journal of American Medical Informatics Association 12(5) ページ: 576-586
• [雑誌論文] Reassembly and Interfacing Neural Models Registered on Biological Model Databases (2005)
  • 著者名/発表者名: Ohtake, M.
  • 雑誌名: Genome Informatics Workshop ページ: 76-85
• [雑誌論文] A Sentence Classification System for Multi-document Summarization in the Biomedical Domain (2005)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, Y.
  • 雑誌名: In the Proc.of International Workshop on Biomedical Data Engineering ページ: 90-95
• [雑誌論文] Automatic Extraction of Gene/protein Biological Functions from Biomedical Text (2005)
  • 著者名/発表者名: Koike, A.
  • 雑誌名: Bioinformatics 21 ページ: 1227-1236
• [雑誌論文] dsCheck : Highly Sensitive Off-target Search Software for dsRNA-mediated RNA Interference (2005)
  • 著者名/発表者名: Naito, Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 33(Web Server issue)
• [雑誌論文] High-Dimensional and Large-Scale Phenotyping of Yeast Mutants (2005)
  • 著者名/発表者名: Ohya, Y.
  • 雑誌名: In the Proc.of Natl.Acad.Sci.USA. 102(52) ページ: 19015-19020
• [雑誌論文] Data Mining Tools for the Saccharomyces Cerevisiae Morphological Database (2005)
  • 著者名/発表者名: Saito, T.L.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 33(Web Server issue)
• [雑誌論文] Accelerated Off-Target Search Algorithm for siRNA. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yamada, T.
  • 雑誌名: Bioinformatics 21(8) ページ: 1316-1324
• [雑誌論文] Multiclass Molecular Cancer Classification by Kernel Subspace Methods with Effective Kernel Parameter Selection (2005)
  • 著者名/発表者名: Niijima, S.
  • 雑誌名: Journal of Bioinformatics and Computational Biology 3(5) ページ: 1071-1088
• [雑誌論文] An OGSA-based Integration of Life Science Resources (2005)
  • 著者名/発表者名: Kosaka, T.
  • 雑誌名: Methods of Information in Medicine 44(2) ページ: 257-261
• [雑誌論文] Knowledge Discovery Based on an Implicit and Explicit Conceptual Network
  • 著者名/発表者名: Koike, A.
  • 雑誌名: Journal of the American Society for Information Science and Technology (in press)
• [雑誌論文] Gene Subset Selection in Kernel-Iunduced Feature Space
  • 著者名/発表者名: Niijima, S.
  • 雑誌名: Pattern Recognition Letters (in press)
• [雑誌論文] 遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためバイクラスタリングの応用
  • 著者名/発表者名: 瀧 浩平
  • 雑誌名: 情報処理学会論文誌:数理モデル化と応用 (印刷中)
• [学会発表] Recent advances in the Tol2 transposon technology in zebrafish, 3rd Strategic Conference of Zebrafish Investigators (2009)
  • 著者名/発表者名: Kawakami, K.
  • 学会等名: 川上浩一
  • 発表場所: Asilomar, USA.
• [学会発表] Recent advances in the To12 transposon technology in zebrafish (2009)
  • 著者名/発表者名: Kawakami, K.
  • 学会等名: 3rd Strategic Conference of Zebrafish Investigators
  • 発表場所: Asilomar, USA
• [学会発表] Chromatin-associated periodicity in genetic variation downstream of transcriptional start sites (2008)
  • 著者名/発表者名: 森下真一
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会合同大会シンポジウム「超高速シーケンサーとバイオインフォマティクス」
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-11
• [学会発表] Chromatin-Associated Periodicity in Genetic Variation Downstream of Transcriptional Start Sites (2008)
  • 著者名/発表者名: 森下真一
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会合同大会シンポジウム「超高速シーケンサーとバイオインフォマティクス」
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-11
• [学会発表] 遺伝子末端領域のアミノ酸組成に基づいた微生物の系統解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 麻田道雄、平川英樹、久原哲
  • 学会等名: 第二回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 大阪大学
• [学会発表] 複数のマイクロアレイの発現データによるウェルシュ菌の共発現・逆相関遺伝子群のグルーピング (2008)
  • 著者名/発表者名: 大野真人、平川英樹、大谷郁、清水徹、久原哲
  • 学会等名: 第二回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 大阪大学
• [学会発表] Comprehensive analysis of enzymatic reaction mechanisms basedon the EC classification and KEGG RPAIR database (2007)
  • 著者名/発表者名: Shimizu, Y. (Kanehisa, M.)
  • 学会等名: The 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2007)
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-12-17
• [学会発表] グラフ構造を用いた組織特異的な選択的スプライシングの解析手法 (2007)
  • 著者名/発表者名: 瀬尾茂人、竹中要一、松田秀雄
  • 学会等名: 日本分子生物学会第30回大会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-11
• [学会発表] Analysis of common substructures of metabolic compoundswithin the different organism groups (2007)
  • 著者名/発表者名: Muto, A.(Kanehisa, M.)
  • 学会等名: The Seventh Annual International Workshopon Bioinformatics and Systems Biology2007(IBSB2007)
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-08-03
• [学会発表] An improved scoring scheme for predicting glycan structures from gene expression data, The Seventh Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology2007 (2007)
  • 著者名/発表者名: Suga, A. (Kanehisa, M. )
  • 学会等名: IBSB2007
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-08-02
• [学会発表] An improved scoring scheme for predicting glycan structures from gene expression data (2007)
  • 著者名/発表者名: Suga, A.(Kanehisa, M.)
  • 学会等名: The Seventh Annual International Workshopon Bioinformatics and Systems Biology2007(IBSB2007)
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-08-02
• [学会発表] Efficient Integration of Structure Indexes of XML. (2007)
  • 著者名/発表者名: Saito, T. L. and Morishita, S.
  • 学会等名: The 12th International Conference on Database Systems for Advanced Applications (DASFAA)
  • 発表場所: Bangkok
  • 年月日: 2007-04-11
• [学会発表] 複数のマイクロアレイの発現データを用いたウェルシュ菌のオペロンおよび共発現、逆相関している遺伝子群の解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 大野真人、平川英樹、大谷郁、清水徹、久原哲
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会年会、第80回日本生化学学会大会、合同大会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] 二成分制御系に関わるセンサータンパク質とレギュレータータンパク質のドメイン構造に基づく分類と機能に関する解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 金相 完、平川英樹、久原哲
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会年会、第80回日本生化学学会大会、合同大会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] KEGG DRUG structure mapから化学変換パターンの抽出 (2007)
  • 著者名/発表者名: 重水 大智 (金久 實)
  • 学会等名: 第30回分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会(BMB2007)
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] パラログ遺伝子による代謝反応の基質多様性の解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 田中 道廣(金久 實)
  • 学会等名: 第30回分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会(BMB2007)
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] DesaturaseとElongaseの網羅的探索及びその組合せによる脂肪酸予測 (2007)
  • 著者名/発表者名: 橋本 浩介(金久 實)
  • 学会等名: 第30回分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会(BMB2007)
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] Analysis of tissue specific expression patterns of metabolic pathway (2007)
  • 著者名/発表者名: Takarabe, M.(Kanehisa, M.)
  • 学会等名: The Seventh Annual International Workshopon Bioinformatics and Systems Biology2007(IBSB2007)
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Analysis of the relationship between EC classification and reaction representations in KEGG RPAIR database (2007)
  • 著者名/発表者名: Shimizu, Y.(Kanehisa, M.)
  • 学会等名: The Seventh Annual International Workshopon Bioinformatics and Systems Biology2007(IBSB2007)
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] KEGG as a glycome informatics resource (2007)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto, K.(Kanehisa, M.)
  • 学会等名: Gordon Research Conferences:Glycobiology
  • 発表場所: Ventura, California, USA
• [学会発表] Prediction of glycan structures form gene expression databased on improved scoring scheme (2007)
  • 著者名/発表者名: Suga, A. (Kanehisa, M.)
  • 学会等名: Gordon Research Conferences: Glycobiology
  • 発表場所: Ventura, California, USA
• [図書] 生命研究への応用と開発が進むバイオデータベースとソフトウェア最前線(『実験医学』2008年4月増刊号) (2008)
  • 著者名/発表者名: 森下真一、阿久津達也編
  • 総ページ数: 225
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 生命研究への応用と開発が進むバイオデータベースとソフトウェア最前線(『実験医学』2008年4月増刊号) (2008)
  • 著者名/発表者名: 森下真一, 阿久津達也編
  • 総ページ数: 225
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 医学生物学分野におけるシソーラスとテキストマイニング技術の開発(実験医学増刊号Vol.26, No.7) (2008)
  • 著者名/発表者名: 小池 麻子(高木利久)
  • 総ページ数: 6
  • 出版者: 羊土社
• [図書] メダカゲノム解析に基づく脊椎動物ゲノム進化の推定(実験医学増刊号 Vo1.25, No.2) (2007)
  • 著者名/発表者名: 中谷 洋一郎, (森下真一)
  • 総ページ数: 6
  • 出版者: 羊土社
• [図書] Large-scale genome sequence processing (2006)
  • 著者名/発表者名: Kasahara, M. (Morishita, S. )
  • 総ページ数: 248
  • 出版者: Imperial College Press
• [図書] Large-scale genome sequence processing (2006)
  • 著者名/発表者名: Kasahara, M., (Morishita, S.)
  • 総ページ数: 248
  • 出版者: Imperial College Press
• [図書] 比較ゲノムを支える情報学 : 脊椎動物ゲノム進化を推定するロジック(細胞工学 Vo1.25, No.8) (2006)
  • 著者名/発表者名: 森下 真一
  • 総ページ数: 6
  • 出版者: 秀潤社
• [図書] Genome Informatics 2005 (2005)
  • 著者名/発表者名: Edited by Takagi, T. et al.
  • 総ページ数: 293
  • 出版者: Universal Academy Press, Inc.
• [備考] UTGB Drosophila [相垣敏郎]
  • URL: http://machibase.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] LipidBank [有田正規]
  • URL: http://lipidbank.jp/
• [備考] Metabolomics. JP [有田正規]
  • URL: http://metabolomics.jp/
• [備考] Metabolome. JP [有田正規]
  • URL: http://www.metabolome.jp/
• [備考] MassBank [有田正規]
  • URL: http://www.massbank.jp/
• [備考] Gene function HOmology Search Tool(GHOST) [伊藤隆司]
  • URL: http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/GHOST/GHOST.pl
• [備考] Annotation Rating Tool(ART) [伊藤隆司]
  • URL: http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/ART/ART.pl
• [備考] Acytostelium Gene Database(AcytoDB) [漆原秀子]
  • URL: http://acyto.sequence.info/
• [備考] 3C browser(公開準備中)[大川恭行]
• [備考] SD-Score algorithm [大野欽司
  • URL: http://www.med.nagoya-u.ac.jp/neurogenetics/SD_Score/sd_score.html
• [備考] siRNA designer [大野欽司]
  • URL: http://www.med.nagoya-u.ac.jp/neurogenetics/i_Score/i_score.html
• [備考] Association Test for CNV ver. 1 [大橋順]
  • URL: http://210.188.217.208:8081/cnv/jsp/index.jsp
• [備考] ppdb: Plant Promoter Database [小保方潤一]
  • URL: http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp/
• [備考] Firefox3 [金子周司]
  • URL: http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/download/
• [備考] zTrap:Zebrafish Gene Trap and Enhancer Trap Database [川上浩一]
  • URL: http://kawakami.lab.nig.ac.jp/ztrap/
• [備考] Ortholog Group Management System [久原哲]
  • URL: http://jamboree.grt.kyushu-u.ac.jp:9001/
• [備考] STR検索ソフト[桑野良三]
  • URL: http://ocean.cb.k.u-tokyo.ac.jp/str21/index.cgi
• [備考] pub marker [桑野良三]
  • URL: http://ocean.cb.k.u-tokyo.ac.jp/homocontig1/test.cgi
• [備考] ゲノムフィニッシングプラットフォーム[小原雄治]
  • URL: http://dolphin.lab.nig.ac.jp
• [備考] CyanoClustサーバー[佐藤直樹]
  • URL: http://cyanoclust.c.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] Gclustサーバー[佐藤直樹]
  • URL: http://gclust.c.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] NIG Mouse Phenotype Database [城石俊彦]
  • URL: http://molossinus.lab.nig.ac.jp/phenotype/index.html
• [備考] NIG Mouse Genome Database [城石俊彦]
  • URL: http://molossinus.lab.nig.ac.jp/msmdb/
• [備考] MCTDB [新屋みのり]
  • URL: http://medaka.cb.k.u-tokyo.ac.jp/mctdb/
• [備考] DBTSS [菅野純夫]
  • URL: http://dbtss.hgc.jp/
• [備考] BifidoBase [鈴木徹]
  • URL: http://gib.genes.nig.ac.jp/single/index.php?spid=Bado_ATCC15703
• [備考] BifidoBase [鈴木徹]
  • URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=genomeprj&cmd=Retrieve&dopt=Overview&list_uids=16321
• [備考] Fluorome [園池公毅]
  • URL: http://www.photosynthesis.jp/fluorome/
• [備考] proGENA [高木利久]
  • URL: http://gena.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/progena/progena.php
• [備考] MOV (Multi Ontology Viewer) [高木利久]
  • URL: http://gena.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/mov/
• [備考] BioTermNet [高木利久]
  • URL: http://btn.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] PRIME [高木利久]
  • URL: http://prime.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/
• [備考] Data Collector for Auto Annotation on Microbial Genomes [津田雅孝]
  • URL: http://www.burkholderia.net/
• [備考] WorTS (Worm TS Mutant Database) [中村邦明]
  • URL: http://worts.biken.osaka-u.ac.jp/
• [備考] ヒト腸内細菌叢メタゲノムデータ[服部正平]
  • URL: http://metagenome.jp/
• [備考] Kyoto Chlamydomonas Genome Database (KCGD) [藤山秋佐夫]
  • URL: http://chlamy.pmb.lif.kyoto-u.ac.jp/chlamybase/
• [備考] Acytosterium Genome Database [藤山秋佐夫]
  • URL: http://acyto.sequence.info/
• [備考] Chemical Compound Classification Database: Sclion [松田秀雄]
  • URL: http://sclion.ics.es.osaka-u.ac.jp
• [備考] MuSICA2 [森下真一]
  • URL: http://musica.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] Efficient frequency-based de novo short-read clustering for error trimming in next-generation sequencing [森下真一]
  • URL: http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/~quwei/DeNovoShortReadClustering/
• [備考] UTGB medaka [森下真一]
  • URL: http://utgenome.org/UTGBMedaka/
• [備考] MachiBase [森下真一]
  • URL: http://machibase.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] UTGB (yeast) [森下真一]
  • URL: http://yeast.utgenome.org/
• [備考] PrimerStation [森下真一]
  • URL: http://ps.cb.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] dsCheck [森下真一]
  • URL: http://dscheck.rnai.jp/
• [備考] siDirect [森下真一]
  • URL: http://design.rnai.jp/
• [備考] Full-Malaria/Parasites and Full-Arthropods: databases of full-length cDNAs of parasites and arthropods, update 2009 [渡辺純一]
  • URL: http://fullmal.hgc.jp/
• [備考] Full-Malaria: an enlarged database for comparative studies of full-length cDNAs of malaria parasites, Plasmodium species [渡辺純一]
  • URL: http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] Comparasite: a database for comparative study of transcriptomes of parasites defined by full-length cDNAs [渡辺純一]
  • URL: http://fullmal.hgc.jp/comp_index.html
• [備考] 「イネ品種改良が加速名大がプロモーターをデータベース化」、中日新聞朝刊、2007年8月10日[小保方潤一]
• [備考] 「シロイヌナズナやイネのプロモーター名大が機能配列DB化」、日刊工業新聞、2007年8月10日[小保方潤一]
• [備考] Kyoto Chlamydomonas Genome Database(KCGD)(藤山秋佐夫)(クラミドモナス研究者コミュニティのみに公開中)
  • URL: http://chlamy.pmb.lif.kyoto-u.ac.jp/chlamybase/
• [備考] Acytosterium Genome Database(藤山秋佐夫)(粘菌研究者コミュニティのみに公開中)
  • URL: http://acyto.sequence.info/
• [備考] MuSICA2(森下真一)
  • URL: http://musica.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] ppdb:Plant Promoter Database(小保方潤一)
  • URL: http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp
• [備考] NIG Mouse Genome Database(城石俊彦)
  • URL: http://molossinus.lab.nig.ac.jp/msmdb/
• [備考] Full-Malaria/Parasites and Full-Arthropods : databases of full-length cDNAs of parasites and arthropods, update 2009(渡辺純一)
  • URL: http://fullmal.hgc.jp
• [備考] SD-Score algorithm : 5'splice siteのスプライシング異常予測のためのweb tool(大野欽司)
  • URL: http://www.med.nagoya-u.ac.jp/neurogenetics/SD-Score/sd_score.html
• [備考] siRNA designer : 効率的なsiRNA設計のためのweb tool(大野欽司)
  • URL: http://www.med.nagoya-u.ac.jp/neurogenetics/i_Score/i_score.html
• [備考] NIG Mouse Phenotype Database : マウス表現型データベース(城石俊彦)
  • URL: http://molossinus.lab.nig.ac.jp/phenotype/index.html
• [備考] MachiBase : ショウジョウバエの転写開始点に関し世界最大の情報量を提供するゲノムブラウザ(森下真一)
  • URL: http://machibase.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] zTrap : GFP発現情報管理システムとトラップ遺伝子同定システムの研究室内運用及びGFP発現情報と遺伝子情報の外部からの閲覧(川上浩一)
  • URL: http://kawakami.lab.nig.ac.jp/ztrap/
• [備考] ・BioTermNet:明示的/潜在的な概念間の関係性のネットワークの可視化
  • URL: http://btn.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] ・OReFiL:インターネット上のデータベースやツールなどの検索システム
  • URL: http://orefil.dbcls.jp/
• [備考] ・メダカゲノムブラウザー
  • URL: http://medaka.utgenome.org/
• [備考] ・出芽酵母ゲノムブラウザー
  • URL: http://yeast.utgenome.org/
• [備考] ・siRNA設計:
  • URL: http://design.rnai.jp/
• [備考] ・出芽酵母表現型解析
  • URL: http://scmd.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] ・Multiplex Genomic PCR design
  • URL: http://ps.cb.k.u-tokyo.ac.jp/
• [備考] ・KEGGデータベース
  • URL: http://www.genome.jp/kegg/