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大量DNAシーケンシング体制の構築と支援

研究課題

研究課題/領域番号 17020008
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

小原 雄治  国立遺伝学研究所, 所長 (70135292)

研究期間 (年度) 2005 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
889,000千円 (直接経費: 889,000千円)
2009年度: 179,100千円 (直接経費: 179,100千円)
2008年度: 177,500千円 (直接経費: 177,500千円)
2007年度: 177,500千円 (直接経費: 177,500千円)
2006年度: 177,400千円 (直接経費: 177,400千円)
2005年度: 177,500千円 (直接経費: 177,500千円)
キーワードゲノム / cDNAライブラリー / 全ゲノムショットガン / EST / DNAシーケンサー / アッセンブラ / WGS(全ゲノムショットガン) / ゲノムシーケンシング / フォスミド / SNP / 比較ゲノム / SAGE / whole genome shotgun sequencing
研究概要

大量DNAシーケンシング体制構築のために、シーケンシング全ステップを見直し、コストダウンを図り、年間600万リード(サンガー法)を可能にした。この結果、16の生物種の92種の組織・発生段階のcDNAライブラリーについて340万リードのEST解析を支援、野生由来マウス、ギボシムシ、クマムシ、立襟鞭毛虫、細胞性粘菌など7種の全ゲノムショットガンシーケンス1940万リードを支援、その他合計2400万リードを支援した。ゲノムfinishing用ワークベンチの開発、WGSリードより多型を探索するシステム、ビューアを構築した。次世代型シーケンサー解析システム構築を進め、情報セキュリティ体制の必要な個人ゲノム対応のためのシステムも含めたコンピュータシステムを整えて、様々な試行を行った。ショートリードより多型を探索するシステム・ビューア、SOLEXA multiplexingデータ解析システムの開発、cDNA全長シーケンスアセンブルシステムを開発した。

報告書

(6件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (47件)

すべて 2010 2009 2008 2007 2006 2005 その他

すべて 雑誌論文 (40件) (うち査読あり 15件) 学会発表 (5件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Large-scale analysis of full-length cDNAs from the tomato(Solanum lycopersicum)cultivar Micro-Tom, a reference system for the Solanaceae genomics2010

    • 著者名/発表者名
      Koh Aoki
    • 雑誌名

      BMC Genomics 11(1)

      ページ: 210-210

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Polycystic Kidney Disease in the Medaka (Oryzias latipes) pc Mutant Caused by a Mutation in the Gli-Similar3 (glis3) Gene.2009

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto, H., Miyamoto, R., Watanabe, N., Shiba, D., Ozato, K., Inoue, C., Kubo, Y., Koga, A., Jindo, T., Narita, T., Naruse, K., Ohishi, K., Nogata, K., Shin-I, T., Asakawa, S., Shimizu, N., Miyamoto, T., Mochizuki, T., Yokoyama, T., Hori, H., Takeda, H., Kohara, Y., Wakamatsu
    • 雑誌名

      PLoS ONE 4(7)

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Development of 5006 Full-Length CDNAs in Barley: A Tool for Accessing Cereal Genomics Resources.2009

    • 著者名/発表者名
      K. Sato, T. Shin-i, M. Seki, K. Shinozaki, H. Yoshida, K. Takeda, Y. Yamazaki, M. Conte,, Y. Kohara
    • 雑誌名

      DNA RESEARCH 16

      ページ: 81-89

    • NAID

      120005398236

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Extensive analysis of EST sequences reveals that all cichlid species in Lake Victoria share almost identical transcript sets.2009

    • 著者名/発表者名
      N. Kobayashi, M. Watanabe, T. Horiike, Y. Kohara, N. Okada
    • 雑誌名

      Gene 441

      ページ: 187-191

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Chromatinassociated periodicity in genetic variation downstream of transcriptional start sites2009

    • 著者名/発表者名
      S. Sasaki, C.C. Mello, A. Shimada, Y. Nakatani, S. Hashimoto, M. Ogawa, K. Matsushima, S.G. Gu, M. Kasahara, B. Ahsan, A. Sasaki, T. Saito, Y. Suzuki, S. Sugano, Y. Kohara, H. Takeda, A. Fire, S. Morishita
    • 雑誌名

      Science 323

      ページ: 401-404

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Polycystic Kidney Disease in the Medaka(Oryzias latipes)pc Mutant Caused by a Mutation in the Gli-Similar3(glis3)2009

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Hashimoto
    • 雑誌名

      Gene.PLoS ONE 4(7)

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chromatin-associated periodicity in genetic variation downstream of transcriptional start sites2009

    • 著者名/発表者名
      Shin Sasaki
    • 雑誌名

      Science 323

      ページ: 401-404

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of 5006 Full-Length CDNAs in Barley : A Tool for Accessing Cereal Genomics Resources2009

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro SATO
    • 雑誌名

      DNA RESEARCH 16

      ページ: 81-89

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The International Silkworm Genome Consortium: The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori.2008

    • 雑誌名

      Insect Biochem. & Mol. Biol 38

      ページ: 1036-1045

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] A cDNA resource for the cephalochordate amphioxus Branchiostoma floridae2008

    • 著者名/発表者名
      J-K. Yu, M-C. Wang, T. Shin-I, Y. Kohara, L.Z. Holl,, N. Satoh, Y. Satou
    • 雑誌名

      Development Genes, Evolution 218

      ページ: 723-727

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] The amphioxus genome, the evolution of chordate karyotype2008

    • 著者名/発表者名
      N. H. Putnam, T. Butts, D. E. K. Ferrier, R. F. Furlong, U. Hellsten, T. Kawashima, M. Robinson-Rechavi, E. Shoguchi, A. Terry, Jr-K. Yu, E. Benito-Gutierrez, I. Dubchak, J. Garcia-Fernandez, I. V. Grigoriev, A. C. Horton, P. J. de Jong, J. Jurka, V. Kapitonov, Y. Kohara, Y. Kuroki, E. Lindquist, S. Lucas, K. Osoegawa, L. A. Pennacchio, A.A. Salamov, Y. Satou, T. Sauka-Spengler, J. Schmutz, T. Shin-I, A. Toyoda, J. J. Gibson-Brown, M. Bronner-Fraser, A. Fujiyama, L. Z. Holland, P. W. H. Holland, N. Satoh, D. S. Rokhsar
    • 雑誌名

      Nature 453

      ページ: 1064-1071

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Bombyx small RNAs: Genomic defense system against transposons in the silkworm, Bombyx mori2008

    • 著者名/発表者名
      S. Kawaoka, N. Hayashi, S. Katsuma, H. Kishino, Y. Kohara, K. Mita,, T. Shimada
    • 雑誌名

      Insect Biochemistry, Molecular Biology 38

      ページ: 1058-1065

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] The Physcomitrella Genome Reveals Evolutionary Insights into the Conquest of L, by Plants2008

    • 著者名/発表者名
      S. A. Rensing, D. Lang, A. D. Zimmer, A. Terry, A. Salamov, H. Shapiro, T. Nishiyama, P-F. Perroud, E. A. Lindquist, Y. Kamisugi, T. Tanahashi, K. Sakakibara, T. Fujita, K. Oishi, T. Shin-I, Y. Kuroki, A. Toyoda, Y. Suzuki, S. Hashimoto, K. Yamaguchi, S. Sugano, Y. Kohara, A. Fujiyama, A. Anterola, S. Aoki, N. Ashton, W. B. Barbazuk, E. Barker, J. L. Bennetzen, R. Blankenship, S. H. Cho, S. K. Dutcher, M. Estelle, J. A. Fawcett, H. Gundlach, K. Hanada, A. Heyl, K. A. Hicks, J. Hughes, M. Lohr, K. Mayer, A. Melkozernov, T. Murata, D. R. Nelson, B. Pils, M. Prigge, B. Reiss, T. Renner, S. Rombauts, P. J. Rushton, A. Sanderfoot, G. Schween, S-H. Shiu, K. Stueber, F. L. Theodoulou, H. Tu, Y. Van de Peer, P. J. Verrier, E. Waters, A. Wood, L. Yang, D. Cove, A. C. Cuming, M. Hasebe, S. Lucas, B. D. Mishler, R. Reski, I. V. Grigoriev, R. S. Quatrano, J. L. Boore
    • 雑誌名

      Science 319

      ページ: 64-69

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] UTGB/medaka: genomic resource database for medaka biology.2008

    • 著者名/発表者名
      B. Ahsan, D. Kobayashi, T. Yamada, M. Kasahara, S. Sasaki, T. L. Saito, Y. Nagayasu, K. Doi, Y. Nakatani, W. Qu, T. Jindo, A. Shimada, K. Naruse, A. Toyoda, Y. Kuroki, A. Fujiyama, T. Sasaki, A. Shimizu, S. Asakawa, N. Shimizu, S. Hashimoto, J. Yang, Y. Lee, K. Matsushima, S. Sugano, M. Sakaizumi, T. Narita, K. Ohishi, S. Haga, F. Ohta, H. Nomoto, K. Nogata, T. Morishita, T. Endo, T. Shin-I, H. Takeda, Y. Kohara, S. Morishita
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 36

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Genomic defense system against transposons in the silkworm, Bombyxmori2008

    • 著者名/発表者名
      Shinpei Kawaoka
    • 雑誌名

      Insect Biochemistry and Molecular Biology (Special Issue on Bombyx Genome) 38

      ページ: 1058-1065

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The amphioxus genome and the evolution of chordate karyotype2008

    • 著者名/発表者名
      Nicholas H. Putnam
    • 雑誌名

      Nature 453

      ページ: 1064-1071

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A cDNA resource for the cephalochordate amphioxus Branchiostoma flor idea2008

    • 著者名/発表者名
      Jr-Kai Yu
    • 雑誌名

      Development Genes and Evolution 218

      ページ: 723-727

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori2008

    • 著者名/発表者名
      The International Silkworm Genome Consortium
    • 雑誌名

      Insect Biochemistry and Molecular Biology 38

      ページ: 1036-1045

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Retrotransposon Silencing by DNA Methylation can Drive Mammalian Genomic Imprinting.2008

    • 著者名/発表者名
      Stefan A. Rensing
    • 雑誌名

      Science 319

      ページ: 64-69

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reconstruction of the Vertebrate Ancestral Genome Reveals Dynamic Genome Reorganization in Early Vertebrates.2007

    • 著者名/発表者名
      Y. Nakatani, H. Takeda, Y. Kohara, S. Morishita
    • 雑誌名

      Genome Research 17(9)

      ページ: 1254-65

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Analysis of large scale expression sequenced tags (ESTs) from the anural ascidian, Molgula tectiformis.2007

    • 著者名/発表者名
      F. Gyoja, Y. Satou, T. Shin-i, Y. Kohara, B.J. Swalla, N. Satoh
    • 雑誌名

      Developmental Biology 307

      ページ: 460-482

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] The medaka draft genome, new insights into vertebrate genome evolution.2007

    • 著者名/発表者名
      M. Kasahara, K. Naruse, S. Sasaki, Y. Nakatani, W. Qu, B. Ahsan, T. Yamada, Y. Nagayasu, K. Doi, Y. Kasai, T. Jindo, D. Kobayashi, A. Shimada, A. Toyoda, Y. Kuroki, A. Fujiyama, T. Sasaki, A. Shimizu, S. Asakawa, N. Shimizu, S. Hashimoto, J. Yang, Y. Lee, K. Matsushima, S. Sugano, M. Sakaizumi, T. Narita, K. Ohishi, S. Haga, F. Ohta, H. Nomoto, K. Nogata, T. Morishita, T. Endo, T. Shin-I, H. Takeda, S. Morishita, Y. Kohara
    • 雑誌名

      Nature 446

      ページ: 714-719

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Gene organization of the liverwort Y chromosome reveals distinct sex chromosome evolution in a haploid system.2007

    • 著者名/発表者名
      K. T. Yamato, K. Ishizaki, M. Fujisawa, S. Okada , S. Nakayama, M. Fujishita, H. Bando, K. Yodoya, K. Hayashi, T. Bando, A. Hasumi, T. Nishio, R. Sakata, M. Yamamoto, A. Yamaki, M. Kajikawa, T. Yamano, T. Nishide, S-H. Choi, Y. Shimizu-Ueda, T. Hanajiri, M. Sakaida, K. Kono, M. Takenaka, S. Yamaoka, C. Kuriyama, Y. Kohzu, H. Nishida, A. Brennicke, T. Shin-i, Y. Kohara, T. Kohchi, H. Fukuzawa, K. Ohyama
    • 雑誌名

      PNAS 104

      ページ: 6472-6477

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Axial patterning in cephalochordates, the evolution of the organizer.2007

    • 著者名/発表者名
      Jr-K. Yu, Y. Satou, N.D. Holl,, T. Shin-I, Y. Kohara, N. Satoh, M. Bronner-Fraser, L.Z. Holl
    • 雑誌名

      Nature 445

      ページ: 613-617

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Gene organization of the liverwort Y chromosome reveals distinct sex chromosome evolution in a haploid system.2007

    • 著者名/発表者名
      Katsuyuki T.
    • 雑誌名

      Proceedings of National Academy of Science, USA 104

      ページ: 6472-6477

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The medaka draft genome and new insights into vertebrate genome evolution.2007

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Kasahara.
    • 雑誌名

      Nature 446

      ページ: 714-719

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Retrotransposon Silencing by DNA Methylation can Drive Mammalian Genomic Imprinting.2007

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Suzuki
    • 雑誌名

      PLos Genetics 3, No.4

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of large scale expression sequenced tags(ESTs)from the anural ascidian, Molgula tectiformis.2007

    • 著者名/発表者名
      Fuki Gyoja
    • 雑誌名

      Developmental Biology 307

      ページ: 460-482

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reconstruction of the Vertebrate Ancestral Genome Reveals Dynamic Genome Reorganization in Early Vertebrates.2007

    • 著者名/発表者名
      Yoichiro Nakatani
    • 雑誌名

      Genome Research 17(9)

      ページ: 1254-65

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Axial patterning in cephalochordates and the evolution of the organizer.2007

    • 著者名/発表者名
      Jr-Kai Yu
    • 雑誌名

      Nature 445

      ページ: 613-617

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Gene organization of the liverwort Y chromosome reveals distinct sex chromosome evolution in a haploid system.2007

    • 著者名/発表者名
      Katsuyuki T. Yamato
    • 雑誌名

      PNAS 104

      ページ: 6472-6477

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Retrotransposon Silencing by DNA Methylation can Drive Mammalian Genomic Imprinting2007

    • 著者名/発表者名
      Shunsuke Suzuki
    • 雑誌名

      PLos Genetics 3

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] magp4 gene may contribute to the diversification of cichlid morphs, their speciation.2006

    • 著者名/発表者名
      N. Kobayashi, M. Watanabe, T. Kijimoto, K. Fujimura, M. Nakazawa, K. Ikeo, Y. Kohara, T. Gojobori, N. Okada
    • 雑誌名

      Gene 373

      ページ: 126-133

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Chromosomal mapping of 170 BAC clones in the ascidian Ciona intestinalis2006

    • 著者名/発表者名
      E. Shoguchi, T. Kawashima, Y. Satou, M. Hamaguchi, T. Sin-I, Y. Kohara, N. Putnam, D.S. Rokhsar, N. Satoh
    • 雑誌名

      Genome Research 16

      ページ: 297-303

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Chromosomal mapping of 170 BAC clones in the ascidian Ciona intestinalis.2006

    • 著者名/発表者名
      Eiichi Shoguchi
    • 雑誌名

      Genome Research 16

      ページ: 297-303

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Bisulfate sequencing an dinucleotide content analysis of 15 imprinted mouse differentially methylated regions (DMRs) : paternally methylated DMRs contain less CpGs than maternally methylated DMRs.2006

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, H
    • 雑誌名

      Cytogenet.Genome Res.(Special Issue on Genomic Imprinting) 113

      ページ: 130-137

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] cimp1, A novel Astacin Family Metalloproteinase Gene from East African Cichlids, Is Differentially Expressed Between Species During Growth.2005

    • 著者名/発表者名
      Teiya Kijimoto
    • 雑誌名

      Mol.Biol.Evol. 22(8)

      ページ: 1649-1660

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Extensive analysis of EST sequences reveals that all cichlid species in Lake Victoria share almost identical transcript sets

    • 著者名/発表者名
      Naoki Kobayashi
    • 雑誌名

      Gene (in press)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of large scale expression sequenced tags (ESTs) from the anuraI ascidian, Molgula tectiformis.

    • 著者名/発表者名
      Fuki Gyoja
    • 雑誌名

      Developmental Biology (in press)2007

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Transgenic analysis of medaka mesp-b enhancer in somitogenesis.

    • 著者名/発表者名
      Harumi Terasaki
    • 雑誌名

      Development Growth and Differentiation (in press)

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      2005 実績報告書
  • [学会発表] 非分化性の社会性アメーバ、Acytostelium の遺伝子解析2010

    • 著者名/発表者名
      漆原秀子
    • 学会等名
      第4回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2010-03-07
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ChlamyBase, Chlamydomonas genome database based on the genomic resources of matingtype minus strain and transcriptome data obtained by massively paralleled sequencing2009

    • 著者名/発表者名
      Takeaki Kubo
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Comparative analysis of the Y chromosomes to understand the male-specifi c character in mammalian genome evolution2009

    • 著者名/発表者名
      Yoko Kuroki
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Construction of the genome database and draft genome sequence analysis of anhydrobiotic extremotolerant tardigrade2009

    • 著者名/発表者名
      Toshiaki Katayama
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 極限環境耐性動物クマムシのゲノム解析と機能プロテオミクス2009

    • 著者名/発表者名
      國枝武和
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-10
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考] データベース/ソフトウェアNIG DNA Sequencing Center:

    • URL

      http://dolphin.lab.nig.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] マウスMSMゲノムDB

    • URL

      http://molossinus.lab.nig.ac.jp/msmdb/index.jsp

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      2009 研究成果報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2018-03-28  

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