• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

翻訳終結と共役したmRNA分解制御機構の構造生物学的解明

研究課題

研究課題/領域番号 17026005
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

大澤 匡範  東京大学, 大学院薬学系研究科, 助手 (60361606)

研究分担者 嶋田 一夫  東京大学, 大学院薬学系研究科, 教授 (70196476)
研究期間 (年度) 2005 – 2006
研究課題ステータス 完了 (2006年度)
配分額 *注記
5,600千円 (直接経費: 5,600千円)
2006年度: 2,700千円 (直接経費: 2,700千円)
2005年度: 2,900千円 (直接経費: 2,900千円)
キーワードポリA結合タンパク質 / NMR / mRNA分解 / 構造生物学 / 相互作用解析 / 翻訳終結因子eRF3 / ポリA結合蛋白質(PABP) / mRNA分解酵素
研究概要

(1)PABPの多量体化についての解析
PABPは4個のRNA認識モチーフ(RRM)、蛋白質結合ドメインPABC、およびそれらを繋ぐリンカー領域から構成される蛋白質である。真核生物のmRNA3'末端に付加しているポリAは、約200塩基ほどの長さがあり、23-24塩基あたり1分子のPABPが結合していることが知られている。このポリA結合型PABPは、ポリA非結合型PABPと相互作用し多量体化していることが報告されている。このPABPを介したGSPT/eRF3とポリA分解酵素との共役機構を解明するためには、まず、ポリA上でのPABP多量体機構を明らかにする必要がある。本年度の研究において、ポリA上でのPABP分子間の相互作用を定量的に評価し、相互作用領域をPABP中のドメインRRM1、RRM2およびリンカー領域に存在することを明らかにした。また、得られた結果に基づき、多量体状態モデルを提唱した。
(2)PABP依存性ポリA分解酵素とPABPの相互作用解析
遺伝情報発現の最終段階である「翻訳」過程において、蛋白質の発現量はmRNAの寿命によって制御される。真核生物におけるmRNA分解の最初の段階は、mRNA3'末端のポリAの分解であるが、これを担うポリA分解酵素はポリAに結合しているPABPによりリクルートされる。このPABP依存性ポリA分解酵素は、酵素活性を有するRNaseサブユニットおよびPABP結合サブユニットからなる。本研究において、各サブユニットを大量発現・精製し、サブユニット間相互作用を熱力学的に解析した。また、PABP結合サブユニットは立体構造を形成するN末端ドメインと、特定の立体構造を形成しないC末端領域からなり、前者がRNaseサブユニットと、後者がPABPと相互作用することを明らかにし、そしてその親和性を定量的に求めた。さらに、C末端領域の中でPABPと直接相互作用する12残基からなる領域を同定した。

報告書

(2件)
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2007 2006 2005

すべて 雑誌論文 (15件)

  • [雑誌論文] Nickel binding to NikA : an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography.2007

    • 著者名/発表者名
      Addy C.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 64

      ページ: 221-229

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Pairwise NMR experiments for the determination of protein backbone dihedral angle Phi based on cross-correlated spin relaxation.2007

    • 著者名/発表者名
      Takahashi H.
    • 雑誌名

      J Biomol NMR 37・3

      ページ: 179-185

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Ligand-induced structural changes of the CD44 hyaluronan-binding domain revealed by NMR.2007

    • 著者名/発表者名
      Takeda M.
    • 雑誌名

      J Biol Chem. 281

      ページ: 40089-40095

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Identification and characterization of the slow-exchanging pH-dependent conformational rearrangement in KcsA.2007

    • 著者名/発表者名
      Takeuchi K.
    • 雑誌名

      J Biol Chem. (In press)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Structural Basis of the Transition-state Stabilization in Antibody-catalyzed Hydrolysis.2006

    • 著者名/発表者名
      Sakakura M.
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol. 367・1

      ページ: 133-147

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Probing dynamics and conformational change of the GroEL-GroES complex by 13C NMR spectroscopy.2006

    • 著者名/発表者名
      Nishida N.
    • 雑誌名

      J Biochem (Tokyo). 140

      ページ: 591-598

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Utilization of methyl proton resonances in cross-saturation measurement for determining the interfaces of large protein-protein complexes.2006

    • 著者名/発表者名
      Takahashi H.
    • 雑誌名

      J Biomol NMR 34

      ページ: 167-177

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Rapid Preparation of Stable Isotope Labeled Peptides that Bind to Target Proteins by a Phage Library System.2006

    • 著者名/発表者名
      Mizukoshi Y
    • 雑誌名

      J.Biomol.NMR. 34・1

      ページ: 23-30

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Mg^<2+> and Ca^<2+> differentially regulate DNA binding and dimerization of DREAM.2005

    • 著者名/発表者名
      Osawa M
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 280・18

      ページ: 18008-18014

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] An NMR method for the determination of protein-binding interfaces using dioxygen-induced spin-lattice relaxation enhancement.2005

    • 著者名/発表者名
      Sakakura M
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 127・16

      ページ: 5826-5832

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Direct determination of a membrane-peptide interface using the nuclear magnetic resonance cross-saturation method.2005

    • 著者名/発表者名
      Nakamura T
    • 雑誌名

      Biophys.J. 89・6

      ページ: 4051-4055

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Bead-linked proteoliposomes : a reconstitution method for NMR analyses of membrane protein-ligand interactions2005

    • 著者名/発表者名
      Yokogawa M
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 127・34

      ページ: 12021-12027

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Conformational dynamics of complementarity-determining region H3 of an anti-dansyl Fv fragment in the presence of its hapten.2005

    • 著者名/発表者名
      Nakasako M
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. 351・3

      ページ: 627-640

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Backbone resonance assignments for the Fv fragment of catalytic antibody 6D9 complexed with a transition state analogue.2005

    • 著者名/発表者名
      Sakakura M
    • 雑誌名

      J.Biomol.NMR. 33・4

      ページ: 282-282

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] An NMR method for the determination of protein-binding interfaces using dioxygen-induced spin-lattice relaxation enhancement.2005

    • 著者名/発表者名
      Ueda T
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 280・43

      ページ: 36237-36243

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書

URL: 

公開日: 2005-04-01   更新日: 2018-03-28  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi