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NMRと糖鎖ライブラリーを利用した糖タンパク質の細胞内運命の決定機構の研究

研究課題

研究課題/領域番号 17028047
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関名古屋市立大学

研究代表者

山口 芳樹  名古屋市立大学, 大学院薬学研究科, 講師 (90323451)

研究分担者 加藤 晃一  名古屋市立大学, 大学院薬学研究科, 教授 (20211849)
栗本 英治  名古屋市立大学, 大学院薬学研究科, 助手 (90234575)
高橋 禮子  名古屋市立大学, 大学院薬学研究科, 客員教授 (90079989)
研究期間 (年度) 2005 – 2006
研究課題ステータス 完了 (2006年度)
配分額 *注記
4,800千円 (直接経費: 4,800千円)
2006年度: 2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
2005年度: 2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
キーワード糖鎖 / 生体分子 / 薬学 / 分子認識 / 蛋白質 / 生物物理 / 分析科学
研究概要

1.糖タンパク質と細胞内レクチンとの相互作用
糖鎖修飾は、タンパク質の品質管理・輸送に密接に関係していることが明らかとされている。糖鎖ライブラリーを用いて、様々な細胞内レクチンとの相互作用を主にNMR法およびフロンタルアフィニティクロマトグラフィー法により解析した。これまでにカルレティキュリン、カルネキシン、Fbs1、VIP36、VIPL、ERGIC-53を対象として糖鎖認識の体系的解析を行い、細胞内レクチンの糖鎖の結合特異性および相互作用様式を明らかとした。これらの成果から、細胞内レクチンによる糖鎖認識とN型糖鎖のプロセシングの関係を明らかにすることができた。
2.NEDD8修飾によるユビキチンリガーゼの活性化メカニズムの構造的基盤
ユビキチンをチャージしたE2はE3との相互作用を介して基質にユビキチンを転移する。これまでSCF複合体型E3のcullin-1サブユニットがNEDD8による修飾を受けると、E2のSCF複合体へのリクルートメントが促進され、基質のユビキチン化が亢進することが報告されている。しかしながら、NEDD8修飾によるそのメカニズムの詳細は不明であった。そこで、SCF複合体のNEDD8修飾による活性化メカニズムを構造生物学的に明らかにすることを試みた。NMRによる化学シフト摂動と部位特異変異実験の結果、NEDD8はユビキチンのE2(UBC4)と相互作用するが、NEDD8自身のE2(UBC12)とは相互作用しないことが明らかとなった。興味深いことに、UBC4分子表面上でNEDD8結合部位とE3結合部位は隣接していることが判明した。これらの成果から、ひとたびNEDD8の修飾を受けたSCF複合体はNEDD8自身のE2であるUBC12を排除しつつ、RBX1と協働してユビキチンのE2であるUBC4を選択的にリクルートすることにより、高いE3活性を獲得しているというモデルを提唱した。

報告書

(2件)
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2007 2006 2005

すべて 雑誌論文 (12件) 図書 (5件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Direct interactions between NEDD8 and ubiquitin E2 conjugating enzymes upregulate cullin-based E3 ligase activity2007

    • 著者名/発表者名
      E.Sakata
    • 雑誌名

      Nature Struct.Mol.Biol. 14

      ページ: 167-168

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] NMR assignments of the b' and a' domains of thermophilic fungal protein disulfide isomerase2006

    • 著者名/発表者名
      M.Nakano
    • 雑誌名

      J.Biomol.NMR 36

      ページ: 44-44

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Evolutionally conserved intermediates between ubiquitin and NEDD82006

    • 著者名/発表者名
      R.Kitahara
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. 363

      ページ: 395-404

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Probing dynamics and conformational change of the GroEL-GroES complex by ^<13>C NMR spectroscopy2006

    • 著者名/発表者名
      N.Nishida
    • 雑誌名

      J.Biochem. 140

      ページ: 591-598

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Solution structure and dynamics of Ufm1, a ubiquitin-fold modifier 12006

    • 著者名/発表者名
      H.Sasakawa
    • 雑誌名

      Biochem.Biophys.Res.Commun. 343

      ページ: 21-26

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Glycoform-dependent conformational alteration of the Fc region of human immunoglobulin G1 as revealed by NMR spectroscopy2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Yamaguchi et al.
    • 雑誌名

      Biochim.Biophys.Acta-General Subjects (in press)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Sugar-binding properties of VIP36, an intracellular animal lectin operating as a cargo receptor2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Kamiya et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 280

      ページ: 37178-37182

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Molecular mechanism of ubiquitin recognition by GGA3 GAT domain.2005

    • 著者名/発表者名
      M.Kawasaki et al.
    • 雑誌名

      Genes to Cells 10

      ページ: 639-654

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Conformational Dynamics of Complementarity-determining Region H3 of an Anti-dansyl Fv Fragment in the Presence of its Hapten.2005

    • 著者名/発表者名
      M.Nakasako et al.
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. 351

      ページ: 627-640

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Development of structural analysis of sulfated N-glycans by multi-dimensional HPLC mapping methods.2005

    • 著者名/発表者名
      H.Yagi et al.
    • 雑誌名

      Glycobiology 15

      ページ: 1051-1060

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Structural basis for recognition of ubiquitinated cargo by Tom1-GAT domain2005

    • 著者名/発表者名
      M.Akutsu et al.
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 579

      ページ: 5385-5391

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Mechanistic elucidation of the formation of reduced 2-aminopyridine derivatized oligosaccharides and their application in matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry2005

    • 著者名/発表者名
      S.Sekiya et al.
    • 雑誌名

      Rapid Communications in Mass Spectrometry 19

      ページ: 3607-3611

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] Modern Magnetic Resonance2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Yamaguchi
    • 総ページ数
      1850
    • 出版者
      Springer (The Netherlands)
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [図書] 薬学教科書シリーズ 第2巻 物理系薬学(日本薬学会編)2006

    • 著者名/発表者名
      加藤晃一 他
    • 出版者
      東京化学同人
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] 糖鎖科学の新展開2005

    • 著者名/発表者名
      神谷由紀子 他
    • 出版者
      株式会社エヌ・ティー・エス
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] ファルマシア2005

    • 著者名/発表者名
      山口芳樹 他
    • 出版者
      日本薬学会
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] 未来を拓く糖鎖科学2005

    • 著者名/発表者名
      山口芳樹
    • 総ページ数
      73
    • 出版者
      金芳堂
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [産業財産権] アミノピリジン標識糖鎖の質量分析法2005

    • 発明者名
      関谷禎規, 田中耕一, 加藤晃一, 山口芳樹
    • 権利者名
      株式会社島津製作所
    • 産業財産権番号
      2005-167015
    • 出願年月日
      2005-06-07
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2018-03-28  

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