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電子顕微鏡像の単粒子解析での構造分類と3次元再構成法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 17053021
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関九州工業大学

研究代表者

安永 卓生  九州工業大学, 情報工学部, 助教授 (60251394)

研究期間 (年度) 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
2,900千円 (直接経費: 2,900千円)
2005年度: 2,900千円 (直接経費: 2,900千円)
キーワード生物物理 / 構造生物学 / 電子顕微鏡法 / 画像処理 / 分子モーター / ミオシン / ダイニン / 筋肉
研究概要

安永は、電子顕微鏡像の単粒子解析方法の開発を進めた。まず、電子顕微鏡像の自動抽出のために、SVM(support Vector machine)を用いた新規のアルゴリズムを開発し、Wseas Trans.Biol.Biomed.に報告した。さらに、電子顕微鏡像のデフォーカスによる像の歪みを高速に補正するためのプログラムを開発した。次に、単粒子解析三次元再構成法のための新規の角度決定法として特徴量抽出法をもちいた角度決定法を開発し、この手法は従来の共相関法に比べ雑音に強いということがわかった。傾斜シリーズを用いた三次元再構成法に関して、迅速かつ高精度の解析システムを構築し、インテグリンに適用し、有効であることを示した。構造分類に関しては、主成分分析とクラスター解析を組み合わせた手法を開発してきた。ミオシンII/VI/IX,ダイニンなどの分子モーターに開発した手法を適用し、現在、三次元像を確度の高いものとしているところである。さらに、筋肉の細いフィラメント内部のトロポニンIのC末端サブドメインの位置を電子顕微鏡法で同定し、NMR観察の情報を統合化することにより、J.Mol.Biol.に報告した。また、鞭毛内部での軸糸内椀ダイニンcの配置をクラスター分類、精密化による画像処理法を用いて同定し、J.Biol.Chem.に報告した。電子顕微鏡法により得られた三次元構造の原子モデリングのための新しいアルゴリズムを開発し、J.Plasma.Phys.に印刷中である。

報告書

(1件)
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2005 その他

すべて 雑誌論文 (4件)

  • [雑誌論文] An axonemal dynein particularly important for flagellar movement at high viscosity : Implications from a new chlamydomonas mutant deficient in the dynein heavy chain gene DHC92005

    • 著者名/発表者名
      Yagi, T.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 280

      ページ: 41412-41420

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Structural basis for Ca2+-regulated muscle relaxation at interaction sites of troponin with actin and tropomyosin2005

    • 著者名/発表者名
      Murakami, K
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. 352

      ページ: 178-201

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Automatic Detecting Particles Approach Using Adaboost-SVM2005

    • 著者名/発表者名
      Yang, J.
    • 雑誌名

      Wseas Transactinns on Biology and Biomedicine 2

      ページ: 163-168

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Atomic model construction of protein complexes from electron micrographs and visualization of their 3D structure using VR system

    • 著者名/発表者名
      Noda, K.
    • 雑誌名

      J.Plasma Physics In press

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2018-03-28  

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