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ヒストン修飾酵素によるヒストン認識機構の構造的基盤

研究課題

研究課題/領域番号 17054035
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関横浜市立大学

研究代表者

清水 敏之  横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 準教授 (30273858)

研究分担者 佐藤 衛  横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 教授 (60170784)
研究期間 (年度) 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
4,000千円 (直接経費: 4,000千円)
2005年度: 4,000千円 (直接経費: 4,000千円)
キーワードPAD4 / シトルリン化 / ヒストン / アルギニン / βターン
研究概要

PADは、Ca^<2+>依存的にアルギニン残基を脱イミノ化(シトルリン化)して、シトルリン残基を産出する反応を触媒するタンパク質修飾酵素である。ヒトPADタイプ4(PAD4)は、663アミノ酸残基からなり核内に優先的に局在する。PAD4はヒストン修飾による遺伝子発現の制御、慢性関節リウマチの発症と関与していることが示唆されている。
PAD4はin vivo、in vitroでヒストンH3の2,8,17,26番目とH4の3番目のアルギニンをシトルリン化する。これまでに、ヒストンH3のアルギニン17(H3/R17)とH4のアルギニン3(H4/R3)はの部位がメチル化を受けると、エストロゲンレセプターを介した転写が活性化される。一方、PAD4によってH3/R17とH4/R3がシトルリン化されると、前述したメチル化とは逆に、エストロゲン応答遺伝子の転写が抑制されることが明らかになっている。
我々はPAD4-ヒストンN末端ペプチド複合体の構造決定に成功した複合体においてもN-2からN+2の5残基のアミノ酸の電子密度が明瞭に確認された。PAD4は各々のペプチドN-2からN+1の主鎖と水素結合を形成しており、ペプチドの側鎖との相互作用はターゲットとなるアルギニンとN-2の位置の側鎖でのみ生じていた。さらに、認識されているヒストンペプチドの構造を比較すると、ペプチド鎖は折れ曲がったβターン様の構造をとっていて、その構造は互いに非常によく一致していた。このようなβターン様の構造形成にはArg374とヒストンペプチドとの間の多数の水素結合が大きく寄与していた。このβターン様の構造形成によってペプチドのN-1の主鎖のカルボニル酸素とN+2の主鎖の窒素原子とが同一ペプチド内で相互作用できるようになるので、PAD4と直接相互作用していないN+2のアミノ酸残基が安定化され、その電子密度を確認することができた。

報告書

(1件)
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2005

すべて 雑誌論文 (5件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Structural characterization of calcineurin B homologous protein 1.2005

    • 著者名/発表者名
      Naoe et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 280

      ページ: 32372-32378

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of rat calcineurin B homologous protein 12005

    • 著者名/発表者名
      Naoe et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr F 61

      ページ: 612-613

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] The first crystal structure of a family 31 carbohydrate-binding module with affinity to beta-1,3-xylan2005

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto et al.
    • 雑誌名

      FEBS letter 579(20)

      ページ: 4324-4328

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal structures of type II restriction endonuclease EcoO109I and its complex with cognate DNA.2005

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 280

      ページ: 5605-5610

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal structure of the protein histidine phosphatase SixA in the multistep His-Asp phosphorelay.2005

    • 著者名/発表者名
      Hamada et al.
    • 雑誌名

      Genes Cells 10

      ページ: 1-11

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] タンパク質核酸相互作用 タンパク質科学 構造・物性・機能2005

    • 著者名/発表者名
      清水敏之, 箱嶋敏雄
    • 総ページ数
      579
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2018-03-28  

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