• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

DNAタイルの高信頼セルフアセンブリ技術の研究

研究課題

研究課題/領域番号 17059001
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関東京工業大学

研究代表者

村田 智  東京工業大学, 大学院総合理工学研究科, 助教授 (10334533)

研究分担者 柳田 保子  東京工業大学, 精密工学研究所, 助教授 (10282849)
研究期間 (年度) 2005 – 2006
研究課題ステータス 完了 (2006年度)
配分額 *注記
8,400千円 (直接経費: 8,400千円)
2006年度: 4,200千円 (直接経費: 4,200千円)
2005年度: 4,200千円 (直接経費: 4,200千円)
キーワードナノバイオテクノロジー / DNAタイル / DNA結合タンパク質 / マイクロ流体デバイス / 高信頼セルフアセンブリ / エラー率 / DNA相互作用分子 / RecAタンパク質
研究概要

1)DNAタイルのセルフアセンブリの高信頼化
前年度に引き続きDNAタイルセルフアセンブリ体におけるエラー率の定量化に取り組んだ.DNAオリガミを結晶核としてリボン上の構造を生成し,その上にXOR演算タイルを成長させた.これをAFM観察し,エラー率の精密な測定を行った.また,タイル種ごとの濃度,アニールによる温度変化などの条件を考慮したシミュレーションシステムを構築し,リボンアセンブリにおける実測値と予想値を比較して良好な一致を見た.エラー抑制手法としては,SST(single stranded tile)と呼ばれるより単純なDNAモチーフに対してLTMが適用可能であることをしめした.また,マイクロ流体デバイスを用いたDNAタイルのステップワイズアセンブリ実験に成功し,送液順序によりDNAセルフアセンブリ結晶の階層構造が制御可能であることを蛍光観察実験により実証した.
2)DNA相互作用分子による機能発現
2層化DNAタイル構造上にナノ微粒子を位置特異的に固定化するための基礎研究を行い、ビオチン化DNA上にアビジン修飾ナノ微粒子を周期的に配置したナノ構造体の長鎖化に成功した。また鋳型DNAとRecAタンパク質および一本鎖DNAによる塩基配列特異的複合体形成に適した塩基配列の決定を行なった。

報告書

(2件)
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2006 2005

すべて 雑誌論文 (13件) 図書 (1件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] DNAを用いた微小粒子のナノ位置決め2006

    • 著者名/発表者名
      初澤 毅, 小山内寛, 柳田保子
    • 雑誌名

      精密工学会誌 Vol.72,No.11

      ページ: 1407-1410

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A Microfluidic Device for DNA Tile Self-Assembly2006

    • 著者名/発表者名
      K.Somei, S.Kaneda, T.Fujii, S.Murata
    • 雑誌名

      11th International Workshop on DNA Computing, Revised Selected Papers (DNA11) LNCS 3892

      ページ: 325-335

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Hybridization in a Microfluidic Device for DNA Tile Self-Assembly2006

    • 著者名/発表者名
      K.Somei, S.Kaneda, T.Fujii, S.Murata
    • 雑誌名

      Proc. Foundations of Nanoscience, Self-Assembled Architectures and Devices (FNANO2006)

      ページ: 148-152

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Reversible Signal Amplification by Linear Hybridization Chain Reaction2006

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Suzuki, Ken Komiya, Satoshi Murata
    • 雑誌名

      Preliminary Proceedings of 12^<th> International Meeting on DNA Computing (DNA11)

      ページ: 418-418

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Self-Assembling Systems2006

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Murata
    • 雑誌名

      9^<th> Japanese-American Kavli Frontiers of Science Symposium, National Academy of Sciences (JAFoS) (CD-ROM)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Computation by DNA Molecule2006

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Murata
    • 雑誌名

      SCIS&ISIS 2006 (invited session) (CD-ROM)

    • NAID

      130004672582

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A method of error suppression for self-assembling DNA tiles.2005

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Fujibayashi, Satoshi Murata
    • 雑誌名

      Lecture Notes on Computer Science (DNA10) 3384

      ページ: 113-127

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] A Microfluidic Device for DNA Tile Self-Assembly2005

    • 著者名/発表者名
      Koutaro Somei, Shohei Kaneda, Teruo Fujii, S.Murata
    • 雑誌名

      Preliminary Proc.10th International Meeting on DNA Computing (DNA11)

      ページ: 136-146

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] DNAタイルの自己集合ダイナミクス2005

    • 著者名/発表者名
      藤林健一, 村田智
    • 雑誌名

      第59回形の科学シンポジウム

      ページ: 1-2

    • NAID

      10016160890

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Layered Tile Model-Error Reduction for DNA Tile Self-Assembly2005

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Murata, Kenichi Fujibayashi, David Zhang, Erik Winfree
    • 雑誌名

      The 2^<nd> International Conference on Biocomputers, Seoul National University

      ページ: 1-1

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 高信頼DNAセルフアセンブリのシミュレーション2005

    • 著者名/発表者名
      藤林健一, 村田智
    • 雑誌名

      特定領域「分子プログラミング」サマーセミナー

      ページ: 1-1

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Nano-particle positioning and bottom up structure formation on DNA strand2005

    • 著者名/発表者名
      Yanagida Y., Mori H., Fujimori Y., Hatsuzawa T.
    • 雑誌名

      Pacifichem 2005,Honolulu, Hawaii, USA

      ページ: 15-20

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] DNAを用いたナノ粒子の位置決め-対合効率と長鎖化の検討-2005

    • 著者名/発表者名
      小山内, 柳田, 初澤
    • 雑誌名

      2005年精密工学会秋季大会学術講演会講演論文集 L03

      ページ: 949-950

    • NAID

      130004657255

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] 進化・情報・かたち-"生命知"のパースペクティブ,4-2 生物の形-システムの生成と進化の観点から2006

    • 著者名/発表者名
      村田 智(分担執筆)
    • 出版者
      培風館
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [産業財産権] Apparatus and method for fabricating Nanoconstruct2006

    • 発明者名
      村田智, 染井康太郎
    • 権利者名
      東京工業大学
    • 出願年月日
      2006
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [産業財産権] ナノ構造の作成装置および方法2005

    • 発明者名
      村田 智, 染井 康太郎
    • 権利者名
      東京工業大学
    • 産業財産権番号
      2005-164203
    • 出願年月日
      2005-06-03
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書

URL: 

公開日: 2005-04-01   更新日: 2018-03-28  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi