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階層的統計モデルに基づく異種ゲノム情報の統合手法に関する総合研究

研究課題

研究課題/領域番号 17200020
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 統計科学
研究機関統計数理研究所

研究代表者

樋口 知之  統計数理研究所, モデリング研究系, 教授 (70202273)

研究分担者 川崎 能典  統計数理研究所, モデリング研究系, 准教授 (70249910)
吉田 亮  統計数理研究所, モデリング研究・, 助教 (70401263)
玉田 嘉紀  統計数理研究所, 統計科学技術センター, 助教
上野 玄太  統計数理研究所, モデリング研究系, 助教 (40370093)
染谷 博司  統計数理研究所, モデリング研究系, 助教 (00333518)
井元 清哉  東京大学, 医科学研究所・ヒトゲノム研究系, 准教授 (10345027)
連携研究者 上野 玄太  統計数理研究所, モデリング研究, 助教 (40370093)
染谷 博司  統計数理研究所, モデリング研究系, 助教 (00333518)
井元 清哉  東京大学, 医科学研究所・ヒトゲノム解析センター, 准教授 (10345027)
研究協力者 ターミエ アレックス  情報・システム研究機構, 新領域融合研究センター, 融合プロジェクト特任研究員 (60435823)
石垣 司  総合研究大学院大学複合科学研究科, 博士課程 (20469597)
研究期間 (年度) 2005 – 2008
研究課題ステータス 完了 (2008年度)
配分額 *注記
46,800千円 (直接経費: 36,000千円、間接経費: 10,800千円)
2008年度: 12,610千円 (直接経費: 9,700千円、間接経費: 2,910千円)
2007年度: 12,610千円 (直接経費: 9,700千円、間接経費: 2,910千円)
2006年度: 12,610千円 (直接経費: 9,700千円、間接経費: 2,910千円)
2005年度: 8,970千円 (直接経費: 6,900千円、間接経費: 2,070千円)
キーワード階層ベイズ / 状態空間モデル / グラフィカルモデル / ベイジアンネットワーク / マイクロアレイデータ / 遺伝子ネットワーク / カルバックライブラーカーネル / スペクトル判別 / ゲノム / マイクロアレイ / モデル化 / ソフトコンピューティング / プロテオーム
研究概要

一般に生物学的知識は,データベースの形に具現化されることが多い.データベースに登録された情報にも信頼度の属性を与え,つまりそれを確率変数として取り扱うことで,データベースの登録上の過誤やその情報の不確実さをモデル化し,今までのモデルをさらに階層化したベイズモデルを構成した.これにより,マイクロアレイデータからの情報抽出,既存の生物学的知識の有効活用,データベースの信頼性の検証などを統一的に可能にする枠組みを構築した.

報告書

(5件)
  • 2008 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (57件)

すべて 2008 2007 2006 2005 2000 その他

すべて 雑誌論文 (35件) (うち査読あり 21件) 学会発表 (6件) 図書 (8件) 備考 (8件)

  • [雑誌論文] Statistical inference of transcriptional module-based gene networks from time course gene expression profiles by using state space models2008

    • 著者名/発表者名
      O. Hirose, R. Yoshida, S. Imoto, R. Yamaguchi, T. Higuchi, D. S. Charnock-Jones, C. Print, S. Miyano
    • 雑誌名

      Bioinformatics Vol. 24, No.7

      ページ: 932-942

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bayesian learning of biological pathways on genomic data assimilation2008

    • 著者名/発表者名
      R. Yoshida, M. Nagasaki, R. Yamaguchi, S. Imoto, S. Miyano, T. Higuchi
    • 雑誌名

      Bioinformatics Vol.24, No.22

      ページ: 2592-2601

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Predicting differences in gene regulatory systems by state space models2008

    • 著者名/発表者名
      R. Yamaguchi, S. Imoto, M. Yamauchi, M. Nagasaki, R. Yoshida, T. Shimamura, Y. Hatanaka, K. Ueno, T. Higuchi, N. Gotoh, S. Miyano
    • 雑誌名

      Genome Informatics 21:

      ページ: 101-113

    • NAID

      130003997534

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Statistical inference of transcriptional module-based gene networks from time course gene expression profiles by using state space models2008

    • 著者名/発表者名
      O. Hirose
    • 雑誌名

      Bioinformatics Vol. 24, No. 7

      ページ: 932-942

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bayesian learning of biological pathways on genomic data assimilation2008

    • 著者名/発表者名
      R. Yoshida
    • 雑誌名

      Bioinformatics Vol. 24, No. 22

      ページ: 2592-2601

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Predicting differences in gene regulatory systems by state space models2008

    • 著者名/発表者名
      R. Yamaguchi
    • 雑誌名

      Genome Informatics 21

      ページ: 101-113

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Kullback-Leiblerカーネルによる正規化周波数スペクトル判別とその圧力調整器劣化診断への応用2007

    • 著者名/発表者名
      石垣司, 樋口知之, 渡辺嘉二郎
    • 雑誌名

      電子情報通信学会論文誌D Vol. J90-D, No.10

      ページ: 2787-2797

    • NAID

      110007380586

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mixed factors analysis: Unsupervized statistical discrimination with kernel feature extraction2007

    • 著者名/発表者名
      R. Yoshida, T. Higuchi(他2名)
    • 雑誌名

      Proceedings of The International Workshop on Data-Mining and Statistical Science (DMSS2007) No.25

      ページ: 71-88

    • NAID

      130008079498

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Kullback-Leiblerカーネルの正規化スペクトル判別における特性2007

    • 著者名/発表者名
      石垣 司, 樋口知之
    • 雑誌名

      第4回人工知能学会データマイニングと統計数理研究会(JSAI SIG-DMSM)予稿集

    • NAID

      130008079488

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] ArrayCluster: an analytic tool for clustering, data visualization and module finder on gene expression profiles2006

    • 著者名/発表者名
      R. Yoshida, T. Higuchi, S. Imoto, S. Miyano
    • 雑誌名

      Bioinformatics 22

      ページ: 1538-1539

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genomic Data Assimilation for Estimating Hybrid Functional Petri Net from Time-course Gene Expression Data2006

    • 著者名/発表者名
      M. Nagasaki, R. Yamaguchi, R. Yoshida, S. Imoto, A. Doi, Y. Tamada, H. Matsuno, S. Miyano, T. Higuchi
    • 雑誌名

      Genome Informatics(IBSB2006) 17, (1)

      ページ: 46-61

    • NAID

      130003812105

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Spectrum classification for early fault diagnosis of LP gas pressure regulator based on Kullback-Leibler Kernel2006

    • 著者名/発表者名
      T. Ishigaki, T. Higuchi, K. Watanabe
    • 雑誌名

      Proceedings of the 2006 IEEE Signal Processing Society Workshop(MLSP2006)

      ページ: 453-458

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Kullback-Leibler カーネルを用いたSVMによる高ガス圧力調整器の早期故障診断2006

    • 著者名/発表者名
      石垣司, 樋口知之, 渡辺嘉二郎
    • 雑誌名

      Proceedings of The International Workshop on Data-Mining and Statistical Science

      ページ: 220-225

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Modeling and Estimation of Dynamic EGFR Pathway by Data Assimilation Approach Using Time Series Proteomic Data2006

    • 著者名/発表者名
      S. Tasaki, M. Nagaski, M. Oyama, H. Hata, K. Ueno, R. Yoshida, T. Higuchi, S. Sugano, S. Miyano
    • 雑誌名

      Proceedings of Genome Informatics 2006 17(2)

      ページ: 226-238

    • NAID

      130003997452

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] State-space Approach with the Maximum Likelihood Principle to Identify the System-Generating Time Course Gene Expression Date of Yeast2006

    • 著者名/発表者名
      R. Yamaguchi, T. Higuchi
    • 雑誌名

      International Journal of Data Mining and Bioinformatics Vol.1, No.1

      ページ: 77-87

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Error tolerant model for incorporating biological knowledge with expression data in estimating gene networks Statistical Methodology2006

    • 著者名/発表者名
      S.Imoto, T.Higuchi, T.Goto, S. Miyano
    • 雑誌名

      Statistical Methodology 3

      ページ: 1-16

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] State-space Approach with the Maximum Likelihood Principle to Identify the System-Generating Time Course Gene Expression Date of Yeast2006

    • 著者名/発表者名
      R.Yamaguchi, T.Higuchi
    • 雑誌名

      International Journal of Data Mining and Bioinformatics Vol.1, No.1

      ページ: 77-87

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] ArrayCluster : An Analytic Tool for Clustering, Data Visualization2006

    • 著者名/発表者名
      R.Yoshida, T.Higuchi 他2名
    • 雑誌名

      Module Finder on Gene Expression Profiles 22

      ページ: 1538-1539

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Genomic Data Assimilation for Estimating Hybrid Functional Petri Net from Time-course Gene Expression Data2006

    • 著者名/発表者名
      M.Nagasaki, T.Higuchi 他7名
    • 雑誌名

      Proceedings of The Sixth International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2006) 17(1)

      ページ: 46-61

    • NAID

      130003812105

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Spectrum classification for early fault diagnosis of LP gas pressure regulator based on Kullback-Leibler Kernel2006

    • 著者名/発表者名
      T.Ishigaki, T.Higuchi 他1名
    • 雑誌名

      Proceedings of 2006 IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing

      ページ: 453-458

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Kullback-Leiblerカーネルを用いたSVMによる高圧ガス圧力調整器の早期故障診断2006

    • 著者名/発表者名
      石垣 司, 樋口 知之 他1名
    • 雑誌名

      Proceedings of The International Workshop on Data-Mining and Statistical Science

      ページ: 220-225

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Modeling and Estimation of Dynamic EGFR Pathway by Data Assimilation Approach Using Time Series Proteomic Data2006

    • 著者名/発表者名
      S.Tasaki, T.Higuchi 他7名
    • 雑誌名

      Proceedings of Genome Informatics 2006 17(2)

      ページ: 226-238

    • NAID

      130003997452

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Error tolerant model for incorporating biological knowledge with expression data in estimating gene networks Statistical Methodology2006

    • 著者名/発表者名
      S.Imoto, T.Higuchi, T.Goto, S.Miyano
    • 雑誌名

      Statistical Methodology 3

      ページ: 1-16

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] State-space Approach with the Maximum Likelihood Principle to Identify the System-Generating Time Course Gene Expression Date of Yeast2006

    • 著者名/発表者名
      R.Yamaguchi, T.Higuchi
    • 雑誌名

      International Journal of Data Mining and Bioinformatics (in print)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Residual Bootstrapping and Median Filtering for Robust Estimation of Gene Networks from Microarray Data2005

    • 著者名/発表者名
      S. Imoto, T. Higuchi, S. Kim, E. Jeong, S. Miyano
    • 雑誌名

      Proceedings of Computational Methods in Systems Biology 3082

      ページ: 149-160

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Estimating gene networks with cDNA microarray Data Using State-space models2005

    • 著者名/発表者名
      R. Yamaguchi, S. Yamashita, T. Higuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of 2005 International Workshop on Data Mining and Bioinformatics 3482

      ページ: 381-388

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Penalized Likelihood Estimation on Transcriptional Module-based Clusterintg2005

    • 著者名/発表者名
      R.Yoshida, S. Imoto, T. Higuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of 2005 International Workshop on Data Mining and Bioinformatics 3482

      ページ: 389-401

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Estimating Time-Dependent Gene Networks from Time Series Microarray Data by Dynamic Linear Models with Markov Switching2005

    • 著者名/発表者名
      R.Yoshida, S. Imoto, T. Higuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of Computational Systems Bioinformatics Conference(CSB2005)

      ページ: 289-298

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Residual Bootstrapping and Median Filtering for Robust Estimation of Gene Networks from Microarray Data2005

    • 著者名/発表者名
      S.Imoto, T.Higuchi, S.Kim, E.Jeong, S.Miyano
    • 雑誌名

      Proceedings of Computational Methods in Systems Biology 3082

      ページ: 149-160

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Estimating gene networks with cDNA microarray Data Using State-space models2005

    • 著者名/発表者名
      R.Yamaguchi, S.Yamashita, T.Higuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of 2005 International Workshop on Data Mining and Bioinformatics 3482

      ページ: 381-388

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] A Penalized Likelihood Estimation on Transcriptional Module-based Clustering2005

    • 著者名/発表者名
      R.Yoshida, S.Imoto, T.Higuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of 2005 International Workshop on Data Mining and Bioinformatics 3482

      ページ: 389-401

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Estimating Time-Dependent Gene Networks from Time Series Microarray Data by Dynamic Linear Models with Markov Switching2005

    • 著者名/発表者名
      R.Yoshida, S.Imoto, T.Higuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of Computational Systems Bioinformatics Conference (CSB2005)

      ページ: 289-298

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Kullback-Leibler カーネルによる正規化周波数スペクトル判別とその圧力調整器劣化診断への応用2000

    • 著者名/発表者名
      石垣司, 樋口知之, 渡辺嘉二郎
    • 雑誌名

      電子情報通信学会論文誌D Vol. J90-D No. 10

      ページ: 2787-2797

    • NAID

      110007380586

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mixed factors analysis: Unsupervized statistical discrimination with kernel feature extraction2000

    • 著者名/発表者名
      R. Yoshida, T. Higuchi, S. Imoto, S. Miyano
    • 雑誌名

      Proceedings of The International Workshop on Data-Mining and Statistical Science (DMSS2007) No.25

      ページ: 71-88

    • NAID

      130008079498

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Kullback-Leibler カーネルの正規化スペクトル判別における特性

    • 著者名/発表者名
      石垣司,樋口知之
    • 雑誌名

      第4 回人工知能学会データマイニングと統計数理研究会(JSAI SIG-DMSM)予稿集

      ページ: 2007-2007

    • NAID

      130008079488

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Predicting differences in gene regulatory systems by state space models2008

    • 著者名/発表者名
      R. Yamaguchi, S. Imoto, M. Yamauchi,M. Nagasaki, R. Yoshida, T. Shimamura, Y. Hatanaka, K. Ueno, T. Higuchi,N. Gotoh, S. Miyano
    • 学会等名
      The 19th International Conference on Genome Informatics (GIW2008)
    • 発表場所
      Gold Coast ,Australia
    • 年月日
      2008-12-02
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Predicting differences in gene regulatory systerms by state space models2008

    • 著者名/発表者名
      R. Yamaguchi
    • 学会等名
      The 19th International Conference on Genome Informatics (GIW2008)
    • 発表場所
      Gold Coast, Australia
    • 年月日
      2008-12-02
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Clustering with time course gene expression profiles and the mixture of state spase models2007

    • 著者名/発表者名
      O. Hirose*, R. Yoshida, R. Yamaguchi,S. Imoto, T. Higuchi, S. Miyano
    • 学会等名
      The Seventh Annual International Worksyop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2007)
    • 発表場所
      東京大学医科学研究所
    • 年月日
      2007-08-02
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Clustering with time course gene expression profiles and the mixture of state space models2007

    • 著者名/発表者名
      O. Hirose, T. Higuchi(他3名)
    • 学会等名
      The Seventh Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology
    • 発表場所
      東京大学 医科学研究所
    • 年月日
      2007-08-02
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Genomic Data Assimilation for Estimating Hybrid Functional Petri Net from Time-course Gene Expression Data2006

    • 著者名/発表者名
      M. Nagasaki, R. Yamaguchi*, R. Yoshida, S. Imoto, A. Doi, Y. Tamada, H. Matsuno, S. Miyano, T. Higuchi
    • 学会等名
      The Sixth International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2006)
    • 発表場所
      Boston,MA USA
    • 年月日
      2006-07-24
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Estimating Time-Dependent Gene Networks from Time Series Microarray Data by Dynamic Linear Models with Markov Switching2005

    • 著者名/発表者名
      R. Yoshida, S. Imoto, T. Higuchi*
    • 学会等名
      Computational Systems Bioinformatics Conference(CSB2005)
    • 発表場所
      Stanford, CA USA
    • 年月日
      2005-08-09
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [図書] パターン認識と機械学習 下 - ベイズ理論による統計的予測[翻訳&監訳]2008

    • 著者名/発表者名
      樋口知之
    • 総ページ数
      433
    • 出版者
      シュプリンガー・ジャパン
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [図書] パターン認識と機械学習 下-ベイズ理論による統計的予測[翻訳&監訳]2008

    • 著者名/発表者名
      樋口知之
    • 総ページ数
      433
    • 出版者
      シュプリンガー・ジャパン
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [図書] ベイジアンモデリングによる実世界イノベーション 統計数理は隠された未来をあらわにする2007

    • 著者名/発表者名
      樋口知之
    • 総ページ数
      136
    • 出版者
      東京電機大学出版局
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [図書] ベイジアンモデリングによる実世界イノベーション 統計数理は隠された未来をあらわにする2007

    • 著者名/発表者名
      樋口 知之
    • 総ページ数
      136
    • 出版者
      東京電機大学出版局
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] バイオインフォマティクス事典 (S. Miyano 他 編集)2006

    • 著者名/発表者名
      分担執筆 T. Higuchi
    • 総ページ数
      807
    • 出版者
      共立出版
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [図書] バイオインフォマティクス事典2006

    • 著者名/発表者名
      分担執筆(S.Miyano 他 編集)
    • 総ページ数
      807
    • 出版者
      共立出版
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [図書] モデルヴァリデーション(第3章:地球科学におけるモデルヴァリデーション)2005

    • 著者名/発表者名
      樋口知之(他 北川源四郎・岸野洋久・山下智志・川崎能典)
    • 総ページ数
      210
    • 出版者
      共立出版
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [図書] モデルヴァリデーション(第3章:地球科学におけるモデルヴァリデーション)2005

    • 著者名/発表者名
      樋口知之(他 北川源四郎, 岸野洋久, 山下智志, 川崎能典)
    • 総ページ数
      210
    • 出版者
      共立出版
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~higuchi/

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://daweb.ism.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://metagp.ism.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://daweb.ism.ac.jp/~yoshidar/software/ssm/

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考] ソフト開発 Mta Gene Profiler Web インターフェース

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考] http://daweb.ism.ac.jp/

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~higuchi/

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.ism.ac.jp/~higuchi/

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://daweb.ism.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

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