研究課題
基盤研究(B)
本研究は、溶液中における糖鎖の立体構造解析を分子動力学コンピューター・シミュレーション法により行うものである。その新しい方法としてアンブレラサンプリングの方法を適用した自由エネルギー解析法を開発することを目的とした。この方法は、これまで糖鎖の立体構造解析がほとんど真空中で行われていたのに対し、溶媒分子との相互作用を考慮に入れた溶液中における糖鎖の立体構造を解析する方法を提供するものである。この方法と通常の分子動力学シミュレーションを組み合わせてグリコプロテインなどの立体構造解析を行い、今後のバイオ研究において益々重要になると思われる糖鎖の構造と機能、さらには構造予測の研究を進めたい。研究実績は以下の通りである。まず、自由エネルギーの計算方法に関しては基本的なプログラムは完成し、このプログラムの適用評価とプログラムの改良を行うために糖鎖のエネルギーマップを作成した。ターゲット糖鎖として免疫グロブリンに結合した糖鎖を選び、その糖鎖を構成する多種類の2糖の立体構造を全て決定した。決定した2糖単位はグリコプロテインの代表的構成単位を含んでおり、「糖鎖構造計算ライブラリー」を作成していく上でコアーのデーターとして重要である。
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Tetrahedron. 64
ページ: 5773-5778
Tetrahedron 64
Carbohydrate Research. 342
ページ: 1202-1209
Chem. Phys. Lett. 440
ページ: 64-69
ページ: 2433-2440
J. Am. Soc. Mass Spectrom. 18
ページ: 1914-1920
Carbohydr. Res 342
Chem. Phys. Lett 440
J. Am. Soc. Mass Spectrom 18
Carbohydr. Res. 342
Carbohydr. Res. (in press.)
chem. Phys. Lett (inpress.)
Carbohydrate Research. 341
ページ: 2565-2574
Chem Asian J. 1
ページ: 852-859
Carbohydrate Research 341
Chem Asian J 1
Colloids and Surfaces A. Physicochemical and Engineering Aspects 284-285
ページ: 528-531
ページ: 599-602
J. Phys. Chem. A. 110
ページ: 9816-9827
Applied Physics Letters. 89
ページ: 263501-263501
Colloids and Surfaces A.Physicochemical and Engineering Aspects (in press)(7〜8月掲載予定)
Bull.Chem.Soc.Jpn. 78
ページ: 430-434
10015431882
