| 研究課題/領域番号 |
17300095
|
|---|
| 研究種目 |
基盤研究(B)
|
| 配分区分 | 補助金 |
|---|
| 応募区分 | 一般 |
|---|
| 研究分野 |
生体生命情報学
|
|---|
| 研究機関 | 東京医科大学 |
|---|
研究代表者 |
大屋敷 純子 東京医科大学, 医学部, 准教授 (20191950)
|
|---|
| 研究分担者 |
高久 智生 東京医科大学, 医学部, 臨床研究医 (20408256)
山田 聖子 (本多 聖子) 東京医科大学, 医学部, 兼任助教 (30408257)
OHYASHIKI Junko Tokyo Medial University, School of Medicine, Clinical Research Associate (20191950)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2005 – 2007
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2007年度)
|
| 配分額 *注記 |
8,090千円 (直接経費: 7,400千円、間接経費: 690千円)
2007年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2006年度: 2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
2005年度: 2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
|
|---|
| キーワード | DNAコンピューター / 遺伝子発現解析 / 絶対定量 / ウイルス感染症 / 論理演算 / DNAマイクロアレイ |
|---|
| 研究概要 |
DNAコンピューティングを応用した遺伝子発現解析は遺伝子解析の新たな手法としてDNAマイクロアレイ以上の成果が予測されており、Suyamaらはサンプルより得られたcDNAをDNAコードナンバーとして変換し、アッセイ系にもちこむ方法を開発している(Sakakibara Y. and Suyama A. Genome Informatics 11:33-42, 2000)。本研究はDNAコンピューターという医学分野ではなじみのない概念をヒト試料の遺伝子発現解析に応用したものである。DNAマイクロアレイ解析および情報解析から医学分野でのモデル実験系を選定し、アッセイ系の確立を目指した。その結果、DNAコンピューターとはオリゴターゲットのみならず、ヒト細胞でも遺伝子発現解析手法として有用であることが検証された。この系ではヒト遺伝子発現とともに病原体(ウイルス)遺伝子発現の変化も追跡可能である。すなわち、DCNに符号化することによりヒト遺伝子、ウイルス遺伝子ともにTag化され、同一のプラットフォームで解析可能と考えられた。ライゲーションの効率によるエンコード反応のばらつきなどの問題点を解決するためには、標的配列を有するリファレンスを用いた標準化の必要があり、方法論的に改善すべき点はあるが、DCNへの変換により「再現性のある」絶対定量系としての意義は大きい。今後は疾患モデルを用いた実験系の確立および予防医学的アプローチに本システムの展開が期待される。
|
