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ヒドロキシ安息香酸プレニルトランスフェラーゼの構造生物学的解析による分子解剖

研究課題

研究課題/領域番号 17310126
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物分子科学
研究機関京都大学

研究代表者

矢崎 一史  京都大学, 生存圏研究所, 教授 (00191099)

研究期間 (年度) 2005 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
15,750千円 (直接経費: 14,400千円、間接経費: 1,350千円)
2007年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2006年度: 4,600千円 (直接経費: 4,600千円)
2005年度: 5,300千円 (直接経費: 5,300千円)
キーワードヒドロキシ安息香酸 / プレニルトランスフェラーゼ / 膜結合性タンパク質 / 二次代謝 / シコニン / ユビキノン / 生合成 / 3次元モデル
研究概要

これまでの研究から、ムラサキの膜結合型PHB:ゲラニルトランスフェラーゼLePGT1をSf9で大量発現し、活性を持った状態で可溶化し、C-末端に付加したHis-tagを利用してNi-NTA-agaroseのアフィニティーカラムで単一に精製するプロトコールを至適化した。これは本ファミリーに属する膜蛋白質において最初の成果である。しかし、活性保持と結晶化を両立できる界面活性剤が見いだされなかったことと、この系で得られるLePGT1蛋白質の量から算出されるSf9培養用の血清必要量が膨大になったことにより、この系におけるLePGT1の大量発現には限界があると判断した。最近のNatureの論文より、Pichiaが植物膜蛋白質の発現に適し、大量培養に必要な経費も低く抑えられるとの情報が得られたことより、再検討の結果ホストをPichiaに変更することにした。
一方で、ファルネシルジリン酸合成酵素(FPPS)の結晶構造を利用した分子モデリングを行った。得られた3D構造を使い、ドッキングシュミレーションを行ったところ、NdxxDxxxDモチーフの2つのDがマグネシウムを介したキレート結合でGPPを認識すること、さらにこのモチーフのあるヘリックスとHQDxxDを含むヘリックスの間にPHB分子が固定され、置換されるm-位のHがゲラニルのリン酸基と2.7Aの距離にくる3D構造を出すことに成功した。これは、昨年の部位特異的突然変異実験により得られた生化学的データをよく説明できるものであり、基質認識に重要なアミノ酸のほぼ全てがこの基質結合ポケットの内側に向いていることも判明した。この結合ポケットの3D構造は、本研究の当初の目的に対して一定の達成といえる成果であり、また本分子モデリングの手法は、結晶化の困難な他の膜蛋白質にも応用可能と期待される。

報告書

(4件)
  • 2007 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (54件)

すべて 2008 2007 2006 2005 2002 その他

すべて 雑誌論文 (31件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (22件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Cloning and characterization of naringenin 8-prenyltransferase, a flavonoid-specific prenyltransferase of Sophora flavescens.2008

    • 著者名/発表者名
      Sasaki, K
    • 雑誌名

      Plant Physiology 146

      ページ: 1075-1084

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Galactinol synthase gene of Coptis japonica involved in berberine tolerance.2008

    • 著者名/発表者名
      Takanashi, K.
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, Biochemistry 72

      ページ: 398-405

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cloning and characterization of naringenin 8-prenyltransferase, a flavonoid-specific prenyltransferase of Sophora flavescens.2008

    • 著者名/発表者名
      Sasaki, K., et al.
    • 雑誌名

      Plant Physiol. 146 (3)

      ページ: 1075-1084

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Galactinol synthase gene of Coptis japonicainvolved in berberine tolerance.2008

    • 著者名/発表者名
      Takanashi, K., et al.
    • 雑誌名

      Biosci., Biotech., Biochem. 72 (2)

      ページ: 398-405

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Cloning and characterization of naringenin 8-prenyltransfbrase, a flavonoid-specific prenyltransferase of Sophora flavescens.2008

    • 著者名/発表者名
      Sasaki, K
    • 雑誌名

      Plant Physiology 146

      ページ: 1075-1084

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bowman-Birk proteinase inhibitor confers heavy metal and multiple drug tolerance in yeast.2007

    • 著者名/発表者名
      Shitan, N.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiology 48

      ページ: 193-197

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Plants utilize isoprene emission as a thermotolerance mechanism.2007

    • 著者名/発表者名
      Sasaki, K.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiology 48

      ページ: 1254-1262

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Involvement of a soybean ATP-binding cassette-type transporter in the secretion of genistein, a signal flavonoid in legume-Rhizobium symbiosis.2007

    • 著者名/発表者名
      Sugiyama, A.
    • 雑誌名

      Plant Physiology 144

      ページ: 2000-2008

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bowman-Birk proteinase inhibitor confers heavy metal and multiple drug tolerance in yeast.2007

    • 著者名/発表者名
      Shitan, N., et al.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol. 48 (1)

      ページ: 193-197

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Plants utilize isoprene emission as a thermotolerance mechanism.2007

    • 著者名/発表者名
      Sasaki, K., et al.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol. 48 (9)

      ページ: 1254-1262

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Involvement of a soybean ATP-binding cassettetype transporter in the secretion of genistein, a signal flavonoid in legume-Rhizobium symbiosis.2007

    • 著者名/発表者名
      Sugiyama, A., et al.
    • 雑誌名

      Plant Physiol. 144 (4)

      ページ: 2000-2008

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Identification of a WRKY Protein as a Transcriptional Regulator of Benzylisoquinoline Alkaloid Biosynthesis in Coptis japonica.2007

    • 著者名/発表者名
      Kato, N.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiology 48(1)

      ページ: 8-18

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Bowman-Birk proteinase inhibitor confers heavy metal and multiple drug tolerance in yeast2007

    • 著者名/発表者名
      Shitan, N.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiology 48(1)

      ページ: 193-197

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Functional characterization of OsPPT1, which encodes p-hydroxy benzoate polyprenyltransferase involved in ubiquinone biosynthes is in Oryza sativa.2006

    • 著者名/発表者名
      Ohara, K.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiology 45

      ページ: 581-590

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome-wide analysis of ATP-binding cassette (ABC) proteins in a model legume plant, Lotus japonicus : comparison with Arabidopsis ABC protein family2006

    • 著者名/発表者名
      Sugiyama, A.
    • 雑誌名

      DNA Research 13

      ページ: 205-228

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of vacuolar transport of the endogenous akaloid berberine in Coptis japonica.2006

    • 著者名/発表者名
      Otani, M., et al.
    • 雑誌名

      Plant Physiol. 138 (4)

      ページ: 1939-1946

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Functional characterization of OsPPT1, which encodes p-hydroxybenzoate polyprenyltransferase involved in ubiquinone biosynthesis in Oryzasativa.2006

    • 著者名/発表者名
      Ohara, K., et al.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol. 45 (5)

      ページ: 581-590

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Genome-wide analysis of ATP-binding cassette (ABC) proteins in a model legume plant, Lotus japonicus: comparison with Arabidopsis ABC protein family.2006

    • 著者名/発表者名
      Sugiyama, A., et al.
    • 雑誌名

      DNA Res. 13 (5)

      ページ: 205-228

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Genome-wide analysis of ATP-binding cassette (ABC) proteins in a model legume plant, Lotus japonicus : comparison with Arabidopsis ABC protein family2006

    • 著者名/発表者名
      Sugiyama, A.
    • 雑誌名

      DNA Research 13(5)

      ページ: 205-228

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Functional characterization of OsPPT1, which encodes p-hydroxybenzoate polyprenyltransferase involved in ubiquinone biosynthesis in Oryza sativa.2006

    • 著者名/発表者名
      Ohara, K.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol. 47・5(印刷中)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] ABC transporters involved in the transport of plant secondary metabolites.2006

    • 著者名/発表者名
      Yazaki, K.
    • 雑誌名

      FEBS Letters 580・4

      ページ: 1183-1191

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Gene expression and characterization of isoprene synthase from Populus alba.2005

    • 著者名/発表者名
      Sasaki, K.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiology 579

      ページ: 2514-2518

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of vacuolar transport of the endogenous akaloid berberine in Coptis japonica.2005

    • 著者名/発表者名
      Otani, M.
    • 雑誌名

      Plant Physiology 138

      ページ: 1939-1946

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gene expression and characterization of isoprene synthase. from Populus alba.2005

    • 著者名/発表者名
      Sasaki, K., et al.
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 579 (11)

      ページ: 2514-2518

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Transporters of secondary metabolites.2005

    • 著者名/発表者名
      Yazaki, K.
    • 雑誌名

      Curr.Opin.Plant Biol. 8・3

      ページ: 301-307

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Establishment of Rhizobium-mediated transformation of Goptis japonica and molecular analyses of transgenic plants.2005

    • 著者名/発表者名
      Shitan, N.
    • 雑誌名

      Plant Biotechnology 22・2

      ページ: 113-118

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Characterization of vacuolar transport of the endogenous akaloid berberine in Coptis japonica.2005

    • 著者名/発表者名
      Otani, M.
    • 雑誌名

      Plant Physiolog 138・4

      ページ: 1939-1946

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Gene expression and characterization of isoprene synthase from Populus alba.2005

    • 著者名/発表者名
      Sasaki, K.
    • 雑誌名

      FEBS Letters 579・11

      ページ: 2514-2518

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Membrane transport of plant secondary metabolites.

    • 著者名/発表者名
      Shitan, N.
    • 雑誌名

      Plant Genetic Engineering Volume 9 (Ed. Pawan K. Jaiwal) (In press)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Shikonin production by Lithospermum erythrorhizon cell cultures : biosynthesis, regulation, and bioprocess development.

    • 著者名/発表者名
      Yazaki, K
    • 雑誌名

      Molecular Plant Cell-Based Bioprocessing (Ed. Wei Zhang) (In press)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Accumulation and membrane transport of plant alkaloids.

    • 著者名/発表者名
      Shitan, N.
    • 雑誌名

      Curr. Pharm. Biotech. (In press)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] 膜結合型プレニル基転移酵素の触媒機能と基質結合ドメインの解析2008

    • 著者名/発表者名
      矢崎一史
    • 学会等名
      第49回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      札幌市
    • 年月日
      2008-03-22
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Aromatic substrate prenyltransferase involved in plant secondary metabolism.2007

    • 著者名/発表者名
      Kazufumi Yazaki
    • 学会等名
      Japan-Korea Joint Symposium-Plant metabolism: from biosynthesis to signal transduction-
    • 発表場所
      Gangneung-si, Korea
    • 年月日
      2007-11-09
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] ムラサキ由来ゲラニルジリン酸合成酵素の機能解析2007

    • 著者名/発表者名
      宮脇達也
    • 学会等名
      第48回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      松山
    • 年月日
      2007-03-29
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] クララ由来フラボノイド・プレニルトランスフェラーゼ遺伝子の単離と機能解析2007

    • 著者名/発表者名
      佐々木佳菜子
    • 学会等名
      第48回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      松山
    • 年月日
      2007-03-29
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Functional characterization of geranyl diphosphate synthase of Lithospermum erythrorhizon2007

    • 著者名/発表者名
      Miyawaki, T., et al.
    • 学会等名
      48^<th> annual meeting of JSPP
    • 発表場所
      Matsuyama
    • 年月日
      2007-03-29
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Cloning and functional analysis of flavonoid prenyltransferase from Sophora flavescens.2007

    • 著者名/発表者名
      Sasaki, K., et al.
    • 学会等名
      48th annual meeting of JSPP
    • 発表場所
      Matsuyama
    • 年月日
      2007-03-29
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] コエンザイムQ生合成におけるモノオキシゲナーゼの解析2007

    • 著者名/発表者名
      口屋拓実
    • 学会等名
      日本農芸化学会2007年度大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-03-27
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Analysis of monooxigenase involved in coenzyme-Q.2007

    • 著者名/発表者名
      Kkuchiya, T., et al.
    • 学会等名
      Annual meeting of JSBBA
    • 発表場所
      Tokyo
    • 年月日
      2007-03-27
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] ムラサキ由来geranylgeranyl diphosphate合成酵素の機能解析2006

    • 著者名/発表者名
      佐々木佳菜子
    • 学会等名
      日本植物細胞分子生物学会つくば大会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2006-07-29
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Functional analysis of geranylgeranyl diphosphate synthase in Lithospermum erythrorhizon.2006

    • 著者名/発表者名
      Sasaki, K., et al.
    • 学会等名
      Annual meeting of JSPCMB
    • 発表場所
      Tsukuba
    • 年月日
      2006-07-29
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 酵母Coq2遺伝子を用いた高等植物コエンザイムQの代謝工学2006

    • 著者名/発表者名
      小原一朗
    • 学会等名
      日本農芸化学会2006年度大会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2006-03-27
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Metabolic engineering of coenzyme-Q with yeast Coq2 gene in higher plant.2006

    • 著者名/発表者名
      Ohara, K., et al.
    • 学会等名
      Annual meeting of JSBBA
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      2006-03-27
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] ムラサキの膜結合性PHBゲラニルトランスフェラーゼの大量発現および機能解析2006

    • 著者名/発表者名
      水戸光司
    • 学会等名
      第47回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      2006-03-20
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Large scale expression of membrane-bound LePGT of Lithospermum erythrorhizon and its functional analysis.2006

    • 著者名/発表者名
      Mito, K., et al.
    • 学会等名
      47^<th> annual meeting of JSPP
    • 発表場所
      Tsukuba
    • 年月日
      2006-03-20
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 部位特異的変異導入によるムラサキ由来p-ヒドロキシ安息香酸ゲラニルトランスフェラーゼの機能解析2005

    • 著者名/発表者名
      小原一朗
    • 学会等名
      日本植物細胞分子生物学会京都大会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2005-08-06
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 昆虫培養細胞(Sf9)を用いたムラサキ由来LePGT-1の大量発現2005

    • 著者名/発表者名
      水戸光司
    • 学会等名
      日本植物細胞分子生物学会京都大会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2005-08-06
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Functional characterization of PHB geranyl transferase by site-directed mutagenesis.2005

    • 著者名/発表者名
      Ohara, K., et al.
    • 学会等名
      Annual meeting of JSPCMB
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      2005-08-06
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Heterologous expression of LePGTl of Lithospermum erythrorhizon with baculovirus system.2005

    • 著者名/発表者名
      Mito, K., et al.
    • 学会等名
      Annual meeting of JSPCMB
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      2005-08-06
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 酵母Coq2遺伝子を用いたユビキノン-10高生産タバコの作出と酸化ストレス抵抗性2005

    • 著者名/発表者名
      小原一朗
    • 学会等名
      日本農芸化学会2005年度大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2005-03-29
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Transgenic tobacco producing ubiquinone"10 using yeast Coq2 gene and the oxidative stress tolerance.2005

    • 著者名/発表者名
      Ohara, K., et al.
    • 学会等名
      Annual meeting of JSBBA 2005
    • 発表場所
      Sapporo
    • 年月日
      2005-03-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] ムラサキ由来の膜結合性PHBゲラニルトランスフェラーゼの機能的大量発現2005

    • 著者名/発表者名
      水戸光司
    • 学会等名
      第46回日本植物生理学会年会
    • 発表場所
      新潟
    • 年月日
      2005-03-25
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Large scales functional expression of PHB geranyl transferase of membrane bound type in Lithospermum erythrorhizon.2002

    • 著者名/発表者名
      Mito, K., et al.
    • 学会等名
      46th annual meeting of JSPP
    • 発表場所
      Niigata
    • 年月日
      2002-03-25
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [産業財産権] 膜結合性プレニルトランスフェラーゼ2007

    • 発明者名
      矢崎一史
    • 権利者名
      京都大学, アピ株式会社
    • 産業財産権番号
      2007-065505
    • 出願年月日
      2007-03-14
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

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