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有機フッ素化合物の微生物酵素変換:精密反応機構解析と物質生産・環境浄化への応用

研究課題

研究課題/領域番号 17360397
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物機能・バイオプロセス
研究機関京都大学

研究代表者

栗原 達夫  京都大学, 化学研究所, 准教授 (70243087)

研究分担者 江崎 信芳  京都大学, 化学研究所, 教授 (50135597)
三原 久明  京都大学, 化学研究所, 助教 (30324693)
研究期間 (年度) 2005 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
16,840千円 (直接経費: 15,700千円、間接経費: 1,140千円)
2007年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2006年度: 4,600千円 (直接経費: 4,600千円)
2005年度: 7,300千円 (直接経費: 7,300千円)
キーワード有機ハロゲン化合物 / 有機フッ素化合物 / 脱ハロゲン / デハロゲナーゼ / フルオロ酢酸デハロゲナーゼ / 還元的脱ハロゲン化酵素
研究概要

1.Burkholderia sp.FA1由来フルオロ酢酸デハロゲナーゼはフルオロ酢酸の加水分解的脱フッ素反応を触媒しグリコール酸をあたえる。本酵素反応ではD104の側鎖カルボキシル基が基質のα-炭素を求核攻撃し、フッ化物イオンが脱離するとともに、酵素と基質がエステル結合した中間体が生成する。エステル中間体のD104のカルボキシル基の炭素原子を、H271によって活性化された水分子が求核攻撃して、グリコール酸が遊離するとともにD104が再生する。野生型酵素、D104N変異型酵素とフルオロ酢酸の複合体(Michaelis複合体)、H271Aとクロロ酢酸の複合体(エステル中間体)のX線結晶構造解析により、この反応スキームの妥当性が示された。基質カルボキシル基は、H149、W150、Y212、R105、R108によって認識され、フッ素原子はR108に結合していた。W150F変異型酵素では、クロロ酢酸に対する活性は野生型酵素と同等であるのに対して、フルオロ酢酸に対する活性は完全に消失した。W150はフルオロ酢酸の脱フッ素に特異的に必要とされる残基であることが示された。
2.1,1,1-トリクロロ-2,2,2-トリフルオロエタン(Freon113a)を電子受容体とした集積培養によりSulfurospirillum属の嫌気性細菌を得た。テトラクロロエチレンを電子受容体とした集積培養により、16S rRNAの配列がuncultured bacteriumの16S rRNAの配列と98%の相同性を示す嫌気性細菌を得た。
3.2-クロロアクリル酸資化性菌Burkholderia sp.WS由来の2-ハロアクリル酸レダクターゼとNADPH再生系として機能するグルコースデヒドロゲナーゼを共発現する組換え大腸菌を作製した。この組み換え大腸菌を用い、2-クロロアクリル酸を基質として、除草剤原料として有用な(S)-2-クロロプロピオン酸の生産を行った。従来法(光学分割法)を上回る収率で生成物を得ることに成功した。

報告書

(4件)
  • 2007 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (33件)

すべて 2008 2007 2006 2005

すべて 雑誌論文 (19件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (14件)

  • [雑誌論文] Bacterial hydrolytic dehalogenases and related enzymes: Occurrences, reaction mechanisms, and applications2008

    • 著者名/発表者名
      Kurihara, Tatsuo, et. al.
    • 雑誌名

      Chem. Rec. 8

      ページ: 67-74

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pfoduction of (S)-2-chloropropionate by asymmetric reduction of 2-chloroacrylate with 2-haloacrylate reductase coupled with glucose dehydrogenase2008

    • 著者名/発表者名
      Kurata, Atsushi, et. al.
    • 雑誌名

      J. Biosci. Bioeng. 105

      ページ: 429-431

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bacterial hydrolytic dehalogenases and related enzymes : Occurrences, reaction mechanisms, and applications2008

    • 著者名/発表者名
      Kurihara, Tatsuo, et. al.
    • 雑誌名

      Chem. Rec 8

      ページ: 67-74

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Production of (S)-2-chloropropionate by asymmetric reduction of 2-cialoroacrylate with 2-haloacrylate reductase coupled with glucose dehydrogenase2008

    • 著者名/発表者名
      Kurata, Atsushi, et. al.
    • 雑誌名

      J. Biosci. Bioeng 105

      ページ: 429-431

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Bacterial hydrolytic dehalogenases and related enzymes: Occurrences, reaction mechanisms, and applications.2008

    • 著者名/発表者名
      Kurihara, Tatsuo, et. al.
    • 雑誌名

      Chem. Rec. 8

      ページ: 67-74

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Production of (S)-2-chloropropionate by asymmetric reduction of 2-chloroacrylate with 2-haloacrylate reductase coupled with glucose dehydrogenase2008

    • 著者名/発表者名
      Kurata, Atsushi, et. al.
    • 雑誌名

      J. Biosci. Bioeng. (In press)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Expression, purification and preliminary X-ray characterization of DL-2-haloacid dehalogenase from Methylobacterium sp. CPA12007

    • 著者名/発表者名
      Omi, Rie, et. al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. 63

      ページ: 586-589

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Expression, purification and preliminary X-ray characterization of DL-2-haloacid dehalogenase from Methylobacterium sp. CPA12007

    • 著者名/発表者名
      Omi, Rie, et. al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commllti 63

      ページ: 586-589

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Expression, purification and preliminary X-ray characterization of DL-2-haloacid dehalogenase from Methylobacterium sp. CPA1.2007

    • 著者名/発表者名
      Omi, Rie, et. al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. 63

      ページ: 586-589

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Proteomic Studies of Psychrophilic Microorganisms2007

    • 著者名/発表者名
      Kurihara, Tatsuo et al.
    • 雑誌名

      Psychrophiles : from Biodiversity to Biotechnology (In press)

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Mechanism of the reaction catalyzed by DL-2-haloacid dehalogenase as determined from kinetic isotope effects2006

    • 著者名/発表者名
      Papajak, Ewa, et. al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 6012-6017

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanism of the Reaction Catalyzed by DL-2-Haloacid Dehalogenase as Determined from Kinetic Isotope Effects2006

    • 著者名/発表者名
      Papajak, Ewa et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45・19

      ページ: 6012-6017

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Enzymatic Synthesis of L-Pipecolic Acid by Δ^1-Piperideine-2-carboxylate Reductase from Pseudomonas putida2006

    • 著者名/発表者名
      Muramatsu, Hisashi et al.
    • 雑誌名

      Biosci. Biotechnol. Biochem. 70・9

      ページ: 2296-2298

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Cold-adaptation Mechanism of Psychrotrophic Bacteria and Their Applications2006

    • 著者名/発表者名
      Esaki, Nobuyoshi et al.
    • 雑誌名

      Proceedings of International Symposium on Extremophiles and Their Applications

      ページ: 44-48

    • NAID

      130004598814

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Cold-adaptation mechanism of psychrotrophic bacteria and their applications2006

    • 著者名/発表者名
      Esaki, Nobuyoshi et al.
    • 雑誌名

      Proceedings of International Symposium on Extremophiles and their Applications (In press)

    • NAID

      130004598814

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Mechanism of the reaction catalyzed by DL-2-haloacid dehalogenase from kinetic isotope effects2006

    • 著者名/発表者名
      Papajak, Ewa et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry (In press)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 2-Haloacrylate reductase, a novel enzyme of the medium chain dehydrogenase/reductase superfamily that catalyzes the reduction of a carbon-carbon double bond of unsaturated organohalogen compounds2005

    • 著者名/発表者名
      Kurata, Atsushi et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 280・21

      ページ: 20286-20291

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal structures of Δ^1-piperideine-2-carboxylate/Δ^1-pyrroline-2-carboxylate reductase belonging to a new family of NAD(P)H-dependent oxidoreductases : conformational change, substrate recognition, and stereochemistry of the reaction2005

    • 著者名/発表者名
      Goto, Masaru et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 280・49

      ページ: 40875-40884

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] A new family of NAD(P)H-dependent oxidoreductases distinct from conventional Rossmann-fold proteins2005

    • 著者名/発表者名
      Muramatsu, Hisashi et al.
    • 雑誌名

      J.Biosci.Bioeng. 99・6

      ページ: 541-547

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [学会発表] 2-クロロアクリル酸代謝関連タンパク質の機能解析2007

    • 著者名/発表者名
      藤田, 倫代, et. al.
    • 学会等名
      日本農芸化学会2007年度大会
    • 発表場所
      東京都世田谷区
    • 年月日
      2007-03-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Function of proteins involved in 2-chloroacrylate metabolism2007

    • 著者名/発表者名
      Fujita, Michiyo, et. al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry
    • 発表場所
      Setagaya, Tokyo
    • 年月日
      2007-03-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Mechanism of cleavage of carbon-fluorine bond by fluoroacetate dehalogenase from Burkholderia sp. FA12006

    • 著者名/発表者名
      実森, 啓二, et. al.
    • 学会等名
      Japan-Italy Research Cooperative Program: Japan-Italy Symposium of New Trends in Enzyme Science and Technology
    • 発表場所
      愛知県名古屋市
    • 年月日
      2006-11-15
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Mechanism of cleavage of carbon-fluorine bond by fluoroacetate dehalogenase from Burkholderia sp. FA12006

    • 著者名/発表者名
      Jitsumori, Keiji, et. al.
    • 学会等名
      Japan-Italy Research Cooperative Program : Japan-Italy Symposium of New Trends in Enzyme Science and Technology
    • 発表場所
      Nagoya, Aichi
    • 年月日
      2006-11-15
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] フルオロ酢酸デハロゲナーゼによる加水分解的脱フッ素に特異的に必要とされるTrp150の機能解析2006

    • 著者名/発表者名
      実森, 啓二, et. al.
    • 学会等名
      日本農芸化学会2006年度大会
    • 発表場所
      京都府京都市
    • 年月日
      2006-03-27
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 酵素を用いた不斉還元反応による(S)-2-クロロプロピオン酸の生産2006

    • 著者名/発表者名
      倉田, 淳志, et. al.
    • 学会等名
      日本農芸化学会2006年度大会
    • 発表場所
      京都府京都市
    • 年月日
      2006-03-27
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Function of Trp 150 required for hydrolytic defluorination by fluoroacetate dehalogenase2006

    • 著者名/発表者名
      Jitsumori, Keiji, et. al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      2006-03-27
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Production of (S)-2-chloropropionate by enzymatic asymmetric reduction2006

    • 著者名/発表者名
      Kurata, Atsushi, et. al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      2006-03-27
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Enzymatic conversion of organohalogen compounds: reaction mechanisms and applications2005

    • 著者名/発表者名
      栗原, 達夫, et. al.
    • 学会等名
      Pacifichem 2005
    • 発表場所
      Honolulu, HI, USA
    • 年月日
      2005-12-18
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Enzymatic conversion of organohalogen compounds : reaction mechanisms and applications2005

    • 著者名/発表者名
      Kurihara, Tatsuo, et. al.
    • 学会等名
      Paeifiehem
    • 発表場所
      Honolulu, HI, USA
    • 年月日
      2005-12-18
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Identification of amino acid residues essential for hydrolytic defluorMation by fluoroacetate dehalogenase2005

    • 著者名/発表者名
      Jitsumori, Keiji, et. al.
    • 学会等名
      The 78o, Annual Meeting of the Japanese Biochemical Society
    • 発表場所
      Kobe, Hyogo
    • 年月日
      2005-11-20
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Identification of amino acid residues essential for hydrolytic defluorination by fluoroacetate dehalogenase2005

    • 著者名/発表者名
      実森, 啓二, et. al.
    • 学会等名
      第78回 日本生化学会大会
    • 発表場所
      兵庫県神戸市
    • 年月日
      2005-10-20
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] フルオロ酢酸デハロゲナーゼによる加水分解的脱フッ素反応に必須なアミノ酸残基の同定2005

    • 著者名/発表者名
      実森, 啓二, et. al.
    • 学会等名
      日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部合同大会
    • 発表場所
      大阪府吹田市
    • 年月日
      2005-10-01
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Identification of amino acid residues required for hydrolytic defluorination catalyzed by fluoroacetate dehalogenase2005

    • 著者名/発表者名
      Jitsumori, Keiji, et. al.
    • 学会等名
      Joint Meeting of Kansai, Chu-shikoku, and Nishi-Nihon Branches of Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry
    • 発表場所
      Suite, Osaka
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

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