複数遺伝子の配列情報に基づく真核生物の初期進化の解明

• 研究課題/領域番号: 17370086
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 進化生物学
• 研究機関: 筑波大学
• 研究代表者: 橋本 哲男 筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 教授 (50208451)
• 研究分担者: 井上 勲 筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 教授 (70168433) ; 中山 剛 筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 講師 (40302369) ; 稲垣 祐司 筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 准教授 (50387958)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2006
• 研究課題ステータス: 完了 (2006年度)
• 配分額: 14,200千円 (直接経費: 14,200千円); 2006年度: 2,700千円 (直接経費: 2,700千円); 2005年度: 11,500千円 (直接経費: 11,500千円)
• キーワード: 真核生物 / 大系統 / 分子系統樹 / 最尤法 / 結合データ解析 / 有中心粒太陽虫 / クロムアルメオラータ仮説 / フオルニケータ

研究概要

多くの遺伝子のもつ情報を結合するというアプローチにより、真核生物における大きな単系統群の位置を明確にし、それら相互の関係と系統樹の根もとを解明することを目的として研究を行った。一般的に蓄積データの少ない系統の中で、ストラメノパイル、アルベオラータ、有中心粒類太陽虫、クリプト植物、紅色植物、フォルニケータ生物群などを中心に、細胞質のリボソームRNAや保存的タンパク質をコードする遺伝子を解析した。これらのデータを含め,最尤法により複数遺伝子の結合データ解析をさまざまなデータセットに対して試みた。その結果、以下の成果が得られた。(1)有中心粒類太陽虫をバイコント生物群の根もと近くもしくはアメーボゾアとオピストコントの間に位置づける系統樹が結合データ解析で候補系統樹として選ばれたが、有意なサポートは得られず、更なる検討が必要であると考えられた。(2)ハプト植物やクリプト植物がストラメノパイル/アルベオラータとともに大きなクレードの中に位置づけられるとする「クロムアルベオラータ仮説」を検証する解析を試みたが、この仮説へのサポードが強くないことが明らかとなった。(3)ペプチド鎖伸長因子EF1・およびEF2の解析から、フォルニケータに属する鞭毛虫Dysnectes brevisとそれに近縁な鞭毛虫NY0173がトリコモナスの分岐とディプロモナスの分岐の間に位置づけられることが明らかとなり、SSUrRNAの解析結果を支持した。

研究成果

• [雑誌論文] Centrohekida is still searching for phylogenetics home : molecular data analyses of seven Raphidiophrys contrastilis genes (2007)
  • 著者名/発表者名: Sakaguchi, M., Inagaki Y., and Hashimoto, T.
  • 雑誌名: Gene 405 ページ: 47-54
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Occurrence of multiple, independent gene fusion events for the fifth and sixth enzymes of pyrimidine biosynthesis in different eukaryotic groups (2007)
  • 著者名/発表者名: Makiychi, T., Nara, T., Annoura, T., Hashimoto, T., and Aoki, T.
  • 雑誌名: Gene 394 ページ: 78-86
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Ultrastructure and ribosomal RNA phylogeny of the free-living heterteoohic flagellate Dysnectis brevis n. gen., n. sp., a new member of the Fornicata (2007)
  • 著者名/発表者名: Yubuki N, Inagaki Y, Nakayama T, Inouye I.
  • 雑誌名: Journal of Eukaryotic Microbiolog 54 ページ: 191-200
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Uktrastructyral and phylogenetic studies on Blastocysitis isolates from cocroaches (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa, H., Wu, Z., Howe, J., Hashimoto, T., Geok-Choo, N., and Tan, K. S. W.
  • 雑誌名: Journal of Eukaryotic Microbiology 54 ページ: 33-37
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Ultrastructural and phylogenetic studies on Blastocystis isolates from cockroaches (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa, H., Wu, Z., Howe, J., Hashimoto, T., Geok-Choo, N., Tan, K.S.W.
  • 雑誌名: Journal of Eukaryotic Microbiology 54(1) ページ: 33-37
• [雑誌論文] Ultrastructure and ribosomal RNA phylogeny of the free-living heterotrophic flagellate Dysnectis brevis n. gen., n. sp., a new member of the Fornicata (2007)
  • 著者名/発表者名: Yubuki N, Inagaki Y, Nakayama T, Inouye I.
  • 雑誌名: Journal of Eukaryotic Microbiology 54(2) ページ: 191-200
• [雑誌論文] Occurrence of multiple, independent gene fusion events for the fifth and sixth enzymes of pyrimidine biosynthesis in different eukaryotic groups (2007)
  • 著者名/発表者名: Makiuchi, T., Nara, T., Annoura, T., Hashimoto, T., Aoki, T.
  • 雑誌名: Gene (Epub ahead of print)
• [雑誌論文] 真核生物の系統進化研究の現状と課題 (2006)
  • 著者名/発表者名: 橋本哲男, 有末伸子
  • 雑誌名: 寄生虫分類形態談話会会報 23・24 ページ: 1-8
• [雑誌論文] Phylogeny of the Centrehelida inferred from SSUrRNA, tubulins and actin genes (2005)
  • 著者名/発表者名: Sakaguchi, M., Nakayama, T., Hashimoto, T., and Inouye, I.
  • 雑誌名: Journal of Molecular Evolution 61 ページ: 765-775
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A close relationship between Cercozoa, and Foraminifera supported by phylogenetic analyses based on combined amino acid sequences of three cytoakeletal proteins,(actin,α-tubulin, . and β-tubulin) (2005)
  • 著者名/発表者名: Takishita, K., Inagaki, Y., Tsuchiya, M., Sakaguchi, M., and Maruyama, T.
  • 雑誌名: Gene 362 ページ: 153-160
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Alternative oxidase (AOX) genes of African trypanosomes : pjylogeny and evolution of AOX and plastid terminal oxidase families (2005)
  • 著者名/発表者名: Suzuki T, Hashimoto, T, Yabu, Y, Majiwa, PAO, Ohshima, S, Suzuki, M, Lu, S, Hato, M, Kido, Y, Sakamoto, K., Nakamura, K., Kita, K., Ohta, N
  • 雑誌名: JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY 52(4) ページ: 374-381
• [雑誌論文] Phylogeny of the centrohelida inferred from SSU rRNA, tubulins, and actin genes (2005)
  • 著者名/発表者名: Sakaguchi M, Nakayama T, Hashimoto T, Inouye I
  • 雑誌名: JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION 61(6) ページ: 765-775
• [雑誌論文] The katablepharids are a distant sister group of the Cryptophyta : A proposal for Katablepharidophyta divisio nova/Kathablepharida phylum novum based on SSU rDNA and beta-tubulin phylogeny (2005)
  • 著者名/発表者名: Okamoto N, Inouye I
  • 雑誌名: PROTIST 156(2) ページ: 163-179
• [雑誌論文] A secondary symbiosis in progress? (2005)
  • 著者名/発表者名: Okamoto N, Inouye I
  • 雑誌名: SCIENCE 310(5746): ページ: 287-287
• [雑誌論文] Ultrastructure and phylogenetic position of Chrysoculter rhomboideus gen. et sp nov(Prymnesiophyceae), a new flagellate haptophyte from Japanese coastal waters (2005)
  • 著者名/発表者名: Nakayama T, Yoshida M, Noel MH, Kawachi M, Inouye I
  • 雑誌名: PHYCOLOGIA 44(4) ページ: 369-383