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芳香環二原子酸素添加酵素の基質特異性を決定する基質結合ポケットの構造の解明

研究課題

研究課題/領域番号 17380052
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 応用微生物学
研究機関東京大学

研究代表者

野尻 秀昭  東京大学, 生物生産工学研究センター, 准教授 (90272468)

研究期間 (年度) 2005 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
15,850千円 (直接経費: 14,800千円、間接経費: 1,050千円)
2007年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2006年度: 3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
2005年度: 7,800千円 (直接経費: 7,800千円)
キーワード細菌 / 芳香族化合物 / 二原子酸素添加酵素 / 反応機構 / 基質結合ポケット / 変異体 / 結晶構造解析 / biodegradation
研究概要

Carbazole 1,9a-dioxygenaseは、カルバゾールに対し1, 9a位への水酸化(核間二水酸化)を触媒すると共に、多環芳香族炭化水素に対しては分子末端への水酸化(末端二水酸化)を触媒する。さらに、芳香族化合物分子内のメチレン炭素やスルフィド硫黄への一水酸化も触媒する興味深い基質特異性を持つ。この基質特異性の分子メカニズム解明に向けて、基質結合ポケット内で基質分子と直接相互作用する4つのアミノ酸(I262, F275, Q282, F329)に対する単一変異酵素17種、二重変異酵素11種の部位特異的変異体の作製と活性検定、それら変異体のうちで興味深い活性変化を示したものについて基質複合体構造のX線結晶構造解析を行うことで基質結合位置を決定すると共に動力学的解析を行った。結果をまとめると以下のようになる。
1.I262VやQ282Yなどで、カルバゾールへの核間水酸化能が減少し、1,2位への末端二水酸化能が向上した。また、F275Wでフルオレン3,4位への末端二水酸化能が、F275Aで水酸化位置不明ながらフルオランテンへの末端水酸化能が向上した。
2.構造解析の結果、上記基質特異性の変化は基質結合ポケットの疎水表面の形状変化に伴い、基質の結合様式が変化し、活性中心に結合した酸素と最も近接した芳香環状の炭素原子が変化したことによることが明らかとなった。ただし、変異導入により基質の酵素への親和性は高まるが反応速度は大きく減ずることが示され、反応効率(K_<cal>/K_mは野生型酵素に及ばないことが示された。
3.本研究によりI262, F275の基質特異性決定への寄与が高いことが示されたが、さらにI184, L200, A259, V272,E284なども活性に影響する可能性が考えられた。

報告書

(4件)
  • 2007 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (46件)

すべて 2008 2007 2006

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (34件)

  • [雑誌論文] Alteration of the substrate specificity of the angular dioxygenase carbazole 1, 9a-dioxygenase2008

    • 著者名/発表者名
      Hiromasa Uchimura, et al.
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 72

      ページ: 3237-3248

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Alteration of the substrate specificity of the angular dioxygenase carbazole l,9a-dioxygenase2008

    • 著者名/発表者名
      Hiromasa Uchimura, et al.
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 72

      ページ: 3237-3248

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the ferredoxin reductase component in the Rieske nonhaem iron oxygenase system carbazole 1, 9a-dioxygenase2007

    • 著者名/発表者名
      Yuji Ashikawa, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogrphica F63

      ページ: 499-502

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the ferredoxin component of carbazole 1, 9a-dioxygenase from Nocardioides aromaticivorans IC1772007

    • 著者名/発表者名
      Kengo Inoue, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogrphica F63

      ページ: 855-857

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the ferredoxin reductase component in the Rieske nonhaem iron oxygenase system carbazole l,9a-dioxygenase2007

    • 著者名/発表者名
      Yuji Ashikawa, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogrphica F63

      ページ: 499-502

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the ferredoxin component of carbazole l,9a"dioxygenase from Nocardioides aromaticivorans IC1772007

    • 著者名/発表者名
      Kengo Inoue, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogrphica F63

      ページ: 855-857

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the ferredoxinreductase component in the Rieske non-heme iron oxygenase system,carbazole 1,9a-dioxygenase2007

    • 著者名/発表者名
      Yuji Ashikawa, et. al.
    • 雑誌名

      Acta Crystalloraphica.Section F F63

      ページ: 499-502

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic analysis ofthe ferredoxincomponent of oarbazole1,9a-dioxygenase from Nocardioidesaromaticivorans IC1772007

    • 著者名/発表者名
      Kengo Inoue, et. al.
    • 雑誌名

      Acta Crystalloraphica.Section F F63

      ページ: 855-857

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the terminal oxygenase component of carbazole 1, 9a-dioxygenase from Nocardioides aromaticivorans IC1772006

    • 著者名/発表者名
      Kengo Inoue, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystaliogrphica F62

      ページ: 1212-1214

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electron transfer complex formation between oxygenase and ferredoxin components in Rieske nonheme iron oxygenase system2006

    • 著者名/発表者名
      Yuji Ashikawa, et al.
    • 雑誌名

      Structure 14

      ページ: 1779-1789

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2007 研究成果報告書概要 2006 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the terminal oxygenase component of carbazole 1,9adioxygenase from Nocardioides aromaticivorans IC1772006

    • 著者名/発表者名
      Kengo Inoue, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogrphica F62

      ページ: 1212-1214

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the terminal oxygenase component of carbazole 1,9a-dioxygenase from Nocardioides aromaticivorans IC1772006

    • 著者名/発表者名
      Kengo Inoue, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section F F62

      ページ: 1212-1214

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] カルバゾール二水酸化酵素の動力学的解析2008

    • 著者名/発表者名
      野口治子, ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2008年度大会
    • 発表場所
      名古屋
    • 説明
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      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Sphingomonas sp. KA1株由来carbazole 1, 9a-dioxygenase (CARDO)におけるferredoxin componentのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      梅田隆志, ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2008年度大会
    • 発表場所
      名古屋
    • 説明
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      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Sphingomonas sp. KA1株由来carbazole 1, 9a-dioxygenase reductase componentのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      香月隼一, ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2008年度大会
    • 発表場所
      名古屋
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      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Kinetic study of carbazole l,9a-dioxygenase2008

    • 著者名/発表者名
      Haruko Noguchi, etal.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agro chemistry
    • 発表場所
      Aichi
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      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] X-ray crystallography of ferredoxin component of carbazole l,9a-dioxyeenase from Sphingomonas sp. KA12008

    • 著者名/発表者名
      Takashi Umeda, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agro chemistry
    • 発表場所
      Aichi
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] X-ray crystallography of ferredoxin reductase component of carbazole l,9a-dioxygenase from Sphingomonas sp. KA12008

    • 著者名/発表者名
      Junichi Katsuki, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agro chemistry
    • 発表場所
      Aichi
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Sphingomonas sp. KA1株由来carbazole 1, 9a-dioxygenaseのオキシゲナーゼコンポーネントのX線結晶構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      香月隼一, ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2007年度大会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Nocardioides aromaticivorans IC177株由来カルバゾールジオキシゲナーゼのX線結晶構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      井上謙吾, ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2007年度大会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Sphingomonas sp. KA1株由来carbazole 1, 9a-dioxygenaze (CARDO)のferredoxinコンポーネントの機能解析2007

    • 著者名/発表者名
      梅田隆志, ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2007年度大会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Carbazole 1, 9a-dioxygenase変異酵素の構造解析による基質認識機構の解析2007

    • 著者名/発表者名
      宇佐美裕亮, ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2007年度大会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Carbazole 1, 9a-dioxygenase (CARDO)の基質特異性変異酵素の機能解析2007

    • 著者名/発表者名
      堀嵜允文, ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2007年度大会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Carbazole 1, 9a-dioxygenaseの多様な酸化活性の解明2007

    • 著者名/発表者名
      堀嵜允文, ら
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2007年度大会
    • 発表場所
      大阪
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Carbazole 1, 9a-dioxygenase変異酵素の構造解析による基質認識機構の解析2007

    • 著者名/発表者名
      宇佐美裕亮, ら
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2007年度大会
    • 発表場所
      大阪
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Structural Basis of the Substrate Speciflcity of Rieske Non-Heme Iron Oxygenase, Carbazole 1, 9a-Dioxygenase2007

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Usami, et al.
    • 学会等名
      ASM conference Pseudomonas 2007
    • 発表場所
      米国シアトル
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] X-ray crystallography of the terminal oxygenase component of carbazole l,9a-dioxygenase from Sphingomonas sp. Kal2007

    • 著者名/発表者名
      Junichi Katsuki, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agro chemistry
    • 発表場所
      Tokyo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] X-ray crystallography of carbazole l,9a-dioxygenase from Nocardioides aromaticivorans IC1772007

    • 著者名/発表者名
      Kengo Inoue, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agro chemistry
    • 発表場所
      Tokyo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Characterization of ferredoxin component of carbazole l,9a-dioxygenase of Sphingomonas sp. Kal2007

    • 著者名/発表者名
      Takashi Umeda, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agro chemistry
    • 発表場所
      Tokyo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Molecular basis of substrate recognition of carbazole l,9a-dioxygenase: Structural analyses using site-directed mutants of terminal oxygenase component2007

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Usami, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agro chemistry
    • 発表場所
      Tokyo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Characterization of site-directed mutants of carbazole l,9a-dioxygenase: Alteration of the substrate specificity2007

    • 著者名/発表者名
      Tadafumi Horisaki, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agro chemistry
    • 発表場所
      Tokyo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Characterization of diverse oxygenation activity of carbazole l,9a-dioxygenase2007

    • 著者名/発表者名
      Tadafumi Horisaki, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Environmental Biotechnology
    • 発表場所
      Osaka
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Molecular basis of substrate recognition of carbazole l,9a-dioxygenase: Structural analyses using site-directed mutants of terminal oxygenase component2007

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Usami, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Environmental Biotechnology
    • 発表場所
      Osaka
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Structural basis of substrate specificity of Rieske non-heme iron oxygenase, carbazole l,9a"dioxygenase2007

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Usami, et al.
    • 学会等名
      ASM Conference Pseudomonas 2007
    • 発表場所
      Seattle, USA
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Sphingomonas sp. KA1株由来carbazole 1, 9a-dioxygenaseのオキシゲナーゼコンポーネントのX線結晶構造解析2006

    • 著者名/発表者名
      香月隼一, ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2006年度大会
    • 発表場所
      京都
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] カルバゾール初発酸化酵素carbazole 1, 9 a-dioxygenaseにおけるangular dioxygenation触媒サイクルの構造生物学的解明2006

    • 著者名/発表者名
      芦川雄二, ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2006年度大会
    • 発表場所
      京都
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Carbazole 1, 9 a-dioxygenaseにおけるオキシゲナーゼコンポーネントの部位特異的変異導入体のX線結晶構造解析2006

    • 著者名/発表者名
      宇佐美裕亮, ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2006年度大会
    • 発表場所
      京都
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 芳香環二原子酸素添加酵素の構造と機能-基質認識と電子伝達の原子機構-2006

    • 著者名/発表者名
      野尻秀昭, ら
    • 学会等名
      日本農芸化学会2006年度大会
    • 発表場所
      京都
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Carbazole 1, 9a-dioxygenaseにおけるオキシゲナーゼコンポーネントの部位特異的変異導人体のX線結晶構造解析2006

    • 著者名/発表者名
      宇佐美裕亮, ら
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2006年度大会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Sphingomonas sp. KA1株由来carbazole 1, 9a-dioxygenaseのオキシゲナーゼコンポーネントのX線結晶構造解析2006

    • 著者名/発表者名
      香月隼一, ら
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2006年度大会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] X-ray crystallography of the oxygenase component of carbazole l,9a-dioxygenase from Sphingomonas sp. KA12006

    • 著者名/発表者名
      Junichi Katsuki, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agro chemistry
    • 発表場所
      Kyoto
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Structural analysis of catalytic cycle of carbazole l,9a-dioxygenase2006

    • 著者名/発表者名
      Yuji Ashikawa, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agro chemistry
    • 発表場所
      Kyoto
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
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  • [学会発表] X-ray crystallography of the site-directed mutants of the oxygenase component of carbazole l,9a-dioxygenase2006

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Usami, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agro chemistry
    • 発表場所
      Kyoto
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Structure and function of aromatic-hydroxylating dioxygenase: Molecular mechanisms of substrate recognition and electron transport among components2006

    • 著者名/発表者名
      Hideaki Nojiri, et al.
    • 学会等名
      Symposium in Annual Meeting of Japan Society for Bioscience, Biotechnology and Agro chemistry
    • 発表場所
      Kyoto
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] X-ray crystallography of site-directed mutants of terminal oxygenase component of carbazole l,9a-dioxygenase2006

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Usami, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Environmental Biotechnology
    • 発表場所
      Tokyo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Structural analysis of terminal oxygenase component of carbazole l,9a-dioxygenase from Sphingomonas sp. KA12006

    • 著者名/発表者名
      Junichi Katsuki, et al.
    • 学会等名
      Annual Meeting of Japan Society for Environmental Biotechnology
    • 発表場所
      Tokyo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

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