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木質バイオマスの生成・分解・機能に対する計算化学解析

研究課題

研究課題/領域番号 17380103
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 林産科学・木質工学
研究機関福岡大学 (2006-2007)
岐阜大学 (2005)

研究代表者

重松 幹二  福岡大学, 工学部, 教授 (00242743)

研究分担者 堤 祐司  九州大学, 大学院・農学研究院, 准教授 (30236921)
岸本 崇生  富山県立大学, 工学部, 准教授 (60312394)
河合 真吾  静岡大学, 農学部, 准教授 (70192549)
渡辺 隆司  京都大学, 生存圏研究所, 教授 (80201200)
光永 徹  岐阜大学, 応用生物科学部, 准教授 (20219679)
研究期間 (年度) 2005 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
15,890千円 (直接経費: 15,200千円、間接経費: 690千円)
2007年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2006年度: 4,800千円 (直接経費: 4,800千円)
2005年度: 8,100千円 (直接経費: 8,100千円)
キーワードバイオマス / 計算化学 / 分子軌道法 / 分子動力学法 / 酵素反応 / 植物 / リグニン / タンニン / 有機化学
研究概要

本研究は、木質バイオマスの化学現象に対して実験困難な現象を、計算化学によって解析可能であるか検証した。
1.リグニンの重合機構
リグニンモノマーの電子状態および反応遷移状態の構造を分子軌道解析し、疎水環境場や酸性条件下では不対電子の偏りと4位酸素負電荷の減少によりβ-0-4結合の生成が容易になること、酸性下ではキノンメチド中間体のα位の負電荷も解消されて水分子の攻撃を受けやすい状況になることを明らかにした。
2.シリンギル核高活性ペルオキシダーゼの解析
化学修飾およびホモロジーモデリングにより、シリンギル核高活性ペルオキシダーゼの活性部位はヘムポケット内ではなく、タンパク表面に露出したTyr残基であることを見出した。また分子軌道解析により、ヘムで発生するラジカルが14Å離れたアミノ酸まで伝播する可能性があることを見出した。
3.バイオマスの熱分解
リグニンモデル化合物とその中間体の結合解離エネルギーを比較し、β-0-4結合の分解はキノンメチド中間体を経て解裂すると考えた。また、多糖類の分子動力学パラメータのチューニングを行ない、高熱水におけるセルロース結晶転移シミュレーションを行なう準備を整えた。
4.リグニン分解酵素の作用機構
基質のHOMOによる酸化反応予測およびNMRシミュレーションを検証し、実験困難な有害性分解物質のスクリーニングと化合物の構造推定に分子軌道法が有効であることを確認した。また、白色腐朽菌が産生する菌体外代謝物のフェントン反応抑制機構は、HOMOの影響ではなく、アルキル側鎖による遮蔽効果によることが示唆された。
5.タンニンの酵素活性阻害機構
カテキンおよび2〜6量体の静電ポテンシャルからタンパク質凝集作用を調べ、双極子モーメントと吸着現象に強い相関が見出された。また、カテキンの加熱による異性化反応を計算化学から予測し、実験値との定性的な一致が得られた。

報告書

(4件)
  • 2007 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2007 2006 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (18件)

  • [雑誌論文] コニフェリルアルコールラジカルの分子軌道解析に対する適切な計算モデルと基底関数2007

    • 著者名/発表者名
      重松 幹二, 正本 博士
    • 雑誌名

      福岡大学工学集報 79

      ページ: 75-80

    • NAID

      110006380056

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Suitable calculation model and basis set for molecular orbital calculation of Coniferyl alcohol radicals2007

    • 著者名/発表者名
      M. Shigematsu, H. Masamoto
    • 雑誌名

      Fukuoka University Review of Technological Sciences No. 79

      ページ: 75-80

    • NAID

      110006380056

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] コニフェリルアルコールラジカルの分子軌道解析に対する適切な計算モデルと基底関数2007

    • 著者名/発表者名
      重松 幹二、正本 博士
    • 雑誌名

      福岡大学工学集報 79

      ページ: 75-80

    • NAID

      110006380056

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] Solvent effects on the electronic state of monolignol radicals as predicted by molecular orbital calculations

    • 著者名/発表者名
      M.Shigematasu, H.Masamoto
    • 雑誌名

      J.Wood Science (印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solvent effects on the electronic state of monolignol radicals as predicted by molecular orbital calculations

    • 著者名/発表者名
      M. Shigematsu, H. Masamoto
    • 雑誌名

      Journal of Wood Science (in press)

    • NAID

      10022026445

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Solvent effects on the electronic state of monolignol radicals as predicted by molecular orbital calculations

    • 著者名/発表者名
      M. Shigematasu, H. Masamoto
    • 雑誌名

      J, Wood Science (印刷中)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ポプラペルオキシダーゼの遺伝子およびタンパク構造の多様性2007

    • 著者名/発表者名
      江藤 祐, 重松 幹二, 堤 祐司, 近藤 隆一郎
    • 学会等名
      第52回リグニン討論会
    • 発表場所
      宇都宮
    • 年月日
      2007-11-14
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] カテキン類の熱変性に対する計算化学解析2007

    • 著者名/発表者名
      徳満 圭祐, 石井 圭, 正本 博士, 重松 幹二, 光永 徹
    • 学会等名
      第52回リグニン討論会
    • 発表場所
      宇都宮
    • 年月日
      2007-11-14
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Structural diversity of poplar peroxidases2007

    • 著者名/発表者名
      Y. Eto, M. Shigematsu, Y. Tsutsumi, R. Kondo
    • 学会等名
      Proceedings of the 52nd Lignin Symposium
    • 発表場所
      Utsunomiya
    • 年月日
      2007-11-14
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Computer chemistry analysis of thermal transformation of catechins2007

    • 著者名/発表者名
      K. Tokumitsu, K. Ishii, H. Masamoto, M. Shigematsu
    • 学会等名
      Proceedings of the 52nd Lignin Symposium
    • 発表場所
      Utsunomiya
    • 年月日
      2007-11-14
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] カテキン類の熱変性に対する計算化学解析2007

    • 著者名/発表者名
      徳満 圭祐、石井 圭、正本 博士、重松 幹二、光永 徹
    • 学会等名
      第52回リグニン討論会
    • 発表場所
      宇都宮大学
    • 年月日
      2007-11-14
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] ポプラペルオキシダーゼの遺伝子およびタンパク構造の多様性2007

    • 著者名/発表者名
      江藤 祐、重松 幹二、堤 祐司、近藤 隆一郎
    • 学会等名
      第52回リグニン討論会
    • 発表場所
      宇都宮大学
    • 年月日
      2007-01-14
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] リグニンのα位水酸基の生成と脱離に関する分子軌道解析2006

    • 著者名/発表者名
      伊藤 直人, 正本 博士, 重松 幹二, 岸本 崇生
    • 学会等名
      第51回リグニン討論会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2006-10-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] レジノール構造の生成に関する分子軌道計算2006

    • 著者名/発表者名
      高口 良輔, 正本 博士, 重松 幹二
    • 学会等名
      第51回リグニン討論会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2006-10-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 木材抽出成分の着色に関する計算化学シミュレーション2006

    • 著者名/発表者名
      宮脇 圭司, 正本 博士, 重松 幹二
    • 学会等名
      第51回リグニン討論会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2006-10-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 計算化学によるタンニン吸着機構の解析2006

    • 著者名/発表者名
      荒木 孝文, 正本 博士, 重松 幹二, 光永 徹
    • 学会等名
      第51回リグニン討論会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2006-10-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 植物細胞壁木化過程のシュミレーション-ポリエチレングリコールを用いたシリンギルグリセロール-β-シナピルアルコールエーテルの合成-2006

    • 著者名/発表者名
      小路 裕美, 小林 孝行, 棚橋 光彦, 重松 幹二
    • 学会等名
      第51回リグニン討論会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2006-10-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Molecular orbital analysis on the formation and cleavage of a-hydroxyl group in lignin2006

    • 著者名/発表者名
      N. Ito, H. Masamoto, M. Shigematsu, T. Kishimoto
    • 学会等名
      Proceedings of the 51st Lignin Symposium
    • 発表場所
      Sapporo
    • 年月日
      2006-10-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Molecular orbital analysis on the formation of resinol structure2006

    • 著者名/発表者名
      R. Kouguchi, H. Masamoto, M. Shigematsu
    • 学会等名
      Proceedings of the 51st Lignin Symposium
    • 発表場所
      Sapporo
    • 年月日
      2006-10-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Computer-chemical simulation on the coloration of woody extractives2006

    • 著者名/発表者名
      K. Miyawaki, H. Masamoto, M. Shigematsu
    • 学会等名
      Proceedings of the 51st Lignin Symposium
    • 発表場所
      Sapporo
    • 年月日
      2006-10-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Computer-chemical analysis on the adsorption mechanism of tannin2006

    • 著者名/発表者名
      T. Araki, H. Masamoto, M. Shigematsu, T. Mitsunaga
    • 学会等名
      Proceedings of the 51st Lignin Symposium
    • 発表場所
      Sapporo
    • 年月日
      2006-10-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Simulation of plant cell wall lignification process-Dehydrogenative syringylglycerol-B-sinapyl alcohol ether in the presence of polyethylene glycol-2006

    • 著者名/発表者名
      H. Koji, T. Kobayashi, M. Tanahashi, M. Shigematsu
    • 学会等名
      Proceedings of the 51st Lignin Symposium
    • 発表場所
      Sapporo
    • 年月日
      2006-10-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] β-O-4構造とそのキノンメチド中間体のC_β-O結合の解離エネルギーの計算2006

    • 著者名/発表者名
      岸本 崇生, 重松 幹二, 浦木 康光, 生方 信
    • 学会等名
      第56回日本木材学会
    • 発表場所
      秋田
    • 年月日
      2006-08-08
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Ubukata Bond dissociation energy of B-O-4 lignin model compounds and their quinine methide intermediates2006

    • 著者名/発表者名
      T. Kishimoto, M. Shigematsu, Y. Uraki, M.
    • 学会等名
      56th The Annual Meeting of the Japan Wood Research Society
    • 発表場所
      Akita
    • 年月日
      2006-08-08
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

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