| 研究課題/領域番号 |
17380126
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
水産化学
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| 研究機関 | 独立行政法人水産総合研究センター |
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研究代表者 |
張 成年 独立行政法人水産総合研究センター, 中央水産研究所・浅海生態系研究室, 研究室長 (70360766)
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| 研究分担者 |
竹山 春子 (竹内 春子) 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (60262234)
大原 一郎 独立行政法人水産総合研究センター, 中央水産研究所・水産遺伝子解析センター, 上席研究員 (40371843)
上野 康弘 独立行政法人水産総合研究センター, 東北区水産研究所・資源生態研究室, 研究室長 (50371810)
吉村 拓 独立行政法人水産総合研究センター, 西海区水産研究所・沿岸資源研究室, 研究室長 (90371997)
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| 研究期間 (年度) |
2005 – 2007
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| 研究課題ステータス |
完了 (2007年度)
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| 配分額 *注記 |
7,140千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 540千円)
2007年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2006年度: 2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
2005年度: 2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
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| キーワード | 多種同時判別 / 水産動物 / ITS領域 / DNAチップ / DNA chip |
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| 研究概要 |
無脊椎動物から脊椎動物まで収集標本数は19年度末で1000種程度に達した。600種775個体についてITS1領域のPCR増幅を行い、約9割である688個体の相同領域が単一のプライマーセットで増幅されることを確認した。増幅が確認された個体のうち273種315個体についてITS1領域の部分あるいは全塩基配列情報を得た。全ての配列情報はデータベースに登録した。ハイブリダイゼーション効率に影響すると予想される塩基配列長とGC含量について検討したところ、脊椎動物のITS1は長く(318-2300bp)GC含量が高い(56.6-78%)傾向が見られた。中でも板鰓類(サメ、エイ)は非常に長いITS1領域(878-2300bp)を持つ特徴があった。ゼラチナス動物(刺胞動物、有櫛動物)のITS1は他の動物より有意に短く(118-422bp)GC含量も低かった(35.8-61.7%)。節足動物や軟体動物では長さ、GC含量ともに幅が広く、182-1613bp及び42.8-66.5%であった。昨年度に50種類の生物のITS1領域を固定した試験的チップを作成し、8種類のプローブとハイブリダイゼーションを行った結果、8種のプローブは正確にそれぞれのスポット部分とハイブリダイゼーションし蛍光が確認された。しかし、シグナル強度の違いや非特異的ハイブリダイゼーションが見られたため、最終年度では魚類から無脊椎動物200種類で得られた塩基配列情報に基づいて、種間で相同性は低いがGC含量の類似する60塩基領域を探索した。探索結果に基づいて、60塩基の種特異的オリゴDNAを化学合成し、チップ上に固定した。200種から40種を選んで蛍光標識プライマーを用いてPCRを行い、それをプローブとしてハイブリダイゼーションを行った結果、非特異的ハイブリダイゼーションが激減すると同時にスポット間の蛍光強度差が軽減された。
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