| 研究課題/領域番号 |
17500146
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
感性情報学・ソフトコンピューティング
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| 研究機関 | 宮崎大学 |
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研究代表者 |
吉原 郁夫 宮崎大学, 工学部, 教授 (20322315)
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| 研究分担者 |
安永 守利 筑波大学, 大学院・システム情報工学研究科, 教授 (80272178)
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| 研究期間 (年度) |
2005 – 2007
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| 研究課題ステータス |
完了 (2007年度)
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| 配分額 *注記 |
3,800千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 300千円)
2007年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2006年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2005年度: 1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
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| キーワード | 進化の痕跡 / 塩基配列 / 系統樹 / 情報エントロピー / 1 / fゆらぎ / 化石 / 生体生命情報学 / 認知科学 / 統計力学 / ソフトコンピューティング / ニューラルネットワーク / 自己組織化マップ / カオス理論 / 量子統計力学 / 秩序度 / 生物種 / 細胞性粘菌 |
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| 研究概要 |
DNA塩基配列には、進化の痕跡が蓄積されているのではないかと考えられ、多くの研究が行われてきたが、研究手法の主流は何らかの意味でパターンマッチングである。しかし、有意なスキームの大半が分かっている場合が多いとは思えない。また、化石とかサンプルが少ない時は、その種自体が不明なため、種についての解析情報がある程度はあるという前提は成り立ちにくい。
そうであれば、たとえ精度は低くても、不十分な情報のもとでも生物種間の比較が出来る方法が欲しくなる。そのための、配列の不規則性を相互比較するという方法は採れないかと考えた。この方法ならば既知の特徴量を使わないので、あらかじめ○○遺伝子とかという予備知識を必要としないわけである。
一方、不規則性の尺度が同じであっても、種が同じとは言えない。いくつかの不規則性の尺度から配列を見る必要がある。私は今回の研究で、出現頻度など統計量、1/fゆらぎ、情報エントロピー、量子統計力学の長距離秩序度など様々な物理的、統計的な量に関し調べてみた。
その結果、これらの量で系統樹を作ることはできないが、生物種が比較的近いか遠いかは分かるという結果を得た。
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