| 研究課題/領域番号 |
17510161
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
基礎ゲノム科学
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| 研究機関 | 東海大学 |
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研究代表者 |
安藤 麻子 東海大学, 医学部, 講師 (40101935)
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| 研究分担者 |
椎名 隆 東海大学, 医学部, 講師 (00317744)
上西 博英 独立行政法人農業生物資源研究所, 主任研究員 (80391556)
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| 研究期間 (年度) |
2005 – 2006
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| 研究課題ステータス |
完了 (2006年度)
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| 配分額 *注記 |
3,600千円 (直接経費: 3,600千円)
2006年度: 1,700千円 (直接経費: 1,700千円)
2005年度: 1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
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| キーワード | MHC / 多型マーカー / ゲノム多様性 / マイクロサテライト / SLA遺伝子 / ハプロタイプ / プタゲノム / ブタゲノム |
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| 研究概要 |
本研究では、臓器移植研究をはじめとする実験動物としてのブタの利用拡大や、経済形質などの有用マーカーの選択をめざしたブタゲノム多様性解析の基盤構築を目的として、ブタの主要組織適合性複合体(MHC:SLA)領域にマイクロサテライト(MS)マーカーを高密度に設定し、MSマーカーとSLA遺伝子について、この領域のゲノム多様性の特徴の解明と有用マーカーの検索を行った。すなわち、ゲノム配列解読が最近完了した2.4MbのSLA全領域に、ヒトのMHC(HLA)領域と同程度の密度と多様性を示すMSマーカーを平均59kbに1個の密度で、合計40個設定した。血清学的SLAタイピングによる12種のSLAホモ/ヘテロ接合体サンプル、及びSLAタイプの固定されたNIH、クラウンミニブタ、近交系デュロック種ブタについて、これらのMSマーカーを用いた解析を行い、各ハプロタイプにより、特徴的なMS多型パターンを見いだした。また、HO4とNIHミニブタのdハプロタイプは、SLA全領域の2.4MbのすべてのMS多型パターンが互いに一致していた。
一方、交差ハプロタイプであるNIHミニブタのg,hハプロタイプは、クラスIII領域の220kbに交差が認められ、さらにhハプロタイプは、クラス1領域の46kbの領域にも交差が認められた。また、クラウンの2種類の交差ハプロタイプにもクラス1領域に3箇所の交差が見られた。以上のMS解析の結果から、クラスIIとIII領域間に位置するセントロメアは、ハプロタイプブロックの形成に影響を与えていないと推定された。これらのMSマーカーは、簡便なSLAタイピングや交差ハプロタイプの同定に有用であり、疾患感受性や免疫応答性などの各種形質とSLA領域上の遺伝子との詳細な相関解析に用いることが可能であると考えられた。
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