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ホヤ大規模DNAチップを用いた遺伝子発現プロファイリングの基盤研究

研究課題

研究課題/領域番号 17510162
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 応用ゲノム科学
研究機関北海道大学

研究代表者

安住 薫  北海道大学, 大学院薬学研究院, 助手 (90221720)

研究期間 (年度) 2005 – 2006
研究課題ステータス 完了 (2006年度)
配分額 *注記
3,600千円 (直接経費: 3,600千円)
2006年度: 1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
2005年度: 1,700千円 (直接経費: 1,700千円)
キーワード原索動物 / ホヤ / DNAマイクロアレイ / 遺伝子発現 / クラスタリング / 発生 / 加齢 / ライフサイクル / 組織 / ダイオキシン
研究概要

ホヤ全ゲノムの約7割をカバーする大規模オリゴDNAマイクロアレイを作製し、ホヤの受精卵から老成体までの19ステージサンプルからRNAを調製してDNAマイクロアレイ解析を行った。その結果、ホヤの10,415遺伝子について受精卵から老成体までのライフサイクルにおける遺伝子発現の変動パターンが明らかになった。次に、変動パターンの類似性に基づいたクラスタリングを行った。その結果、10,415個の遺伝子は49個のサブクラスターに分類でき、それらは大きく5つのカテゴリー(A:発生特異的遺伝子群、B:発生中期-成体期遺伝子群、C:成体特異的遺伝子群、D:非発現変動遺伝子群、E:母性遺伝子群)にまとめることができた。この分類方法を「安住式ホヤ遺伝子分類法」と名付けた。5つのカテゴリーに分類される遺伝子の総数では、E:母性遺伝子群が38.8%で一番多く、B:発生中期-成体期遺伝子群19.9%、C:成体特異的遺伝子群15.8%、A:発生特異的遺伝子群13.0%、D:非発現変動遺伝子群12.5%の順であった。また、変態時期に特異的に発現が亢進する変態関連遺伝子が3%、成体各組織に特異的に発現する遺伝子が1.6%、老成体の時期に発現が亢進する老化関連遺伝子が2.8%存在することも明らかになった。今回、ライフサイクルにおける遺伝子発現パターンを指標にした上記分類方法によって、ホヤの10,415遺伝子のこれまでにない特徴付けを行うことに成功した。この結果は、今後のホヤの遺伝子の機能解析に有益なだけでなく、ホヤとヒトで共通の遺伝子の機能解析にも多いに役立つと考えられる。

報告書

(3件)
  • 2006 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2007 2006 2005 その他

すべて 雑誌論文 (19件) 図書 (4件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Accumulation of organotin compounds and marine birnavirus detection in Korean ascidians2007

    • 著者名/発表者名
      Kaoru Azumi
    • 雑誌名

      Fisheries Science 73

      ページ: 263-269

    • NAID

      10018417076

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書 2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 海の汚染をホヤに聞こう-ホヤの遺伝子発現を指標にした海洋汚染化学物質の影響評価系の開発-2007

    • 著者名/発表者名
      安住 薫
    • 雑誌名

      Material Integration (印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書 2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Gene expression profile during the life cycle of the urochordate, Ciona intestinali2007

    • 著者名/発表者名
      Kaoru Azumi
    • 雑誌名

      Developmental Biology (印刷中)

    • NAID

      120002220974

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Accumulation of organotin compounds and marine birnavirus detection in Korean ascidians.2007

    • 著者名/発表者名
      Kaoru Azumi
    • 雑誌名

      Fisheries Science 73

      ページ: 263-269

    • NAID

      10018417076

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Identification of twenty-one transcripts expressed specifically in hemocytes of Ciona intestinalis and their expression profiles throughout the life cycle2006

    • 著者名/発表者名
      Michio Ogasawara
    • 雑誌名

      DNA Research 13

      ページ: 25-35

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Altered gene activity correlated with long-term memory formation of conditioned taste aversion in Lymnaea2006

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Azami
    • 雑誌名

      Journal of Neuroscience Research 84

      ページ: 1610-1620

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Identification of thirty-four transcripts expressed specifically in hemocytes of Ciona intestinalis and their expression profiles throughout the life cycle.2006

    • 著者名/発表者名
      Michio Ogasawara
    • 雑誌名

      DNA Research 13

      ページ: 25-35

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Altered gene activity correlated with long-term memory formation of conditioned taste aversion in Lymnaea.2006

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Azami
    • 雑誌名

      Journal of Neuroscience Research 84

      ページ: 1610-1620

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Altered gene activity correlated with long-term memory formation of conditioned taste aversion in Lymnaea2006

    • 著者名/発表者名
      Sachiyo Azami
    • 雑誌名

      J. Neurosci. Res. 84

      ページ: 1610-1620

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Identification of thirty-four transcripts expressed specifically in hemocytes of Ciona intestinalis and their expression profiles throughout the life cycle2006

    • 著者名/発表者名
      Michio Ogasawara
    • 雑誌名

      DNA Research 13

      ページ: 25-35

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Identification of twenty-one transcripts expressed specifically in hemocytes of Ciona intestinalis and their expression profiles throughout the life cycle2006

    • 著者名/発表者名
      Michio Ogasawara
    • 雑誌名

      DNA Research (印刷中)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Differential display analysis reveals novel gene expression through an ITAM-containing receptor in ascidian immunocytes2005

    • 著者名/発表者名
      Kaoru Azumi
    • 雑誌名

      Immunogenetics 57

      ページ: 444-452

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要 2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Oligonucleotide-based microarray analysis of retinoic acid target genes in the protochordate, Ciona intestinalis2005

    • 著者名/発表者名
      Tomoko Ishibashi
    • 雑誌名

      Developmental Dynamics 233

      ページ: 1571-1578

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要 2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Characteristics of NADPH oxidase genes (Nox2, p22, p47, and p67) and Nox4 gene expressed in blood cells of juvenile Ciona intestinalis2005

    • 著者名/発表者名
      Yuuki Inoue
    • 雑誌名

      Immunogenetics 57

      ページ: 520-534

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要 2005 実績報告書
  • [雑誌論文] ホヤの網羅的遺伝子発現研究の展開2005

    • 著者名/発表者名
      安住 薫
    • 雑誌名

      月刊海洋 41

      ページ: 112-118

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要 2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Differential display analysis reveals novel gene expression through an ITAM-containing receptor in ascidian immunocytes.2005

    • 著者名/発表者名
      Kaoru Azumi
    • 雑誌名

      Immunogenetics 57

      ページ: 444-452

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Oligonucleotide-based microarray analysis of retinoic acid target genes in the protochordate, Ciona intestinalis.2005

    • 著者名/発表者名
      Tomoko Ishibashi
    • 雑誌名

      Developmental Dynamics 233

      ページ: 1571-8

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Characteristics of NADPH oxidase genes (Nox2, p22, p47, and p67) and Nox4 gene expressed in blood cells of juvenile Ciona intestinalis.2005

    • 著者名/発表者名
      Yuuki Inoue
    • 雑誌名

      Immunogenetics 57

      ページ: 520-534

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Gene expression profile during the life cycle of the urochordate, Ciona intestinalis.

    • 著者名/発表者名
      Kaoru Azumi
    • 雑誌名

      Developmental Biology (in press)

    • NAID

      120002220974

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [図書] バイオとナノの融合I2007

    • 著者名/発表者名
      安住 薫
    • 総ページ数
      363
    • 出版者
      北海道大学出版会
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [図書] 環境修復の技術と科学2007

    • 著者名/発表者名
      安住 薫
    • 総ページ数
      256
    • 出版者
      北海道大学出版会
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [図書] ナノバイオサイエンス2007

    • 著者名/発表者名
      安住 薫他
    • 出版者
      北大図書出版会(印刷中)(仮題)
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [図書] 環境修復のための技術と科学2007

    • 著者名/発表者名
      安住 薫他
    • 出版者
      北大図書出版会(印刷中)(仮題)
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [産業財産権] ホヤの遺伝子発現を指標とした被検物質の生物学的影響の評価法2007

    • 発明者名
      安住薫, 佐藤矩行
    • 権利者名
      独立行政法人科学技術振興機構
    • 産業財産権番号
      2007-080326
    • 出願年月日
      2007-03-26
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要

URL: 

公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

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