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進化的に獲得された相空間ランドスケープについての理論的研究

研究課題

研究課題/領域番号 17540383
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理・化学物理
研究機関大阪大学

研究代表者

菊池 誠  大阪大学, サイバーメディアセンター, 教授 (50195210)

研究分担者 時田 恵一郎  大阪大学, サイバーメディアセンター, 助教授 (00263195)
茶碗谷 毅  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助教授 (80294148)
高城 史子  大阪大学, サイバーメディアセンター, 招へい研究員 (60403010)
研究期間 (年度) 2005 – 2006
研究課題ステータス 完了 (2006年度)
配分額 *注記
3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
2006年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2005年度: 2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
キーワード生態系 / タンパク質 / 生物物理 / 分子機械 / 計算物理
研究概要

生態系とタンパク質を対象に「進化的に形成」されたランドスケープの特徴についての研究を進めた。
生態系については、一般的な進化動力学モデルに対する統計力学的研究を進めた.生態系における種、細胞内の代謝物質、タンパク質、mRNAなどの量の分布の,系の生産性・成熟度や反応の資源量などに対する依存性を解析的に得た.また,HIVなどのウィルスと免疫系のモデルにおける,AIDS発症まで無症候期間などについても調べた(いずれも論文投稿準備中).
タンパク質については特にモータータンパク質の自由エネルギーランドスケープに重点を置いた。具体的には、(1)キネシンとそのレールの役を果たすチューブリンの自由エネルギーランドスケープを計算し、大きな構造揺らぎはスイッチ領域などの機能上重要な部分に局在していることを見出した。微小管が単なるレールではなく、キネシンと協同的に働いてモーターとして機能していることを示唆する結果を得た(論文投稿中)。(2)分子モーターであるミオシンについて、運動に伴う構造緩和とヌクレオチド解離との協同性を調べ、ヌクレオチドが自由エネルギーランドスケープの構造を切り替えるスイッチとしてはたらくことを示唆する結果を得た(論文投稿中)。
なお、昨年度投稿した論文が4本、雑誌掲載された。

報告書

(3件)
  • 2006 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2006

すべて 雑誌論文 (14件)

  • [雑誌論文] Statistical mechanics of relative species abundance2006

    • 著者名/発表者名
      Kei Tokita
    • 雑誌名

      Ecological Informatics Vol. 1

      ページ: 315-324

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Coarse-grained protein model, cooperativity of folding and subdomain structure2006

    • 著者名/発表者名
      Hiroo Kenzaki, Macoto Kikuchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters vol. 422

      ページ: 429-433

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Diversity in Free Energy Landscape and Folding Pathway of Proteins with the Same Native Topology2006

    • 著者名/発表者名
      Hiroo Kenzaki, Macoto Kikuchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters vol. 427

      ページ: 414-417

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Thermodynamics of Aggregation of Two Proteins2006

    • 著者名/発表者名
      Kazuki Nakanishi, Macoto Kikuchi
    • 雑誌名

      Journal of Physical Society of Japan vol. 75

      ページ: 64803-64803

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Robust 2-band intermittency in high-dimensional globally coupled tent map systems2006

    • 著者名/発表者名
      Tsuyoshi Chawanya
    • 雑誌名

      Progress of Theoretical Physics Supplement 161

      ページ: 169-172

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 「研究成果報告書概要(欧文)」より2006

    • 著者名/発表者名
      Kei Tokita
    • 雑誌名

      Ecological Informatics vol.1

      ページ: 315-324

    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 「研究成果報告書概要(欧文)」より2006

    • 著者名/発表者名
      Hiroo Kenzaki, Macoto Kikuchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters vol.422

      ページ: 429-433

    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 「研究成果報告書概要(欧文)」より2006

    • 著者名/発表者名
      Hiroo Kenzaki, Macoto Kikuchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters vol.427

      ページ: 414-417

    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 「研究成果報告書概要(欧文)」より2006

    • 著者名/発表者名
      Kazuki Nakanishi, Macoto Kikuchi
    • 雑誌名

      Journal of Physical Society of Japan vol.75

      ページ: 64803-64803

    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 「研究成果報告書概要(欧文)」より2006

    • 著者名/発表者名
      Tsuyoshi Chawanya
    • 雑誌名

      Progress of Theoretical Physics vol.161(Supplement)

      ページ: 169-172

    • 関連する報告書
      2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Statistical mechanics of relative species abundance2006

    • 著者名/発表者名
      Kei Tokita
    • 雑誌名

      Ecological Informatics vol.1

      ページ: 315-324

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Coarse-grained protein model, cooperativity of folding and subdomain structure2006

    • 著者名/発表者名
      Hiroo Kenzaki, Macoto Kikuchi
    • 雑誌名

      Chemical physics Letters vol.422

      ページ: 429-433

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Diversity in Free Energy Landscape and Folding Pathway of Proteins with the Same Native Topology2006

    • 著者名/発表者名
      Hiroo Kenzaki, Macoto Kikuchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters vol.427

      ページ: 414-417

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Thermodynamics of Aggregation of Two Proteins2006

    • 著者名/発表者名
      Kazuki Nakanishi, Macoto Kikuchi
    • 雑誌名

      Journal of Physical Society of Japan vol.75

      ページ: 64803-64803

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

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