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有機反応活性種の研究とタンパク質化学への展開

研究課題

研究課題/領域番号 17550032
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 有機化学
研究機関東京大学

研究代表者

友田 修司  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (30092282)

研究分担者 金野 大助  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 助教 (00361593)
研究期間 (年度) 2005 – 2008
研究課題ステータス 完了 (2008年度)
配分額 *注記
4,120千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 420千円)
2008年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2007年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2006年度: 600千円 (直接経費: 600千円)
2005年度: 1,700千円 (直接経費: 1,700千円)
キーワード量子有機化学 / フロンティア軌道理論 / タンパク質 / 生体分子 / 有機化学 / 化学物理 / 面選択性 / gauche効果 / 分子軌道計算 / 1,2-ジハロエタン / antipeliplanar効果 / ペプチド結合 / hyperconjugation / ab initio / 配座異性 / ジアステレオ面選択性 / 求核付加反応 / シス効果
研究概要

エノラート,カルベンなどの有機反応活性種が関与するπ面選択性予測理論の構築をフロンティア軌道理論および溶媒効果理論に基づいて行った. タンパク質データバンクの統計解析によりタンパク質内の微弱相互作用の様式と定量解析およびペプチド結合のシス型の存在様式とその意義について理論研究を行った
申請書に掲載の以下の2つのテーマについて結果をまとめた. 結果をまとめながら, 量子化学の基礎教育に関する教科書を3冊出版した
1. 溶液中における反応化学種の構造解明と面選択性予測理論の構築
α位に電子求引基を有する鎖式ケトンのLiAlH4 還元では従来提唱されていたキレーションモデルが無効なことがわかり, ジメチルエーテル溶媒中での反応遷移状態を求めたところ, 実験の傾向を高精度で再現できた(B3LYP/6-311+G(d, p)). この実験結果はCar-Parinello法による溶媒を含むシミュレーションによって強く支持された. この結果をTetrahedron Lett., 2008, 49, 4223-4226. にまとめた. また, ケトンのNaBH4 還元反応の遷移状態をはじめて求めることが出来た. この場合にもメタノール溶媒が動力学シミュレーションによって関与することが明らかとなり, 溶媒が面選択性に強く関与していることが示された. この結果をJ.Phys.Chem.に投稿してアクセプトされ印刷中の状態になっている. これらの結果はスペインで行われた物理有機国際会議, 春の化学会年会などで口頭発表した
2. タンパク質フォールディング機構の解明を目指したタンパク分子内微弱相互作用の定量評価
タンパク質のシス・トランス異性の問題を追求した. 特に, シス型のペプチド結合がX線データベースで報告されている種々の酵素タンパクの構造や機能を生み出すための役割について, 統計解析を含めた画期的な解析手法を開発しながら研究を進めた. その結果を春の化学会年会で報告し, 現在論文にまとめている最中である. さらにタンパク質のフォールディング機構の解明を目指して, 今年度新しい分子動力学理論を発表した. この新しい手法は従来の3 次元座標を使わず, ポテンシャルを変数にとって解析する全く新しいシミュレーション技術であり記者会見で報告した

報告書

(5件)
  • 2008 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (43件)

すべて 2009 2008 2007 2005 その他

すべて 雑誌論文 (23件) (うち査読あり 19件) 学会発表 (15件) 図書 (5件)

  • [雑誌論文] The Danishefsky pyranone puzzle : an explanation based on the exterior frontier orbital extension model2009

    • 著者名/発表者名
      Kaneno D, Tomoda S.
    • 雑誌名

      TETRAHEDRON LETTERS 50

      ページ: 329-332

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Origin of Cis Effect in 1,2-Dihaloethenes : The Quantitative Comparison of Electron Delocalizations and Steric Exchange Repulsions2008

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto T, Kaneno D, Tomoda S.
    • 雑誌名

      BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN 81

      ページ: 1415-1422

    • NAID

      10024446409

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Perturbational formulation of principal component analysis in molecular dynamics simulation2008

    • 著者名/発表者名
      Koyama YM, Kobayashi TJ, Tomoda S.
    • 雑誌名

      PHYSICAL REVIEWE 78

      ページ: 46702-11

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The importance of lone pair delocalizations : Theoretical investigations on the stability of cis and trans isomers in 1,2-halodiazenes2008

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto T, Kaneno D, Tomoda S.
    • 雑誌名

      JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY 73

      ページ: 5429-5435

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct observation of conformational folding coupled with disulphide rearrangement by using a water-soluble selenoxide Reagent-A case of oxidative regeneration of ribonuclease a under weakly basic conditions2008

    • 著者名/発表者名
      Iwaoka M, Kumakura F, Yoneda M, Tomoda S.
    • 雑誌名

      JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 144

      ページ: 121-130

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solvent effects on the diastereoselection in LiAlH4 reduction of alpha-substituted ketones2008

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Y, Kaneno D, Miura M, Tomoda, S.
    • 雑誌名

      TETRAHEDRON LETTERS 49

      ページ: 4223-4226

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Danishefsky pyranone puzzle: an explanation based on the exterior fronterorbital extension model2008

    • 著者名/発表者名
      Kaneno D, Tomoda S
    • 雑誌名

      TETRAHEDRON LETTERS 50(印刷中)

      ページ: 329-331

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Origin of Cis Effect in 1,2-Dihaloethenes: The Quantitative Comparison of Electron Delocalizations and Steric Exchange Repulsions2008

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto T, Kaneno D, Tomod
    • 雑誌名

      BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN 81

      ページ: 1415-1422

    • NAID

      10024446409

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Perturbational formulation of principal component analysis in molecular dynamics simulation2008

    • 著者名/発表者名
      Koyama YM, Tomoda S
    • 雑誌名

      PHYSICAL REVIEW E 78

      ページ: 46702-11

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The importance of lone pair delocalizations: Theoretical investions on the stability of cis and trans isomers in 1,2-halodiazenes2008

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto T, Kaneno D, Tomod
    • 雑誌名

      JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY 73

      ページ: 5429-5435

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct observation of conformational folding coupled with disulphide rearrangement by using a water-soluble selenoxide Reagent - A case of oyidative regeneration of ribonuclease a under weakly hasic conditions2008

    • 著者名/発表者名
      Iwaoka M, Kumakura F, Yoneda
    • 雑誌名

      JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 144

      ページ: 121-130

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solvent effects on the diastereoselection in LiA1H4 reduction of alpha-substituted ketones2008

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Y, Kaneno D, Miura M,T
    • 雑誌名

      TETRAHEDRON LETTERS 49

      ページ: 4223-4226

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical study of solvent effect on diastereo selectivity in protonation of methyl 3-fluorobutanoate anion by ethanol : Application of the 3D-RISM theory2007

    • 著者名/発表者名
      Ikuta Y, Maruyama Y, Hirata F, Tomoda S.
    • 雑誌名

      JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM 811

      ページ: 183-190

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Equilibrium and kinetics of the folding and unfolding of canine milk lysozyme2007

    • 著者名/発表者名
      Nakatani H, Maki K, Saeki K, Tomoda S.
    • 雑誌名

      BIOCHEMISTRY 46

      ページ: 5238-5251

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Studies on the nonbonded interactions of divalent organic selenium2005

    • 著者名/発表者名
      Iwaoka M, Tomoda S.
    • 雑誌名

      JOURNAL OF SYNTHETIC ORGANIC CHEMISTRY JAPAN 63

      ページ: 911-920

    • NAID

      130000928549

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The importance of lone pair electron delocalization in the cis-trans isomers of 1,2-dibromoethenes2005

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto T, Kaneno D, Tomoda S.
    • 雑誌名

      CHEMISTRY LETTERS 34

      ページ: 1190-1191

    • NAID

      10016649667

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Physical- and bio-organic chemstry of nonbonded selenium center dot center dot center dot oxygen interactions.2005

    • 著者名/発表者名
      Iwaoka M, Tomoda S
    • 雑誌名

      PHOSPHORUS SULFUR AND SILICON AND THE RELATED ELEMENTS. 180

      ページ: 755-766

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Experimental and theoretical studies on the nature of weak nonbonded interactions between divalent selenium and halogen atoms2005

    • 著者名/発表者名
      Iwaoka M, Katsuda T, Komatsu H, Tomoda S
    • 雑誌名

      JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY 70

      ページ: 321-327

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Experimental and Theoretical Studies on the Nature of Weak Nonbonded Interactions between Divalent Selenium and Halogen Atoms2005

    • 著者名/発表者名
      岩岡道夫
    • 雑誌名

      Journal of Organic Chemistry 70・1

      ページ: 321-327

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Physical- and Bio-Organic Chemistry of Nonbonded Selenium ・・・ Oxygen Interactions2005

    • 著者名/発表者名
      岩岡道夫
    • 雑誌名

      Phosphorus, Sulfur, and Silicon and the Related Elements 180・3-4

      ページ: 755-766

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] The Importance of Lone Pair Electron Delocalization in the Cis-Trans Isomers of 1,2-Dibromoethenes2005

    • 著者名/発表者名
      山元崇
    • 雑誌名

      Chemistry Letters 34・8

      ページ: 1190-1191

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 二価有機セレンの非結合性相互作用に関する研究2005

    • 著者名/発表者名
      岩岡道夫
    • 雑誌名

      有機合成化学協会誌 63・9

      ページ: 911-920

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Solvent effects on the diastereoselection in LiAlH_4 reduction of α-substituted ketones

    • 著者名/発表者名
      鈴木康光、金野大助、友田修司
    • 雑誌名

      Tetrahedron Letters 印刷中(掲載確定)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] グルタチオンペルオキシダーゼの反応機構解明のための理論計算2009

    • 著者名/発表者名
      宮沢秀男,金野大助,友田修司
    • 学会等名
      日本化学会春季年会
    • 発表場所
      日本大学
    • 年月日
      2009-03-30
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 酵素タンパクにおけるシス型ペプチド結合の性質と役割の解明2009

    • 著者名/発表者名
      平良俊一,金野大助,友田修司
    • 学会等名
      日本化学会春季年会
    • 発表場所
      日本大学
    • 年月日
      2009-03-30
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Solvent Effects of LiAlH_4 Reduction of a-Substituted Acyclic Ketones2008

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, Y., Kaneno, D., Tomoda, S
    • 学会等名
      IUPAC Physical Organic Chemistry Conference
    • 発表場所
      Santiago de Compostela, Spain
    • 年月日
      2008-07-15
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Solvent Effects of LiALH4 Reduction of α-Substituted Acyclic Ketones.2008

    • 著者名/発表者名
      Suzuki. Y. Kaneno, D, Tomoda, S
    • 学会等名
      IUPAC Conference on Physical Organic Chemistry
    • 発表場所
      Spain
    • 年月日
      2008-07-15
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] NaBH_4還元の遷移状態と溶媒効果2008

    • 著者名/発表者名
      鈴木康光, 金野大助, 友田修司
    • 学会等名
      日本化学会第89回春季年会
    • 発表場所
      千葉, 日本大学
    • 年月日
      2008-03-30
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] フルタチオンペルオキシダーゼの反応機構解析のための理論計算2008

    • 著者名/発表者名
      宮沢秀男, 金野大助, 友田修司
    • 学会等名
      日本化学会第89回春季年会
    • 発表場所
      千葉, 日本大学
    • 年月日
      2008-03-30
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] 酵素タンパクにおけるシス型ペプチド結合の性質と役割の解明2008

    • 著者名/発表者名
      平良俊一, 金野大助, 友田修司
    • 学会等名
      日本化学会第89回春季年会
    • 発表場所
      千葉, 日本大学
    • 年月日
      2008-03-30
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] ペプチド結合におけるトランス形優位性の研究2008

    • 著者名/発表者名
      平良俊一、金野大助、友田修司
    • 学会等名
      日本化学会第88春季年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-03-28
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 非環状ケトンのLiAlH_4還元におけるジアステレオ面選択性の起源の解明2008

    • 著者名/発表者名
      鈴木康光、金野大助、友田修司
    • 学会等名
      日本化学会第88春季年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-03-27
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 分子軌道計算法を用いた生体内酵素の過酸化物除去の反応機構解析2008

    • 著者名/発表者名
      宮沢秀男、金野大助、友田修司
    • 学会等名
      日本化学会第88春季年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-03-27
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 4-テトラヒドロフラン系のヒドリド還元における面選択性2007

    • 著者名/発表者名
      金野大助, 友田修司
    • 学会等名
      第57回有機反応化学討論会
    • 発表場所
      東広島
    • 年月日
      2007-09-29
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] 4-テトラヒドロピラノン系のヒドリド還元における面選択性2007

    • 著者名/発表者名
      金野大助、友田修司
    • 学会等名
      第57回有機反応化学討論会
    • 発表場所
      東広島
    • 年月日
      2007-09-29
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 非環状ケトンのLiAlH_4 還元におけるジアステレオ面選択性の起源の解明2007

    • 著者名/発表者名
      鈴木康光, 金野大助, 友田修司
    • 学会等名
      日本化学会第88回春季年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-03-27
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子軌道計算法を用いて生体内酵素の過酸化物除去の反応機構解析2007

    • 著者名/発表者名
      宮沢秀男, 金野大助, 友田修司
    • 学会等名
      日本化学会第88回春季年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-03-27
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] ペプチド結合におけるトランス形優位性の研究2007

    • 著者名/発表者名
      平良俊一, 金野大助, 友田修司
    • 学会等名
      日本化学会第88回春季年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-03-27
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [図書] はじめての分子軌道法2008

    • 著者名/発表者名
      友田修司
    • 総ページ数
      230
    • 出版者
      講談社
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [図書] はじめての分子軌道法-軌道概念によるアプローチ2008

    • 著者名/発表者名
      友田修司
    • 総ページ数
      230
    • 出版者
      講談社
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [図書] 基礎量子化学2007

    • 著者名/発表者名
      友田修司
    • 総ページ数
      400
    • 出版者
      東大出版会
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [図書] フロンティア軌道論で化学を考える2007

    • 著者名/発表者名
      友田修司
    • 総ページ数
      196
    • 出版者
      講談社
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書 2007 実績報告書
  • [図書] 基礎量子化学 -軌道概念で化学を考える-2007

    • 著者名/発表者名
      友田修司
    • 総ページ数
      432
    • 出版者
      東京大学出版会
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

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