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連鎖不平衡解析による細胞外・細胞膜分子間の相互作用の検出と種間比較

研究課題

研究課題/領域番号 17570087
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物多様性・分類
研究機関国立遺伝学研究所

研究代表者

高野 敏行  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 准教授 (90202150)

研究分担者 猪股 伸幸  九州大学, 大学院・理学研究院, 助教 (20301335)
渡邊 豊  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 博士研究員 (90419854)
高橋 一男  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 博士研究員 (10450199)
研究期間 (年度) 2005 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
3,700千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 300千円)
2007年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2006年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2005年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
キーワード連鎖不平衡 / 遺伝子間相互作用 / ショウジョウバエ / 自然淘汰 / 化学受容体タンパク質
研究概要

ヒトの世代当たりゲノム当たりの有害突然変異率は3個と推定されている.このように高い突然変異圧のもとでは集団全体の平均適応度の低下が危惧されるが、有害効果に相乗的な相互作用があれば有害突然変異が集団に及ぼす影響はこの率から予測されるよりも小さなものとなる.一方,相乗作用の存在を同定できれば、遺伝子間の機能関連を発見することも可能である.この考えに基づき、突然変異間の相乗作用の存在の有無を検証し,機能関連する遺伝子群を同定することを目的に,「自然集団中のDNA多型変異間の連鎖不平衡解析」をショウジョウバエ遺伝子に対し応用した.その結果,次の知見を得た.1)化学受容体遺伝子間に多量の連鎖不平衡を検出し,その量は季節変動し,春サンプルで特に非同義多型間の連鎖不平衡量が増大することを見出した.さらに、非同義変異においてのみ連鎖不平衡に一定の方向性があることを春サンプルで明らかにした.すなわち,まれな変異同士の組合せが期待値より少なくなる傾向があった.受容体遺伝子間の代理性機能のために、淘汰が各遺伝子に独立にではなく、複数遺伝子の組合せを通して働いたことを示唆している.2)より有効に淘汰、機能関連を検出するための新たな手法を開発した。これは特定のハプロタイプに着目し、ハプロタイプに基づく遺伝子型により個体を分類し,異なる遺伝子型間で変異量を比較するものである.この手法により,第2染色体上の多型的逆位In(2L)tに働く淘汰の検出に成功した.また,X染色体上の化学受容体遺伝子の解析から,観察される変異の一部は有害であり,ヘミ接合となる雄においてより有効に集団中から除かれることを明らかにした.これらの結果は自然集団において強い淘汰がこれまで考えられていたよりも頻繁に働いていることを示唆していて,遺伝子間の機能関連を探る有効な材料となることを示している。

報告書

(4件)
  • 2007 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (52件)

すべて 2008 2007 2006 2005 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (40件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] A new test for detecting ongoing selection2008

    • 著者名/発表者名
      Inomata, N.
    • 雑誌名

      Genetica 133

      ページ: 321-334

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new test for detecting ongoing selection.2008

    • 著者名/発表者名
      Inomata, N., Itoh, M., Kondo, R., Ohshima, M., Inoue, Y., Takano-Shimizu, T.
    • 雑誌名

      Genetica 133

      ページ: 321-334

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] A new test for detecting ongoing Selection.2008

    • 著者名/発表者名
      Inomata, N.
    • 雑誌名

      Genetica Published online

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Natural variation of ebony gene controlling thoracic pigmentation in Drosophila melanogaster2007

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, A.
    • 雑誌名

      Genetics 177

      ページ: 1233-1237

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Natural variation of ebony gene controlling thoracic pigmentation in Drosophila melanogaster.2007

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, A., Takahashki, K., Ueda, R., Takano-Shimizu, T.
    • 雑誌名

      Genetics 177

      ページ: 1233-1237

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Natural variation of ebony gene controlling thoracic pigmentation in Drosophila melanogaster.2007

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, A.
    • 雑誌名

      Genetics 177

      ページ: 1233-1237

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic architecture of variation in sex-comb tooth number in Drosophila simulans2006

    • 著者名/発表者名
      Tatsuta, H.
    • 雑誌名

      Genetical Research, Cambridge 87

      ページ: 93-107

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genetic architecture of variation in sex-comb tooth number in Drosophila simulans.2006

    • 著者名/発表者名
      Tatsuta, H., Takano-shimizu, T.
    • 雑誌名

      Genet. Res. 87

      ページ: 93-107

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Genetic architecture of variation in sex-comb tooth number in Drosophila simulans.2006

    • 著者名/発表者名
      Tatsuta, H.
    • 雑誌名

      Genetical Research, Cambridge 87

      ページ: 93-107

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A high frequency null mutant of an odorant-binding protein gene,Obp57e,in Drosophila melanogaster2005

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, A.
    • 雑誌名

      Genetics 170

      ページ: 709-718

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A high frequency mull mutant of an odorant-brinding protein gene, Obp57e, in Drosophila melanogaster.2005

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, A., Takano-Shimiz, T.
    • 雑誌名

      Genetics 170

      ページ: 709-718

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Measuring variation and estimating population genetics parameters2007

    • 著者名/発表者名
      高野 敏行
    • 学会等名
      日本遺伝学会第79回大会
    • 発表場所
      岡山
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Natural variants of a pigmentation-controlling gene that affects mate preference in Drosophila melanogaster2007

    • 著者名/発表者名
      高橋 文
    • 学会等名
      日本遺伝学会第79回大会
    • 発表場所
      岡山
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Developmental buffering of Hsp70 under environmental stresses2007

    • 著者名/発表者名
      高橋 一男
    • 学会等名
      日本遺伝学会第79回大会
    • 発表場所
      岡山
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] The fixation probability of a newly arisen gene duplication2007

    • 著者名/発表者名
      田中 健太郎
    • 学会等名
      日本遺伝学会第79回大会
    • 発表場所
      岡山
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Natural selection acting on X-linked chemoreceptor genes2007

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, K
    • 学会等名
      The 8th Japanese Drosophila Research Conference
    • 発表場所
      Awaji,Hyogo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Natural selection acting on X chromosome of Drosophila melanogaster2007

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, K
    • 学会等名
      48th Annual Drosophila Research Conference
    • 発表場所
      Philadelphia,Pennsylvania
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Linkage disequilibrium analyses of synonymous and replacement polymorphisms in Drosophila chemoreceptor genes2007

    • 著者名/発表者名
      Kondo, R
    • 学会等名
      48th Annual Drosophila Research Conference
    • 発表場所
      Philadelphia,Pennsylvania
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Measuring variation and estimating population genetics parameters.2007

    • 著者名/発表者名
      Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      The 79th Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Okayama
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Natural variants of a pigmentation-controlling gene that affects mate preference in Drosophila melanogaster.2007

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, A. Itoh, M. Kondo, R. Inomata, N., Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      The 79th Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Okayama
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Developmental buffering of Hsp70 under environmental stresses.2007

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, K. H., Takano-Shimziu, T.
    • 学会等名
      The 79th Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Okayama
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] The fixation probability of a newly arisen gene duplication.2007

    • 著者名/発表者名
      Tanaka, K., Takahashi, K. R. Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      The 79th Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Okayama
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Natural selection acting on X-linked chemoreceptor genes.2007

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, K. H., Tanaka, K., Itoh, M., Takano-Shimziu, T.
    • 学会等名
      The 8th Japanese Drosophila Research Conference
    • 発表場所
      Awaji, Hyogo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書 2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Natural selection acting on X chromosome of Drosophila melanogaster.2007

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, K. H., Tanaka, K., Itoh, M., Takano-Shimziu, T.
    • 学会等名
      48th Annual Drosophila Research Conference
    • 発表場所
      Philadelphia, Pennsylvania
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Linkage disequilibrium analyses of synonymous and replacement polymorphisms in Drosophila chemoreceptor genes.2007

    • 著者名/発表者名
      Kondo, R., Oshima, M., Yoshifuji, Y., Inomata, N., Itoh, M., Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      48th Annual Drosophila Research Conference
    • 発表場所
      Philadelphia, Pennsylvania
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 遣伝子の機能ネットワーク推定の試み:ショウジョウバエを用いた集団遣伝学的アプローチ2006

    • 著者名/発表者名
      伊藤 雅信
    • 学会等名
      平成18年度日本蚕糸学会九州支部・関西支部昆虫機能・利用学術講演会
    • 発表場所
      福岡
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] キイロショウジョウバエにおける胸部三叉の色素沈着パターンの集団内多型に関する分子基盤2006

    • 著者名/発表者名
      高橋 文
    • 学会等名
      日本遺伝学会第78回大会
    • 発表場所
      つくば市
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] キイロショウジョウバエの自然突然変異スペクトラムの雌雄差2006

    • 著者名/発表者名
      渡邊 豊
    • 学会等名
      日本遺伝学会第78回大会
    • 発表場所
      つくば市
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] キイロショウジョウバエのX染色体に働く自然淘汰の検出2006

    • 著者名/発表者名
      高橋 一男
    • 学会等名
      日本遺伝学会第78回大会
    • 発表場所
      つくば市
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] ジ導ウジョウバエ嗅覚,味覚受容体遺伝子の変異に働く自然淘汰の調査2006

    • 著者名/発表者名
      近藤 るみ
    • 学会等名
      日本遺伝学会第78回大会
    • 発表場所
      つくば市
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 冗長なシステムにおける機能喪失型変異の進化動態:機能喪失型変異の固定は突然変異率が高いほど遅くなることがある2006

    • 著者名/発表者名
      高橋 亮
    • 学会等名
      日本遺伝学会第78回大会
    • 発表場所
      つくば市
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] 分化した集団間の表現型変異及びDNA多型情報を用いたショゥジョウバエの適応と種分化の解析2006

    • 著者名/発表者名
      高橋 文
    • 学会等名
      日本進化学会2006年大会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Spontaneous mutation spectrum in Drosophila melanogaster2006

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, Y
    • 学会等名
      SMBE 2006 Conference
    • 発表場所
      Tempe,Arizona
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Detecting single-generation selection acting on inversion polymorphism in Drosophila2006

    • 著者名/発表者名
      Takano-Shimizu, T
    • 学会等名
      47th Annual Drosophila Research Conference
    • 発表場所
      Houston,Texas
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] A population-genetics approach to construct gene network by using Drosophila.2006

    • 著者名/発表者名
      Itoh, M., Nanba, N., Hasegawa, M., Inomata, N., Kondo, R.Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      Joint meeting of Kyushu and Kansai Branches of The Japanese Society of Sericultural Science
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Molecular basis of a pigmentation pattern segregating within Drosophila melanogaster populations.2006

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, A. Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      The 78 Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Tsukuba
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Sex difference in the nature of spontaneous mutations in Drosophila melanogaster.2006

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, Y., Takahashi, A., Itoh, M. Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      The 78 Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Tsukuba
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Natural selection acting on X chromosome of Drosophila melanogaster.2006

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, K. H., Tanaka, K., Itoh, M., Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      The 78 Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Tsukuba
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Linkage disequilibrium patterns of synoymous and replacement polymorphisms in Drosophila chemoreceptor genes.2006

    • 著者名/発表者名
      Kondo, R., Oshima, M., Yoshifuji, Y., Inomata, N., Itoh, M., Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      The 78 Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Tsukuba
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Delayed and inhibited fixation of null alleles in a redundant multilocus system under irreversible mutation pressure.2006

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, K. R. Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      The 78 Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Tsukuba
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Phenotypic variation between divergent populations and DNA polymorphism-based study of adaptation and speciation in Drosophila.2006

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, A., Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      The Annual Meeting of the Society of Evolutionary Studies, Japan, 2006
    • 発表場所
      Tokyo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Spontaneous mutation spectrum in Drosophila melanogaster.2006

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, Y., Takahashi, A., Itoh, M., Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      SMBE 2006 Conference.
    • 発表場所
      Tempe, Arizona
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Detecting single-generation selection acting on inversion polymorphism in Drosophila.2006

    • 著者名/発表者名
      Takario-Shimizu, T., Inomata, N., Itoh, M., Kondo, R.
    • 学会等名
      47th Annual Drosophila Research Conference
    • 発表場所
      Houston, Texas
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] ショウジョウバエ集団中に高頻度で存在する匂い物質結合蛋白質ヌル突然変異の集団遺伝学的解析2005

    • 著者名/発表者名
      高橋 文
    • 学会等名
      日本遺伝学会第77回大会
    • 発表場所
      つくば市
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] キイロショウジョウバエにおける連鎖不平衡(LD)の季節変動と集団構造2005

    • 著者名/発表者名
      伊藤 雅信
    • 学会等名
      日本遺伝学会第77回大会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] ショウジョウバエ染色体逆位多型にかかる-世代の自然淘汰の検出2005

    • 著者名/発表者名
      猪股 伸幸
    • 学会等名
      日本遺伝学会第77回大会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] ショウジョウバエANTPコンプレックスScr遺伝子近傍150kb領域の分子多型2005

    • 著者名/発表者名
      渡邊 豊
    • 学会等名
      日本遺伝学会第77回大会
    • 発表場所
      東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] A high-frequency null mutant of an odorant-binding protein gene, Obp57e, in Drosophila melanogaster.2005

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, A., Takano-Smizu, T.
    • 学会等名
      The 77th Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Tokyo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Seasonal changes in the scale of long-distance linkage disequilibrium and population structure in Drosophila melanogaster.2005

    • 著者名/発表者名
      Itoh, M., Nanba, N., Hasegawa, M., Inomata, N., Kondo, R., Ohshima, M., Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      The 77th Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Tokyo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Detecting single-generation selection acting on inversion polymorphism in Drosophila.2005

    • 著者名/発表者名
      Inomata, N., Itoh, M., Kondo, R., Ohshima, M., Inoue, Y., Takano-Shimizu, T.
    • 学会等名
      The 77th Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Tokyo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [学会発表] Molecular variation in 150-kb region around the Drosophila Scr gene in D. melanogaster and D. simulans.2005

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, Y., Tatsuta, H., Takano-Smizu, T.
    • 学会等名
      The 77th Annual Meeting of the Genetic Society of Japan
    • 発表場所
      Tokyo
    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要
  • [備考] 「研究成果報告書概要(和文)」より

    • URL

      http://www.nig.ac.jp/labs/PopGen/index.html

    • 関連する報告書
      2007 研究成果報告書概要

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

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