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ゲノム比較による哺乳類特異的形質と遺伝子多様化の連関研究

研究課題

研究課題/領域番号 17570188
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 進化生物学
研究機関京都大学

研究代表者

隈 啓一  京都大学, 化学研究所, 研究員 (10221938)

研究期間 (年度) 2005 – 2006
研究課題ステータス 完了 (2006年度)
配分額 *注記
2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
2006年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
2005年度: 1,600千円 (直接経費: 1,600千円)
キーワード哺乳類 / 形態進化 / ゲノムデータベース / ゲノム比較 / 相同性検索 / マルチプルアライメント / 分子系統樹 / 最尤法
研究概要

形態の進化と分子進化を結びつけることは、生物進化を考えるにあたり非常に重要なことである。報告者は、哺乳類における遺伝子の多様化と形態の関係についての解析を行った。哺乳類は近縁である鳥類・爬虫類と較べて、(I)一般に卵生ではなく胎生、(II)体毛をもつ、(III)脳が大きい、(IV)嗅覚が鋭い、など多くの形質・形態の違いが存在する。以上の形質に関係する遺伝子が、どのように哺乳類の系統で多様化したか、また、他に哺乳類の系統で多様化した遺伝子にはどのようなものがあるかを研究することは極めて重要であるにも関わらず、網羅的な研究は殆どなく、嗅覚受容体など個々の遺伝子における解析のみがなされている。報告者は、哺乳類特異的形質の進化と遺伝子多様化の連関を探るために、有袋類・オポッサムを含む複数の哺乳類および鳥類、両生類、魚類のゲノム配列を収集し、ゲノム配列から推定された遺伝子による相同性検索と生物間の系統関係の情報に基づき、哺乳類で多様化した遺伝子の候補を探索した。31,302の検索配列による相同性探査の結果、1,642個が探索され、冗長なものを省くと203遺伝子族が候補として挙がった。この中には、予備解析の結果から哺乳類の系統で多様化したとことが既知であった、妊娠関連抗原PSβG、毛を構成するケラチン、嗅覚受容体、性決定遺伝子SRYなどが含まれるとともに、プロトカドヘリン・カリクレイン・γクリスタリンなどでも、哺乳類における遺伝子多様化が詳細な系統樹推定から観察され、文献調査などから、これらは脳・中枢神経系の発生に関わる可能性があることが示唆された。この研究については日本進化学会第7回大会で報告済みであり、論文化中である。また、正確で高速なマルチプルアライメント及び系統樹推定プログラムの改良を九州大学医学部の加藤和貴助教授と随時行っており、本解析に重要な役割を果たしている。

報告書

(3件)
  • 2006 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2006 2005

すべて 雑誌論文 (5件)

  • [雑誌論文] Positive selection in the ComC-ComD system of streptococcal species.2006

    • 著者名/発表者名
      Ichihara, H.
    • 雑誌名

      J. Bacteriol. 188(17)

      ページ: 6429-6434

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書 2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Identification of rDNA-specific non-LTR retrotransposons in Cnidaria.2006

    • 著者名/発表者名
      Kojima, K.
    • 雑誌名

      Mol. Biol. Evol. 23(10)

      ページ: 1984-1993

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書 2006 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 実践的マルチプルアライメント2006

    • 著者名/発表者名
      加藤 和貴
    • 雑誌名

      化学と生物 44(2)

      ページ: 102-108

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 実践的系統樹推定法:原理と特徴、樹形の信頼性評価、およびソフトウェア2006

    • 著者名/発表者名
      隈 啓一
    • 雑誌名

      化学と生物 44(3)

      ページ: 185-191

    • NAID

      10017248242

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Improvement in accuracy of multiple alignment program MAFFT.2005

    • 著者名/発表者名
      Katoh, K.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 16(1)

      ページ: 22-33

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

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