• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

分子デザインに基づくDNA折り畳みとクロマチン調節機構の解析

研究課題

研究課題/領域番号 17655077
研究種目

萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 生体関連化学
研究機関名古屋大学

研究代表者

村田 静昭  名古屋大学, 大学院・環境学研究科, 教授 (50157781)

研究期間 (年度) 2005 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
2007年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
2006年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2005年度: 2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
キーワードDNA折り畳み / ポリアミン / プテリジン / インターカレーション / キラル分子認識 / オリゴペプチド
研究概要

ヌクレオソームにおけるDNAの折り畳み現象を解明するため、溶液中でカチオン性凝縮剤を用いる長鎖DNAのコイル⇔グロビュール折り畳み相変化を用いてシミュレートする基礎研究を前年度に引き続き行った。凝縮剤の構造デザイン手法により、既に明らかにしているカチオン電荷の空間的な関係,疎水性相互作用,キラリティー,インターカレーションなどがもたらすDNA折り畳み過程の調整メカニズムに基づいて、より生物親和性の大きな物質であるプテリジン系化合物やオリゴペプチドによるDNA折り畳み活性を研究した。さらに、3価のポリアミンであるスペルミジンによるDNA折り畳みに対する、生体内に存在するナトリウムイオンやカリウムイオンなど+1価陽イオンの共存効果を研究した。結果として、プテリジン系DNA凝縮剤による強力なDNA折り畳みの機構や、分子内相分離中間体を経て折り畳まれる段階的機構、中間体を経ることなく一気に折り畳まれてしまうOn/Offスイッチ型機構の発現についての知見を得ることができた。ナトリウムイオンの存在はカリウムイオンより強くDNA折り畳みを阻害することが分った。これらの結果については既に一部論文に発表した。さらに生物親和性の大きなDNA折り畳み剤を創製するためにチロシン水酸化酵素などのタンパクと結合するプテリジンをベースにした化合物のデザインに着手した。その結果得られた成果を発表した。この他、キラリティーの違いがDNA折り畳み転移に及ぼす効果について、+2価から4価の電荷をもった様々にキラル修飾された凝縮剤を合成しその活性を調べた。一部アセチル化修飾したオリゴペプチドを使い、アセチル化がもたらすDNA折り畳み転移における効果を調べる研究に着手した。これらの結果については今後得られる結果と合わせて発表する予定である。

報告書

(3件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2007 2006 2005

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] "Chemoselective Oxidation of 6-Hydroxyalkylpteridine and Its Application to Synthesis of 6-Acyl-7, 8-dihydropteridine."2007

    • 著者名/発表者名
      S. S. Landge, K. Kudoh, Y. Yamada, and S. Murata
    • 雑誌名

      Heterocycles 71

      ページ: 911-918

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Difference of DNA Compaction Performed by Two Kinds of Oncopterin-Mimic Pteridine-Polyamine Conjugates.2006

    • 著者名/発表者名
      N.Chen, S.Murata
    • 雑誌名

      Pteridines 17

      ページ: 1-4

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Molecular Mechanism for Pterin-Mediated Inactivation of Tyrosine Hydroxylase : Formation of Insoluble Aggregates of Tyrosine Hydroxylase.2006

    • 著者名/発表者名
      F.Urano, N.Hayashi, F.Arisaka, H.Kurita, S.Murata, H.Ichinose
    • 雑誌名

      J. Biochem 139

      ページ: 625-635

    • NAID

      10018845291

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Na^+ more strongly inhibits DNA compaction by spermidine (3+) than K^+.2006

    • 著者名/発表者名
      K.Hibino, Y.Yoshikawa, S.Murata, T.Saito, A.A.Zinchenko, K.Yoshikawa
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett 426

      ページ: 405-409

    • NAID

      120000896364

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] A Computational Study on Stabilities of Dihydropterins.2006

    • 著者名/発表者名
      S.S.Landge, S.Murata
    • 雑誌名

      Heterocycles 68

      ページ: 1705-1708

    • NAID

      40007354226

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Molecular Design of Polyamines and related Compounds for Controlled DNA Folding Transition.2006

    • 著者名/発表者名
      A.A.Zinchenko, N.Chen, S.Murata
    • 雑誌名

      J. Synth. Org. Chem 64

      ページ: 1122-1130

    • NAID

      10020608742

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Weak Interaction Induces an On / Off Switch, Whereas Strong Interaction Causes Gradual Change : Folding Transition of a Long Duplex DNA Chain by Poly-L-lysine.2006

    • 著者名/発表者名
      T.Akitaya, A.Seno, T.Nakai, N.Hazemoto, S.Murata, K.Yoshikawa
    • 雑誌名

      Biomacromolecule 8

      ページ: 273-278

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Specific Formation of Beads-on-a-Chain Structures on Giant DNA using a Designed Polyamine Derivative2005

    • 著者名/発表者名
      N.Chen, A.A.Zinchenko, S.Murata, K.Yoshikawa
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc 127

      ページ: 10910-10916

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Drastic Change in the Tertiary Structure of Giant DNA without Distortion of the Secondary Structure Caused by Pteridine-Polyamine Conjugates2005

    • 著者名/発表者名
      N.Chen, A.A.Zinchenko, S.Murata, K.Yoshikawa
    • 雑誌名

      Chem.- A Euro.J 11

      ページ: 4835-4840

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] How Does DNA Compaction Favor Chiral Selectivity with Cationic Species? Higher Selectivity with Lower Cationic2005

    • 著者名/発表者名
      A.Zinchenko, V.G.Sergeyev, V.A.Kabanov, S.Murata, K.Yoshikawa
    • 雑誌名

      ChemBioChem 6

      ページ: 1419-1422

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Stereochemistry of Fully Acetylated Tetrahydropterins and Tetrahydroqunoxalines2005

    • 著者名/発表者名
      N.Chen, K.Ikemoto, S.Komatsu, S.Murata
    • 雑誌名

      Heterocycles 65

      ページ: 2917-2924

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Controlling DNA Higher-Order Structural Transformation by Pteridine-Polyamine Conjugates2005

    • 著者名/発表者名
      N.Chen, S.Murata
    • 雑誌名

      Chemistry and Biology of Pteridines and Folates (印刷中)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] "Tetrahydrobiopterin and Related" Biologically Important Pterins.2007

    • 著者名/発表者名
      S. Murata, H. Ichinose, and F. Urano
    • 総ページ数
      45
    • 出版者
      Springer (Topics in Heterocyclic Chemistry Vol. 8. Bioactive Heterocycles II)
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

URL: 

公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi