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モディフィコーム解明に向けての基盤研究

研究課題

研究課題/領域番号 17681025
研究種目

若手研究(A)

配分区分補助金
研究分野 応用ゲノム科学
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

松山 晃久  理化学研究所, 吉田化学遺伝学研究室, 研究員 (90399444)

研究期間 (年度) 2005 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
15,600千円 (直接経費: 12,000千円、間接経費: 3,600千円)
2007年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2006年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
2005年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
キーワードプロテオーム / 翻訳後修飾 / 分裂酵母
研究概要

タンパク質の翻訳後修飾はタンパク質の活性調節や分解の制御など、タンパク質そのものの機能にとって重要であるだけなく、細胞内シグナル伝達においても重要な役割を果たしている。しかし、個々のタンパク質についての翻訳後修飾の解析は進んでいるものの、その全体像はまだ不明である。そこで本研究では解析の対象をプロテオームに拡大し、タンパク質翻訳後修飾の全体像(モディフィコーム)を解明するための基盤となる技術開発をおこなった。これまでの研究において、分裂酵母で予測されている約5,000種類の全ORFの3'末端にFLAGおよびHis_6タグを融合させて発現できるようにした株から、His_6タグを利用して各発現タンパク質をハイスループットに精製する系を構築していた。本年度はその検出系にもさらに改良を加え、これまでよりも10倍程度高い感度でシグナルを検出できるようになった。このようにして確立した実験系を用いて実際に発現させた約5,000種類のタンパク質の精製をおこなった。精製したタンパク質を用いて1枚当たり1,536スポットからなるプロテインアレイを作製し、現在約100種類に及ぶ翻訳後修飾を特異的に認識する抗体で順次検出をおこなっている。各遺伝子を過剰発現した細胞から抽出した全細胞抽出液を用いて電気泳動をおこない、同様の抗体で検出するスクリーニングもおこなったが、精製タンパク質によるプロテインアレイを用いた方法では電気泳動法よりもはるかに多くのタンパク質の翻訳後修飾を検出できることがわかった。まもなく完成するこの第一次モディフィコームマップにより、細胞内タンパク質の翻訳後修飾に関する情報が飛躍的に増加することが予想され、個々のタンパク質の機能解析にも有用な情報が提供できると期待される。

報告書

(3件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2008 2007 2006 2005 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] New insights into chemical biology from ORFeome libraries.2008

    • 著者名/発表者名
      Yoko Yashiroda
    • 雑誌名

      Current Opinion in Chemical Biology (In press)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inhibition of splicing and nuclear retention of pre-mRNA by spliceostatin A in fission yeast.2007

    • 著者名/発表者名
      Lo Chor Wai
    • 雑誌名

      Biochemical and biophysical research communications 364

      ページ: 573-577

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ORFeome cloning and global analysis of protein localization in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe.2006

    • 著者名/発表者名
      Akihisa Matsuyama
    • 雑誌名

      Nature Biotechnology 24 (8)

      ページ: 841-847

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 酵母を基盤とするケミカルゲノミクス2006

    • 著者名/発表者名
      西村 慎一
    • 雑誌名

      Bionics 13 (10)

      ページ: 39-45

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 分裂酵母の全タンパク質大規模解析ローカリゾームとその利用2006

    • 著者名/発表者名
      荒井 律子
    • 雑誌名

      バイオサイエンスとインダストリー 64 (12)

      ページ: 29-33

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] 分裂酵母のゲノム情報を利用したケミカルゲノミクス2005

    • 著者名/発表者名
      西村慎一, 松山晃久, 吉田稔
    • 雑誌名

      蛋白質 核酸 酵素 50(9)

      ページ: 1070-1077

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Global analysis of gel mobility of proteins and its use in target identification.

    • 著者名/発表者名
      Atsuko Shirai
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry (In press)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] A pilot study for fission yeast modificomics.2007

    • 著者名/発表者名
      Akihisa Matsuyama
    • 学会等名
      The 4th International Fission Yeast Meeting
    • 発表場所
      コペンハーゲン
    • 年月日
      2007-06-13
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://cgl.riken.go.jp/

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

URL: 

公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

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