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特異点を考慮した高精度リサンプリング法の開発とその応用

研究課題

研究課題/領域番号 17700276
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 統計科学
研究機関東京工業大学

研究代表者

下平 英寿  東京工業大学, 大学院・情報理工学研究科, 准教授 (00290867)

研究期間 (年度) 2005 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
2007年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2006年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2005年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワードブートストラップ / アルゴリズム / 系統進化 / マイクロアレイ / 特異点 / 統計的仮説検 / バイオインフォマティクス / スケール変換 / 統計的仮設検定 / 統計的仮説検定
研究概要

データから得られる推定値の信頼性を確率値として計算するために,仮説の不偏な確率値を高精度で計算するリサンプリング法の開発を目的とする.このために,(i)マルチスケール・ブートストラップ法をすでに提案している.そこでは確率分布の空間における仮説領域の境界が滑らかな曲面であることを仮定して,その曲率やデータ点までの距離といった幾何学的な議論が理論的な導出の基礎になっているので,もし境界が滑らかでない場合には特異点付近で精度が下がる.一方,(ii)多重比較法を利用した手法も以前に提案している.そこでは仮説領域が凸多面錐であることを仮定して,その頂点(特異点)における精度を保証しているが,これから離れると精度が下がることが知られている.したがって本研究では,(i)(ii)の両手法の長所を取り入れる新たな手法の開発及びその応用を目指している.
本年度は以下の点について研究を行った.1.マルチスケール・ブートストラップ法を発展させるアルゴリズムを考案するにあたり,その基礎となる近似的に不偏な検定の理論の構築をさらに進めた.曲面のフーリエ変換に基づく理論的枠組みを発展させた.2.構築した理論とアルゴリズムに基づき,ソフトウェアを作成した.Rの公式ライブラリscalebootとして公開した.3.アルゴリズムをバイオインフォマティクス(系統進化,マイクロアレイ)の応用へ実践し,実用性について検証した.

報告書

(3件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2008 2007 2006 2005 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (1件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Testing Regions with Nonsmooth Boundaries via Multiscale Bootstrap2008

    • 著者名/発表者名
      Hidetoshi Shimodaira
    • 雑誌名

      Journal of Statistical Planning and Inference 138

      ページ: 1227-1241

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantitative transcriptional control of ERBB receptor signaling undergoes graded to biphasic response for cell differentiation2007

    • 著者名/発表者名
      T.Nagashima, H.Shimodaira, K.Ide, T.Nakakuki, Y.Tani, K.Takahashi, N.Yumoto, M.Hatakeyama
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 282

      ページ: 4045-4056

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] pvclust : an R package for assessing the uncertainty in hierarchical clustering2006

    • 著者名/発表者名
      R.Suzuki, H.Shimodaira
    • 雑誌名

      Bioinformatics 22

      ページ: 1540-1542

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Asessing the uncertainty in phylogenetic inference2005

    • 著者名/発表者名
      Shimodaira, H., Hasegawa, M.
    • 雑誌名

      Statistical Methods in Molecular Evolution, Statistics for Biology and Health (Springer-Verlag)

      ページ: 463-492

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Multiplicative Decomposition of Time- and Dose-Dependent Gene Expression Changes2005

    • 著者名/発表者名
      Tani, Y., Kamimura, T., Nagashima, T., Ide, K., Hatakeyama, M., Shimodaira, H.
    • 雑誌名

      The 16th International Conference on Genome Informatics 2005

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] A Scale-Free Prior over Graph Structures for Bayesian Inference of Gene Networks2005

    • 著者名/発表者名
      Kamimura, T., Shimodaira, H.
    • 雑誌名

      The 16th International Conference on Genome Informatics 2005

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [学会発表] マルチスケール・ブートストラップ法による有界な深さをもつ領域の検定2007

    • 著者名/発表者名
      下平英寿
    • 学会等名
      統計関連学会連合大会
    • 発表場所
      神戸大学
    • 年月日
      2007-09-07
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] 赤池情報量規準AIC-モデリング・予測・知識発見2007

    • 著者名/発表者名
      赤池 弘次, 甘利俊一, 北川源四郎, 樺島祥介, 下平英寿
    • 総ページ数
      160
    • 出版者
      共立出版
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.is.titech.ac.jp/~shimo/prog/scaleboot/index.html

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2005-04-01   更新日: 2016-04-21  

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