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位置非依存的な新しい分子コーディング法の開発とコンピュータ支援創薬への応用

研究課題

研究課題/領域番号 17F17051
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分外国
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関九州工業大学 (2018)
九州大学 (2017)

研究代表者

山西 芳裕  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (60437267)

研究分担者 BERENGER FRANCOIS  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2017-07-26 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
2018年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2017年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
キーワードLBVS / QSAR / applicability domain
研究実績の概要

I have been working on computational methods on chemoinformatics research. I have created the "Distance-Based Boolean Applicability Domain". In ligand-based modeling, one must create a model but also an applicability domain for that model. Existing methods are complex, hard to implement or difficult to interpret. They require a threshold or embed an empiric constant. I proposed a trivial to interpret domain. In High Throughput Screening data set modeling experiments, our domain improves the performance and early retrieval of models, while improving the scaffold diversity among top-ranked active molecules. I have published two articles in peer reviewed journals and presented posters at international conferences. I have released open source programs and libraries for chemoinformatics research. I have done some modeling for protein targets of interest to our team.

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Chemoinformatics and structural bioinformatics in OCaml.2019

    • 著者名/発表者名
      Berenger F, Zhang KYJ, Yamanishi Y.
    • 雑誌名

      J Cheminform.

      巻: 11 号: 1 ページ: 10-10

    • DOI

      10.1186/s13321-019-0332-0

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A Distance-Based Boolean Applicability Domain for Classification of High Throughput Screening Data.2019

    • 著者名/発表者名
      Berenger F, Yamanishi Y.
    • 雑誌名

      J Chem Inf Model.

      巻: 59 号: 1 ページ: 463-476

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.8b00499

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fragger: a protein fragment picker for structural queries2018

    • 著者名/発表者名
      Berenger Francois、Simoncini David、Voet Arnout、Shrestha Rojan、Zhang Kam Y.J.
    • 雑誌名

      F1000Research

      巻: 6 ページ: 1722-1722

    • DOI

      10.12688/f1000research.12486.2

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Consensus queries in ligand-based virtual screening experiments2017

    • 著者名/発表者名
      Berenger Francois、Vu Oanh、Meiler Jens
    • 雑誌名

      Journal of Cheminformatics

      巻: 9 号: 1 ページ: 60-60

    • DOI

      10.1186/s13321-017-0248-5

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] A Distance-Based Boolean Applicability Domain for Classification of HTS Data2019

    • 著者名/発表者名
      Berenger, F. and Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      OpenEye CUP XIX
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Combining a bisector tree with the Tanimoto distance for similarity searches and beyond2018

    • 著者名/発表者名
      Berenger, F. and Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      The 7th French-Japanese Workshop on Computational Methods in Chemistry
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Combining a bisector tree with the Tanimoto distance for similarity searches and beyond2018

    • 著者名/発表者名
      Berenger, F. and Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      第41回ケモインフォマティクス討論会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Consensus queries in ligand-based virtual screening experiments2017

    • 著者名/発表者名
      Francois Berenger
    • 学会等名
      Society of Computer Chemistry Japan (SCCJ), 2017 fall meeting
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A new rotation-translation invariant molecular descriptor for Ligand-Based Virtual Screening and beyond2017

    • 著者名/発表者名
      Francois Berenger and Yoshihiro Yamanishi
    • 学会等名
      Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] A new rotation-translation invariant molecular descriptor for Ligand-Based Virtual Screening and beyond2017

    • 著者名/発表者名
      Francois Berenger and Yoshihiro Yamanishi
    • 学会等名
      Informatics In Biology, Medicine and Pharmacology (IIBMP) 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2017-07-28   更新日: 2024-03-26  

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