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強スケーリング性能を指向した計算物理向け超並列行列計算ライブラリの開発

研究課題

研究課題/領域番号 17H02828
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 計算科学
研究機関電気通信大学

研究代表者

山本 有作  電気通信大学, 大学院情報理工学研究科, 教授 (20362288)

研究分担者 横川 三津夫  神戸大学, 先端融合研究環, 教授 (70358307)
星 健夫  鳥取大学, 工学研究科, 准教授 (80272384)
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
13,130千円 (直接経費: 10,100千円、間接経費: 3,030千円)
2019年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2018年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2017年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
キーワード固有値計算 / 連立1次方程式 / 並列化 / 電子状態計算 / プラズマシミュレーション / 連立1次方程式解法 / 行列計算 / 並列計算 / 強スケーリング / 計算物理
研究成果の概要

本研究では,電子状態計算,プラズマシミュレーション,亀裂進展シミュレーションなど計算物理の様々な分野に適用可能な行列計算ソルバを開発した。特に,疎行列および帯行列向けの連立1次方程式直接解法と密行列向けの一般固有値解法を中心とし,同期点の少ないアルゴリズムの採用や計算機環境に応じたアルゴリズムの自動選択などにより,高い強スケーリング性能を目指した。また,開発したソルバを有機高分子系の時間発展シミュレーションや亀裂進展シミュレーションに適用し,効果を確認した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

従来の行列計算ライブラリは,プロセッサ数に比例して問題サイズを大きくする弱スケーリング条件下での性能を追求してきた.しかし,分子動力学やプラズマシミュレーションなど長時間の時間発展が必要な問題では,1ステップの計算時間を極力短縮するため,強スケーリング性能が重要である.本研究で開発した疎行列直接解法,一般固有値解法などの行列解法は,強スケーリング性能に重点を置いて設計されており,今後,計算物理分野での活用が期待される.

報告書

(4件)
  • 2021 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (54件)

すべて 2022 2021 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (20件) (うち国際共著 2件、 査読あり 17件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (23件) (うち国際学会 10件、 招待講演 4件) 図書 (5件)

  • [国際共同研究] ザルツブルグ大学(オーストリア)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] スロバキア国立科学アカデミー(スロバキア)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] Salzburg University(オーストリア)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] Slovak Academy of Sciences(スロバキア)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] Salzburg University(Austria)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] Slovak Academy of Sciences(Slovakia)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [雑誌論文] Performance prediction of massively parallel computation by Bayesian inference2022

    • 著者名/発表者名
      Kohashi Hisashi、Iwamoto Harumichi、Fukaya Takeshi、Yamamoto Yusaku、Hoshi Takeo
    • 雑誌名

      JSIAM Letters

      巻: 14 号: 0 ページ: 13-16

    • DOI

      10.14495/jsiaml.14.13

    • NAID

      130008164520

    • ISSN
      1883-0609, 1883-0617
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Combinatorial preconditioning for accelerating the convergence of the parallel block Jacobi method for the symmetric eigenvalue problem2021

    • 著者名/発表者名
      Kugaya Masaki、Kudo Shuhei、Yamamoto Yusaku
    • 雑誌名

      JSIAM Letters

      巻: 13 号: 0 ページ: 56-59

    • DOI

      10.14495/jsiaml.13.56

    • NAID

      130008092825

    • ISSN
      1883-0609, 1883-0617
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Acceleration and Parallelization of a Linear Equation Solver for Crack Growth Simulation Based on the Phase Field Model2021

    • 著者名/発表者名
      Ishii Gaku、Yamamoto Yusaku、Takaishi Takeshi
    • 雑誌名

      Mathematics

      巻: 9 号: 18 ページ: 2248-2248

    • DOI

      10.3390/math9182248

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] On eigenvalues of a matrix arising in energy-preserving/dissipative continuous-stage Runge-Kutta methods2021

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Yusaku
    • 雑誌名

      Special Matrices

      巻: 10 号: 1 ページ: 34-39

    • DOI

      10.1515/spma-2021-0101

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Asymptotic Quadratic Convergence of the Two-Sided Serial and Parallel Block-Jacobi SVD Algorithm2019

    • 著者名/発表者名
      Gabriel Oksa・Yusaku Yamamoto・Martin Becka・Marian Vajtersic
    • 雑誌名

      SIAM Journal on Matrix Analysis and Applications

      巻: to appear

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Efficient Implementations of the Modified Gram-Schmidt Orthogonalization with a Non-standard Inner Product2019

    • 著者名/発表者名
      Akira Imakura・Yusaku Yamamoto
    • 雑誌名

      Japan Journal of Industrial and Applied Mathematics

      巻: to appear

    • NAID

      210000183505

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Middleware for Parallel Generalized Eigenvalue Solvers to Attain High Scalability and Usability2019

    • 著者名/発表者名
      Kazuyuki Tanaka・Hiroto Imachi・Tomoya Fukumoto・Akiyoshi Kuwata・Yuki Harada・Takeshi Fukaya・Yusaku Yamamoto・Takeo Hoshi
    • 雑誌名

      Japan Journal of Industrial and Applied Mathematics

      巻: to appear

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] On using the shifted minimal residual method for quantum-mechanical wave packet simulation2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroaki Seito・Takeo Hoshi・Yusaku Yamamoto
    • 雑誌名

      JSIAM Letters

      巻: 11 号: 0 ページ: 13-16

    • DOI

      10.14495/jsiaml.11.13

    • NAID

      130007607760

    • ISSN
      1883-0609, 1883-0617
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 荻田・相島の固有ベクトル反復改良法に基づく実対称行列の固有値分解追跡手法2019

    • 著者名/発表者名
      白間久瑠美・工藤周平・山本有作
    • 雑誌名

      日本応用数理学会論文誌

      巻: 29 ページ: 78-120

    • NAID

      130007618979

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Numerical aspect of large-scale electronic state calculation for flexible device material2019

    • 著者名/発表者名
      Takeo Hoshi, Hiroto Imachi, Akiyoshi Kuwata, Kohsuke Kakuda, Takatoshi Fujita, Hiroyuki Matsui
    • 雑誌名

      Japan Journal of Industrial and Applied Mathematics

      巻: to appear

    • NAID

      210000172726

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Asymptotic Quadratic Convergence of the Parallel Block-Jacobi EVD Algorithm with Dynamic Ordering for Hermitian Matrices2018

    • 著者名/発表者名
      Gabriel Oksa・Yusaku Yamamoto・Martin Becka・Marian Vajtersic
    • 雑誌名

      BIT Numerical Mathematics

      巻: 58 号: 4 ページ: 1099-1123

    • DOI

      10.1007/s10543-018-0711-3

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Performance of the parallel block Jacobi method with dynamic ordering for the symmetric eigenvalue problem2018

    • 著者名/発表者名
      Shuhei Kudo, Kousuke Yasuda and Yusaku Yamamoto
    • 雑誌名

      JSIAM Letters

      巻: 10 号: 0 ページ: 41-44

    • DOI

      10.14495/jsiaml.10.41

    • NAID

      130007432998

    • ISSN
      1883-0609, 1883-0617
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Solution of the k -th eigenvalue problem in large-scale electronic structure calculations2018

    • 著者名/発表者名
      Lee Dongjin、Hoshi Takeo、Sogabe Tomohiro、Miyatake Yuto、Zhang Shao-Liang
    • 雑誌名

      Journal of Computational Physics

      巻: 371 ページ: 618-632

    • DOI

      10.1016/j.jcp.2018.06.002

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 建物の地震動応答シミュレーションに現れ る前処理付き共役勾配法の並列化2018

    • 著者名/発表者名
      後藤啓,横川三津夫,坂敏秀
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2018-HPC-167 ページ: 1-5

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [雑誌論文] 緩和型スーパーノードマルチ フロンタル法の最適な緩和パラメータについて2018

    • 著者名/発表者名
      中野智輝,横川三津夫,深谷猛,山本有作
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告

      巻: 2018-HPC-167 ページ: 1-8

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [雑誌論文] Solution of a Nonlinear Eigenvalue Problem Using Signed Singular Values2018

    • 著者名/発表者名
      Ooi Kouhei、Mizuno Yoshinori、Sogabe Tomohiro、Yamamoto Yusaku、Zhang Shao-Liang
    • 雑誌名

      East Asian J. Appl. Math.

      巻: 7 号: 4 ページ: 799-809

    • DOI

      10.4208/eajam.181016.300517c

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] On the optimality and sharpness of Laguerre's lower bound on the smallest eigenvalue of a symmetric positive definite matrix2017

    • 著者名/発表者名
      Yusaku Yamamoto
    • 雑誌名

      Appl. Math.

      巻: 62 号: 4 ページ: 319-331

    • DOI

      10.21136/am.2017.0022-17

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The danger of combining block red?black ordering with modified incomplete factorizations and its remedy by perturbation or relaxation2017

    • 著者名/発表者名
      Shioya Akemi、Yamamoto Yusaku
    • 雑誌名

      Japan J. Indust. Appl. Math.

      巻: 35 号: 1 ページ: 195-216

    • DOI

      10.1007/s13160-017-0277-5

    • NAID

      210000166851

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] On using the Cholesky QR method in the full-blocked one-sided Jacobi algorithm2017

    • 著者名/発表者名
      Shuhei Kudo and Yusaku Yamamoto
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Compu. Sci.

      巻: 10777 ページ: 612-622

    • DOI

      10.1007/978-3-319-78024-5_53

    • ISBN
      9783319780238, 9783319780245
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] One-way dissectionオーダリングによる連立一次方程式の直接解法の並列化2017

    • 著者名/発表者名
      中野智輝, 横川三津夫, 深谷猛, 山本有作
    • 雑誌名

      情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング(HPC)

      巻: 2017-HPC-162 ページ: 1-10

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Mobility and Eigenvalue/Singular Value Problems: Applications and Numerical Computation2022

    • 著者名/発表者名
      Yusaku Yamamoto
    • 学会等名
      Mobility Workshop 2022 in Shizuoka: Mathematical Approaches to Mobility Problems
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] テイラー展開に基づく行列指数関数計算の誤差解析2021

    • 著者名/発表者名
      山本有作, 工藤周平, 星健夫
    • 学会等名
      日本応用数理学会「行列・固有値問題の解法とその応用」研究部会 第31回研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ブロック赤黒順序付けされた摂動付き修正不完全分解前処理の収束性解析2021

    • 著者名/発表者名
      塩谷明美, 山本有作
    • 学会等名
      日本応用数理学会2020年度年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 離散相対論的戸田方程式から導かれる交通流モデル2021

    • 著者名/発表者名
      関口真基, 岩崎雅史, 山本有作, 石渡恵美子
    • 学会等名
      日本応用数理学会2020年度年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 原点シフト付きロトカ・ボルテラ系に対する超離散化から得られる箱玉系の性質について2021

    • 著者名/発表者名
      岡来美, 関口真基, 岩﨑雅史, 山本有作, 石渡恵美子
    • 学会等名
      日本応用数理学会2020年度年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ベイズ推定による超並列計算の性能予測2021

    • 著者名/発表者名
      星健夫, 小橋恒士, 山本有作, 深谷猛
    • 学会等名
      日本応用数理学会2020年度年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ブロック赤黒順序付けを用いた摂動付きMIC(0)分解のモデル問題による収束性解析2021

    • 著者名/発表者名
      塩谷明美,山本有作
    • 学会等名
      日本応用数理学会「行列・固有値問題の解法とその応用」研究部会 第32回研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 選択的中間固有対計算と有機デバイス材料への応用2019

    • 著者名/発表者名
      星健夫, 李東珍, 桑田亨成, 角田皓亮, 曽我部知広, 張 紹良
    • 学会等名
      応用数理学会 2019年研究部会連合発表会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] エネルギー保存型並列解法MB4に基づく2次元量子ダイナミクス計算2018

    • 著者名/発表者名
      酒井翼・藤周平・井町宏人・宮武勇登・星健夫・山本有作
    • 学会等名
      第47回数値解析シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Application of an Energy-preserving Integrator to Quantum-mechanical Wavepacket Dynamics2018

    • 著者名/発表者名
      Yusaku Yamamoto・Tsubasa Sakai・Shuhei Kudo・Hiroto Imachi・Yuto Miyatake・Takeo Hoshi
    • 学会等名
      13th SIAM East Asian Section Conference 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 荻田・相島の固有ベクトル反復改良法における重複固有値の扱いについて2018

    • 著者名/発表者名
      白間久瑠美・工藤周平・山本有作
    • 学会等名
      応用数理学会2018年度年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Orthogonalization Algorithms and Dense Symmetric Eigenvalue Solvers Optimized for Strong Scaling2018

    • 著者名/発表者名
      Yusaku Yamamoto
    • 学会等名
      International Symposium on Research and Education of Computational Science (RECS2018)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 荻田・相島の固有ベクトル反復改良法に基づく実対称行列の固有値分解追跡手法2018

    • 著者名/発表者名
      山本有作
    • 学会等名
      RIMS共同研究(公開型)「次世代の科学技術を支える数値解析学の基盤整備と応用展開」
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] HPC challenge in material science2018

    • 著者名/発表者名
      Takeo Hoshi
    • 学会等名
      International HPC Summer School 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Organic device material research by the combination of large-scale massively-parallel electronic state calculation and data-driven science2018

    • 著者名/発表者名
      Takeo Hoshi
    • 学会等名
      Symposium on Materials Genome Towards Exascale
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Block Red-Black Milu(0) Preconditioner with Relaxation on GPU2018

    • 著者名/発表者名
      Akemi Shioya and Yusaku Yamamoto
    • 学会等名
      18th SIAM Conference on Parallel Processing for Scientific Computing
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Oakforest-PACSにおける一般化固有値計算の性能解析と性能予測2018

    • 著者名/発表者名
      星健夫, 福本智哉, 深谷猛, 山本 有作
    • 学会等名
      日本応用数理学会 2018年 研究部会連合発表会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Analysis and prediction of the performance in generalized eigenvalue solvers on Oakforest-PACS2018

    • 著者名/発表者名
      Takeo Hoshi, Tomoya Fukumoto, Takeshi Fukaya and Yusaku Yamamoto
    • 学会等名
      International Workshop on Eigenvalue Problems: Algorithms; Software and Applications, in Petascale Computing (EPASA2018)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Roundoff error analysis of the CholeskyQR2 and related algorithms2017

    • 著者名/発表者名
      Yusaku Yamamoto
    • 学会等名
      PARNUM2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ブロック赤-黒順序付けされた摂動/緩和MILU(0) 前処理法のGPUとマルチコアCPUにおける性能評価2017

    • 著者名/発表者名
      塩谷明美,山本有作
    • 学会等名
      SWoPP 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] On using the Cholesky QR method in the full-blocked one-sided Jacobi algorithm2017

    • 著者名/発表者名
      Shuhei Kudo and Yusaku Yamamoto
    • 学会等名
      PPAM2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 虚数シフトを行った実対称行列のための COCG法と一般化MINRES法の性能比較2017

    • 著者名/発表者名
      清藤 博暉, 山本 有作
    • 学会等名
      日本応用数理学会「行列・固有値問題 の解法とその応用」研究部会 第24回研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] A parallel solver for a linear system with symetric sparse matrix by one-dissection ordering2017

    • 著者名/発表者名
      M. Yokokawa, T. Nakano, T. Fukaya and Y. Yamamoto
    • 学会等名
      Workbench on Sustained Simulation Performance (WSSP)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] 20世紀のトップ10アルゴリズム2022

    • 著者名/発表者名
      金田 行雄、笹井 理生、張 紹良
    • 総ページ数
      360
    • 出版者
      共立出版
    • ISBN
      9784320122673
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] 理工系の数理 ベクトル解析2020

    • 著者名/発表者名
      山本 有作、石原 卓
    • 総ページ数
      182
    • 出版者
      裳華房
    • ISBN
      9784785315894
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] 計算科学のための基本数理アルゴリズム2019

    • 著者名/発表者名
      金田 行雄、笹井 理生、張 紹良
    • 総ページ数
      256
    • 出版者
      共立出版
    • ISBN
      9784320122666
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] Numerical methods for large scale electronic state calculation on supercomputer, in '21st Century Nanoscience - A Handbook' (K. Sattler, Ed.)2019

    • 著者名/発表者名
      Takeo Hoshi, Yusaku Yamamoto, Tomohiro Sogabe, Kohei Shimamura, Fuyuki Shimojo, Aiichiro Nakano, Rajiv Kalia, Priya Vashishta
    • 出版者
      Taylor&Francis (CRC Press)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [図書] Eigenvalue Problems: Algorithms, Software and Applications in Petascale Computing2018

    • 著者名/発表者名
      Yusaku Yamamoto
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9783319624266
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2023-01-30  

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