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酵素超分子複合体形成による効率的な細胞内連続化学反応機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 17H03092
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体関連化学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

當舎 武彦  国立研究開発法人理化学研究所, 放射光科学研究センター, 専任研究員 (00548993)

研究分担者 新井 博之  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (70291052)
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
18,330千円 (直接経費: 14,100千円、間接経費: 4,230千円)
2020年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2019年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2018年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2017年度: 10,920千円 (直接経費: 8,400千円、間接経費: 2,520千円)
キーワード蛋白質複合体 / 一酸化窒素 / 脱窒 / 金属酵素 / 反応機構 / 時間分解計測 / 超分子複合体 / ヘム / 相互作用 / 酵素反応 / 電子顕微鏡 / CryoEM / タンパク質複合体 / 金属タンパク質
研究成果の概要

微生物が行う嫌気呼吸の一種であり、硝酸から窒素分子への4段階の連続した化学反応からなる脱窒反応が、どのようにして効率よく行われているか、その仕組みの理解を目指して研究を行った。本課題では、脱窒の中間生成物である一酸化窒素(NO)が高い細胞毒性を示すことに着目し研究を進めた結果、NOを合成する亜硝酸還元酵素(NiR)とNOを分解するNO還元酵素(NOR)が複合体を形成することで、NOを細胞環境に拡散させずに速やかに分解していることを発見した。NORによるNO分解の反応機構に関する研究にも着手し、二分子のNOが段階的にNORに結合し、NOの還元反応が進行することを突き止めた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

細胞内は、生体分子でみたされたクラウディングという状態にあり、生体内での反応は、多数の夾雑物が存在する条件下で行われる。脱窒のように連続した化学反応が分子夾雑下で効率よく行われるためには、それぞれの反応を触媒する酵素タンパク質が連携して強調的に機能する仕組みが必要となる。このような問いに対する一つの回答として、本研究から、脱窒に関わるタンパク質が相互作用することで、中間生成物を拡散させずに効率よく逐次反応を行っていることが示唆された。一連の生理反応に関わるタンパク質が相互作用して機能するという概念は、脱窒以外の反応系にも適用できる考え方であり、一般性のある現象であることが推察される。

報告書

(5件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (50件)

すべて 2021 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (5件) 雑誌論文 (18件) (うち国際共著 6件、 査読あり 18件、 オープンアクセス 12件) 学会発表 (23件) (うち国際学会 8件、 招待講演 13件) 図書 (1件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] University of Essex/University of Liverpool/Diamond Light Source(英国)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Liverpool/University of Leeds(英国)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] リバプール大学(英国)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] リバプール大学(英国)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] ストックホルム大学(スウェーデン)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [雑誌論文] An unprecedented insight into the catalytic mechanism of copper nitrite reductase from atomic-resolution and damage-free structures2021

    • 著者名/発表者名
      Rose Samuel L.、Antonyuk Svetlana V.、Sasaki Daisuke、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Ueno Go、Ago Hideo、Eady Robert R.、Tosha Takehiko、Yamamoto Masaki、Hasnain S. Samar
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7 号: 1

    • DOI

      10.1126/sciadv.abd8523

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Impact of membrane protein-lipid interactions on formation of bilayer lipid membranes on SAM-modified gold electrode2021

    • 著者名/発表者名
      Kato Masaru、Masuda Yuya、Yoshida Narumi、Tosha Takehiko、Shiro Yoshitsugu、Yagi Ichizo
    • 雑誌名

      Electrochimica Acta

      巻: 373 ページ: 137888-137888

    • DOI

      10.1016/j.electacta.2021.137888

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] NO Dynamics in Microbial Denitrification System2021

    • 著者名/発表者名
      Tosha Takehiko、Yamagiwa Raika、Sawai Hitomi、Shiro Yoshitsugu
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 50 号: 2 ページ: 280-288

    • DOI

      10.1246/cl.200629

    • NAID

      130007986360

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Timing of NO Binding and Protonation in the Catalytic Reaction of Bacterial Nitric Oxide Reductase as Established by Time-Resolved Spectroscopy.2020

    • 著者名/発表者名
      Hanae Takeda, Tatsunari Kimura, Takashi Nomura, Masaki Horitani, Azusa Yokota, Akiko Matsubayashi, Shoko Ishii, Yoshitsugu Shiro, Minoru Kubo and Takehiko Tosha
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: - 号: 7 ページ: 825-833

    • DOI

      10.1246/bcsj.20200038

    • NAID

      130007879554

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Serial Femtosecond Zero Dose Crystallography Captures a Water‐Free Distal Heme Site in a Dye‐Decolorising Peroxidase to Reveal a Catalytic Role for an Arginine in Fe IV =O Formation2020

    • 著者名/発表者名
      Lucic Marina、Svistunenko Dimitri A.、Wilson Michael T.、Chaplin Amanda K.、Davy Bradley、Ebrahim Ali、Axford Danny、Tosha Takehiko、Sugimoto Hiroshi、Owada Shigeki、Dworkowski Florian S. N.、Tews Ivo、Owen Robin L.、Hough Michael A.、Worrall Jonathan A. R.
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 59 号: 48 ページ: 21656-21662

    • DOI

      10.1002/anie.202008622

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Time-resolved studies of metalloproteins using X-ray free electron laser radiation at SACLA2020

    • 著者名/発表者名
      Suga Michihiro、Shimada Atsuhiro、Akita Fusamichi、Shen Jian-Ren、Tosha Takehiko、Sugimoto Hiroshi
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1864 号: 2 ページ: 129466-129466

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.129466

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Hijacking the Heme Acquisition System of Pseudomonas aeruginosa for the Delivery of Phthalocyanine as an Antimicrobial2019

    • 著者名/発表者名
      Shisaka Yuma、Iwai Yusuke、Yamada Shiho、Uehara Hiromu、Tosha Takehiko、Sugimoto Hiroshi、Shiro Yoshitsugu、Stanfield Joshua K.、Ogawa Kazuya、Watanabe Yoshihito、Shoji Osami
    • 雑誌名

      ACS Chemical Biology

      巻: 14 号: 7 ページ: 1637-1642

    • DOI

      10.1021/acschembio.9b00373

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dimeric structures of quinol-dependent nitric oxide reductases (qNORs) revealed by cryo-electron microscopy2019

    • 著者名/発表者名
      Gopalasingam Chai C.、Johnson Rachel M.、Chiduza George N.、Tosha Takehiko、Yamamoto Masaki、Shiro Yoshitsugu、Antonyuk Svetlana V.、Muench Stephen P.、Hasnain S. Samar
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 5 号: 8

    • DOI

      10.1126/sciadv.aax1803

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] SACLAを利用した酵素反応の可視化2019

    • 著者名/発表者名
      TOSHA Takehiko、KUBO Minoru
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 59 号: 4 ページ: 205-207

    • DOI

      10.2142/biophys.59.205

    • NAID

      130007683542

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis for promotion of duodenal iron absorption by enteric ferric reductase with ascorbate.2018

    • 著者名/発表者名
      Ganasen M, Togashi H, Takeda H, Asakura H, Tosha T, Yamashita K, Hirata K, Nariai Y, Urano T, Yuan X, Hamza I, Mauk AG, Shiro Y, Sugimoto H, Sawai H.
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 1 号: 1 ページ: 120-120

    • DOI

      10.1038/s42003-018-0121-8

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of a novel zinc-binding protein, C1orf123, as an interactor with a heavy metal-associated domain2018

    • 著者名/発表者名
      Furukawa Yoshiaki、Lim Carolyn、Tosha Takehiko、Yoshida Koki、Hagai Tomoaki、Akiyama Shuji、Watanabe Shoji、Nakagome Kenta、Shiro Yoshitsugu
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 13 号: 9 ページ: e0204355-e0204355

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0204355

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Surface-Enhanced Infrared Absorption Spectroscopy of Bacterial Nitric Oxide Reductase under Electrochemical Control Using Vibrational Probe of Carbon Monoxide2018

    • 著者名/発表者名
      M. Kato, S. Nakagawa, T. Tosha, Y. Shiro, Y. Masuda, K. Nakata, I. Yagi
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. Lett.

      巻: 9 号: 17 ページ: 5196-5200

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.8b02581

    • NAID

      120006887743

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pseudomonas aeruginosa overexpression system of nitric oxide reductase for in vivo and in vitro mutational analyses2018

    • 著者名/発表者名
      Yamagiwa Raika、Kurahashi Takuya、Takeda Mariko、Adachi Mayuho、Nakamura Hiro、Arai Hiroyuki、Shiro Yoshitsugu、Sawai Hitomi、Tosha Takehiko
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      巻: 1859 号: 5 ページ: 333-341

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2018.02.009

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of the Quinol-dependent Nitric Oxide Reductase from the Pathogen Neisseria meningitidis, an Electrogenic Enzyme2018

    • 著者名/発表者名
      N. Gonska, D. R. Young, R. Yuki, T. Okamoto, T. Hisano, S. V. Antonyuk, S. S. Hasnain, K. Muramoto, Y. Shiro, T. Tosha, P. Adelroth
    • 雑誌名

      Sci. Rep.

      巻: 8: 3637 号: 1 ページ: 3637-3637

    • DOI

      10.1038/s41598-018-21804-0

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] An unprecedented dioxygen species revealed by serial femtosecond rotation crystallography in copper nitrite reductase2018

    • 著者名/発表者名
      Halsted Thomas P.、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Ago Hideo、Ueno Go、Tosha Takehiko、Eady Robert R.、Antonyuk Svetlana V.、Yamamoto Masaki、Hasnain S. Samar
    • 雑誌名

      IUCrJ

      巻: 5 号: 1 ページ: 22-31

    • DOI

      10.1107/s2052252517016128

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Capturing an initial intermediate during the P450nor enzymatic reaction using time-resolved XFEL crystallography and caged-substrate2017

    • 著者名/発表者名
      Tosha Takehiko、Kubo Minoru, et. al
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 8 号: 1 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1038/s41467-017-01702-1

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis for binding and transfer of heme in bacterial heme-acquisition systems2017

    • 著者名/発表者名
      Naoe Youichi、Nakamura Nozomi、Rahman Md. Mahfuzur、Tosha Takehiko、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Shiro Yoshitsugu、Sugimoto Hiroshi
    • 雑誌名

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

      巻: 85 号: 12 ページ: 2217-2230

    • DOI

      10.1002/prot.25386

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamics of Nitric Oxide Controlled by Protein Complex in Bacterial System2017

    • 著者名/発表者名
      Erina Terasaka, Kenta Yamada, Po-Hung Wang, Kanta Hosokawa, Raika Yamagiwa, Kimi Matsumoto, Shoko Ishii, Takaharu Mori, Kiyoshi Yagi, Hitomi Sawai, Hiroyuki Arai, Hiroshi Sugimoto, Yuji Sugita, Yoshitsugu Shiro and Takehiko Tosha
    • 雑誌名

      PNAS

      巻: 114 号: 37 ページ: 9888-9893

    • DOI

      10.1073/pnas.1621301114

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 光解離性ケージド基質を利用した時間分解構造解析による酵素反応の可視化2021

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦
    • 学会等名
      日本薬学会第141回年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 構造生物学におけるXFELと放射光の相補的利用~金属酵素の反応機構解明を目指して~2021

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦
    • 学会等名
      放射光ユーザーのためのSACLAの利活用に関するワークショップ
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] マイクロ秒時間領域で形成される一酸化窒素還元酵素反応中間体の分光解析2020

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 時間分解結晶構造解析および分光解析が明らかにする金属酵素による一酸化窒素分解機構2020

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦
    • 学会等名
      第2回量子線科学セミナー
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Elucidation of NO reduction mechanism in soluble NO reductase by time-resolved crystallography with photosensitive caged compound2019

    • 著者名/発表者名
      Takehiko Tosha
    • 学会等名
      32nd European Crystallographic Meeting (ECM32)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Mechanism of P450nor-Catalyzed NO Reduction Proved by Time-Resolved Spectroscopic and Crystallographic Analyses2019

    • 著者名/発表者名
      T. Tosha, T. Nomura, H. Takeda, T. Kimura, H. Sugimoto, M. Kubo and Y. Shiro
    • 学会等名
      19th International Conference on Biological Inorganic Chemistry
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Functional roles of conserved residues near the active site of nitric oxide reductase based on the structural analysis2019

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦、山際来佳、倉橋拓也、新井博之、杉本宏、城宜嗣
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] NO-binding and protonation process in the catalytic reaction of the bacterial Nitric oxide reductase as established by time-resolved spectroscopy2019

    • 著者名/発表者名
      武田英恵、木村哲就、野村高志、當舎武彦、城宜嗣、久保稔
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] NO-binding and Protonation Process in the Catalytic Reaction of Heme/non-heme Iron Nitric Oxide Reductase Proved by Time-Resolved Spectroscopic System2019

    • 著者名/発表者名
      H. Takeda, T. Kimura, T. Nomura, T. Tosha, Y. Shiro, M. Kubo
    • 学会等名
      15th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry(ISABIC)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] NITRIC OXIDE DYNAMICS CONTROLLED BY FORMATION OF PROTEIN COMPLEX IN DENTRIFICATION2018

    • 著者名/発表者名
      Takehiko Tosha, Erina Terasaka, Kenta Yamada, Po-Hung Wang, Hiroyuki Arai, Hiroshi Sugimoto, Yuji Sugita, Yoshistugu Shiro
    • 学会等名
      9th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Regulation of nitric oxide dynamics in microbial denitrification2018

    • 著者名/発表者名
      Takehiko Tosha
    • 学会等名
      The International Symposium on Bioinorganic Chemistry 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Elucidation of Mechanism of Biological Nitric Oxide Reduction2018

    • 著者名/発表者名
      Takehiko Tosha, Hanae Takeda, Takashi Nomura, Tetsunari Kimura, Minoru Kubo, Yoshitsugu Shiro
    • 学会等名
      43rd International Conference on Coordination Chemistry
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Mechanism of Biological Nitric Oxide Reduction Proved by Time-resolved Spectroscopic Analyses2018

    • 著者名/発表者名
      Tosha Tosha, Tetsunari Kimura, Hanae Takeda, Shoko Ishii, Takashi Nomura, Minoru Kubo, Yoshitsugu Shiro
    • 学会等名
      International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 亜硝酸還元酵素と一酸化窒素還元酵素の複合体形成による迅速なNO分解機構2018

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦
    • 学会等名
      平成30年度 内外環境応答・代謝酵素研究会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 脱窒にみられる金属タンパク質複合体による効率的な連続化学反応2018

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Mechanism of Biological Nitric Oxide Reduction2018

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦
    • 学会等名
      平成30年度化学系学協会東北大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光解離性基質を利用した時間分解X線結晶構造解析による酵素反応の追跡2018

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Time-resolved XFEL crystallography and in crystallo spectroscopy for probing reaction dynamics of respiratory metalloenzymes2018

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦
    • 学会等名
      5th BioXFEL International Conference
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] X線自由電子レーザーを用いた時間分解結晶構造解析による酵素反応の追跡2018

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 酵素反応機構解明のためのX線自由電子レーザーを利用した時間分解X線結晶構造解析2017

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦、西田拓真、野村高志、佐伯直哉、杉本宏、山下恵太郎、平田邦生、吾郷日出夫、山本雅貴、中根崇智、菅原道泰、南後恵理子、岩田想、城宜嗣、久保稔
    • 学会等名
      第50回酸化反応討論会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] X線自由電子レーザーを用いた時間分解結晶構造解析:酵素反応への応用2017

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Time-resolved X-ray crystallography at SACLA: Application to enzymatic reaction2017

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦、西田拓真、野村高志、佐伯直哉、杉本宏、山下恵太郎、平田邦生、吾郷日出夫、山本雅貴、中根崇智、菅原道泰、南後恵理子、岩田想、城宜嗣、久保稔
    • 学会等名
      錯体化学会第67回討論会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] X線自由電子レーザーを利用した時間分解X線結晶構造解析による酵素反応の観測2017

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦、西田拓真、野村高志、佐伯直哉、杉本宏、山下恵太郎、平田邦生、吾郷日出夫、山本雅貴、中根崇智、菅原道泰、南後恵理子、岩田想、城宜嗣、久保稔
    • 学会等名
      第44回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [図書] Dioxygen-dependent heme enzymes2019

    • 著者名/発表者名
      Masao Ikeda-Saito, Emma Raven
    • 総ページ数
      376
    • 出版者
      Royal Society of Chemistry
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] SACLAで酵素反応の可視化を実現

    • URL

      http://www.riken.jp/pr/press/2017/20171117_2/

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] 合成酵素と分解酵素の協演

    • URL

      http://www.riken.jp/pr/press/2017/20170829_1/

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] 病原菌における抗菌ガス分解酵素の新機能

    • URL

      http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180227_1/

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2022-01-27  

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