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遺伝的多様性は種の存続のために必要か?-長生きのヘビースモーカーのゲノム分析

研究課題

研究課題/領域番号 17H03629
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物資源保全学
研究機関国立研究開発法人水産研究・教育機構

研究代表者

高橋 洋  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産大学校, 准教授 (90399650)

研究分担者 中山 耕至  京都大学, 農学研究科, 助教 (50324661)
竹下 直彦  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産大学校, 教授 (50399664)
武島 弘彦  総合地球環境学研究所, 研究部, 外来研究員 (50573086)
橋口 康之  大阪医科大学, 医学部, 講師 (70436517)
田上 英明  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産大学校, 助教 (40601084)
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
19,370千円 (直接経費: 14,900千円、間接経費: 4,470千円)
2019年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2018年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
2017年度: 7,930千円 (直接経費: 6,100千円、間接経費: 1,830千円)
キーワード保全生物 / 遺伝的多様性 / 保全遺伝学 / ゲノム分析
研究成果の概要

種内の遺伝的多様性は種の存続に不可欠と考えられている。本研究は,その遺伝的多様性が脊椎動物中最も低いレベルであるにもかかわらず,長期間絶滅せずに存続してきた魚類の一種“アカメ”のゲノム分析を行った。ゲノムデータからもアカメの遺伝的多様性が現時点でゲノムが解読されている脊椎動物の中で最も低いことが示されたが,一部の領域が高いヘテロ接合度を示すことが明らかになり,選択圧によって一部の領域に遺伝的多様性が維持されている可能性が示唆された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では,アカメのゲノム全体の遺伝的多様性は現在ゲノムが解読されている脊椎動物種中最も低いこと,その一方で一部のゲノム領域において選択圧により遺伝的多様性が維持されていることが示され,遺伝的多様性が低いにもかかわらず長期間存続できたメカニズムの一端が解明された。遺伝的多様性は種の存続に必要か?という進化生物学や保全遺伝学の本質的問いに対して,中立的遺伝マーカーで捉えられるゲノム全体の遺伝的多様性がほぼ失われた種の詳細な全ゲノム分析から一定の答えを導き出した。

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 4件、 査読あり 12件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Ecosystem size predicts the probability of speciation in migratory freshwater fish2020

    • 著者名/発表者名
      Yamasaki Yo Y.、Takeshima Hirohiko、Kano Yuichi、Oseko Naoharu、Suzuki Toshiyuki、Nishida Mutsumi、Watanabe Katsutoshi
    • 雑誌名

      Molecular Ecology

      巻: - 号: 16 ページ: 3071-3083

    • DOI

      10.1111/mec.15415

    • NAID

      120006843524

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A key metabolic gene for recurrent freshwater colonization and radiation in fishes2019

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa Asano, Kabeya Naoki, Ikeya Koki, Kakioka Ryo, Cech Jennifer N., Osada Naoki, Leal Miguel C., Inoue Jun, Kume Manabu, Toyoda Atsushi, Tezuka Ayumi, Nagano Atsushi J., Yamasaki Yo Y., Suzuki Yuto, Kokita Tomoyuki, Takahashi Hiroshi et al.
    • 雑誌名

      Science

      巻: 364 号: 6443 ページ: 886-889

    • DOI

      10.1126/science.aau5656

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Host selection and ovipositor length in eight sympatric species of sculpins that deposit their eggs into tunicates or sponges2019

    • 著者名/発表者名
      Awata Satoshi, Sasaki Haruka, Goto Tomohito, Koya Yasunori, Takeshima Hirohiko, Yamazaki Aya, Munehara Hiroyuki
    • 雑誌名

      Marine Biology

      巻: 166 号: 5 ページ: 59

    • DOI

      10.1007/s00227-019-3506-4

    • NAID

      120006847758

    • URL

      https://ocu-omu.repo.nii.ac.jp/records/2020094

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Trace of outbreeding between Biwa salmon (Oncorhynchus masou subsp.) and amago (O. m. ishikawae) detected from the upper reaches of inlet streams within Lake Biwa water system, Japan2018

    • 著者名/発表者名
      Kuwahara Masayuki、Takahashi Hiroshi、Kikko Takeshi、Kurumi Seiji、Iguchi Kei’ichiro
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 66 号: 1 ページ: 67-78

    • DOI

      10.1007/s10228-018-0650-7

    • NAID

      40021806350

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tetrodotoxin distribution in natural hybrids between the pufferfish species Takifugu rubripes and Takifugu porphyreus2018

    • 著者名/発表者名
      Tatsuno Ryohei、Miyata Yumi、Yoshikawa Hiroyuki、Ino Yasuko、Fukuda Tsubasa、Furushita Manabu、Takahashi Hiroshi
    • 雑誌名

      Fisheries Science

      巻: 85 号: 1 ページ: 237-245

    • DOI

      10.1007/s12562-018-1265-7

    • NAID

      40021782131

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Extra-pair paternity in socially monogamous Streaked Shearwaters: forced copulation or female solicitation?2018

    • 著者名/発表者名
      Sakao Miho、Takeshima Hirohiko、Inoue Koji、Sato Katsufumi
    • 雑誌名

      Journal of Ornithology

      巻: 160 号: 1 ページ: 137-144

    • DOI

      10.1007/s10336-018-1587-3

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Next-generation sequencing analysis of multiplex families with atypical psychosis.2018

    • 著者名/発表者名
      Okayama T, Hashiguchi Y, Kikuyama H, Yoneda H, Kanazawa T.
    • 雑誌名

      Translational Psychiatry

      巻: Oct 15;8(1):221 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41398-018-0272-x

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phylogenomics reveals habitat-associated body shape divergence in Oryzias woworae species group (Teleostei: Adrianichthyidae)2018

    • 著者名/発表者名
      Mokodongan DF, Montenegro J, Mochida K, Fujimoto S, Ishikawa A, Kakioka R, Yong L, Mulis, Hadiaty RK, Mandagi IF, Masengi WA, Wachi N, Hashiguchi Y, Kitano J, Yamahira K
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution

      巻: 118 ページ: 194-203

    • DOI

      10.1016/j.ympev.2017.10.005

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cryptic genetic divergence in Scolopsis taenioptera (Perciformes: Nemipteridae) in the western Pacific Ocean.2018

    • 著者名/発表者名
      Kakioka, R, N. Muto, H. Takeshima, AC. Gaje, RS. Cruz, UB. Alama, AMT. Guzman, RFM. Traifalgar, RP. Babaran, O. Muda, WM. Arshaad, S. Arnupapboon, K. Phuttharaksa, QV. Nguyen, TT. Pham, H. Motomura, F. Muto, S. Ishikawa.
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 65 号: 1 ページ: 92-100

    • DOI

      10.1007/s10228-017-0596-1

    • NAID

      40021440756

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Asymmetric hybridization and introgression between sibling species of the pufferfish Takifugu that have undergone explosive speciation2017

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Hiroshi、Toyoda Airi、Yamazaki Taku、Narita Shusaku、Mashiko Tsuyoshi、Yamazaki Yukio
    • 雑誌名

      Marine Biology

      巻: 164 号: 4

    • DOI

      10.1007/s00227-017-3120-2

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular phylogeny of obligate fish-parasites of the family Cymothoidae (Isopoda, Crustacea): Evolution of the attachment mode to host fish and the habitat shift from saline water to freshwater.2017

    • 著者名/発表者名
      Hata, H., Sogabe, A., Tada, S., Nishimoto, R., Nakano, R., Kohya, N., Takeshima, H., Kawanishi, R.
    • 雑誌名

      Marine Biology

      巻: 164 号: 5 ページ: 105-105

    • DOI

      10.1007/s00227-017-3138-5

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Variation and evolution of polyadenylation profiles in sauropsid mitochondrial mRNAs as deduced from the high-throughput RNA sequencing.2017

    • 著者名/発表者名
      Sun Y., Kurisaki M., Hashiguchi Y. and Kumazawa Y.
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 18 号: 1 ページ: 665-665

    • DOI

      10.1186/s12864-017-4080-0

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Genomic analysis of progress toward complete speciation in stickelbacks2020

    • 著者名/発表者名
      Yo Yamasaki, Ryo Kakioka, Hiroshi Takahashi, Atsushi Toyoda, Jun Kitano
    • 学会等名
      The 67th Annual Meeting of the Ecological Society of Japan (ESJ67)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] アマゴ・サツキマスにおける回遊多型の遺伝基盤の探索2020

    • 著者名/発表者名
      上田るい・ 田中達也・勝村啓史・橋口康之・武島弘彦・Michael R. MILLER・佐藤拓哉
    • 学会等名
      第67回日本生態学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] トゲウオ科魚類における形態の収斂進化の遺伝基盤2019

    • 著者名/発表者名
      柿岡 諒・北野 潤・石川麻乃・永野 惇・八杉公基・髙橋 洋
    • 学会等名
      日本進化学会第21会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] マイクロサテライト DNA および SNP によるアカメの遺伝的集団構造分析2019

    • 著者名/発表者名
      内藤拓哉・中山耕至・武島弘彦・橋口康之・三品達平・竹下直彦・田上英明・髙橋 洋
    • 学会等名
      2019年度日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] アカメ Lates japonicus における高い遺伝的多様性を示すゲノム領域の探索2019

    • 著者名/発表者名
      橋口康之・三品達平・武島弘彦・中山耕至・田上英明・竹下直彦・ 髙橋 洋
    • 学会等名
      2019年度日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] フナ類における無性型3倍体の起源とゲノム多様性2019

    • 著者名/発表者名
      三品達平・井口恵一朗・武島弘彦・橋口康之・西田 睦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      2019年度日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] トラフグ属魚類人工交雑家系を用いた雑種判別手法の検証2019

    • 著者名/発表者名
      房尾奈生子・吉川廣幸・髙橋 洋
    • 学会等名
      2019年度日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Mass occurrence of hybrid pufferfish and its implications in food safety2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Takahashi
    • 学会等名
      The 34th Annual Meeting of the Korean Society of Food Hygiene and Safety
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 極めて低い遺伝的多様性をもつアカメLates japonicusの全ゲノム分析2018

    • 著者名/発表者名
      髙橋 洋・三品達平・橋口康之・武島弘彦・中山耕至・田上英明・竹下直彦
    • 学会等名
      2018年度日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 大野川水系神原川におけるイワメおよびアマゴ個体群の遺伝的構造2018

    • 著者名/発表者名
      北西 滋・近藤卓哉・髙橋 洋・竹下直彦・星野和夫・永田新悟・宮村栄一・岩永純二・大倉鉄也・江戸謙顕
    • 学会等名
      2018年度日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Tetrodotoxin distribution in natural hybrids between Takifugu rubripes and Takifugu porphyreus2018

    • 著者名/発表者名
      Yumi Miyata, Ryohei Tatsuno, Hiroshi Takahashi, Hiroyuki Yoshikawa, Yasuko Ino, Tsubasa Fukuda, Manabu Furushita
    • 学会等名
      24th Joint International Symposium between National Fisheries University and Pukyong National University
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ゲノムワイドに探る種間交雑に伴う淡水カジカの適応進化2018

    • 著者名/発表者名
      伊藤僚祐・三品達平・武島弘彦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第65回日本生態学会大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Acoustic tracking of the Japanese endemic fish (Lates japonicas) during the spawning season2017

    • 著者名/発表者名
      Gonzalvo Sara、Tanoue Hideaki、Komatsu Teruhisa
    • 学会等名
      日仏海洋学会術研究発表会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 山口県沿岸の日本海におけるヒラマサとブリの自然種間交雑現象2017

    • 著者名/発表者名
      髙橋洋・黒厚子大輝・下山諒
    • 学会等名
      2017年度日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] “稀な性”と倍数性を超えた遺伝子流動がもたらす3倍体フナの進化と多様性2017

    • 著者名/発表者名
      三品達平・武島弘彦・高田未来美・井口恵一朗・川原玲香・橋口康之・田畑諒一・佐々木剛・西田睦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      2017年度日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [図書] 魚類学の百科事典2018

    • 著者名/発表者名
      一般社団法人日本魚類学会
    • 総ページ数
      756
    • 出版者
      丸善出版
    • ISBN
      9784621303177
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [図書] 小学館の図鑑Z 日本魚類館2018

    • 著者名/発表者名
      中坊 徹次、松沢 陽士
    • 総ページ数
      544
    • 出版者
      小学館
    • ISBN
      4092083114
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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