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ヒドロゲナーゼ成熟化の分子機構に関する構造生物学研究

研究課題

研究課題/領域番号 17H03642
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関京都大学

研究代表者

三木 邦夫  京都大学, 理学研究科, 名誉教授 (10116105)

研究分担者 藤橋 雅宏  京都大学, 理学研究科, 助教 (10397581)
渡部 聡  東北大学, 多元物質科学研究所, 助教 (50432357)
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2019年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2018年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2017年度: 10,400千円 (直接経費: 8,000千円、間接経費: 2,400千円)
キーワードX線結晶解析 / ヒドロゲナーゼ / タンパク質の成熟化 / Hyp成熟化タンパク質 / 構造機能相関 / 構造生物学 / 成熟化タンパク質 / X線結晶解析
研究成果の概要

水素生産を触媒するタンパク質[NiFe]ヒドロゲナーゼにおいて,その活性中心であるNi,Feの金属クラスターを生体内でヒドロゲナーゼに組み込んで,機能をもつ酵素に成熟化させる過程の分子機構を解明した.これまでに成熟化を触媒する因子として働く6つのHypタンパク質の結晶構造を決定したが,ここでは,成熟化の反応過程で過渡的に形成されるHypタンパク質の複合体を中心に研究を行った.その結果,Ni原子へのシャペロンとして働くHypAタンパク質とヒドロゲナーゼ・大サブユニット前駆体の複合体の結晶構造などを決定し,Ni原子の組み込み,C末端部分の切断などの成熟化機構について新しい構造生物学的知見を得た.

研究成果の学術的意義や社会的意義

[NiFe]ヒドロゲナーゼはプロトンから水素分子への可逆的な酸化還元反応を触媒する.多くの細菌におけるエネルギー代謝に関わっており,次世代クリーンエネルギーとの関連からも注目されている.その活性中心であるNi,Feの金属クラスターを生体内でヒドロゲナーゼ前駆体に組み込んで機能をもつ酵素にするHyp成熟化タンパク質群を対象に構造生物学的研究を行った.ここでは,Hypタンパク質の一つとヒドロゲナーゼ前駆体との過渡的複合体の結晶構造の決定に成功した.その結果,成熟化反応の過程をスナップショットして捉えることができ,[NiFe]ヒドロゲナーゼの生体内機能を発現させる分子機構に重要な知見が得られた.

報告書

(4件)
  • 2020 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 1件、 招待講演 5件)

  • [雑誌論文] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化の構造生物学2020

    • 著者名/発表者名
      渡部 聡,三木邦夫
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌

      巻: 62 号: 2 ページ: 91-98

    • DOI

      10.5940/jcrsj.62.91

    • NAID

      130007849706

    • ISSN
      0369-4585, 1884-5576
    • 年月日
      2020-05-31
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural Insight into [NiFe] Hydrogenase Maturation by Transient Complexes between Hyp Proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Miki Kunio、Atomi Haruyuki、Watanabe Satoshi
    • 雑誌名

      Accounts of Chemical Research

      巻: 53 号: 4 ページ: 875-886

    • DOI

      10.1021/acs.accounts.0c00022

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 構造生物学から生物構造化学にいたるタンパク質結晶学の展開2019

    • 著者名/発表者名
      三木邦夫
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌

      巻: 61 号: 2 ページ: 95-102

    • DOI

      10.5940/jcrsj.61.95

    • NAID

      130007659752

    • ISSN
      0369-4585, 1884-5576
    • 年月日
      2019-05-31
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Crystal Structures of a [NiFe] Hydrogenase Large Subunit HyhL in an Immature State in Complex with a Ni Chaperone HypA2018

    • 著者名/発表者名
      S. Kwon, S. Watanabe, Y. Nishitani, T. Kawashima, T. Kanai, H. Atomi, and K. Miki
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      巻: 115 号: 27 ページ: 7045-7050

    • DOI

      10.1073/pnas.1801955115

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure of a [NiFe] Hydrogenase Maturation Protease HycI Provides Insights into Its Substrate Selectivity2018

    • 著者名/発表者名
      S. Kwon, Y. Nishitani, Y, Hirao, T. Kanai, H. Atomi, and K. Miki
    • 雑誌名

      Biochim. Biophys. Res. Commun.

      巻: 492 号: 4 ページ: 782-788

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2018.03.058

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] タンパク質結晶学のさらなる可能性 - 分子構造から電子構造へ -2019

    • 著者名/発表者名
      三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2019年度年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質結晶学のさらなる可能性ー分子構造から電子構造へー2019

    • 著者名/発表者名
      三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2019年度年会(金沢市)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structures of a large subunit HyhL in complex with a Ni chaperone HypA reveal a key checkpoint for the [NiFe] hydrogenase maturation2018

    • 著者名/発表者名
      權 成鶴,渡部 聡,西谷優一,河島拓未,金井 保,跡見晴幸,三木邦夫
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会(新潟市)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 構造生物学から生物構造化学にいたるタンパク質結晶学の展開2018

    • 著者名/発表者名
      三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2018年度年会(東京都目黒区)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化の分子機構:大サブユニットHyhLとNiシャペロンタンパク質HypAとの複合体の結晶構造2018

    • 著者名/発表者名
      權 成鶴,渡部 聡,西谷優一,河島拓未,金井 保,跡見晴幸,三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2018年度年会(東京都目黒区)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Structures of a large subunit HyhL in complex with a Ni chaperone HypA reveal a key checkpoint for the [NiFe] hydrogenase maturation2018

    • 著者名/発表者名
      Sunghark Kwon,渡部 聡,西谷優一,河島拓未,金井 保,跡見晴幸,三木邦夫
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会,新潟市
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 構造生物学から生物構造化学にいたるタンパク質結晶学の展開2018

    • 著者名/発表者名
      三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2018年度年会,東京都目黒区
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化の分子機構:大サブユニットHyhLとNiシャペロンタンパク質HypAとの複合体の結晶構造2018

    • 著者名/発表者名
      Sunghark Kwon,渡部 聡,西谷優一,河島拓未,金井 保,跡見晴幸,三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2018年度年会,東京都目黒区
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Recent Topics on Metalloprotein Crystallography2017

    • 著者名/発表者名
      K. Miki
    • 学会等名
      SYSU & HKU Symposium on Bioinorganic Chemistry, SunYat-Sen University, Guangzhou, China
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼ大サブユニットと成熟化タンパク質 HypA との複合体のX線結晶構造解析2017

    • 著者名/発表者名
      Sunghark Kwon,渡部 聡,西谷優一,河島拓未,金井 保,跡見晴幸,三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2017年度年会,広島市
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼと成熟化因子との複合体の結晶学的研究2017

    • 著者名/発表者名
      西谷優一,瀧口あさひ,石原和樹,河島拓未,渡部 聡,金井 保,跡見晴幸,三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2017年度年会,広島市
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2022-01-27  

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