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光化学系II酸素発生中心における水分解反応の全反応経路解明

研究課題

研究課題/領域番号 17H04866
研究種目

若手研究(A)

配分区分補助金
研究分野 物理化学
研究機関筑波大学

研究代表者

庄司 光男  筑波大学, 計算科学研究センター, 助教 (00593550)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
25,870千円 (直接経費: 19,900千円、間接経費: 5,970千円)
2019年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2018年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2017年度: 21,710千円 (直接経費: 16,700千円、間接経費: 5,010千円)
キーワードQM/MM / 反応機構 / 光化学系II / 水分解 / 酸素発生 / Mnクラスター / 反応経路探索 / 自由エネルギー / 反応経路 / コンフォメーション / O-O結合形成 / 水分解反応 / 光合成 / 酸素分子放出 / 水分子挿入 / 協奏反応機構 / 量子化学 / 酸素発生機構 / 酸素酸素結合 / 協奏機構
研究成果の概要

自然界において光合成明反応の水分解反応は光化学系II酸素発生中心において触媒されている。本反応はクリーンなエネルギー源として極めて重要であるが、その詳細の反応機構については未だ解明がなされていない。特にS3->S4->S0過程では基質水分子の挿入、O―O結合形成、酸素放出過程が含まれるが、その反応経路を理論的に解明するのが本研究の目的である。これらを解き明かしたのみならず、基質酸素原子の起源、Ca2+イオンの役割、新しいO―O結合機構(CBS機構)も明らかにした。
さらに、より複雑な酵素反応機構の解明に必要な自動探索法(GLAS)を開発したことで、より早くより正確に理論解析することを可能にした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

光合成の水分解反応は国際的に活発に研究がなされており、熾烈な研究競争がなされている。自然系の優れた水分解反応機構は自然科学の学理解明のためのみならず、次世代のクリーンなエネルギー開発にとって、鍵となる重要な反応である。本研究ではその核心とも言える水分解反応を一通り理論解析した。近年の時分割構造解析結果とも一致しており、先駆的理論研究となっている。これらの結果は、人工光合成の性能向上((高耐性(TON)、高速(TOF)、安価(低過電圧))の手がかりとしても極めて重要である。その為、今後は人工光合成との直接的対応関係について具体的に示していきたい。

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 1件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 12件、 招待講演 8件) 図書 (2件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] University of Strasbourg(フランス)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Reaction Mechanism of Monomeric Sarcosine Oxidase with N-Cyclopropylglycine2020

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji, Y.Abe, M.Boero, Y.Shigeta, Y.Nishiya
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: - 号: 29 ページ: 16552-16561

    • DOI

      10.1039/d0cp01679a

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Elucidation of the entire Kok cycle for photosynthetic water oxidation by the large-scale quantum mechanics/molecular mechanics calculations: Comparison with the experimental results by the recent serial femtosecond crystallography2019

    • 著者名/発表者名
      Shoji Mitsuo、Isobe Hiroshi、Shen Jian-Ren、Suga Michihiro、Akita Fusamichi、Miyagawa Koichi、Shigeta Yasuteru、Yamaguchi Kizashi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 730 ページ: 416-425

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2019.06.026

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Concerted bond switching mechanism coupled with one-electron transfer for the oxygen-oxygen bond formation in the oxygen-evolving complex of photosystem II2019

    • 著者名/発表者名
      Shoji Mitsuo、Isobe Hiroshi、Yamaguchi Kizashi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 714 ページ: 219-226

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2018.10.041

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Concerted Mechanism of Water Insertion and O2 Release during the S4 to S0 Transition of the Oxygen-Evolving Complex in Photosystem II2018

    • 著者名/発表者名
      Shoji Mitsuo、Isobe Hiroshi、Shigeta Yasuteru、Nakajima Takahito、Yamaguchi Kizashi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 122 号: 25 ページ: 6491-6502

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.8b03465

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A practical approach for searching stable molecular structures by introducing repulsive interactions among walkers2018

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji, M.Kayanuma, Y.Shigeta
    • 雑誌名

      The Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 191(10) 号: 10 ページ: 1465-1473

    • DOI

      10.1246/bcsj.20180122

    • NAID

      130007498133

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 光合成における酸素発生の反応機構2018

    • 著者名/発表者名
      庄司光男, 磯部寛, 重田育照, 中嶋隆人, 山口兆
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 58(3) ページ: 127-133

    • NAID

      130007378606

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 光合成水分解反応の反応機構についての理論的探求2019

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      ミニシンポジウム 『生命科学と物質科学の融合による新規エネルギー・物質変換技術の創造をめざして』
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Water-Splitting Reactions in the Oxygen-Evolving Complex of Photosystem II Revealed by QM/MM calculations2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji
    • 学会等名
      ICOPP2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Spin States and O-O bond formation mechanisms in the Oxygen-Evolving Complex of Photosystem II2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji
    • 学会等名
      AWEST2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 光化学系II酸素発生中心における水分解反応機構についての理論解析2019

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      第46回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Catalytic Reaction Mechanisms Found by using the GLAS Algorithm2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji,
    • 学会等名
      ICPAC 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 光合成酸素発生機構の分子メカニズム2019

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      筑波大プレ戦略研究会「生命から学ぶ」プログラム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Reaction mechanism of water splitting in photosystem II revealed by QM/MM calculations2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji
    • 学会等名
      11th symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences, CCS International Symposium 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Elucidation of the Entire Kok Cycle of the Photosynthetic Water Oxidation Using QM/MM Calculations2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji
    • 学会等名
      3rd International Solar Fuels Conference (ISF-3) and International Conference on Artificial Photosynthesis-2019 (ICARP2019)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Role of Ca ion of the oxygen-evolving complex of photosytem II Revealed by QM/MM2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Yasuteru Shigeta, Takahito Nakajima, Yasuteru Shigeta, Kizashi Yamaguchi
    • 学会等名
      The 99th CSJ Annual Meeting (日本化学会 第99春季年会), Konan University (2019) (oral, 口頭B講演)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] A new approach for searching stable molecular structures by introducing repulsive interactions among walkers2018

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji, M.Kayanuma, H.Kitoh-Nishioka, Y.Shigeta
    • 学会等名
      7thJCS, Prague, Czech Republic (Poster).
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A new algorithm searching stable molecular structures and reaction pathways by introducing repulsive interactions among walkers2018

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji, M.Kayanuma, Y.Shigeta
    • 学会等名
      ICQC 2018, Menton, France (Poster).
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分子構造および反応機構探索アルゴリズムの新展開2018

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Water insertion reactions in the oxygen-evolving complex of photosystem II revealed by QM/MM calculations2018

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji
    • 学会等名
      ICPAC Langkawi 2018, Langkawi Island, Malaysia
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] QM/MM study on a S4 -> S0 reaction of the Oxygen Evolving Complex in Photosystem II2017

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji, H.Isobe, Y.Shigeta, T.Nakajima, K.Yamaguchi
    • 学会等名
      CPMD2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Reaction mechanisms of iron-containing proteins elucidated using QM/MM calculations2017

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji, S.Yamasaki, M.Kayanuma, Y.Shigeta
    • 学会等名
      55th BSJ
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Large-scale QM/MM study on the S1 state structures of the oxygen-evolving complex in photosystem II2017

    • 著者名/発表者名
      M.Shoji, H.Isobe, Y.Shigeta, T.Nakajima, J.-R.Shen, K.Yamaguchi
    • 学会等名
      JSCC67
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] フリーソフトで始める分子モデリング2020

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 総ページ数
      70
    • 出版者
      Amazon Kindle direct publishing (電子書籍)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] Gaussian16で始める量子化学超入門2019

    • 著者名/発表者名
      庄司光男
    • 総ページ数
      70
    • 出版者
      Amazon Kindle direct publishing (電子書籍)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] 生命物理研究グループホームページ

    • URL

      https://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/index.html

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] 研究グループホームページ

    • URL

      https://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/index.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] 研究室ホームページ

    • URL

      https://www2.ccs.tsukuba.ac.jp/people/mshoji/index.html

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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