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Medical Sequence Classifier - a system for quick and accurate sequence-based diagnostics

研究課題

研究課題/領域番号 17H07123
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分補助金
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関東海大学

研究代表者

クリュコフ キリル  東海大学, 医学部, 奨励研究員 (20806202)

研究期間 (年度) 2017-08-25 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2018年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2017年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードMetagenome / NGS sequencing / classification / diagnostics / DNA / sequence / metagenome / sequence analysis / NGS / metagenomics / medical metagenomics / 生体生命情報学
研究成果の概要

感染症病原体の迅速かつ正確な診断は、治療結果を成功させるために重要です。 このプロジェクトで私は非常に効率的なシーケンス分類システムを開発しました。 このシステムは、それらのサンプルに含まれる病原体を検出するために医学的メタゲノムシーケンスサンプルに適用することができる。 また、分類子が参照として使用するGenomeSyncデータベースも開発しました。 私の医療メタゲノム研究システムは、研究、現地調査、医療サンプルの検査に有用性を示しています。 結果は査読付き文献に記載されている。 私の分類器システムは、次世代シーケンシングを用いた感染症の調査に広く採用されると期待しています。

研究成果の学術的意義や社会的意義

Our society is increasingly threatened by pandemics and spread of drug-resistant pathogens. My sequence classifier will help in achieving rapid response to these threats, by providing fast and accurate sequence based diagnostics.

報告書

(3件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2019 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 6件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Rapid bacterial identification by direct PCR amplification of 16S rRNA genes using the MinION nanopore sequencer2019

    • 著者名/発表者名
      Shinichi Kai, Yoshiyuki Matsuo, So Nakagawa, Kirill Kryukov, Shino Matsukawa, Hiromasa Tanaka, Teppei Iwai, Tadashi Imanishi, Kiichi Hirota
    • 雑誌名

      FEBS Open Bio

      巻: 9 号: 3 ページ: 548-557

    • DOI

      10.1002/2211-5463.12590

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Systematic survey of non-retroviral virus-like elements in eukaryotic genomes.2019

    • 著者名/発表者名
      Kryukov K, Ueda MT, Imanishi T, Nakagawa S.
    • 雑誌名

      Virus Research

      巻: 262 ページ: 30-36

    • DOI

      10.1016/j.virusres.2018.02.002

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Real-time diagnostic analysis of MinION-based metagenomic sequencing in clinical microbiology evaluation: a case report2019

    • 著者名/発表者名
      Hiromasa Tanaka, Yoshiyuki Matsuo, So Nakagawa, Kenichiro Nishi, Akihisa Okamoto, Shinichi Kai, Teppei Iwai, Yoshiteru Tabata, Takeshi Tajima, Yuji Komatsu, Motohiko Satoh, Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi, Kiichi Hirota
    • 雑誌名

      JA Clinical Reports

      巻: 5 号: 1 ページ: 24-24

    • DOI

      10.1186/s40981-019-0244-z

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Nucleotide Archival Format (NAF) enables efficient lossless reference-free compression of DNA sequences2019

    • 著者名/発表者名
      Kirill Kryukov, Mahoko Takahashi Ueda, So Nakagawa, Tadashi Imanishi
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: in press 号: 19 ページ: 3826-3828

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btz144

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Detection of pathogenic bacteria in the blood from sepsis patients using 16S rRNA gene amplicon sequencing analysis.2018

    • 著者名/発表者名
      Watanabe N, Kryukov K, Nakagawa S, Takeuchi JS, Takeshita M, Kirimura Y, Mitsuhashi S, Ishihara T, Aoki H, Inokuchi S, Imanishi T, Inoue S
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 13 号: 8 ページ: e0202049-e0202049

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0202049

    • NAID

      120006826803

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A portable system for rapid bacterial composition analysis using a nanopore-based sequencer and laptop computer2017

    • 著者名/発表者名
      Satomi Mitsuhashi, Kirill Kryukov, So Nakagawa, Junko S. Takeuchi, Yoshiki Shiraishi, Koichiro Asano, Tadashi Imanishi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 号: 1 ページ: 5657-5657

    • DOI

      10.1038/s41598-017-05772-5

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] NAF - data compression for next generation of genome databases2019

    • 著者名/発表者名
      Kirill Kryukov, Mahoko Takahashi Ueda, So Nakagawa, Tadashi Imanishi
    • 学会等名
      Society of Genome Microbiology, Japan
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Classifying metagenomic reads using GenomeSync and Genome Search Toolkit2018

    • 著者名/発表者名
      Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi
    • 学会等名
      The 91st Annual Meeting of Japanese Society for Bacteriology
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書
  • [学会発表] Phylogenetic trees explain mysteries of complete genomes2018

    • 著者名/発表者名
      Kirill Kryukov
    • 学会等名
      Neighbor-Joining Symposium in National Institute of Genetics, Mishima
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Non-retroviral virus-like elements in eukaryotic genomes2018

    • 著者名/発表者名
      Kirill Kryukov, Mahoko Takahashi Ueda, Tadashi Imanishi, So Nakagawa
    • 学会等名
      SMBE2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] GenomeSync - an automatically synchronizing local database of genome sequences2018

    • 著者名/発表者名
      Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi
    • 学会等名
      Molecular Biology Soeicty of Japan
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] GenomeSync - a comprehensive auto-updating genome database and its applications2017

    • 著者名/発表者名
      Kirill Kryukov
    • 学会等名
      NIG Biological Symposium
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A portable system for rapid bacterial composition analysis using MinION and laptop computer2017

    • 著者名/発表者名
      Satomi Mitsuhashi, So Nakagawa, Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi
    • 学会等名
      London Calling 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] GenomeSync - an automatically synchronizing local database of genome sequences2017

    • 著者名/発表者名
      Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi
    • 学会等名
      NGS Field Meeting
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Detecting human contamination in genome assemblies2017

    • 著者名/発表者名
      Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi
    • 学会等名
      12th International Workshop on Advanced Genomics
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] A portable system for rapid bacterial composition analysis using MinION and laptop computer2017

    • 著者名/発表者名
      Satomi Mitsuhashi, Nana Asami, So Nakagawa, Kirill Kryukov, Tadashi Imanishi
    • 学会等名
      Second Technology Seminar on the MinION sequencing
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Methods and databases for analyzing medical metagenomes2017

    • 著者名/発表者名
      Kirill Kryukov
    • 学会等名
      AMED-JGRID Symposium
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] GenomeSync database

    • URL

      http://genomesync.org/

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] pEVE database

    • URL

      http://peve.med.u-tokai.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2017-08-25   更新日: 2020-03-30  

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