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5つのミドリイシサンゴのゲノムデータを用いて、サンゴの進化の歴史を探る

研究課題

研究課題/領域番号 17J00557
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 進化生物学
研究機関沖縄科学技術大学院大学

研究代表者

MAO Yafei  沖縄科学技術大学院大学, 科学技術研究科, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2017-04-26 – 2020-03-31
研究課題ステータス 中途終了 (2019年度)
配分額 *注記
2,500千円 (直接経費: 2,500千円)
2019年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2018年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2017年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワードCoral / Speciation / Introgression / WGD / Bioinformatics / Gene tree / Species tree / Phylonetwork
研究実績の概要

Understanding speciation and diversification is important in evolutionary biology. In this project, I used 5 Acropora genomes to investigate introgression and whole genome duplication (WGD) in coral reefs. I found the genomic evidence to support introgression and WGD, and illustrated the importance of introgression and WGD to speciation and diversification of Acropora. In addition, I have published the related pipeline in public for other researcher to repeat my work or apply their work with my developed methods. Please see (https://github.com/MaoYafei)

The related work has been published in Current biology (Mao, Yafei, Evan P. Economo, and Noriyuki Satoh. "The roles of introgression and climate change in the rise to dominance of Acropora Corals." Current Biology 28.21 (2018): 3373-3382.), iScience (Mao, Yafei, and Noriyuki Satoh. "A Likely Ancient Genome Duplication in the Speciose Reef-Building Coral Genus, Acropora." iScience 13 (2019): 20-32.), PeerJ (Mao, Yafei. "GenoDup Pipeline: a tool to detect genome duplication using the dS-based method." PeerJ 7 (2019): e6303.) and Coral reefs (Mao, Y. Coral Reefs (2019). https://doi.org/10.1007/s00338-019-01869-7).

These work provides new insights into coral resilience, as well as coral reef biodiversity and conservation.

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2019 2018

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] GenoDup Pipeline: a tool to detect genome duplication using the dS-based method2019

    • 著者名/発表者名
      Mao Yafei
    • 雑誌名

      PeerJ

      巻: 7 ページ: e6303-e6303

    • DOI

      10.7717/peerj.6303

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実績報告書
  • [雑誌論文] A Likely Ancient Genome Duplication in the Speciose Reef-Building Coral Genus, Acropora2019

    • 著者名/発表者名
      Mao Yafei、Satoh Noriyuki
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 13 ページ: 20-32

    • DOI

      10.1016/j.isci.2019.02.001

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実績報告書
  • [雑誌論文] The roles of introgression and climate change in the rise to dominance of Acropora corals2018

    • 著者名/発表者名
      Mao, Y., Economo, E.P., Satoh, N.
    • 雑誌名

      Current Biology

      巻: 28 号: 21 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1016/j.cub.2018.08.061

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] The role of introgression and genome duplication in Acropora2019

    • 著者名/発表者名
      Yafei Mao
    • 学会等名
      2019 Quantitative Genetics and Genomics Conference GRC
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The role of introgression in reef-building coral Acropora2018

    • 著者名/発表者名
      Yafei Mao
    • 学会等名
      The Asian Evolutionary Research Conference
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会

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公開日: 2017-05-25   更新日: 2024-03-26  

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