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非平衡非定常性に駆動される高分子重合過程の数理的研究

研究課題

研究課題/領域番号 17J07169
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 生物物理学
研究機関東京大学

研究代表者

松原 嘉哉  東京大学, 総合文化研究科, 特別研究員(DC2)

研究期間 (年度) 2017-04-26 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
1,700千円 (直接経費: 1,700千円)
2018年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2017年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワード生命の起源 / 高分子重合 / エラーカタストロフ / 動的校正 / 非平衡駆動 / 複雑性
研究実績の概要

今年度は、昨年度予定していた、高分子重合過程が鋳型配列の進化則や変異に対する頑健性に与える影響について調査した。鋳型高分子の複製におけるエラーカタストロフを防ぐことは、生命の起源研究の最大の問題意識であった。Eigenによって議論されているように、指数関数的に複製する高分子系はエラーカタストロフを避けることができない。そこで、今年度は、重合過程のモデルにおいて、そのエラーカタストロフ問題を考えた。モデルでは、鋳型高分子と基質高分子の複合体形成と乖離を考える。基質高分子は複合体を作っているときに、単量体との重合反応が進行するとする。単量体として2種類を考え、間違った単量体が重合するエラーが起こるとする。ある鋳型配列の情報が正しいマスター配列であると仮定したとき、その配列情報は選択の結果として維持されるか否かがここでの問題である。まず、高分子重合過程のパラメータに依存して、鋳型高分子がsuper-exponentialで成長する場合と、sub-exponentialで成長する領域があることが分かった。また、鋳型分子の配列は長いほど、マスター配列の全配列中の割合が選択の結果として高く保たれ、エラーに対する高い頑健性を示すことが分かった。これは配列が長いほど、エラーカタストロフの起きるエラー率の閾値が小さいEigenのモデルとは対照的である。このように、高分子重合モデルでエラーカタストロフを防げるのは、Hopfieldのモデルに類似した動的校正機構が働くためである。また、鋳型分子複製の正確さと速度にトレードオフ関係があることを明らかにした。上記の結果は現在論文としてまとめている。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 4件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Kinetic selection of template polymer with complex sequences2018

    • 著者名/発表者名
      Y. J. Matsubara and K. Kaneko
    • 雑誌名

      Phys. Rev. Lett.

      巻: 121 号: 11 ページ: 118101-118101

    • DOI

      10.1103/physrevlett.121.118101

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Kinetic Selection of Template Polymer with Complex Sequences2019

    • 著者名/発表者名
      Yoshiya Matsubara, Kunihiko Kaneko
    • 学会等名
      Seventh Annual Winter Q-bio
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 重合過程が鋳型高分子の進化に及ぼす影響2018

    • 著者名/発表者名
      松原嘉哉, 竹内信人, 金子邦彦
    • 学会等名
      日本物理学会2018秋季大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Kinetic Selection of Template Polymer with Complex Sequences2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshiya Matsubara, Kunihiko Kaneko
    • 学会等名
      International conference on APEF 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Conditions for selecting complex sequences in self-replicating template polymer system2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshiya Matsubara
    • 学会等名
      Les Houches school “Evolution of Diversity”
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 鋳型複製高分子系における機能分化2018

    • 著者名/発表者名
      松原嘉哉, 金子邦彦
    • 学会等名
      日本物理学会第73回年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Optimal Size for Emergence of Self-Replicating Polymer System2017

    • 著者名/発表者名
      Yoshiya J. Matsubara, Kunihiko Kaneko
    • 学会等名
      The XVIIIth International Conference on the Origin of Life
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 自己複製する鋳型高分子系において複雑な配列が選択される条件2017

    • 著者名/発表者名
      松原嘉哉, 金子邦彦
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2017-05-25   更新日: 2024-03-26  

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