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海洋性ビブリオ菌べん毛モーター回転子の構造変化の解明

研究課題

研究課題/領域番号 17J11237
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 生物物理学
研究機関名古屋大学

研究代表者

錦野 達郎  名古屋大学, 理学研究科, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2017-04-26 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
2019年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2018年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2017年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
キーワード細菌べん毛モーター / エネルギー変換 / 回転子 / 固定子 / 固定子回転子間相互作用 / 構造解析 / Cryo electron tomography / 核磁気共鳴法 / べん毛モーター / 回転方向制御 / FliG / NMR / クライオトモグラム / 海洋性ビブリオ菌
研究実績の概要

バクテリアの運動器官であるべん毛は時計回り(CW)と反時計回り(CCW)の両方向に回転することができるモーターである。その回転は、回転子中のC-ringと固定子と呼ばれるタンパク質複合体の相互作用により、細胞膜内外の電気化学ポテンシャルを運動エネルギーに変換することで生じる。C-ringは、3種類のタンパク質[FliG, FliM, FliN]からなり、固定子はNa+イオンチャネルとして働き2種類の膜タンパク質「PomA, PomB」からなる。この中で、FliGは、PomAとの相互作用によるエネルギー変換と、自身の構造変化による回転方向の制御を担っている。しかし、この相互作用や構造変化の詳細は明らかとなっていない。申請者は、CWまたはCCW状態での回転子の構造を比較することで、モーターのエネルギー変換の仕組みを解明するべく、これまでに電子線トモグラフィー法(Cryo-ET)と核磁気共鳴法(NMR)による構造解析を進めてきた。
Cryo-ETでは、米国Yale大学所属のLiu博士のグループと共同研究を進め、得られていた構造情報を基にC-ringの密度マップを作製し、FliG, FliM, FliNの構造を当てはめた。CWとCCWでC-ringの傾きや各分子の配置が異なることが示唆された。この内容を論文にまとめ、現在査読中である。
NMRでは、高圧条件下でのFliGmc断片の解析を行った。圧力に依存した構造変化がみられ、その残基の特定を進めている。
最終年度は、固定子の振る舞いを明らかにするべく、解析を行った。機能解析や精製条件の検討からPomAのFliGとの相互作用領域がNa+依存的に構造変化すること、PomBのPlug領域がPomAとPomBの相互作用を変化させることでチャネルの開閉を制御することを明らかにした。各内容は論文にまとめ、J.Biochemに投稿し受理された。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 4件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] Department of Microbial Pathogenesis/Yale University School of Medicine(米国)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] Yale Univ./West Campus Advanced Biosciences Center(米国)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] Yale Univ./West Campus Advanced Biosciences Center(米国)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [雑誌論文] Characterization of PomA periplasmic loop and sodium ion entering in stator complex of sodium-driven flagellar motor2019

    • 著者名/発表者名
      Nishikino Tatsuro、Iwatsuki Hiroto、Mino Taira、Kojima Seiji、Homma Michio
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 167 号: 4 ページ: 389-398

    • DOI

      10.1093/jb/mvz102

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] In Situ Structure of the Vibrio Polar Flagellum Reveals a Distinct Outer Membrane Complex and Its Specific Interaction with the Stator2019

    • 著者名/発表者名
      Zhu Shiwei、Nishikino Tatsuro、Takekawa Norihiro、Terashima Hiroyuki、Kojima Seiji、Imada Katsumi、Homma Michio、Liu Jun
    • 雑誌名

      Journal of Bacteriology

      巻: 202 号: 4

    • DOI

      10.1128/jb.00592-19

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Effect of sodium ions on conformations of the cytoplasmic loop of the PomA stator protein of Vibrio alginolyticus2019

    • 著者名/発表者名
      Mino Taira、Nishikino Tatsuro、Iwatsuki Hiroto、Kojima Seiji、Homma Michio
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 166 号: 4 ページ: 331-341

    • DOI

      10.1093/jb/mvz040

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rotational direction of flagellar motor from the conformation of FliG middle domain in marine Vibrio.2018

    • 著者名/発表者名
      Nishikino T, Hijikata A, Miyanoiri Y, Onoue Y, Kojima S, Shirai T, Homma M.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 号: 1 ページ: 17793-17793

    • DOI

      10.1038/s41598-018-35902-6

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Vibrio H-ring facilitates the outer membrane penetration of polar-sheathed flagellum.2018

    • 著者名/発表者名
      Zhu S, Nishikino T, Kojima S, Homma M, Liu J.
    • 雑誌名

      Journal of Bacteriology

      巻: 200 号: 21

    • DOI

      10.1128/jb.00387-18

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The role of conserved charged residues in the bidirectional rotation of the bacterial flagellar motor2018

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Onoue, Norihiro Takekawa, Tatsuro Nishikino, Seiji Kojima, Michio Homma
    • 雑誌名

      Microbiologyopen

      巻: 24 号: 4

    • DOI

      10.1002/mbo3.587

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular architecture of the sheathed polar flagellum in Vibrio alginolyticus2017

    • 著者名/発表者名
      Zhu Shiwei、Nishikino Tatsuro、Hu Bo、Kojima Seiji、Homma Michio、Liu Jun
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 114(41) 号: 41 ページ: 12489-12489

    • DOI

      10.1073/pnas.1712489114

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Structural change of PomAB stator complex induced by Na+ flux in Vibrio flagellar motor2020

    • 著者名/発表者名
      Tatsuro Nishikino, Hiroto Iwatsuki, Taira Mino, Seiji Kojima, Michio Homma
    • 学会等名
      第93回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 高圧条件下におけるビブリオ菌べん毛モータータンパク質FliGの構造変化の解析2020

    • 著者名/発表者名
      錦野達郎、宮ノ入洋平、小嶋誠司、本間道夫
    • 学会等名
      第7回将来を見据えた生体分子の構造・機能解析から分子設計に関する研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 海洋性ビブリオ菌固定子タンパク質PomBのプラグ領域によるイオン透過と固定子複合体形成の制御2019

    • 著者名/発表者名
      錦野達郎、岩月啓人、小嶋誠司、本間道夫
    • 学会等名
      日本生体エネルギー研究会第45回討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Tatsuro Nishikino, Hiroto Iwatsuki, Taira Mino, Destabilization of the complex formation allows high Na+ conduction in the PomAB flagellar stator complex2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuro Nishikino, Hiroto Iwatsuki, Taira Mino, Seiji Kojima, Michio Homma
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] べん毛の回転が時計回りに偏るビブリオFliG-G215A変異で生じる構造変化の高圧NMRによる解析2019

    • 著者名/発表者名
      錦野達郎、宮ノ入洋平、小嶋誠司、本間道夫
    • 学会等名
      第20回若手NMR研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 海洋性ビブリオ菌固定子複合体の Na+イオン透過における PomAと PomBの相互作用の変化の役割2019

    • 著者名/発表者名
      錦野達郎、岩月啓人、三野平、小嶋誠司、本間道夫
    • 学会等名
      日本生化学会中部支部第83回例会・シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Structural analysis of the switching mutants in FliG of marine Vibrio by NMR and Cryo-ET2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuro Nishikino, Yohei Miyanoiri, Shiwei Zhu, Seiji Kojima, Jun Liu, Michio Homma
    • 学会等名
      第92回細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] tructural analysis of the switching mutants in FliG of marine Vibrio by NMR and Cryo-ET,2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuro Nishikino, Yohei Miyanoiri, Shiwei Zhu, Seiji Kojima, Jun Liu
    • 学会等名
      第92回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] プラグを欠失した海洋性ビブリオ菌固定子PomAB複合体の精製条件の検討と解析2019

    • 著者名/発表者名
      錦野達郎、岩月啓人、三野平、小嶋誠司、本間道夫
    • 学会等名
      H30日本生物物理学会中部支部講演会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 電子顕微鏡クライオトモグラム法と核磁気共鳴法によるべん毛回転子FliGの回転方向変異の構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuro Nishikino, Yohei Miyanoiri, Shiwei Zhu, Seiji Kojima, Jun Liu, Michio Homma
    • 学会等名
      第6回将来を見据えた生体分子の構造・機能解析から分子設計に関する研究会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] H-ring, external flagellar component in marine ring, Vibrio helps penetration of sheathed flagella to outer-membrane.2018

    • 著者名/発表者名
      atsuro Nishikino, Shiwei Zhu, Seiji Kojima, Michio Homma, Jun Liu
    • 学会等名
      The 11th K. H. Kuo Summer Scholl of Electron Microscopy & Crystallography 2018 Kuo Symposium on 3D-EM of Macromolecules and Cells,
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] NMR法とCryo-ET法を用いたビブリオ菌べん毛モーター回転子FliGのGly-Glyリンカー回転方向変異体の構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      錦野達郎, 宮ノ入洋平, Zhu Shiwei, 小嶋誠司, Liu Jun, 本間道夫
    • 学会等名
      日本生体エネルギー研究会第44回討論会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 海洋性ビブリオ菌べん毛モーター回転方向制御におけるFliG Gly-Glyf lexible linkerの役割2018

    • 著者名/発表者名
      錦野達郎, 宮ノ入洋平, 小嶋誠司, 本間道夫
    • 学会等名
      第82回日本生化学会中部支部例会・シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Structural insights into the middle domain of rotor protein FliG that regulates rotational direction of Vibrio flagellar motor2018

    • 著者名/発表者名
      Tatsuro Nishikino, Atsushi Hijikata, Yohei Miyanoiri, Yasuhiro Onoue, Seiji Kojima, Tsuyoshi Shirai, Michio Homma
    • 学会等名
      Sensory Transduction in Microorganisms Gordon Research Conference Sensing and Signaling: From Single Molecules to Host-Microbe Interactions
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ビブリオ菌べん毛モータータンパク質FliG変異が回転方向制御に与える構造的影響2018

    • 著者名/発表者名
      錦野達郎, 土方敦司, 宮ノ入洋平, 尾上靖宏, 小嶋誠司, 白井剛, 本間道夫
    • 学会等名
      平成29年度 生物物理学会中部支部 講演会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] NMR and MD simulation analysis for switching mutants of flagellar rotor protein FliG in Vibrio2018

    • 著者名/発表者名
      Tatsuro Nishikino, Atsushi Hijikata, Yohei Miyanoiri, Yasuhiro Onoue, Seiji Kojima, Tsuyoshi Shirai, Michio Homma
    • 学会等名
      第91回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 海洋性ビブリオ菌べん毛モーター回転方向制御におけるFliG変異E144Dの解析2017

    • 著者名/発表者名
      錦野達郎,土方敦司,尾上靖宏, 小嶋誠司, 白井剛, 本間道夫
    • 学会等名
      第81回 日本生化学会 中部支部例会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] E144D mutation on the rotor protein FliG affects the frequency of rotational switching in the flagellar motor of marine Vibrio2017

    • 著者名/発表者名
      Tatsuro Nishikino, Atsushi Hijikata, Yasuhiro Onoue, Seiji Kojima, Tsuyoshi Shirai, and Michio Homma
    • 学会等名
      運動超分子が織りなす調和と多様性
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 海洋性ビブリオ菌回転子タンパク質FliGのMiddle-domain変異が 回転方向制御に与える影響の解析2017

    • 著者名/発表者名
      錦野達郎, 土方敦司, 尾上靖宏, 小嶋誠司, 宮ノ入洋平,白井剛, 本間道夫
    • 学会等名
      第54回 日本細菌学会中部支部総会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Mutations in M-domain of rotor protein FliG affects the determination of the rotational direction of flagellar motor in marine Vibrio2017

    • 著者名/発表者名
      Tatsuro Nishikino, Atsushi Hijikata, Yohei Miyanoiri, Yasuhiro Onoue, Seiji Kojima, Tsuyoshi Shirai, and Michio Homma
    • 学会等名
      ASM Conference on Vibrio2017: The Biology of Vibrios
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [備考] 海洋性ビブリオ菌固定子PomAの細胞質領域におけるナトリウム依存的構造動態解析

    • URL

      http://www.bio.nagoya-u.ac.jp/paper/2019-34/04.html

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] 鞘に囲まれたビブリオ菌極べん毛の外膜貫通を促進するHリングの役割

    • URL

      http://www.bio.nagoya-u.ac.jp/paper/2018-32/12.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

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公開日: 2017-05-25   更新日: 2024-03-26  

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