| 研究課題/領域番号 |
17K00396
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
朴 聖俊 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (40759411)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2019年度)
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| 配分額 *注記 |
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2017年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
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| キーワード | コンタミネーション / バイオインフォマティクス / 次世代シークエンシング / 網羅的配列解読 |
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| 研究成果の概要 |
多種多様な細胞実験が繰り返し行われている現代生物学において、目的細胞や関連サンプルが細菌・ウイルスにさらされる危険性は一層増しており、感染・汚染の防止と検出は極めて重要な課題である。本研究では、目的細胞の次世代シークエンシング（NGS）データに含まれている外来性ゲノム、すなわちコンタミを網羅的かつ高確度で検出するアルゴリズムを開発・公開した。これにより、例えば、遺伝子発現とコンタミが一度にプロファイリングでき、その関連性の深化した解析が可能となった。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
開発した手法の公開とその解析結果のデータベース化を行ったことで、既存研究データから見られるコンタミの種類とその混入度分布がわかり、ホスト細胞に与える外来性ゲノムのインパクト推定が容易となった。これは、細胞培養方法と実験試薬の見直しや既存研究データの再解釈に資するものであり、さらに、核酸増幅法などの既存検査方法の代替方法として、例えば、再生医療製品の安全性と品質管理、新規細菌・ウイルス同定にも応用可能であることから、今後の応用発展を図りたい。
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