| 研究課題/領域番号 |
17K00397
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2019年度)
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| 配分額 *注記 |
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2019年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2018年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2017年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
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| キーワード | 細胞種特異的エンハンサー / Hi-Cデータ解析 / A/Bコンパートメント / グラフ畳み込みネットワーク / B細胞リンパ腫 / scRNA-seq / エンハンサーデータベース / ゲノム塩基配列によるエンハンサー予測 / Hi-Cデータ比較 / 細胞種特異的クロマチン構造と遺伝子発現 / TAD構造 / 特異的遺伝子発現 / ゲノム / 発現制御 / クロマチン構造 / 発生・分化 |
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| 研究成果の概要 |
本研究では真核生物の組織特異的発現に重要と考えられているエンハンサーについて、その特異性制御機構と標的遺伝子群を、主にゲノム配列情報から理解することを目指した。異なる細胞種に対する Hi-Cデータを再解析・相互比較することで、細胞の種類によって TADやA/B コンパートメント等が変化した領域の遺伝子発現の特異性を調べた。その結果、B細胞とそのリンパ腫などの間に、興味深い機能的相関を観察した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
塩基配列決定技術の進歩により、個人間のゲノムの差(多型)やがん組織中の個々の細胞内ゲノム変異分布等の情報が次々に産出されており、いわゆるパーソナルゲノム医療への応用が期待されている。しかし、転写制御領域に関する我々の理解が不十分なため、 これらを含む非コード領域中の多型や変異の及ぼす影響を見積もることは難しい。本研究は染色体構造の細胞による変化などをもとに転写制御の仕組みを研究し、いくつかの新しい報告を行った。
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