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一細胞の複雑な形状に基づく器官・組織動力学モデルのシミュレーション研究

研究課題

研究課題/領域番号 17K00410
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関秋田県立大学

研究代表者

石本 志高  秋田県立大学, システム科学技術学部, 教授 (30391858)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2019年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2018年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2017年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワードコンピュータシミュレーション / 細胞・組織・器官 / 発生・分化 / 粘弾性 / データ解析
研究成果の概要

細胞頂点モデル及び泡・頂点モデルに関し各種計算機粘弾性実験を実行し、差異を示した。これは主に一細胞の形状変化に起因するため、一細胞の形状が組織レベルの物性に反映されることを数値計算上で明らかにした。翅形成力学モデルを細胞頂点モデルで表現し、翅外形弾性率によって器官が有意に変化する結果を得た。ハエ蛹期の翅器官の3次元形態変化とシグナル分子の時空間動態が密接に関連して進行することを実験的解析的に明らかにした。
追加的成果としてAFMによる細胞弾性力学情報の測定および解析を行った。上皮組織の4D顕微鏡データの定量化を進め、細胞核位置を深層学習で認識するプログラムを開発した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

数理モデルを用いた計算機粘弾性実験により、一細胞形状が組織レベルの物性に反映されることを数値計算上で明らかにした点で、学術的に重要な知見を与えた。また、我々の翅外形力学モデルを一細胞の形状変化をもつものに刷新した。外形力学情報が重要な情報であることを示し、意義深い。シグナル分子の時空間動態と器官形成の研究では、これらが密接に関連することを初めて示した。AFMによって細胞間力学情報に複数種類の距離相関が現れることを示した。深層学習による細胞移動定量化への道を示した。
上記学術的意義に加え、これらの結果は器官・組織の再生技術などへの応用に向けて大きな前進といえ、社会的意義のある成果となった。

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (35件)

すべて 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 1件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (21件) (うち国際学会 9件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] ヘルシンキ大学バイオテクノロ ジーセンター(フィンランド)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] ソルボンヌ大学不均質物質研究所(フランス)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] ヘルシンキ大学バイオテクノロジーセンター(フィンランド)

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ヘルシンキ大学バイオテクノロジーセンター(フィンランド)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Towards Particle Tracking Velocimetry of Cell Flow in Developing Tissue Using Deep Neural Network.2020

    • 著者名/発表者名
      Ishimoto Y., Watanabe T.
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computational Vision and Biomechanics

      巻: 36 ページ: 495-504

    • DOI

      10.1007/978-3-030-43195-2_40

    • ISBN
      9783030431945, 9783030431952
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamical Rheological Properties of In-Silico Epithelial Tissue by Vertex Models.2020

    • 著者名/発表者名
      Toyoshima T., Ishimoto Y.
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computational Vision and Biomechanics

      巻: 36 ページ: 632-638

    • DOI

      10.1007/978-3-030-43195-2_53

    • ISBN
      9783030431945, 9783030431952
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coupling between dynamic 3D tissue architecture and BMP morphogen signaling during Drosophila wing morphogenesis2019

    • 著者名/発表者名
      J. Gui, Y. Huang, M. Montanari, D. Toddie-Moore, K. Kikushima, S. Nix, Y. Ishimoto, and O. Shimmi
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 116 号: 10 ページ: 4352-4361

    • DOI

      10.1073/pnas.1815427116

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Spontaneous Spatial Correlation of Elastic Modulus in Jammed Epithelial Monolayers Observed by AFM2019

    • 著者名/発表者名
      Y. Fujii, Y. Ochi, M. Tuchiya, M. Kajita, Y. Fujita, Y. Ishimoto, T. Okajima
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 116 号: 6 ページ: 1152-1158

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2019.01.037

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 昆虫の翅外形多様性に関する力学モデル2018

    • 著者名/発表者名
      石本 志高,杉村 薫
    • 雑誌名

      バイオエンジニアリング講演会講演論文集

      巻: 2018.30 号: 0 ページ: 2B04

    • DOI

      10.1299/jsmebio.2018.30.2B04

    • NAID

      130007410951

    • ISSN
      2424-2829
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 186 上皮組織の粘弾性:シミュレーション実験によるレオロジー特性2018

    • 著者名/発表者名
      豊嶋 拓哉, 石本 志高
    • 雑誌名

      東北支部総会・講演会 講演論文集

      巻: 2018.53 号: 0 ページ: 169-170

    • DOI

      10.1299/jsmeth.2018.53.169

    • NAID

      130007486743

    • ISSN
      2424-2713
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] A mechanical model for diversified insect wing margin shapes2017

    • 著者名/発表者名
      Ishimoto Yukitaka、Sugimura Kaoru
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 427 ページ: 17-27

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2017.05.026

    • NAID

      130007410951

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Bubbly Cell Tracking Velocimetry-細胞頂点・形状トラッキングの試み2020

    • 著者名/発表者名
      柏正幸,豊嶋拓哉,石本志高
    • 学会等名
      機械学会東北支部会第55期支部総会・講演会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Dynamical rheological properties of in-silico epithelial tissue by vertex models.2019

    • 著者名/発表者名
      Y. Ishimoto, T. Toyoshima
    • 学会等名
      International Soft Matter Conference 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Towards particle tracking velocimetry of cell flow in developing tissue using deep neural network2019

    • 著者名/発表者名
      Y. Ishimoto, T. Watanabe
    • 学会等名
      16th International Symposium on Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering and 4th Conference on Imaging and Visualization
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamical rheological properties of in-silico epithelial tissue by vertex models2019

    • 著者名/発表者名
      T. Toyoshima, Y. Ishimoto
    • 学会等名
      16th International Symposium on Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering and 4th Conference on Imaging and Visualization
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Towards Particle Tracking Velocimetry of Cell Flow Using Deep Learning2019

    • 著者名/発表者名
      Y. Ishimoto, T. Watanabe
    • 学会等名
      The 10th Asian-Pacific Conference on Biomechanics (AP Biomech 2019)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 生物学的によく保存されたトンボの翅の構造と流体工学的機能2019

    • 著者名/発表者名
      石本志高,大森瑠奈
    • 学会等名
      第47回可視化情報シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 生物・生命の移動現象:実験とシミュレーションと機械と私2019

    • 著者名/発表者名
      石本志高
    • 学会等名
      研究会「理論と実験」2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Dynamical rheological properties of in-silico epithelial tissue by vertex models2019

    • 著者名/発表者名
      豊嶋拓哉,石本志高
    • 学会等名
      研究会「理論と実験」2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 生体組織内多細胞構造のレオロジーおよび移動現象に関するシミュレーション研究2019

    • 著者名/発表者名
      豊嶋拓哉,石本志高
    • 学会等名
      ソフトバイオ研究会2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] In-silico rheological experiments of an epithelial sheet by the cell vertex model and the bubbly vertex model2018

    • 著者名/発表者名
      Y. Ishimoto and T. Toyoshima
    • 学会等名
      12th European Fluid Mechanics Conference (EFMC12)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 力学的平衡状態にある上皮組織の動的レオロジー特性2018

    • 著者名/発表者名
      豊嶋拓哉,石本志高
    • 学会等名
      第31回バイオエンジニアリング講演会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 上皮組織の粘弾性:シミュレーション実験によるレオロジー特性2018

    • 著者名/発表者名
      豊嶋拓哉,ニックス・ステファニー,石本志高
    • 学会等名
      日本機械学会東北支部第53期総会・講演会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 細胞vertexモデルおよび bubbly vertex モデルによる細胞組織のレオロジー特性2018

    • 著者名/発表者名
      石本志高,豊嶋拓哉
    • 学会等名
      日本物理学会年会第73回年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Mechanical models for insect wing margin shapes2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Ishimoto, K. Sugimura
    • 学会等名
      XXVI Congress of the International Society of Biomechanics (ISB2017)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Bubbly vertex model for viscoelastic properties of epithelial tissues2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Ishimoto
    • 学会等名
      2nd Edwards Symposium. Challenges and Opportunities in Soft Matter
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Realisation of viscoelastic epithelial tissues in the bubbly vertex dynamics2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Ishimoto
    • 学会等名
      The Ninth JSME-KSME Thermal and Fluids Engineering Conference (TFEC9)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Viscoelastic epithelial tissues by bubbly vertex model2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Ishimoto
    • 学会等名
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017 (SFS2017)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A mechanical model for diversified insect wing margin shapes2017

    • 著者名/発表者名
      石本志高,杉村薫
    • 学会等名
      日本生物物理学会第55回年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 昆虫の翅外形多様性に関する力学モデル2017

    • 著者名/発表者名
      石本志高,杉村薫
    • 学会等名
      日本物理学会2017年秋季大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Simulations on Chromosome, Lipid membrane, and Epithelial tissues2017

    • 著者名/発表者名
      石本志高
    • 学会等名
      研究会「理論と実験2017」
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 昆虫の翅外形多様性に関する力学モデル2017

    • 著者名/発表者名
      石本志高,杉村薫
    • 学会等名
      第30回バイオエンジニアリング講演会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [備考] 秋田県立大学 研究者総覧

    • URL

      http://www.akita-pu.ac.jp/stic/souran/scholar/detail.php?id=308

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書 2017 実施状況報告書
  • [備考] Research Gate: Yukitaka Ishimoto -- Publications

    • URL

      http://www.researchgate.net/profile/Yukitaka_Ishimoto/publications

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書 2017 実施状況報告書
  • [備考] Yukitaka Ishimoto, Dr

    • URL

      http://www2.yukawa.kyoto-u.ac.jp/~yukitaka.ishimoto/

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書 2017 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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