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分子シミュレーションによるアルツハイマー病初期分子機構への生体膜環境の影響解析

研究課題

研究課題/領域番号 17K00421
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関近畿大学

研究代表者

宮下 尚之  近畿大学, 生物理工学部, 准教授 (20452162)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2019年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2018年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2017年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
キーワードアルツハイマー病 / β切断酵素 / α切断酵素 / 生体膜 / ラフト / 相互作用 / 分子動力学シミュレーション / 構造予測 / 粗視化モデルシミュレーション / レプリカ交換分子動力学法 / 膜タンパク質 / 膜貫通部位 / コレステロール / APP / ベータ切断酵素 / アミロイド前駆体タンパク質 / 分子シミュレーション / 粗視化モデル
研究成果の概要

アルツハイマー病の初期分子過程ではまずアミロイド前駆体タンパク質(APP)がベータ切断酵素によって切断される。その後ガンマ切断酵素によって切断され、アミロイドβペプチドが産生される。本研究では、APPとベータ切断酵素との相互作用過程に注目した。まず、ベータ切断酵素の膜貫通部位の構造が解かれていなかったので、レプリカ交換分子動力学法(REMD)を用い立体構造を予測した。その構造を元にして粗視化モデルシミュレーションを行い、APPの膜貫通部位とベータ切断酵素の膜貫通部位の相互作用ポイントを明らかにした。更にα切断酵素の膜貫通部位の構造予測をし、α切断酵素とAPPの相互作用も明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

アルツハイマー病の初期分子機構の詳細は未だ分かっていない事が多い。学術的意義としてはまず、β切断酵素もα切断酵素も膜貫通部位の構造がわかっていなかったが本予測計算で初めてその構造が明らかになった。またAPPとの生体膜中での相互作用も本研究で初めて明らかになった。通常はα切断酵素がAPPと相互作用することでAPPは廃棄されるが、β切断酵素によって切断されるとアルツハイマー病は進行する。本研究では切断酵素よって結合に至るメカニズムも明らかになった。社会的意義としては、本結果はアルツハイマー病の疾患進行抑制の薬剤開発に繋がると考えられ、将来的には重度の患者の減少に役立つと考えられる。

報告書

(5件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2021 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (22件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] On-the-fly analysis of molecular dynamics simulation trajectories of proteins using the Bayesian inference method2017

    • 著者名/発表者名
      Miyashita Naoyuki、Yonezawa Yasushige
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 147 号: 12 ページ: 124108-124108

    • DOI

      10.1063/1.4997099

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 生体膜中におけるAPPとα-/β-切断酵素との相互作用機構2021

    • 著者名/発表者名
      柳野賀緒梨,大多和克紀,松倉里紗,○宮下尚之
    • 学会等名
      日本物理学会第76回年次大会(2021年),
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 分子シミュレーションで見るアルツハイマー病初期過程で働く膜タンパク質と脂質分子との相互作用2021

    • 著者名/発表者名
      宮下尚之
    • 学会等名
      蛋白質研究所セミナー『生体膜上の生物化学 ー解析法の進展から細胞内オルガネラのバイオロジーまでー』
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] STRUCTURE PREDICTION OF THE TRANSMEMBRANE REGION OF ALPHA- AND BETA- SECRETASES USING REPLICA-EXCHANGE MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS, AND THE INTERACTION BETWEEN AMYLOID PRECURSOR PROTEIN AND THEM2021

    • 著者名/発表者名
      Kaori Yanagino,Naoyuki Miyashita
    • 学会等名
      65th Biophysical Society Annual Meeting BPS2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] α切断酵素とβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測とそのダイナミクス2020

    • 著者名/発表者名
      柳野賀緒梨,宮下尚之
    • 学会等名
      第34回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] α切断酵素の膜貫通部位の構造予測とAPPの膜貫通部位との相互作用2020

    • 著者名/発表者名
      柳野賀緒梨,宮下尚之
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Interaction Between beta-Secretase and APP in The Biological Membrane, and The Structure Prediction of The TM domain of alpha-Secretase.2020

    • 著者名/発表者名
      Kaori Yanagino,Naoyuki Miyashita
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] β切断酵素とAPPの膜貫通部位の相互作用インターフェース2020

    • 著者名/発表者名
      柳野賀緒梨,宮下尚之
    • 学会等名
      日本物理学会2020年秋季大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Structure Prediction of the transmembrane domain of alpha- and beta-secretases and the structural differences2020

    • 著者名/発表者名
      Kaori Yanagino,Naoyuki Miyashita
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会,SORA札幌コンベンションセンター
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] コンピュータシミュレーションを用いたアルツハイマー病の初期分子機構にかかわるβ切断酵素のダイナミクス2020

    • 著者名/発表者名
      柳野賀緒梨,宮下尚之
    • 学会等名
      第9回超異分野本大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] アルツハイマー病初期過程におけるβ切断酵素とAPPの相互作用機構2020

    • 著者名/発表者名
      柳野賀緒梨,南知香,宮下尚之*
    • 学会等名
      第75回日本物理学会(2020年)年次大会, 名古屋大学(名古屋)WEB開催
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Structure Prediction of Transmembrane domain of beta-secretase2019

    • 著者名/発表者名
      Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*
    • 学会等名
      第19回 日本蛋白質科学会年会, 神戸国際会議場
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] アルツハイマー病関連タンパク質であるβ切断酵素の膜貫通部位とラフトとの相互作用2019

    • 著者名/発表者名
      柳野 賀緒梨, 宮下 尚之*
    • 学会等名
      日本物理学会2019年秋季物理学会, 岐阜大学
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Interaction between amyloid precursor protein and beta-secretase in the bio-membrane2019

    • 著者名/発表者名
      Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会, シーガイアコンベンションセンター
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] アルツハイマー病関連タンパク質であるβ切断酵素の構造予測と生体膜での相互作用2019

    • 著者名/発表者名
      柳野賀緒梨, 宮下尚之*
    • 学会等名
      近畿大学大学院サイエンスネットワーク2019第9回院生サミット, 近畿大学東大阪キャンパス
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] α切断酵素とβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測とラフト環境との相互作用2019

    • 著者名/発表者名
      Kaori Yanagino, Naoyuki Miyashita*
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] アルツハイマー病初期分子機構に関係するβ切断酵素の膜貫通部位の構造予測トラフトとの相互作用2019

    • 著者名/発表者名
      柳野賀緒梨, 古江祐也, 宮下尚之*
    • 学会等名
      第33回分子シミュレーション討論会, 名古屋市公会堂
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 近畿大学生物理工学部電算機センターHPCとアルツハイマー病初期過程の分子機構2019

    • 著者名/発表者名
      宮下尚之
    • 学会等名
      第4回 近畿大学 認知症 Core 研究(DoIK)シンポジウムー認知症克服に向けた工学的アプローチー
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] β切断酵素の膜貫通部位の構造予測と生体膜中でのダイナミクス2019

    • 著者名/発表者名
      柳野賀緒梨, 高橋良太, 古江祐也, 宮下尚之
    • 学会等名
      日本物理学会第74回年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] アルツハイマー病の初期機構に関わる生体分子の形と動きを分子シミュレーションで見る2018

    • 著者名/発表者名
      宮下尚之
    • 学会等名
      FS-06フォーカストセッション 「計算科学と構造生物学による神経変性疾患克服への挑戦」, CBI学会2018年大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 機械学習を用いたテンプレートベースのタンパク質構造モデリング2018

    • 著者名/発表者名
      古江祐也、宮下尚之*
    • 学会等名
      日本物理学会第73回年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] イオンの結合によるリボスイッチSPINACHの分子ダイナミクスへの影響2018

    • 著者名/発表者名
      大西庸嵩、古江祐也、宮下尚之*、白木琢磨、米澤康滋
    • 学会等名
      日本物理学会第73回年次大会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 薬剤の有無によるリボスイッチの構造変化2017

    • 著者名/発表者名
      大西庸嵩、古江祐也、白木琢磨、米澤康滋、宮下尚之*
    • 学会等名
      第31回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [備考] FY2017-2020 科研費基盤研究(C)の成果

    • URL

      https://sites.google.com/a/miyashita-lab.net/miyashita-lab/2-research/research-grant-and-commissioned-projects/fy2017-2019-ke-yan-fei-ji-pan-yan-jiu-c-no-cheng-guo?authuser=0

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実施状況報告書
  • [備考] FY2017-2019 科研費基盤研究(C)の成果

    • URL

      https://sites.google.com/a/miyashita-lab.net/miyashita-lab/2-research/research-grant-and-commissioned-projects/fy2017-2019-ke-yan-fei-ji-pan-yan-jiu-c-no-cheng-guo

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書 2017 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2017-04-28   更新日: 2022-01-27  

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