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生命科学分散メタデータの高効率な統合と検索のための新規ディレクトリ機能の開発

研究課題

研究課題/領域番号 17K00424
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

小林 紀郎  国立研究開発法人理化学研究所, 情報システム本部, 開発ユニットリーダー (20415160)

研究分担者 山本 泰智  大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任准教授 (50470076)
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2019年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2017年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワードSPARQL / SPARQLエンドポイント / 生命科学データ / メタデータ / セマンティックウエブ / RDF / 連合検索 / データカタログ / 上位オントロジー / エンドポイント / 生命科学メタデータ / メタデータディレクトリ
研究成果の概要

データを説明するデータであるメタデータはデータ利活用において重要な役割を果たすが、研究者や機械がデータを容易に発見し、データの種類や数を正確に把握しながら網羅的に解析するためには、メタデータのカタログをどのようなスキーマで記述するかを規定し、これをメタデータ検索機能に反映させることが不可欠である。本研究では、このようなスキーマの定義を行いLODSurfer Metadataとしてまとめ上げるとともに、生命科学メタデータを公開する主要なサイトについてメタデータカタログの作成に成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、生命科学系研究データの共有及び利活用促進に資するために、データにメタデータを付して公開するサイトを対象とし、機械による高度なデータ検索や解析の促進を図るものである。この成果は、オープンサイエンスや国際連携研究など、特にデータ駆動型研究に必要なサービスとして重要な役割を果たす。また本研究で開発された技術自体は生命科学に特化したものではないため、様々な分野のデータ利活用の促進のために応用可能であることも意義深い。

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 13件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] YummyData: providing high-quality open life science data2018

    • 著者名/発表者名
      Yasunori Yamamoto, Atsuko Yamaguchi, and Andrea Splendiani
    • 雑誌名

      Database

      巻: Volume 2018

    • DOI

      10.1093/database/bay022

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Development of Semantic Web-Based Imaging Database for Biological Morphome2017

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kume, Hiroshi Masuya, Mitsuyo Maeda, Mitsuo Suga, Yosky Kataoka, and Norio Kobayashi
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 10675 ページ: 277-285

    • DOI

      10.1007/978-3-319-70682-5_19

    • ISBN
      9783319706818, 9783319706825
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Semantic Graph Analysis for Federated LOD Surfing in Life Sciences2017

    • 著者名/発表者名
      Atsuko Yamaguchi, Kouji Kozaki, Yasunori Yamamoto, Hiroshi Masuya, and Norio Kobayashi
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 10675 ページ: 268-276

    • DOI

      10.1007/978-3-319-70682-5_18

    • ISBN
      9783319706818, 9783319706825
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] LOD Surfer: クラス間関係に基づく連合検索を利用したLOD探索2020

    • 著者名/発表者名
      山口敦子、小林紀郎、山本泰智、桝屋啓志、古崎晃司
    • 学会等名
      2020年度 人工知能学会全国大会(第34回)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] UmakaData extension: Toward Realization of a Practical SPARQL Endpoint Discovery Service for Life Sciences.2019

    • 著者名/発表者名
      Norio Kobayashi, Yasunori Yamamoto, and Atsuko Yamaguchi
    • 学会等名
      Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences (SWAT4HCLS) 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] OME Core Ontology: An OWL-based Life Science Imaging Data Model2019

    • 著者名/発表者名
      Norio Kobayashi, Josh Moore, Shuichi Onami and Jason R. Swedlow
    • 学会等名
      Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences (SWAT4HCLS) 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] On Bringing Bioimaging Data into the Open(-World)2019

    • 著者名/発表者名
      Josh Moore, Norio Kobayashi, Susanne Kunis, Shuichi Onami and Jason R. Swedlow
    • 学会等名
      Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences (SWAT4HCLS) 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Finding the best RDF data by Umaka Suite.2019

    • 著者名/発表者名
      Yasunori Yamamoto and Atsuko Yamaguchi
    • 学会等名
      Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences (SWAT4HCLS) 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Novel trends in research data utilisation based on open science.2018

    • 著者名/発表者名
      Norio Kobayashi
    • 学会等名
      6th INCF Japan Node International Workshop, Advances in Neuroinformatics AINI 2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A Data Integration Platform for RIKEN’s Cross-field Data-driven Researches.2018

    • 著者名/発表者名
      Norio Kobayashi
    • 学会等名
      2018 OME annual meeting
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] An ontology-based OME data model for multimodal biomedical imaging.2018

    • 著者名/発表者名
      Norio Kobayashi, Satoshi Kume, Kenichi Ueno, Junichi Hata, Hiroshi Masuya, Yoko Yamaguchi, and Yosky Kataoka.
    • 学会等名
      2018 OME annual meeting
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Development of a Metadatabase for Electron Microscopy Microstructural Imaging Data.2018

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kume, Hiroshi Masuya, Yasuyoshi Murakawa, Yosky Kataoka, and Norio Kobayashi.
    • 学会等名
      2018 OME annual meeting
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] LOD Surfer API: クラス間関係に基づく LOD探索のためのウェブAPI.2018

    • 著者名/発表者名
      山口 敦子, 小林 紀郎, 桝屋 啓志, 山本 泰智, 古崎 晃司.
    • 学会等名
      2018年度人工知能学会全国大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] LOD Surfer Metadata: Essential LOD catalogue data for traversing life-science LOD amongst multiple SPARQL endpoints.2018

    • 著者名/発表者名
      Norio Kobayashi and Yasunori Yamamoto
    • 学会等名
      11th International SWAT4HCLS Conference
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] OME Ontology: A Novel Data and Tool Integration Methodology for Multi-Modal Imaging in the Life Sciences.2018

    • 著者名/発表者名
      Norio Kobayashi, Satoshi Kume, Josh Moore, and Jason R. Swedlow.
    • 学会等名
      11th International SWAT4HCLS Conference
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] RIKEN Plant Metabolome MetaDatabase: an integrated plant metabolome data repository based on the semantic web.2018

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Fukushima, Mikiko Takahashi, Nozomu Sakurai, Toshiaki Tokimatsu, Hideki Nagasaki, Hideki Hirakawa, Takeshi Ara, Masanori Arita and Norio Kobayashi.
    • 学会等名
      11th International SWAT4HCLS Conference
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] LOD Surfer API: クラス間関係を用いたLODからの情報抽出Web API2017

    • 著者名/発表者名
      山口 敦子, 小林 紀郎, 臼田 大輝, 桝屋 啓志, 山本 泰智, 古崎 晃司
    • 学会等名
      人工知能学会 セマンティックウェブとオントロジー研究会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] LOD Surfer API: Web API for LOD Surfing using Class-Class Relationships in Life Sciences2017

    • 著者名/発表者名
      Atsuko Yamaguchi, Kouji Kozaki, Yasunori Yamamoto, Hiroshi Masuya, and Norio Kobayashi
    • 学会等名
      10th International SWT4HCLS conference
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Metadata-driven interdisciplinary research projects using RIKEN MetaDatabase2017

    • 著者名/発表者名
      Norio Kobayashi, Satoshi Kume and Hiroshi Masuya
    • 学会等名
      10th International SWT4HCLS conference
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] より良いLOD利用環境の実現に向けて2017

    • 著者名/発表者名
      山本泰智, 山口敦子
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] LOD上の情報をクラス間関係で切り取る基盤技術開発2017

    • 著者名/発表者名
      山口敦子, 小林紀郎, 山本泰智, 桝屋啓志, 古崎晃司
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [備考] LODSurfer/lodsurfer-metadata

    • URL

      https://github.com/LODSurfer/lodsurfer-metadata/tree/develop

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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