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実空間グリッド法によるハイブリッドDFT汎関数の開発とその超並列化

研究課題

研究課題/領域番号 17K05138
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 計算科学
研究機関東北大学

研究代表者

高橋 英明  東北大学, 理学研究科, 准教授 (10291436)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2019年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2018年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2017年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード超並列計算 / 実空間グリッド法 / 密度汎関数法 / Hartree-Fock交換エネルギー / FFT / CG / 実空間グリッド / HF交換エネルギー / 並列計算 / 3次元FFT / 実空間密度汎関数法 / 超並列化 / ポアソン方程式 / MPI / ハイブリッド汎関数 / 交換エネルギー
研究成果の概要

この課題において、ハイブリッド交換汎関数の並列計算を高速化する為に、Hartree-Fock(HF)交換エネルギーの超並列実装を2つの方法で行った。先ずHF交換ポテンシャルを計算する問題を実空間グリッド上で差分表示されたPoisson方程式を解く問題に還元した。次に、Khon-Sham軌道対の積が作る電子密度の静電ポテンシャルに対するPoisson方程式を共役勾配法(CG)によって逐次的に解く方法を開発した。さらに、差分表示されたPoisson方程式をPFFTとよばれる3次元FFTによって解く方法を開発した。ベンチマークテストによれば、FFT法はCG法よりも高速であることが分かった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

密度汎関数法(DFT)は化学や物理の理論の分野で必須のツールであり、これを並列計算によって高速化することは、DFT法の応用範囲を拡張する上で重要である。DFT計算の精度を向上させる為には、Hartree-Fockの交換エネルギーを部分的に含む、ハイブリッド汎関数の使用が標準となっている。実空間グリッド基底はDFTの並列計算を高速化する上で極めて有効であることが実証されているが、HF交換ポテンシャルのような非局所な演算子の実行には不利である。本研究の遂行によって実空間グリッド基底によるハイブリッド汎関数の実行が高速化され、ひいては、機能性分子の合成や反応のメカニズムの解明に資する。

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (11件) (うち招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Large-Scale Parallel Implementation of Hartree?Fock Exchange Energy on Real-Space Grids Using 3D-Parallel Fast Fourier Transform2020

    • 著者名/発表者名
      H. Takahashi、S. Sakuraba、A. Morita
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 60 号: 3 ページ: 1376-1389

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.9b01063

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Role of the Photosystem II as an Environment in the Oxidation Free Energy of the Mn Cluster from S1 to S22019

    • 著者名/発表者名
      H. Takahashi、D. Suzuoka、S. Sakuraba、A. Morita
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 123 号: 33 ページ: 7081-7091

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b03831

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Calculation of solvation free energy utilizing a constrained QM/MM approach combined with a theory of solutions2019

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Hideaki、Kambe Hiroyuki、Morita Akihiro
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 150 号: 11 ページ: 114109-114109

    • DOI

      10.1063/1.5089199

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Density-functional theory based on the electron distribution on the energy coordinate2018

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Hideaki
    • 雑誌名

      Journal of Physics B: Atomic, Molecular and Optical Physics

      巻: 51 号: 5 ページ: 055102-055102

    • DOI

      10.1088/1361-6455/aaaa0d

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書 2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A simple and effective solution to the constrained QM/MM simulations2018

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Hideaki、Kambe Hiroyuki、Morita Akihiro
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 148 号: 13 ページ: 134119-134119

    • DOI

      10.1063/1.5019874

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書 2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Drastic Compensation of the Electronic and Solvation Effects on the ATP Hydrolysis Revealed through a Large-Scale QM/MM Simulations Combined with a Theory of Solutions2017

    • 著者名/発表者名
      Hideaki Takahashi, Satoru Umino, Yuuji Miki, Ryosuke Ishizuka, Akihiro Morita, Makoto Suzuki, and Nobuyuki Matubayasi
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 121 号: 10 ページ: 2279-2287

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b00637

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A QM/MM study on the correlation between the polarisations of and electrons in a hydrated benzene2017

    • 著者名/発表者名
      Suzuoka Daiki、Takahashi Hideaki、Morita Akihiro
    • 雑誌名

      Molecular Simulation

      巻: 43 号: 13-16 ページ: 1209-1217

    • DOI

      10.1080/08927022.2017.1350661

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] QM/MM-ER法によるPSIIマンガンクラスター の光酸化の自由エネルギー解析2019

    • 著者名/発表者名
      高橋英明,鈴岡大樹 森田明弘
    • 学会等名
      分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 大規模QM/MM法によるPSIIマンガン クラスターの光酸化の自由エネルギー解析2019

    • 著者名/発表者名
      高橋英明,鈴岡大樹, 森田明弘
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] QM/MM法と溶液論による 生体内化学過程の自由エネルギー解析2019

    • 著者名/発表者名
      高橋英明
    • 学会等名
      東北大学薬学研究科研究室セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ATP加水分解自由エネルギーの計算方法の 開発とその応用2019

    • 著者名/発表者名
      高橋 英明
    • 学会等名
      「水和とATPエネルギー」研究会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 拡張型QM/MM法の方法論開発とその応用2018

    • 著者名/発表者名
      髙橋英明、神戸宏之、森田明弘
    • 学会等名
      理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 拡張型QM/MM法の方法論開発とその性能評価2018

    • 著者名/発表者名
      高橋 英明、森田 明弘
    • 学会等名
      分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] QM/MM法による水表面における酢酸の酸性度の 自由エネルギー解析2018

    • 著者名/発表者名
      高橋 英明、劉 斯璋、森田 明弘
    • 学会等名
      分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] QM/MM法と統計力学によるPSIIマンガン クラスターの酸化自由エネルギーの解析2018

    • 著者名/発表者名
      高橋 英明
    • 学会等名
      福井謙一センターワークショップ「複合系の理論化学・計算化学:最近の研究状況と展望」
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] QM/MM法による水溶液中の ATP加水分解反応の自由エネルギー解析2017

    • 著者名/発表者名
      髙橋英明、海野悟、森田明弘
    • 学会等名
      分子科学会討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] QM/MM法によるPSIIマンガンクラスター の酸化自由エネルギーの解析2017

    • 著者名/発表者名
      髙橋英明
    • 学会等名
      化学反応経路探索のニューフロンティア2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 量子化学と溶液論による生体分子反応 の自由エネルギー解析2017

    • 著者名/発表者名
      髙橋英明
    • 学会等名
      光化学討論会 共催シンポジウム 最先端光計測とライフサイエンスの近未来
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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