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マイクロカプセルにおけるDNAの動的高次構造変化および機能の解明

研究課題

研究課題/領域番号 17K05611
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
研究機関名古屋大学

研究代表者

ジンチェンコ アナトーリ  名古屋大学, 環境学研究科, 准教授 (00432352)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2017年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードDNA / カプセル / DNA折り畳み / 人工細胞モデル / DNA凝縮 / 高分子カプセル / マイクロカプセル / DNA高次構造変化
研究成果の概要

真核細胞内では,1メートル以上の長さのDNA高分子は高密度に折り畳まれており、数μm大きさの空間の中に存在している。細胞内におけるDNAの高次構造および挙動を説明するため、人工的な実験モデルが必要とされている。本研究では、長さの異なったDNAを数μm大きさの高分子カプセルに閉じ込める方法を確立して、新しい人工細胞モデルを構築した。この人工細胞モデルを用いることにより、細胞大きさの空間に閉じ込めたDNAの物理学的特徴を明らかにし、外部刺激によるカプセル内でのDNAの高次構造変化をコントロールできることを示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

核酸のカプセル化は、遺伝子送達、ゲノム保護などの応用を対象とする重要な技術である。これまでのカプセル化の技術により短いDNAまたはオリゴマーDNAのカプセル化が示されたが、カプセルの大きさより数倍~数十倍ほど長いゲノムDNAのカプセル化が困難であった。本研究で開発した人工細胞モデルの構築方法を用いて、長鎖DNAのカプセル化はほぼ100%効率で成功した。この技術、細胞内での長鎖DNAの状態を明らかにするための使用に加えて、バイオ・医療分野においても応用できると期待される。

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 5件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [国際共同研究] 南洋理工大学(シンガポール)

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [国際共同研究] 南洋理工大学/理学部(シンガポール)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] シンガポール国立大学/理学部(シンガポール)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] モスクワ大/化学部(ロシア連邦)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Compaction and Self-Association of Megabase-Sized Chromatin is Induced by Anionic Protein Crowding2020

    • 著者名/発表者名
      Zinchenko A., Chen Q., Berezhnoy N., Wang S., Nordenskiold L.
    • 雑誌名

      Soft Mater

      巻: 16 号: 18 ページ: 4366-4372

    • DOI

      10.1039/d0sm00162g

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Amino Acid Sequence of Oligopeptide Causes Marked Difference in DNA Compaction and Transcription2019

    • 著者名/発表者名
      Zinchenko A., Hiramatsu H., Yamaguchi H., Kubo K., Murata S., Kanbe T., Hazemoto N., Yoshikawa K., Akitaya T.
    • 雑誌名

      Biophisical Journal

      巻: 116 号: 10 ページ: 1836-1844

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2019.04.010

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Encapsulation of Long Genomic DNA into a Confinement of Polyelectrolyte Microcapsule: A Single-Molecule Insight2019

    • 著者名/発表者名
      Zinchenko A., Inagaki E., Murata S.
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 4 号: 1 ページ: 458-464

    • DOI

      10.1021/acsomega.8b02865

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Compaction of Single Molecule Megabase-Long Chromatin under the Influence of Macromolecular Crowding2018

    • 著者名/発表者名
      Zinchenko A., Berezhnoy N., Chen Q., Nordenskiold L.
    • 雑誌名

      Biophys. J.

      巻: 114 号: 10 ページ: 2326-2335

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2018.04.012

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Single-molecule compaction of megabase-long chromatin molecules by multivalent cations2017

    • 著者名/発表者名
      Zinchenko A., Berezhnoy N.V., Wang S., Rosencrans William M., Korolev N., van der Maarel Johan R.C., Nordenskiold L.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 号: 2 ページ: 635-649

    • DOI

      10.1093/nar/gkx1135

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] DNA-based materials as chemical reactors for synthesis of inorganic nanoparticles2017

    • 著者名/発表者名
      Zinchenko A., Sergeyev V.G.
    • 雑誌名

      Polymer Science C

      巻: 59 号: 1 ページ: 18-28

    • DOI

      10.1134/s1811238217010155

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Compaction of DNA and Chromatin under Influence of Neutral and Anionic Crowding2019

    • 著者名/発表者名
      Zinchenko A.
    • 学会等名
      Okinawa Colloids 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Encapsulation of Long DNA into Polyelectrolyte Capsules2018

    • 著者名/発表者名
      Zinchenko A., Inagaki E., Murata S.
    • 学会等名
      The 45th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Unimolecular Compaction of Megabase-Long Chromatin2018

    • 著者名/発表者名
      Zinchenko A.
    • 学会等名
      International Workshop Polyelectrolytes in Chemistry, Biology and Technology 2018
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Encapsulation of Biomacromolecules and Small Particles into Polyelectrolyte Capsules2017

    • 著者名/発表者名
      Zinchenko A.
    • 学会等名
      第68回コロイドおよび界面化学討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2022-02-22  

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