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大規模複雑電子構造系の遷移状態・電子励起状態計算法の確立と生体反応への応用

研究課題

研究課題/領域番号 17K05738
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 物理化学
研究機関北海道大学

研究代表者

小林 正人  北海道大学, 理学研究院, 准教授 (40514469)

研究分担者 赤間 知子  北海道大学, 理学研究院, 特別研究員(RPD) (60580149)
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2020年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2019年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2018年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2017年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード理論化学 / 量子化学 / 電子相関 / 大規模系計算 / 励起状態計算 / 遷移状態 / エネルギー勾配 / 遷移状態計算 / Hartree-Fock-Bogoliubov法 / 正準基底 / 静的電子相関 / エネルギー勾配法 / 複雑電子状態系 / 化学物理 / 電子状態理論 / 励起状態
研究成果の概要

本研究課題では、大規模で複雑な電子構造を持つ系の遷移状態探索や電子励起状態を取り扱うための量子化学理論を確立するために、大規模系の電子状態計算法である分割統治(DC)法、静的電子相関を簡便に取り扱うHartree-Fock-Bogoliubov(HFB)法、励起状態計算を行う実時間発展時間依存(RT-TD)法の3つの土台に対して理論的拡充と融合を行った。特にDC法については、近似に伴う誤差を自動的に制御する手法の整備も並行して推進した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

DC法は、従来は系の大きさに対して3乗以上の大きさで増加する計算時間を大幅に短縮することができるが、近似に伴い誤差が混入する問題があった。本研究により、生体内化学反応のような大規模系の反応過程の計算を、近似に伴う誤差を適切に制御しながら、実行することができるようになった。また、大規模で複雑な電子構造を持つ系の計算は、従来は専門家であっても難しいものであったが、これを簡便に実行可能なDC-HFB法と、これを用いた構造・遷移状態最適化手法の開発に成功した。

報告書

(5件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2021 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (24件) (うち国際学会 8件、 招待講演 7件)

  • [雑誌論文] Energy‐based automatic determination of buffer region in the divide‐and‐conquer second‐order Moller-Plesset perturbation theory2021

    • 著者名/発表者名
      Toshikazu Fujimori, Masato Kobayashi, Tetsuya Taketsugu
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 42 号: 9 ページ: 620-629

    • DOI

      10.1002/jcc.26486

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 分割統治量子化学計算におけるバッファ領域決定の自動化2021

    • 著者名/発表者名
      小林正人, 藤森俊和, 武次徹也
    • 雑誌名

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      巻: -

    • NAID

      130008088420

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Surface Adsorption Model Calculation Database and Its Application to Activity Prediction of Heterogeneous Catalysts2019

    • 著者名/発表者名
      Masato Kobayashi, Haruka Onoda, Yusuke Kuroda, Tetsuya Taketsugu
    • 雑誌名

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      巻: 18 号: 5 ページ: 251-253

    • DOI

      10.2477/jccj.2019-0053

    • NAID

      130007822900

    • ISSN
      1347-1767, 1347-3824
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dispersion Interaction and Crystal Packing Realize an Ultralong C-C Single Bond: A Theoretical Study on Dispirobis(10-methylacridan) Derivatives2019

    • 著者名/発表者名
      Kuroda Yusuke、Kobayashi Masato、Taketsugu Tetsuya
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 48 号: 2 ページ: 137-139

    • DOI

      10.1246/cl.180864

    • NAID

      130007590599

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Automated error control in divide-and-conquer self-consistent field calculations2018

    • 著者名/発表者名
      Masato Kobayashi, Toshikazu Fujimori, Tetsuya Taketsugu
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 39 号: 15 ページ: 909-916

    • DOI

      10.1002/jcc.25174

    • NAID

      120006636164

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 量子化学計算×インフォマティクスによる触媒・表面吸着系の解析2021

    • 著者名/発表者名
      小林正人
    • 学会等名
      岐阜大学人工知能センター講演会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 量子化学計算とデータ科学の併用による触媒・表面吸着系の解析と予測2021

    • 著者名/発表者名
      小林正人
    • 学会等名
      計算科学研究センターワークショップ2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Automatic fragmentation in the divide and conquer quantum chemical calculations with the energy error estimation2021

    • 著者名/発表者名
      Toshikazu Fujimori, Masato Kobayashi, Tetsuya Taketsugu
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 準粒子表現により擬縮退系の励起状態計算を可能にするTDHFB法の開発2020

    • 著者名/発表者名
      西田叡倫、赤間知子、小林正人、武次徹也
    • 学会等名
      分子科学会オンライン討論会2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Data Scientific Analysis of Quantum Chemical Calculation Results for Surface Adsorption Systems and Its Application to Catalysis2020

    • 著者名/発表者名
      Masato Kobayashi
    • 学会等名
      第36回計算機マテリアルズデザインワークショップ(36th CMD Workshop)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高精度励起状態計算のためのRT-TDHFB法の開発2020

    • 著者名/発表者名
      西田叡倫・赤間知子・小林正人・武次徹也
    • 学会等名
      化学系学協会北海道支部2020年冬季研究発表会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Surface model calculation database for predicting catalytic activity: An application to methane steam reforming2019

    • 著者名/発表者名
      Masato Kobayashi
    • 学会等名
      Ninth Conference of the Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists (APATCC2019)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] データ科学を利用した表面吸着系量子化学計算結果の解析と触媒への応用2019

    • 著者名/発表者名
      小林 正人
    • 学会等名
      「レア・イベントの計算科学」第3回ワークショップ
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Automatic Error Control and Static Electron Correlation Treatment in Divide-and-Conquer Method2019

    • 著者名/発表者名
      Masato Kobayashi, Toshikazu Fujimori, Ryosuke Kodama, Tetsuya Taketsugu
    • 学会等名
      XV International Workshop on Quantum Reactive Scattering (QRS2019)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Energy-based automatic fragmentation in the linear-scaling divide-and-conquer electron correlation calculations2019

    • 著者名/発表者名
      Toshikazu Fujimori, Masato Kobayashi, Tetsuya Taketsugu
    • 学会等名
      Ninth Conference of the Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists (APATCC2019)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Systematic Density-Functional Tight-Binding (DFTB) Molecular Dynamics (MD) Study on MgO-SiO2 Melts and the Structural Analysis with Persistent Homology2019

    • 著者名/発表者名
      Masato Kobayashi, Koji Miyakoshi, Yohei Onodera, Shinji Kohara, Tetsuya Taketsugu
    • 学会等名
      14th International Conference on the Structure of Non-Crystalline Materials (NCM14)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分割統治エネルギー勾配計算に対するバッファ領域自動制御法の開発2019

    • 著者名/発表者名
      藤森俊和・小林正人・武次徹也
    • 学会等名
      第22回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Automatic error control scheme for the divide-and-conquer electronic structure calculation2018

    • 著者名/発表者名
      Toshikazu Fujimori, Masato Kobayashi, Tetsuya Taketsugu
    • 学会等名
      16th International Congress of Quantum Chemistry (ICQC)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 7配位希土類錯体の構造・発光に関する理論的研究2018

    • 著者名/発表者名
      赤間 知子・小林 正人・柳澤 慧・北川 裕一・中西 貴之・長谷川 靖哉・武次 徹也
    • 学会等名
      第30回配位化合物の光化学討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 分割統治電子相関計算に対する誤差の自動制御化2018

    • 著者名/発表者名
      藤森 俊和・小林 正人・武次 徹也
    • 学会等名
      シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2018」
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 大規模系の量子化学計算とデータ科学を利用した量子化学計算結果の解析・触媒への応用2018

    • 著者名/発表者名
      小林 正人
    • 学会等名
      分子科学研究所講演会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Calculation, Analysis, and Prediction for Catalyst and Surface Adsorption Systems with Informatics Techniques and Automated Reaction Path Search2018

    • 著者名/発表者名
      Masato Kobayashi
    • 学会等名
      2nd International Workshop on Phase Interfaces Science for Highly Efficient Energy Utilization
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 分割統治型MP2計算における誤差自動制御スキームの開発2018

    • 著者名/発表者名
      藤森 俊和・小林 正人・武次 徹也
    • 学会等名
      第12回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 分割統治MP2計算における相関バッファ領域の自動決定2018

    • 著者名/発表者名
      藤森 俊和・小林 正人・武次 徹也
    • 学会等名
      第21回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 分割統治SCF計算における誤差の自動制御手法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      藤森俊和・小林正人・武次徹也
    • 学会等名
      第20回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 分割統治Hartree-Fock-Bogoliubovエネルギー勾配法の開発2017

    • 著者名/発表者名
      小林正人・児玉良輔・武次徹也
    • 学会等名
      第20回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Theoretical study on analog of carbodicarbene: NBO and mechanism of addition reaction2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Kuroda, C.-P. Hsu, T.-G. Ong, M. Kobayashi, T. Taketsugu
    • 学会等名
      The 11th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC2017)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DSAP類縁体のC-C単結合長に関する理論的研究: 環境効果の検討2017

    • 著者名/発表者名
      黒田悠介・小林正人・武次徹也
    • 学会等名
      第28回基礎有機化学討論会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Automatic error control in the divide and conquer quantum chemical calculations2017

    • 著者名/発表者名
      T. Fujimori, M. Kobayashi, T. Taketsugu
    • 学会等名
      CPMD2017 Workshop
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2022-01-27  

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