がんゲノム医療に向けたクリニカルシークエンスの変異解析パイプライン開発

• 研究課題/領域番号: 17K07250
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: ゲノム医科学
• 研究機関: 国立研究開発法人国立がん研究センター (2018-2019); 東京大学 (2017)
• 研究代表者: 上野 敏秀 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 研究員 (40381446)
• 研究期間 (年度): 2017-04-01 – 2020-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2019年度)
• 配分額: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円); 2019年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2018年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2017年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
• キーワード: ゲノム医療 / 変異解析 / バイオインフォマティクス / 二次がん / 融合遺伝子探索 / ヒトゲノム配列再解析 / がんゲノム個別化医療

研究成果の概要

がん遺伝子パネル検査「東大オンコパネル(Todai OncoPanel)」のための解析パイプラインを開発した。融合遺伝子・エキソンスキッピングの変異検出に加え、発現量の定量、既知の融合遺伝子の有無確認など検査を想定したものとなっている。実際、肺がんや肉腫など180症例以上を解析し、病理診断時には原因を特定できなかった検体から疾患原因融合遺伝子が検出や、新規の融合遺伝子の検出を可能にしている。このパイプラインを用いた結果はCancer Sci. 2019; 110:1464-1479に報告している。

研究成果の学術的意義や社会的意義

遺伝子検査によるがんゲノム個別化医療の需要はこれから増加すると考えられ、検査体制の整備は重要な課題である。ゲノム医療の遺伝子検査には、次世代シークエンサーによるゲノムの解読とバイオインフォマティクスを用いた解析が必須であり、本研究テーマはゲノム研究だけに留まらないものである。実際、本研究成果は東大オンコパネルの検査に使用されており、社会的意義は高いものと考えている。

研究成果

• [雑誌論文] Activation of insulin-like growth factor-1 receptor confers acquired resistance to osimertinib in non-small cell lung cancer with EGFR T790M mutation (2020)
  • 著者名/発表者名: Hayakawa D, Takahashi F, Mitsuishi Y, Tajima K, Hidayat M, Winardi W, Ihara H, Kanamori K, Matsumoto N, Asao T, Ko R, Shukuya T, Takamochi K, Hayashi T, Suehara Y, Takeda Nakamura I, Ueno T, Kohsaka S, Mano H, Takahashi K
  • 雑誌名: Thorac Cancer 巻: 11 号: 1 ページ: 140-149
  • DOI: 10.1111/1759-7714.13255
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Identification of Novel CD74-NRG2α Fusion From Comprehensive Profiling of Lung Adenocarcinoma in Japanese Never or Light Smokers (2020)
  • 著者名/発表者名: Kohsaka S, Hayashi T, Nagano M, Ueno T, Kojima S, Kawazu M, Shiraishi Y, Kishikawa S, Suehara Y, Takahashi F, Takahashi K, Suzuki K, Takamochi K, Mano H
  • 雑誌名: Journal of Thoracic Oncology 巻: － 号: 6 ページ: 30098-8
  • DOI: 10.1016/j.jtho.2020.01.021
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Uterine adenomyosis is an oligoclonal disorder associated with KRAS mutations (2019)
  • 著者名/発表者名: Inoue Satoshi、Hirota Yasushi、Ueno Toshihide、十人省略、Tanaka Yosuke、Sakata Seiji、Takeuchi Kengo、Muraoka Ayako、Osuka Satoko、Saito Tsuyoshi、Oda Katsutoshi、Osuga Yutaka、Terao Yasuhisa、Kawazu Masahito、Mano Hiroyuki
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 10 号: 1 ページ: 1-13
  • DOI: 10.1038/s41467-019-13708-y
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Mucin 21 is a key molecule involved in the incohesive growth pattern in lung adenocarcinoma (2019)
  • 著者名/発表者名: Yoshimoto Taichiro、Matsubara Daisuke、Soda Manabu、Ueno Toshihide、Amano Yusuke、Kihara Atsushi、Sakatani Takashi、Nakano Tomoyuki、Shibano Tomoki、Endo Shunsuke、Hagiwara Koichi、Fukayama Masashi、Denda‐Nagai Kaori、Irimura Tatsuro、Mano Hiroyuki、Niki Toshiro
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 110 号: 9 ページ: 3006-3011
  • DOI: 10.1111/cas.14129
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Genomic profiles of colorectal carcinoma with liver metastases and newly identified fusion genes (2019)
  • 著者名/発表者名: Oga T, Yamashita Y, Soda M, Kojima S, Ueno T, Kawazu M, Suzuki N, Nagano H, Hazama S, Izumiya M, Koike K, Mano H
  • 雑誌名: Cancer Sci 巻: 110(9) 号: 9 ページ: 2973-2981
  • DOI: 10.1111/cas.14127
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of candidates for driver oncogenes in scirrhous‐type gastric cancer cell lines (2019)
  • 著者名/発表者名: Sai Eirin、Miwa Yoshiyuki、Takeyama Reina、Kojima Shinya、Ueno Toshihide、Yashiro Masakazu、Seto Yasuyuki、Mano Hiroyuki
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 110 号: 8 ページ: 2643-2651
  • DOI: 10.1111/cas.14111
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Detection of circulating sarcoma tumor cells using a microfluidic chip-type cell sorter. (2019)
  • 著者名/発表者名: Hasegawa N, Takeda Nakamura I, Ueno T, Kojima S, Kawazu M, Akaike K, Okubo T, Takagi T, Suehara Y, Hayashi T, Saito T, Kaneko K, Mano H, Kohsaka S.
  • 雑誌名: Sci Rep. 巻: 9 号: 1 ページ: 20047-20047
  • DOI: 10.1038/s41598-019-56377-z
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Comprehensive assay for the molecular profiling of cancer by target enrichment from formalin‐fixed paraffin‐embedded specimens (2019)
  • 著者名/発表者名: Kohsaka Shinji、Tatsuno Kenji、Ueno Toshihide、et al.
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 110 号: 4 ページ: 1464-1479
  • DOI: 10.1111/cas.13968
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A germline HLTF mutation in familial MDS induces DNA damage accumulation through impaired PCNA polyubiquitination (2019)
  • 著者名/発表者名: Takaoka Kensuke、Kawazu Masahito、Koya Junji、Yoshimi Akihide、Masamoto Yosuke、Maki Hiroaki、Toya Takashi、Kobayashi Takashi、Nannya Yasuhito、Arai Shunya、Ueno Toshihide、Ueno Hironori、Suzuki Kenshi、Harada Hironori、Manabe Atsushi、Hayashi Yasuhide、Mano Hiroyuki、Kurokawa Mineo
  • 雑誌名: Leukemia 巻: 印刷中 号: 7 ページ: 1773-1782
  • DOI: 10.1038/s41375-019-0385-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Differential regulation of CpG island methylation within divergent and unidirectional promoters in colorectal cancer (2019)
  • 著者名/発表者名: Namba Shinichi、Sato Kazuhito、Kojima Shinya、Ueno Toshihide、Yamamoto Yoko、Tanaka Yosuke、Inoue Satoshi、Nagae Genta、Iinuma Hisae、Hazama Shoichi、Ishihara Soichiro、Aburatani Hiroyuki、Mano Hiroyuki、Kawazu Masahito
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 110 号: 3 ページ: 1096-1104
  • DOI: 10.1111/cas.13937
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Fusion Kinases Identified by Genomic Analyses of Sporadic Microsatellite Instability?High Colorectal Cancers (2018)
  • 著者名/発表者名: Sato Kazuhito、Kawazu Masahito、Yamamoto Yoko、Ueno Toshihide、Kojima Shinya、Nagae Genta、Abe Hiroyuki、Soda Manabu、Oga Takafumi、Kohsaka Shinji、Sai Eirin、Yamashita Yoshihiro、Iinuma Hisae、Fukayama Masashi、Aburatani Hiroyuki、Watanabe Toshiaki、Mano Hiroyuki
  • 雑誌名: Clinical Cancer Research 巻: 25 号: 1 ページ: 378-389
  • DOI: 10.1158/1078-0432.ccr-18-1574
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide CRISPR screen identifies TMEM41B as a gene required for autophagosome formation (2018)
  • 著者名/発表者名: Morita Keigo、Hama Yutaro、Izume Tamaki、Tamura Norito、Ueno Toshihide、Yamashita Yoshihiro、Sakamaki Yuriko、Mimura Kaito、Morishita Hideaki、Shihoya Wataru、Nureki Osamu、Mano Hiroyuki、Mizushima Noboru
  • 雑誌名: The Journal of Cell Biology 巻: 217 号: 11 ページ: 3817-3828
  • DOI: 10.1083/jcb.201804132
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-Throughput Functional Evaluation of Variants of Unknown Significance inERBB2 (2018)
  • 著者名/発表者名: Nagano Masaaki、Kohsaka Shinji、Ueno Toshihide、Kojima Shinya、Saka Kanju、Iwase Hirotaro、Kawazu Masahito、Mano Hiroyuki
  • 雑誌名: Clinical Cancer Research 巻: 24 号: 20 ページ: 5112-5122
  • DOI: 10.1158/1078-0432.ccr-18-0991
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcriptional activities of DUX4 fusions in B-cell acute lymphoblastic leukemia (2018)
  • 著者名/発表者名: Tanaka Yosuke、Kawazu Masahito、Yasuda Takahiko、Tamura Miki、Hayakawa Fumihiko、Kojima Shinya、Ueno Toshihide、Kiyoi Hitoshi、Naoe Tomoki、Mano Hiroyuki
  • 雑誌名: Haematologica 巻: 103 号: 11 ページ: 522-526
  • DOI: 10.3324/haematol.2017.183152
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Integrated molecular profiling of juvenile myelomonocytic leukemia (2018)
  • 著者名/発表者名: Murakami N, Okuno Y, Yoshida K, Shiraishi Y, Nagae G, Suzuki K, Narita A, Sakaguchi H, Kawashima N, Wang X, Xu Y, Chiba K, Tanaka H, Hama A, Sanada M, Ito M, Hirayama M, Watanabe A, Ueno T, Kojima S, Aburatani H, Mano H, Miyano S, Ogawa S, Takahashi Y, Muramatsu H
  • 雑誌名: Blood 巻: 131 号: 14 ページ: 1576-1586
  • DOI: 10.1182/blood-2017-07-798157
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Pediatric soft tissue tumor of the upper arm with LMNA-NTRK1 fusion (2018)
  • 著者名/発表者名: Kohsaka Shinji、Saito Tsuyoshi、Akaike Keisuke、Suehara Yoshiyuki、Hayashi Takuo、Takagi Tatsuya、Kaneko Kazuo、Ueno Toshihide、Kojima Shinya、Kohashi Ken-ichi、Mano Hiroyuki、Oda Yoshinao、Yao Takashi
  • 雑誌名: Human Pathology 巻: 72 ページ: 167-173
  • DOI: 10.1016/j.humpath.2017.08.017
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A method of high-throughput functional evaluation of EGFR gene variants of unknown significance in cancer (2017)
  • 著者名/発表者名: Kohsaka Shinji、Nagano Masaaki、Ueno Toshihide、Suehara Yoshiyuki、Hayashi Takuo、Shimada Naoko、Takahashi Kazuhisa、Suzuki Kenji、Takamochi Kazuya、Takahashi Fumiyuki、Mano Hiroyuki
  • 雑誌名: Science Translational Medicine 巻: 9 号: 416 ページ: 6566-6566
  • DOI: 10.1126/scitranslmed.aan6566
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Inactivating mutations and hypermethylation of the NKX2-1/TTF-1 gene in non-terminal respiratory unit-type lung adenocarcinomas. (2017)
  • 著者名/発表者名: Matsubara D, Soda M, Yoshimoto T, Amano Y, Sakuma Y, Yamato A, Ueno T, Kojima S, Shibano T, Hosono Y, Kawazu M, Yamashita Y, Endo S, Hagiwara K, Fukayama M,Takahashi T, Mano H, Niki T.
  • 雑誌名: Cancer Sci 巻: 108 号: 9 ページ: 1888-1896
  • DOI: 10.1111/cas.13313
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著